8glh

Crystal Structure of Human CD1b in Complex with Endogenous PC C40:5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1b

Homo sapiens

UniProt P29016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–296 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 IOD IODIDE ION × 3 3IV (11E)-hexadec-11-enoic acid × 1 3IY [(2~{R})-1-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (8~{Z},11~{Z},14~{Z},24~{Z},27~{Z})-triaconta-8,11,14,24,27-pentaenoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;24% PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 2% ethylene glycol 分辨率 1.83 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–277; UniProt 20–296

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 T-cell surface glycoprotein CD1b × 1 (P29016) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 IOD IODIDE ION × 3 3IV (11E)-hexadec-11-enoic acid × 1 3IY [(2~{R})-1-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (8~{Z},11~{Z},14~{Z},24~{Z},27~{Z})-triaconta-8,11,14,24,27-pentaenoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;24% PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 2% ethylene glycol 分辨率 1.83 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–101; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8glh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8glh
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8glh
沉积日期 deposition_date2023-03-22
结构标题 titleCrystal Structure of Human CD1b in Complex with Endogenous PC C40:5
关键词 keywordsAntigen Presentation, Lipid, CD1b, phospholipid, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.79
零角强度 I(0) i034655400.00
分子量 molecular_weight45990.0 kDa
排除体积 excluded_volume57643 ų
包络体积 envelope_volume70861 ų
水化壳体积 shell_volume24989 ų
包络直径 envelope_diameter78.9
壳层 Rg shell_rg30.71
包络 Rg envelope_rg23.91
形状 Rg shape_rg23.72
总 Rg total_rg24.83
总原子数 total_atoms3220
残基数 n_residues380
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.7
Rg (实空间) rg_real24.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real3.4660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34660000.0000
解质量估计 total_estimate0.7259
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.2
偏度 Skewness skewness0.238
峰度 Kurtosis kurtosis-0.508
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4532000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.184; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.976

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)