8bp6

Structure of MHC-class I related molecule MR1 with bound M3Ade.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–119 未记录 R8F (1R,5S)-8-(9H-purin-6-yl)-2-oxa-8-azabicyclo[3.3.1]nona-3,6-diene-4,6-dicarbaldehyde × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus-F9 分辨率 2.80 Å R-free 0.247
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 R8F (1R,5S)-8-(9H-purin-6-yl)-2-oxa-8-azabicyclo[3.3.1]nona-3,6-diene-4,6-dicarbaldehyde × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus-F9 分辨率 2.80 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein

Homo sapiens

UniProt Q95460

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–291 未记录 R8F (1R,5S)-8-(9H-purin-6-yl)-2-oxa-8-azabicyclo[3.3.1]nona-3,6-diene-4,6-dicarbaldehyde × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus-F9 分辨率 2.80 Å R-free 0.247
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 23–291 未记录 R8F (1R,5S)-8-(9H-purin-6-yl)-2-oxa-8-azabicyclo[3.3.1]nona-3,6-diene-4,6-dicarbaldehyde × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus-F9 分辨率 2.80 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 82 个其他 PDB 条目、143 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HMR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 116–384; UniProt 23–291 作者链 B; PDB构建体 116–384; UniProt 23–291

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bp6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bp6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bp6
沉积日期 deposition_date2022-11-16
结构标题 titleStructure of MHC-class I related molecule MR1 with bound M3Ade.
关键词 keywordsMajor histocompatibility complex class I-related gene protein, antigen, immnun system, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.83
零角强度 I(0) i0120453000.00
分子量 molecular_weight86921.0 kDa
排除体积 excluded_volume108290 ų
包络体积 envelope_volume141350 ų
水化壳体积 shell_volume37317 ų
包络直径 envelope_diameter120.0
壳层 Rg shell_rg37.66
包络 Rg envelope_rg33.28
形状 Rg shape_rg33.85
总 Rg total_rg34.07
总原子数 total_atoms6148
残基数 n_residues737
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.1
Rg (实空间) rg_real34.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.19
I(0) (实空间) i0_real1.2050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal120400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8391
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.9
偏度 Skewness skewness0.560
峰度 Kurtosis kurtosis-0.090
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17770000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.837; Smooth: 0.705

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)