6uzm

HLA-B*15:02 complexed with a synthetic peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

Homo sapiens

UniProt F4NBQ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–300 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Synthetic peptide HIS-LEU-ALA-SER-SER-GLY-HIS-SER-LEU × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;0.2 ammonium acetate, 0.M tri-sodium citrate dihydrate pH5.6, 30% w/v PEG4000 分辨率 1.80 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F4NBQ8_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 MHC class I antigen × 1 (F4NBQ8) Synthetic peptide HIS-LEU-ALA-SER-SER-GLY-HIS-SER-LEU × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;0.2 ammonium acetate, 0.M tri-sodium citrate dihydrate pH5.6, 30% w/v PEG4000 分辨率 1.80 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6uzm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6uzm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6uzm
沉积日期 deposition_date2019-11-15
结构标题 titleHLA-B*15:02 complexed with a synthetic peptide
关键词 keywordsleukocyte antigen, HLA, HLA-B, MHC, major histocompatiblity complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.92
零角强度 I(0) i036456800.00
分子量 molecular_weight44702.0 kDa
排除体积 excluded_volume55085 ų
包络体积 envelope_volume67138 ų
水化壳体积 shell_volume24562 ų
包络直径 envelope_diameter77.2
壳层 Rg shell_rg29.64
包络 Rg envelope_rg23.00
形状 Rg shape_rg22.91
总 Rg total_rg23.73
总原子数 total_atoms3157
残基数 n_residues384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.0
Rg (实空间) rg_real24.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real3.6460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36460000.0000
解质量估计 total_estimate0.9137
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary71.7
偏度 Skewness skewness0.234
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7877000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)