3w39

Crystal structure of HLA-B*5201 in complexed with HIV immunodominant epitope (TAFTIPSI)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P30490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–300 片段:EXTRACELLULAR RESIDUES 25-300 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) peptid from Gag-Pol polyprotein × 1 (P12499) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.347
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–300 片段:EXTRACELLULAR RESIDUES 25-300 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) peptid from Gag-Pol polyprotein × 1 (P12499) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.347

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1B52_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–277; UniProt 25–300 作者链 D; PDB构建体 2–277; UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain × 1 (P30490) peptid from Gag-Pol polyprotein × 1 (P12499) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.347
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain × 1 (P30490) peptid from Gag-Pol polyprotein × 1 (P12499) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.347

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 E; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

peptid from Gag-Pol polyprotein

物种未注明

UniProt P12499

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 716–723 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain × 1 (P30490) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.347
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 716–723 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain × 1 (P30490) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.347

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POL_HV1Z2
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–8; UniProt 716–723 作者链 F; PDB构建体 1–8; UniProt 716–723

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3w39

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3w39
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3w39
沉积日期 deposition_date2012-12-13
结构标题 titleCrystal structure of HLA-B*5201 in complexed with HIV immunodominant epitope (TAFTIPSI)
关键词 keywordsClass I Major Histocompatibility Complex, MHC, Membrane, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.88
零角强度 I(0) i0136229000.00
分子量 molecular_weight89327.0 kDa
排除体积 excluded_volume110160 ų
包络体积 envelope_volume141770 ų
水化壳体积 shell_volume39051 ų
包络直径 envelope_diameter110.4
壳层 Rg shell_rg37.43
包络 Rg envelope_rg30.57
形状 Rg shape_rg30.86
总 Rg total_rg31.47
总原子数 total_atoms6312
残基数 n_residues768
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.2
Rg (实空间) rg_real31.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real1.3620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal136200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8963
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.8
偏度 Skewness skewness0.316
峰度 Kurtosis kurtosis-0.366
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15820000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.887

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3w39d1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd3w39d2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3w39d3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3w39A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id3w39A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3w39B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3w39D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id3w39D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3w39E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)