6me7

XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT2 (H208A) in complex with 2-phenylmelatonin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

Homo sapiens

UniProt P00268

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–53 突变:M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, PEG 400, ammonium acetate 分辨率 3.20 Å R-free 0.250
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–53 突变:M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, PEG 400, ammonium acetate 分辨率 3.20 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUBR_CLOPA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 308–360; UniProt 1–53 作者链 B; PDB构建体 308–360; UniProt 1–53

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 突变:M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, PEG 400, ammonium acetate 分辨率 3.20 Å R-free 0.250
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 23–128 突变:M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, PEG 400, ammonium acetate 分辨率 3.20 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、821 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 B; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

Homo sapiens

UniProt P49286

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 35–231 链 A; UniProt 241–340 突变:M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, PEG 400, ammonium acetate 分辨率 3.20 Å R-free 0.250
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 35–231 链 B; UniProt 241–340 突变:M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, PEG 400, ammonium acetate 分辨率 3.20 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTR1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 111–307; UniProt 35–231 作者链 A; PDB构建体 361–460; UniProt 241–340 作者链 B; PDB构建体 111–307; UniProt 35–231 作者链 B; PDB构建体 361–460; UniProt 241–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6me7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6me7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6me7
沉积日期 deposition_date2018-09-05
结构标题 titleXFEL crystal structure of human melatonin receptor MT2 (H208A) in complex with 2-phenylmelatonin
关键词 keywords;GPCR, melatonin receptor type 1B (MT2), H208A mutation, membrane protein, 2-phenylmelatonin, XFEL, LCP, BRIL, Rubredoxin, circadian rhythm, jetlag, type 2 diabetes ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.77
零角强度 I(0) i0108008000.00
分子量 molecular_weight87442.0 kDa
排除体积 excluded_volume111130 ų
包络体积 envelope_volume150730 ų
水化壳体积 shell_volume37972 ų
包络直径 envelope_diameter108.7
壳层 Rg shell_rg39.99
包络 Rg envelope_rg32.51
形状 Rg shape_rg32.77
总 Rg total_rg33.41
总原子数 total_atoms6188
残基数 n_residues841
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.8
Rg (实空间) rg_real34.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81
I(0) (实空间) i0_real1.0800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal108000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8377
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.2
偏度 Skewness skewness0.182
峰度 Kurtosis kurtosis-0.553
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8835000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6me7A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id6me7B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)