2pye

Crystal Structures of High Affinity Human T-Cell Receptors Bound to pMHC RevealNative Diagonal Binding Geometry TCR Clone C5C1 Complexed with MHC

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–300 片段:EXTRACELLULAR DOMAINS ALPHA 1, ALPHA2 AND ALPHA3, RESIDUES 25-299 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Cancer/testis antigen 1B × 1 (P78358) T-Cell Receptor, Alpha Chain × 1 (A2NVQ1) T-Cell Receptor, Beta Chain × 1 (Q6NS87) SO4 SULFATE ION × 9 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;85 mM Na HEPES buffer pH7.5, 8.5 % iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.30 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、465 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 片段:BETA-2 MICROGLOBULIN, RESIDUES 21-119 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Cancer/testis antigen 1B × 1 (P78358) T-Cell Receptor, Alpha Chain × 1 (A2NVQ1) T-Cell Receptor, Beta Chain × 1 (Q6NS87) SO4 SULFATE ION × 9 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;85 mM Na HEPES buffer pH7.5, 8.5 % iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.30 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Cancer/testis antigen 1B

物种未注明

UniProt P78358

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 157–165 片段:RESIDUES 157-165 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T-Cell Receptor, Alpha Chain × 1 (A2NVQ1) T-Cell Receptor, Beta Chain × 1 (Q6NS87) SO4 SULFATE ION × 9 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;85 mM Na HEPES buffer pH7.5, 8.5 % iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.30 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 CTG1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 157–165

T-Cell Receptor, Alpha Chain

Homo sapiens

UniProt A2NVQ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 20–111 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Cancer/testis antigen 1B × 1 (P78358) T-Cell Receptor, Beta Chain × 1 (Q6NS87) SO4 SULFATE ION × 9 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;85 mM Na HEPES buffer pH7.5, 8.5 % iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.30 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A2NVQ1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–93; UniProt 20–111

T-Cell Receptor, Beta Chain

Homo sapiens

UniProt Q6NS87

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 126–266 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Cancer/testis antigen 1B × 1 (P78358) T-Cell Receptor, Alpha Chain × 1 (A2NVQ1) SO4 SULFATE ION × 9 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;85 mM Na HEPES buffer pH7.5, 8.5 % iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.30 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 Q6NS87_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 102–242; UniProt 126–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2pye

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2pye
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pye
沉积日期 deposition_date2007-05-16
结构标题 titleCrystal Structures of High Affinity Human T-Cell Receptors Bound to pMHC RevealNative Diagonal Binding Geometry TCR Clone C5C1 Complexed with MHC
关键词 keywordsT-CELL RECEPTOR, CDR3, PHAGE DISPLAY, MUTANT, HIGH AFFINITY, NY-ESO-1, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.92
零角强度 I(0) i0154667000.00
分子量 molecular_weight95835.0 kDa
排除体积 excluded_volume117930 ų
包络体积 envelope_volume159790 ų
水化壳体积 shell_volume38401 ų
包络直径 envelope_diameter140.5
壳层 Rg shell_rg39.43
包络 Rg envelope_rg38.46
形状 Rg shape_rg37.91
总 Rg total_rg38.04
总原子数 total_atoms6728
残基数 n_residues822
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.0
Rg (实空间) rg_real38.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36
I(0) (实空间) i0_real1.5470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal154600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7783
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.8
偏度 Skewness skewness0.675
峰度 Kurtosis kurtosis-0.120
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18090000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.624; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.709; Smooth: 0.534

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2pyea1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2pyea2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd2pyeb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2pyeb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id2pyeA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id2pyeA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2pyeB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2pyeD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2pyeD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2pyeE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2pyeE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)