9u9d

Bipartite Genetically Encoded Biosensor sG-GECO1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin light chain kinase, smooth muscle, deglutamylated form,Green fluorescent protein,Calmodulin-1

Rattus norvegicus

UniProt P0DP29

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–149 未记录 Green fluorescent protein × 1 (P42212) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2m sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 88–234; UniProt 3–149

Myosin light chain kinase, smooth muscle, deglutamylated form,Green fluorescent protein,Calmodulin-1

Rattus norvegicus

UniProt P11799

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1726–1749 未记录 Green fluorescent protein × 1 (P42212) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2m sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYLK_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 37–60; UniProt 1726–1749

Myosin light chain kinase, smooth muscle, deglutamylated form,Green fluorescent protein,Calmodulin-1

Rattus norvegicus

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 149–172 链 B; UniProt 170–238 链 B; UniProt 2–146 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2m sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 61–84; UniProt 149–172 作者链 B; PDB构建体 13–81; UniProt 170–238 作者链 B; PDB构建体 90–232; UniProt 2–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9u9d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9u9d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9u9d
沉积日期 deposition_date2025-03-27
结构标题 titleBipartite Genetically Encoded Biosensor sG-GECO1
关键词 keywordsFluorescent protein, GFP, bipartite scpFP, sG-GECO1; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.16
零角强度 I(0) i012100200.00
分子量 molecular_weight26058.0 kDa
排除体积 excluded_volume32671 ų
包络体积 envelope_volume36697 ų
水化壳体积 shell_volume17732 ų
包络直径 envelope_diameter60.7
壳层 Rg shell_rg23.58
包络 Rg envelope_rg17.60
形状 Rg shape_rg17.14
总 Rg total_rg18.24
总原子数 total_atoms1839
残基数 n_residues230
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.3
Rg (实空间) rg_real18.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real1.2100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6579
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.345
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0046
最高正则化参数 α highest_alpha4130000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)