7xkt

Human Cx36/GJD2 (BRIL-fused mutant) gap junction channel in detergents at 2.2 Angstroms resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 144.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 链 B; UniProt 23–128 链 C; UniProt 23–128 链 D; UniProt 23–128 链 E; UniProt 23–128 链 F; UniProt 23–128 链 G; UniProt 23–128 链 H; UniProt 23–128 链 I; UniProt 23–128 链 J; UniProt 23–128 链 K; UniProt 23–128 链 L; UniProt 23–128 突变:M29W,H124I,R128L MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 72 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 24 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 B; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 C; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 D; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 E; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 F; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 G; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 H; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 I; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 J; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 K; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128 作者链 L; PDB构建体 109–214; UniProt 23–128

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt Q9UKL4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–108 链 A; UniProt 188–321 链 B; UniProt 1–108 链 B; UniProt 188–321 链 C; UniProt 1–108 链 C; UniProt 188–321 链 D; UniProt 1–108 链 D; UniProt 188–321 链 E; UniProt 1–108 链 E; UniProt 188–321 链 F; UniProt 1–108 链 F; UniProt 188–321 链 G; UniProt 1–108 链 G; UniProt 188–321 链 H; UniProt 1–108 链 H; UniProt 188–321 链 I; UniProt 1–108 链 I; UniProt 188–321 链 J; UniProt 1–108 链 J; UniProt 188–321 链 K; UniProt 1–108 链 K; UniProt 188–321 链 L; UniProt 1–108 链 L; UniProt 188–321 突变:M29W,H124I,R128L MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 72 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 24 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXD2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 A; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 B; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 B; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 C; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 C; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 D; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 D; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 E; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 E; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 F; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 F; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 G; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 G; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 H; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 H; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 I; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 I; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 J; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 J; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 K; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 K; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321 作者链 L; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 L; PDB构建体 215–348; UniProt 188–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7xkt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7xkt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xkt
沉积日期 deposition_date2022-04-20
结构标题 titleHuman Cx36/GJD2 (BRIL-fused mutant) gap junction channel in detergents at 2.2 Angstroms resolution
关键词 keywordsconnexin 36, Cx36, Gap Junction Channel, BRIL, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.30
零角强度 I(0) i0613838000.00
分子量 molecular_weight256120.0 kDa
排除体积 excluded_volume341470 ų
包络体积 envelope_volume466160 ų
水化壳体积 shell_volume82365 ų
包络直径 envelope_diameter149.7
壳层 Rg shell_rg51.39
包络 Rg envelope_rg47.03
形状 Rg shape_rg47.31
总 Rg total_rg47.44
总原子数 total_atoms37488
残基数 n_residues1992
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.4
Rg (实空间) rg_real46.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real6.1380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal613700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8103
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.0
偏度 Skewness skewness0.520
峰度 Kurtosis kurtosis-0.187
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha79130000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.055

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)