7n4g

Co-bound crystal structure of the engineered cyt cb562 variant, AB2-H100A, crystallized in the presence of Co(II)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562

Escherichia coli

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 链 C; UniProt 23–128 突变:K59W, D60H, I67H, Q71H, T96C, T97H, R98C, Y101C, K104H HEC HEME C × 2 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;PEG1500 25%, MgCl2 200 mM, pH 8 EPPS 100 mM 分辨率 1.93 Å R-free 0.325

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 C; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7n4g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7n4g
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7n4g
沉积日期 deposition_date2021-06-04
结构标题 titleCo-bound crystal structure of the engineered cyt cb562 variant, AB2-H100A, crystallized in the presence of Co(II)
关键词 keywordsMetal selectivity, Irving-Williams series, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.31
零角强度 I(0) i012252900.00
分子量 molecular_weight24865.0 kDa
排除体积 excluded_volume30512 ų
包络体积 envelope_volume36077 ų
水化壳体积 shell_volume16735 ų
包络直径 envelope_diameter62.2
壳层 Rg shell_rg24.06
包络 Rg envelope_rg18.44
形状 Rg shape_rg18.31
总 Rg total_rg19.13
总原子数 total_atoms1738
残基数 n_residues212
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.4
Rg (实空间) rg_real19.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real1.2250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12250000.0000
解质量估计 total_estimate0.8245
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.6
偏度 Skewness skewness0.206
峰度 Kurtosis kurtosis-0.506
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3055000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)