SAXSdb — 9nw9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nw9
沉积日期 deposition_date	2025-03-21
最后修订 last_revision	2026-03-25
结构标题 title	CA117v2v8 Fab bound to HLA-E-RL9HIV
关键词 keywords	HLA-E, antibody, NKG2a, CD94, HIV-1, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.84 Å
零角强度 I(0) i0	132109000.00
分子量 molecular_weight	90686.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112540 Å³
包络体积 envelope_volume	151760 Å³
水化壳体积 shell_volume	36456 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.21 Å
包络 Rg envelope_rg	39.27 Å
形状 Rg shape_rg	38.81 Å
总 Rg total_rg	38.98 Å
总原子数 total_atoms	6395
残基数 n_residues	803
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7430
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.705
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.096
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.520; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.521; Smooth: 0.575

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
分子量 formula_weight	31728.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6516

MGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	CA117v2v8 heavy chain
分子量 formula_weight	24754.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSKDVMWGWIRQPPGKGLEWIGNIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDMSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCAIRDSSGYFAHDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	CA117v2v8 light chain
分子量 formula_weight	23153.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

LPVLTQPPSASGSPGQSVTISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTVSGLQAEDEADYYCSSYAGSWSKVVFGGGTKLTVLGRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	RL9HIV peptide
分子量 formula_weight	1068.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

RMYSPTSIL

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.540 Å
晶胞边长 b length_b	72.520 Å
晶胞边长 c length_c	122.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.270 Å
R 因子 r_factor	0.1935
R_work r_work	0.1912
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/nw/9nw9/9nw9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nw/9nw9/9nw9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nw/9nw9/9nw9.dat

CA117v2v8 Fab bound to HLA-E-RL9HIV

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)