2x4n

Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to residual fragments of a photocleavable peptide that is cleaved upon UV-light treatment

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 116.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN

HOMO SAPIENS

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:RESIDUES 25-299 BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 (P61769) HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL 分辨率 2.34 Å R-free 0.274
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–299 片段:RESIDUES 25-299 BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 (P61769) HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE × 1 GOL GLYCEROL × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL 分辨率 2.34 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、464 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–275; UniProt 25–299 作者链 D; PDB构建体 1–275; UniProt 25–299

BETA-2-MICROGLOBULIN

HOMO SAPIENS

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN × 1 (P01892) HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL 分辨率 2.34 Å R-free 0.274
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–119 未记录 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN × 1 (P01892) HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE × 1 GOL GLYCEROL × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL 分辨率 2.34 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 E; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2x4n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2x4n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2x4n
沉积日期 deposition_date2010-02-02
结构标题 titleCrystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to residual fragments of a photocleavable peptide that is cleaved upon UV-light treatment
关键词 keywords;GLYCOPROTEIN, IMMUNE SYSTEM, TRANSMEMBRANE, DISEASE MUTATION, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, PHOSPHOPROTEIN, IMMUNE RESPONSE, HOST-VIRUS INTERACTION, PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID, GLYCATION, AMYLOIDOSIS ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.29
零角强度 I(0) i0136550000.00
分子量 molecular_weight89754.0 kDa
排除体积 excluded_volume110730 ų
包络体积 envelope_volume146090 ų
水化壳体积 shell_volume37955 ų
包络直径 envelope_diameter125.1
壳层 Rg shell_rg38.24
包络 Rg envelope_rg33.26
形状 Rg shape_rg33.27
总 Rg total_rg33.75
总原子数 total_atoms6326
残基数 n_residues759
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.7
Rg (实空间) rg_real34.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real1.3650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal136500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8627
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.2
偏度 Skewness skewness0.497
峰度 Kurtosis kurtosis-0.131
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15340000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.878

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2x4nb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2x4nb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2x4ne1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2x4ne2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2x4nA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id2x4nA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2x4nB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2x4nD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id2x4nD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2x4nE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)