4qok

Structural basis for ineffective T-cell responses to MHC anchor residue improved heteroclitic peptides

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–300 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Melanoma antigen recognized by T-cells 1 marker peptide × 1 (Q16655) Mel5 TCR chain alpha × 1 Mel5 TCR chain beta × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 15% PEG 4000, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 3.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、465 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Melanoma antigen recognized by T-cells 1 marker peptide × 1 (Q16655) Mel5 TCR chain alpha × 1 Mel5 TCR chain beta × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 15% PEG 4000, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 3.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Melanoma antigen recognized by T-cells 1 marker peptide

物种未注明

UniProt Q16655

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 26–35 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Mel5 TCR chain alpha × 1 Mel5 TCR chain beta × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 15% PEG 4000, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 3.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–10; UniProt 26–35

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qok

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qok
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qok
沉积日期 deposition_date2014-06-20
结构标题 titleStructural basis for ineffective T-cell responses to MHC anchor residue improved heteroclitic peptides
关键词 keywordsImmunoglobulin, HLA, TCR, Melanoma, Immune System; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.24
零角强度 I(0) i0143633000.00
分子量 molecular_weight93495.0 kDa
排除体积 excluded_volume115580 ų
包络体积 envelope_volume157790 ų
水化壳体积 shell_volume38352 ų
包络直径 envelope_diameter138.7
壳层 Rg shell_rg39.21
包络 Rg envelope_rg37.95
形状 Rg shape_rg37.23
总 Rg total_rg37.43
总原子数 total_atoms6596
残基数 n_residues824
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.6
Rg (实空间) rg_real37.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28
I(0) (实空间) i0_real1.4360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal143600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7716
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.2
偏度 Skewness skewness0.673
峰度 Kurtosis kurtosis-0.111
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19930000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.643; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.542; Smooth: 0.556

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id4qokA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4qokA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4qokB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4qokD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4qokD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4qokE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4qokE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)