3g9a

Green fluorescent protein bound to minimizer nanobody

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green fluorescent protein

Aequorea victoria

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–238 突变:S2G, Q80R, F99S, M153T, V163A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Minimizer × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;100mM Mes pH 6.5, 30% PEG 8000, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.61 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–236; UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3g9a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3g9a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3g9a
沉积日期 deposition_date2009-02-13
结构标题 titleGreen fluorescent protein bound to minimizer nanobody
关键词 keywordsAntibody Complex, Chromophore, Luminescence, Photoprotein, FLUORESCENT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX, NANOBODY; FLUORESCENT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.26
零角强度 I(0) i027420100.00
分子量 molecular_weight39329.0 kDa
排除体积 excluded_volume48855 ų
包络体积 envelope_volume56482 ų
水化壳体积 shell_volume22383 ų
包络直径 envelope_diameter78.2
壳层 Rg shell_rg27.83
包络 Rg envelope_rg21.48
形状 Rg shape_rg21.22
总 Rg total_rg22.18
总原子数 total_atoms2770
残基数 n_residues337
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.6
Rg (实空间) rg_real22.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real2.7420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.21
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27420000.0000
解质量估计 total_estimate0.8041
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.2
偏度 Skewness skewness0.326
峰度 Kurtosis kurtosis-0.348
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7389000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3g9aa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.22.1 — GFP-like
家族 Family familyd.22.1.1 — Fluorescent proteins
结构域编号 domain_idd3g9ab1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd3g9ab2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3g9aA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Green fluorescent protein
结构域编号 domain_id3g9aB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)