8z74

Cryo-EM structure of APJR complex with agonistic antibody

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 111.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,Apelin receptor

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 23–127 链 D; UniProt 23–127 未记录 agonistic antibody × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 43–147; UniProt 23–127 作者链 D; PDB构建体 43–147; UniProt 23–127

Soluble cytochrome b562,Apelin receptor

Homo sapiens

UniProt P35414

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–330 链 D; UniProt 2–330 未记录 agonistic antibody × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APJ_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 149–477; UniProt 2–330 作者链 D; PDB构建体 149–477; UniProt 2–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8z74

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8z74
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8z74
沉积日期 deposition_date2024-04-19
结构标题 titleCryo-EM structure of APJR complex with agonistic antibody
关键词 keywordsGPCR, APJ, Agonistic Antibody, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.66
零角强度 I(0) i0128148000.00
分子量 molecular_weight95415.0 kDa
排除体积 excluded_volume121420 ų
包络体积 envelope_volume154060 ų
水化壳体积 shell_volume38846 ų
包络直径 envelope_diameter120.2
壳层 Rg shell_rg39.30
包络 Rg envelope_rg33.76
形状 Rg shape_rg33.63
总 Rg total_rg34.20
总原子数 total_atoms6709
残基数 n_residues847
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.7
Rg (实空间) rg_real34.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89
I(0) (实空间) i0_real1.2810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal128100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6709
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.1
偏度 Skewness skewness0.243
峰度 Kurtosis kurtosis-0.464
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18960000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.849

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)