4qru

Crystal Structure of HLA B*0801 in complex with ELR_MYM, ELRRKMMYM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P30460

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–300 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) 55 kDa immediate-early protein 1 × 1 (P03169) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;0.2M ammonium acetate, 16% PEG 4K, 0.1 tri-Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.60 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1B08_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain × 1 (P30460) 55 kDa immediate-early protein 1 × 1 (P03169) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;0.2M ammonium acetate, 16% PEG 4K, 0.1 tri-Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.60 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

55 kDa immediate-early protein 1

物种未注明

UniProt P03169

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 199–207 片段:unp residues 199-207 HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain × 1 (P30460) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;0.2M ammonium acetate, 16% PEG 4K, 0.1 tri-Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.60 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VIE1_HCMVT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 199–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qru

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qru
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qru
沉积日期 deposition_date2014-07-02
结构标题 titleCrystal Structure of HLA B*0801 in complex with ELR_MYM, ELRRKMMYM
关键词 keywordsHLA B*0801, CMV, TCR, T cell, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.91
零角强度 I(0) i037166300.00
分子量 molecular_weight44867.0 kDa
排除体积 excluded_volume55124 ų
包络体积 envelope_volume67746 ų
水化壳体积 shell_volume24687 ų
包络直径 envelope_diameter79.2
壳层 Rg shell_rg29.89
包络 Rg envelope_rg23.00
形状 Rg shape_rg22.89
总 Rg total_rg23.77
总原子数 total_atoms3166
残基数 n_residues384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.5
Rg (实空间) rg_real23.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real3.7170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37170000.0000
解质量估计 total_estimate0.9101
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.1
偏度 Skewness skewness0.241
峰度 Kurtosis kurtosis-0.485
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9520000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4qruA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4qruA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4qruB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)