1akj

COMPLEX OF THE HUMAN MHC CLASS I GLYCOPROTEIN HLA-A2 AND THE T CELL CORECEPTOR CD8

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–300 片段:EXTRACELLULAR DOMAIN BETA 2-MICROGLOBULIN × 1 (P61769) HIV REVERSE TRANSCRIPTASE EPITOPE × 1 T-CELL CORECEPTOR CD8 × 2 (P01732) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG 20000, 100 MM MES, PH 6.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、465 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 25–300

BETA 2-MICROGLOBULIN

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 片段:EXTRACELLULAR DOMAIN MHC CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN) × 1 (P01892) HIV REVERSE TRANSCRIPTASE EPITOPE × 1 T-CELL CORECEPTOR CD8 × 2 (P01732) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG 20000, 100 MM MES, PH 6.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

T-CELL CORECEPTOR CD8

Homo sapiens

UniProt P01732

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 22–141 链 E; UniProt 22–141 片段:EXTRACELLULAR IGSF DOMAIN, RESIDUES 1 - 120, ALPHA CHAIN MHC CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN) × 1 (P01892) BETA 2-MICROGLOBULIN × 1 (P61769) HIV REVERSE TRANSCRIPTASE EPITOPE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG 20000, 100 MM MES, PH 6.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD8A_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–120; UniProt 22–141 作者链 E; PDB构建体 1–120; UniProt 22–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1akj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1akj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1akj
沉积日期 deposition_date1997-05-21
结构标题 titleCOMPLEX OF THE HUMAN MHC CLASS I GLYCOPROTEIN HLA-A2 AND THE T CELL CORECEPTOR CD8
关键词 keywordsT-CELL, GLYCOPROTEIN, COMPLEX, IMMUNOLOGY, COMPLEX (MHC I-PEPTIDE-CD8), COMPLEX (MHC I-PEPTIDE-CD8) complex; COMPLEX (MHC I/PEPTIDE/CD8)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.66
零角强度 I(0) i083435100.00
分子量 molecular_weight70151.0 kDa
排除体积 excluded_volume87166 ų
包络体积 envelope_volume108770 ų
水化壳体积 shell_volume34352 ų
包络直径 envelope_diameter84.6
壳层 Rg shell_rg33.70
包络 Rg envelope_rg25.54
形状 Rg shape_rg25.65
总 Rg total_rg26.54
总原子数 total_atoms4957
残基数 n_residues611
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.0
Rg (实空间) rg_real26.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real8.3440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal83440000.0000
解质量估计 total_estimate0.9071
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.8
偏度 Skewness skewness0.101
峰度 Kurtosis kurtosis-0.531
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16420000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.976

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1akja1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1akja2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1akjb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1akjd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1akje_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1akjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id1akjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1akjB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1akjD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1akjE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)