1bd2

COMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR B7, VIRAL PEPTIDE (TAX) AND MHC CLASS I MOLECULE HLA-A 0201

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 131.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA-A 0201

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:EXTRACELLULAR DOMAINS ALPHA 1, ALPHA 2, ALPHA 3 BETA-2 MICROGLOBULIN × 1 (P61769) TAX PEPTIDE × 1 T CELL RECEPTOR ALPHA × 1 T CELL RECEPTOR BETA × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.1;12% PEG8000, 20MM MOPS, 100MM MAGNESIUM ACETATE,PH7.1 分辨率 2.50 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、465 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–275; UniProt 25–299

BETA-2 MICROGLOBULIN

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA-A 0201 × 1 (P01892) TAX PEPTIDE × 1 T CELL RECEPTOR ALPHA × 1 T CELL RECEPTOR BETA × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.1;12% PEG8000, 20MM MOPS, 100MM MAGNESIUM ACETATE,PH7.1 分辨率 2.50 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bd2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bd2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bd2
沉积日期 deposition_date1998-05-12
结构标题 titleCOMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR B7, VIRAL PEPTIDE (TAX) AND MHC CLASS I MOLECULE HLA-A 0201
关键词 keywordsCOMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR), COMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR) complex; COMPLEX (MHC/VIRAL PEPTIDE/RECEPTOR)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.84
零角强度 I(0) i0131181000.00
分子量 molecular_weight89660.0 kDa
排除体积 excluded_volume110860 ų
包络体积 envelope_volume148210 ų
水化壳体积 shell_volume36778 ų
包络直径 envelope_diameter141.0
壳层 Rg shell_rg38.70
包络 Rg envelope_rg37.28
形状 Rg shape_rg36.83
总 Rg total_rg36.99
总原子数 total_atoms6339
残基数 n_residues815
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.8
Rg (实空间) rg_real37.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.49
I(0) (实空间) i0_real1.3120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal131100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7668
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.7
偏度 Skewness skewness0.668
峰度 Kurtosis kurtosis-0.118
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15370000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.586; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.466; Smooth: 0.740

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd1bd2a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1bd2a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1bd2b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1bd2d1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1bd2d2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1bd2e1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1bd2e2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id1bd2A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id1bd2A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1bd2B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1bd2D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1bd2D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1bd2E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1bd2E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)