6z9v

Human Class I Major Histocompatibility Complex, A02 allele, presenting IIGWMWIPV

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

Homo sapiens

UniProt A0A5B8RNS7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–300 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;PACT premier screen, condition G06: 0.2M Na Formate, 0.1M Bis-Tris Propane, 20% PEG 3350 分辨率 2.01 Å R-free 0.216
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–300 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;PACT premier screen, condition G06: 0.2M Na Formate, 0.1M Bis-Tris Propane, 20% PEG 3350 分辨率 2.01 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A5B8RNS7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 25–300 作者链 D; PDB构建体 1–276; UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 MHC class I antigen × 1 (A0A5B8RNS7) ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;PACT premier screen, condition G06: 0.2M Na Formate, 0.1M Bis-Tris Propane, 20% PEG 3350 分辨率 2.01 Å R-free 0.216
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–119 未记录 MHC class I antigen × 1 (A0A5B8RNS7) ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;PACT premier screen, condition G06: 0.2M Na Formate, 0.1M Bis-Tris Propane, 20% PEG 3350 分辨率 2.01 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 E; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6z9v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6z9v
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6z9v
沉积日期 deposition_date2020-06-04
结构标题 titleHuman Class I Major Histocompatibility Complex, A02 allele, presenting IIGWMWIPV
关键词 keywordsMHC I, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.50
零角强度 I(0) i0142724000.00
分子量 molecular_weight92062.0 kDa
排除体积 excluded_volume113720 ų
包络体积 envelope_volume150370 ų
水化壳体积 shell_volume39494 ų
包络直径 envelope_diameter107.0
壳层 Rg shell_rg39.32
包络 Rg envelope_rg30.55
形状 Rg shape_rg31.49
总 Rg total_rg32.15
总原子数 total_atoms6485
残基数 n_residues770
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.9
Rg (实空间) rg_real32.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real1.4270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7022
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.1
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.600
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15610000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.096; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.946

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)