6wzy

Structure of DbNA(10) peptides bound to H-2Db MHC-I

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

Mus musculus

UniProt P01899

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–302 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Epitope from Neuraminidase Protein (NA-181-190) × 1 (P03468) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.7;298 K;0.1M sodium citrate pH 5.7, 0.2M LiSO4 and 24-28% (w/v) PEG3350 分辨率 1.50 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 93 个其他 PDB 条目、202 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA11_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–279; UniProt 25–302

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 (P01899) Epitope from Neuraminidase Protein (NA-181-190) × 1 (P03468) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.7;298 K;0.1M sodium citrate pH 5.7, 0.2M LiSO4 and 24-28% (w/v) PEG3350 分辨率 1.50 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

Epitope from Neuraminidase Protein (NA-181-190)

物种未注明

UniProt P03468

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 181–190 片段:Residues 181-190 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 (P01899) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.7;298 K;0.1M sodium citrate pH 5.7, 0.2M LiSO4 and 24-28% (w/v) PEG3350 分辨率 1.50 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRAM_I34A1
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–10; UniProt 181–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wzy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wzy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wzy
沉积日期 deposition_date2020-05-14
结构标题 titleStructure of DbNA(10) peptides bound to H-2Db MHC-I
关键词 keywordsmouse, MHC, Class I MHC, histocompatibility, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.37
零角强度 I(0) i035721200.00
分子量 molecular_weight44941.0 kDa
排除体积 excluded_volume55652 ų
包络体积 envelope_volume68860 ų
水化壳体积 shell_volume24707 ų
包络直径 envelope_diameter79.5
壳层 Rg shell_rg30.14
包络 Rg envelope_rg23.46
形状 Rg shape_rg23.34
总 Rg total_rg24.24
总原子数 total_atoms3172
残基数 n_residues384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.4
Rg (实空间) rg_real24.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real3.5720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35720000.0000
解质量估计 total_estimate0.9037
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.6
偏度 Skewness skewness0.245
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9070000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)