7lgt

HLA-B*07:02 in complex with 229E-derived coronavirus nucleocapsid peptide N75-83

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01889

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–302 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Nucleoprotein peptide N75-83 × 1 (P15130) ZN ZINC ION × 7 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 K POTASSIUM ION × 8 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;18% PEG 3350, 0.2 M KI 分辨率 1.97 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 25–302 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Nucleoprotein peptide N75-83 × 1 (P15130) ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;18% PEG 3350, 0.2 M KI 分辨率 1.97 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HLAB_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–278; UniProt 25–302 作者链 C; PDB构建体 1–278; UniProt 25–302

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 (P01889) Nucleoprotein peptide N75-83 × 1 (P15130) ZN ZINC ION × 7 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 K POTASSIUM ION × 8 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;18% PEG 3350, 0.2 M KI 分辨率 1.97 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 21–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 (P01889) Nucleoprotein peptide N75-83 × 1 (P15130) ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;18% PEG 3350, 0.2 M KI 分辨率 1.97 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 D; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Nucleoprotein peptide N75-83

物种未注明

UniProt P15130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 75–83 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 (P01889) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) ZN ZINC ION × 7 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 K POTASSIUM ION × 8 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;18% PEG 3350, 0.2 M KI 分辨率 1.97 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 75–83 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 (P01889) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;18% PEG 3350, 0.2 M KI 分辨率 1.97 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCAP_CVH22
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–9; UniProt 75–83 作者链 F; PDB构建体 1–9; UniProt 75–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7lgt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7lgt
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7lgt
沉积日期 deposition_date2021-01-21
结构标题 titleHLA-B*07:02 in complex with 229E-derived coronavirus nucleocapsid peptide N75-83
关键词 keywordsHLA-B7, 229E coronavirus, SARS-CoV-2, T cell, recognition, cross-recognition, COVID-19, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.05
零角强度 I(0) i0141775000.00
分子量 molecular_weight91318.0 kDa
排除体积 excluded_volume112250 ų
包络体积 envelope_volume144890 ų
水化壳体积 shell_volume37971 ų
包络直径 envelope_diameter112.9
壳层 Rg shell_rg38.37
包络 Rg envelope_rg31.94
形状 Rg shape_rg32.04
总 Rg total_rg32.59
总原子数 total_atoms6378
残基数 n_residues767
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.5
Rg (实空间) rg_real32.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92
I(0) (实空间) i0_real1.4180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal141800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8959
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.1
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.455
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15020000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.906

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)