9oc6

Crystal structure of receptor FcRn bound to Human Astrovirus 6 spike

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oc6
沉积日期 deposition_date	2025-04-23
结构标题 title	Crystal structure of receptor FcRn bound to Human Astrovirus 6 spike
关键词 keywords	Astrovirus, FcRn, virus host interaction, HAstV, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.08 Å
零角强度 I(0) i0	61149800.00
分子量 molecular_weight	61559.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77226 Å³
包络体积 envelope_volume	100250 Å³
水化壳体积 shell_volume	30739 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.33 Å
包络 Rg envelope_rg	26.98 Å
形状 Rg shape_rg	27.07 Å
总 Rg total_rg	27.94 Å
总原子数 total_atoms	4351
残基数 n_residues	542
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9075
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	86.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.952

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	IgG receptor FcRn large subunit p51
分子量 formula_weight	30408.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4351

AESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGPQQYLSYNSLRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKALGGKGPYTLQGLLGCELGPDNTSVPTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQQDKAANKELTFLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSFYPPELQLRFLRNGLAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQPLRVELESPAKSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid polyprotein VP90
分子量 formula_weight	27929.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGETLKVLLTVGNPISPNETNKQTWVNKTIEPPGAVVKIGRDTQHYCTMNGFTLITKVDWFTEEFQPSEEPAPVQGLMVLLDNHKKADVYAAQQYKNPITNDKQQVTSVFLVRVNEGFQVTNHLSYFYRNSVNTDAVENIKIRSATRHTTVRFNQGSWYLLTSTVLHTGPPVSGWLWMNQELQNDQAYIIDQGIMHLITPPPVSSQIYFEMATLVPGSGLNDIFEAQKIEWHEGHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human astrovirus 6
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37130
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	211.925 Å
晶胞边长 b length_b	76.682 Å
晶胞边长 c length_c	53.807 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.970 Å
最低分辨率 resolution_low	29.140 Å
R 因子 r_factor	0.2331
R_work r_work	0.2279
R_free r_free	0.2805

fit	/app/data/saxs_computation/oc/9oc6/9oc6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oc/9oc6/9oc6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oc/9oc6/9oc6.dat

Crystal structure of receptor FcRn bound to Human Astrovirus 6 spike

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)