9oc6

Crystal structure of receptor FcRn bound to Human Astrovirus 6 spike

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IgG receptor FcRn large subunit p51

Homo sapiens

UniProt P55899

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–297 未记录 Beta-2-microglobulin × 2 (P61769) Capsid polyprotein VP90 × 2 (A0A3G6VE58) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 30% 1,2-propanediol, 20% PEG-400 分辨率 2.97 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCGRN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–274; UniProt 24–297

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 21–119 未记录 IgG receptor FcRn large subunit p51 × 2 (P55899) Capsid polyprotein VP90 × 2 (A0A3G6VE58) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 30% 1,2-propanediol, 20% PEG-400 分辨率 2.97 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

Capsid polyprotein VP90

Human astrovirus 6

UniProt A0A3G6VE58

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 429–643 未记录 IgG receptor FcRn large subunit p51 × 2 (P55899) Beta-2-microglobulin × 2 (P61769) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 30% 1,2-propanediol, 20% PEG-400 分辨率 2.97 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A3G6VE58_HASV6
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–216; UniProt 429–643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9oc6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9oc6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9oc6
沉积日期 deposition_date2025-04-23
结构标题 titleCrystal structure of receptor FcRn bound to Human Astrovirus 6 spike
关键词 keywordsAstrovirus, FcRn, virus host interaction, HAstV, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.08
零角强度 I(0) i061149800.00
分子量 molecular_weight61559.0 kDa
排除体积 excluded_volume77226 ų
包络体积 envelope_volume100250 ų
水化壳体积 shell_volume30739 ų
包络直径 envelope_diameter92.1
壳层 Rg shell_rg34.33
包络 Rg envelope_rg26.98
形状 Rg shape_rg27.07
总 Rg total_rg27.94
总原子数 total_atoms4351
残基数 n_residues542
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.2
Rg (实空间) rg_real27.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real6.1150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61150000.0000
解质量估计 total_estimate0.9075
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary86.7
偏度 Skewness skewness0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-0.509
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13070000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)