8t6k

Cryo-EM structure of tetradecameric CaMKII beta holoenzyme T287A T306A T307A

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 130.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Venus-tagged CaMKII Beta Holoenzyme mutant

Rattus norvegicus

UniProt P08413

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–542 链 B; UniProt 1–542 链 C; UniProt 1–542 链 D; UniProt 1–542 链 E; UniProt 1–542 链 F; UniProt 1–542 链 G; UniProt 1–542 链 H; UniProt 1–542 链 I; UniProt 1–542 链 J; UniProt 1–542 链 K; UniProt 1–542 链 L; UniProt 1–542 链 M; UniProt 1–542 链 N; UniProt 1–542 突变:T287A T306A T307A 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCC2B_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 B; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 C; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 D; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 E; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 F; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 G; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 H; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 I; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 J; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 K; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 L; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 M; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542 作者链 N; PDB构建体 274–815; UniProt 1–542

Venus-tagged CaMKII Beta Holoenzyme mutant

Rattus norvegicus

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–238 链 B; UniProt 2–238 链 C; UniProt 2–238 链 D; UniProt 2–238 链 E; UniProt 2–238 链 F; UniProt 2–238 链 G; UniProt 2–238 链 H; UniProt 2–238 链 I; UniProt 2–238 链 J; UniProt 2–238 链 K; UniProt 2–238 链 L; UniProt 2–238 链 M; UniProt 2–238 链 N; UniProt 2–238 突变:T287A T306A T307A 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 B; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 C; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 D; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 E; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 F; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 G; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 H; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 I; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 J; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 K; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 L; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 M; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238 作者链 N; PDB构建体 22–258; UniProt 2–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8t6k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8t6k
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8t6k
沉积日期 deposition_date2023-06-16
结构标题 titleCryo-EM structure of tetradecameric CaMKII beta holoenzyme T287A T306A T307A
关键词 keywordsHigh-order oligomer, Protein Kinase, Signaling, Memory, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.59
零角强度 I(0) i0704429000.00
分子量 molecular_weight213940.0 kDa
排除体积 excluded_volume265880 ų
包络体积 envelope_volume414830 ų
水化壳体积 shell_volume77928 ų
包络直径 envelope_diameter130.8
壳层 Rg shell_rg51.25
包络 Rg envelope_rg41.01
形状 Rg shape_rg43.58
总 Rg total_rg44.00
总原子数 total_atoms29722
残基数 n_residues1890
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.7
Rg (实空间) rg_real44.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real7.0440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal704700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8834
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.0
偏度 Skewness skewness-0.030
峰度 Kurtosis kurtosis-0.723
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66520000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.631

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)