3ln4

Crystal structure of HLA-B*4103 in complex with a 16mer self-peptide derived from heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-41 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P30479

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–298 片段:extracellular domains, UNP residues 25-298 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) 16-mer peptide from Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2 × 1 (P07910) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;294 K;0.1M citrate pH 5.6, 14-20% PEG 4000, 0.2M NH4OAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 1.30 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1B41_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–274; UniProt 25–298

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B-41 alpha chain × 1 (P30479) 16-mer peptide from Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2 × 1 (P07910) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;294 K;0.1M citrate pH 5.6, 14-20% PEG 4000, 0.2M NH4OAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 1.30 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

16-mer peptide from Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2

物种未注明

UniProt P07910

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 102–117 片段:UNP residues 102-117 HLA class I histocompatibility antigen, B-41 alpha chain × 1 (P30479) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;294 K;0.1M citrate pH 5.6, 14-20% PEG 4000, 0.2M NH4OAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 1.30 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HNRPC_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–16; UniProt 102–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ln4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ln4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ln4
沉积日期 deposition_date2010-02-01
结构标题 titleCrystal structure of HLA-B*4103 in complex with a 16mer self-peptide derived from heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2
关键词 keywords;Immunoglobulin domain, Immune response, Major Histocompatibility Complex Class I, MHC-I peptide complex, peptide-binding motifs, Disulfide bond, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.90
零角强度 I(0) i036365700.00
分子量 molecular_weight44528.0 kDa
排除体积 excluded_volume54831 ų
包络体积 envelope_volume67217 ų
水化壳体积 shell_volume24530 ų
包络直径 envelope_diameter78.6
壳层 Rg shell_rg29.78
包络 Rg envelope_rg23.01
形状 Rg shape_rg22.88
总 Rg total_rg23.75
总原子数 total_atoms3145
残基数 n_residues381
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.0
Rg (实空间) rg_real23.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real3.6370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36370000.0000
解质量估计 total_estimate0.7013
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.7
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.488
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8528000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3ln4b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3ln4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id3ln4A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3ln4B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)