9dl1

Crystal Structure of HLA-A*02:01/NY-ESO-1 (SLLMWITQV) and a target specific TRACeR-I

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 134.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen, A-2 alpha chain

Homo sapiens

UniProt A0A5B8RNS7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 25–299 链 F; UniProt 25–299 未记录 TRACeR-I × 2 Beta-2-microglobulin × 2 (P61769) Cancer/testis antigen 1 × 2 (P78358) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M Sodium Sulfate and 20% w/v PEG 3350 分辨率 2.30 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A5B8RNS7_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–276; UniProt 25–299 作者链 F; PDB构建体 2–276; UniProt 25–299

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–119 链 G; UniProt 21–119 片段:UNP residues 21-119 TRACeR-I × 2 MHC class I antigen, A-2 alpha chain × 2 (A0A5B8RNS7) Cancer/testis antigen 1 × 2 (P78358) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M Sodium Sulfate and 20% w/v PEG 3350 分辨率 2.30 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 G; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Cancer/testis antigen 1

物种未注明

UniProt P78358

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 157–164 链 H; UniProt 157–164 未记录 TRACeR-I × 2 MHC class I antigen, A-2 alpha chain × 2 (A0A5B8RNS7) Beta-2-microglobulin × 2 (P61769) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M Sodium Sulfate and 20% w/v PEG 3350 分辨率 2.30 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTG1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–8; UniProt 157–164 作者链 H; PDB构建体 1–8; UniProt 157–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dl1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dl1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9dl1
沉积日期 deposition_date2024-09-10
结构标题 titleCrystal Structure of HLA-A*02:01/NY-ESO-1 (SLLMWITQV) and a target specific TRACeR-I
关键词 keywordsMajor Histocompatibility Complex I(MHC), IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.01
零角强度 I(0) i0224259000.00
分子量 molecular_weight118680.0 kDa
排除体积 excluded_volume147080 ų
包络体积 envelope_volume200760 ų
水化壳体积 shell_volume44501 ų
包络直径 envelope_diameter143.1
壳层 Rg shell_rg42.01
包络 Rg envelope_rg40.75
形状 Rg shape_rg40.01
总 Rg total_rg40.12
总原子数 total_atoms8377
残基数 n_residues1007
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax134.9
Rg (实空间) rg_real40.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31
I(0) (实空间) i0_real2.2430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal224200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7775
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.7
偏度 Skewness skewness0.600
峰度 Kurtosis kurtosis-0.290
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40440000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.731; Smooth: 0.235

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)