9qwj

Crystal structure of S2c TCR in complex with CD1c

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 184.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c

Homo sapiens

UniProt P29017

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–297 未记录 TCR alpha × 1 TCR beta × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BMA beta-D-mannopyranose × 1 D12 DODECANE × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 16 % (w/v) PEG 3350 and 3 % (w/v) 1,6-Hexanediol 分辨率 2.04 Å R-free 0.235
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 24–297 未记录 TCR alpha × 1 TCR beta × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 D10 DECANE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 16 % (w/v) PEG 3350 and 3 % (w/v) 1,6-Hexanediol 分辨率 2.04 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD1C_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 135–408; UniProt 24–297 作者链 N; PDB构建体 135–408; UniProt 24–297

Beta-2-microglobulin,T-cell surface glycoprotein CD1c

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–118 未记录 TCR alpha × 1 TCR beta × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BMA beta-D-mannopyranose × 1 D12 DODECANE × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 16 % (w/v) PEG 3350 and 3 % (w/v) 1,6-Hexanediol 分辨率 2.04 Å R-free 0.235
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 21–118 未记录 TCR alpha × 1 TCR beta × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 D10 DECANE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 16 % (w/v) PEG 3350 and 3 % (w/v) 1,6-Hexanediol 分辨率 2.04 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 21–118; UniProt 21–118 作者链 N; PDB构建体 21–118; UniProt 21–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qwj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qwj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qwj
沉积日期 deposition_date2025-04-14
最后修订 last_revision2025-08-20
结构标题 titleCrystal structure of S2c TCR in complex with CD1c
关键词 keywordsT cell receptor, TCR, CD1c, lipids, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.26
零角强度 I(0) i0512206000.00
分子量 molecular_weight184960.0 kDa
排除体积 excluded_volume230290 ų
包络体积 envelope_volume341500 ų
水化壳体积 shell_volume59161 ų
包络直径 envelope_diameter195.0
壳层 Rg shell_rg48.62
包络 Rg envelope_rg52.84
形状 Rg shape_rg53.21
总 Rg total_rg53.24
总原子数 total_atoms13055
残基数 n_residues1604
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax184.7
Rg (实空间) rg_real53.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.23
I(0) (实空间) i0_real5.1220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal511500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8075
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.4
偏度 Skewness skewness0.607
峰度 Kurtosis kurtosis-0.066
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25320000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.246

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)