6eny

Structure of the human PLC editing module

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 136.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2-microglobulin

物种未注明

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 Tapasin × 1 (O15533) Protein disulfide-isomerase A3 × 1 (P30101) HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain × 1 (P04439) Calreticulin × 1 (P27797) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

Tapasin

物种未注明

UniProt O15533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–448 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Protein disulfide-isomerase A3 × 1 (P30101) HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain × 1 (P04439) Calreticulin × 1 (P27797) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPSN_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–428; UniProt 21–448

Protein disulfide-isomerase A3

物种未注明

UniProt P30101

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–505 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Tapasin × 1 (O15533) HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain × 1 (P04439) Calreticulin × 1 (P27797) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDIA3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–481; UniProt 25–505

HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain

物种未注明

UniProt P04439

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 25–365 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Tapasin × 1 (O15533) Protein disulfide-isomerase A3 × 1 (P30101) Calreticulin × 1 (P27797) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A03_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–341; UniProt 25–365

Calreticulin

物种未注明

UniProt P27797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 18–417 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Tapasin × 1 (O15533) Protein disulfide-isomerase A3 × 1 (P30101) HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain × 1 (P04439) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALR_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–400; UniProt 18–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6eny

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6eny
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6eny
沉积日期 deposition_date2017-10-07
结构标题 titleStructure of the human PLC editing module
关键词 keywordsadaptive immunity, antigen processing, chaperone, MHC class I, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.10
零角强度 I(0) i0274282000.00
分子量 molecular_weight108950.0 kDa
排除体积 excluded_volume125360 ų
包络体积 envelope_volume271140 ų
水化壳体积 shell_volume56795 ų
包络直径 envelope_diameter139.6
壳层 Rg shell_rg44.81
包络 Rg envelope_rg40.23
形状 Rg shape_rg42.10
总 Rg total_rg42.27
总原子数 total_atoms7778
残基数 n_residues1563
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.9
Rg (实空间) rg_real42.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53
I(0) (实空间) i0_real2.7430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal274300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8183
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.5
偏度 Skewness skewness0.267
峰度 Kurtosis kurtosis-0.327
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23120000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)