3ov6

CD1c in complex with MPM (mannosyl-beta1-phosphomycoketide)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2-microglobulin, T-cell surface glycoprotein CD1c, T-cell surface glycoprotein CD1b

Homo sapiens

UniProt P29016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 201–295 片段:beta-2-microglobulin 突变:C-terminal fusion to CD1c ectodomain, N52Q, N57Q, K108G, N128Q, N241Q, W242G, CD1c a3 domain replaced with CD1b a3 domain NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 D12 DODECANE × 1 MK0 1-O-[(S)-hydroxy{[(4S,8S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-beta-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9.45;291 K;0.1M CHES pH 9.45, 1.05M sodium citrate, 25 mM triglycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 301–395; UniProt 201–295

Beta-2-microglobulin, T-cell surface glycoprotein CD1c, T-cell surface glycoprotein CD1b

Homo sapiens

UniProt P29017

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–201 片段:beta-2-microglobulin 突变:C-terminal fusion to CD1c ectodomain, N52Q, N57Q, K108G, N128Q, N241Q, W242G, CD1c a3 domain replaced with CD1b a3 domain NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 D12 DODECANE × 1 MK0 1-O-[(S)-hydroxy{[(4S,8S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-beta-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9.45;291 K;0.1M CHES pH 9.45, 1.05M sodium citrate, 25 mM triglycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD1C_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 118–300; UniProt 19–201

Beta-2-microglobulin, T-cell surface glycoprotein CD1c, T-cell surface glycoprotein CD1b

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–119 片段:beta-2-microglobulin 突变:C-terminal fusion to CD1c ectodomain, N52Q, N57Q, K108G, N128Q, N241Q, W242G, CD1c a3 domain replaced with CD1b a3 domain NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 D12 DODECANE × 1 MK0 1-O-[(S)-hydroxy{[(4S,8S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-beta-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9.45;291 K;0.1M CHES pH 9.45, 1.05M sodium citrate, 25 mM triglycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–102; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ov6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ov6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ov6
沉积日期 deposition_date2010-09-15
结构标题 titleCD1c in complex with MPM (mannosyl-beta1-phosphomycoketide)
关键词 keywordsMHC, Immunoglobulin Domain, Immune System, Antigen Presentation; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.28
零角强度 I(0) i031742000.00
分子量 molecular_weight43677.0 kDa
排除体积 excluded_volume54792 ų
包络体积 envelope_volume68066 ų
水化壳体积 shell_volume24575 ų
包络直径 envelope_diameter77.4
壳层 Rg shell_rg30.14
包络 Rg envelope_rg23.44
形状 Rg shape_rg23.24
总 Rg total_rg24.25
总原子数 total_atoms3088
残基数 n_residues376
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5
Rg (实空间) rg_real24.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real3.1740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31740000.0000
解质量估计 total_estimate0.9087
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.9
偏度 Skewness skewness0.304
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5026000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd3ov6a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3ov6a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3ov6a3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3ov6a4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3ov6a5
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3ov6A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3ov6A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id3ov6A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)