SAXSdb — 8gx9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gx9
沉积日期 deposition_date	2022-09-19
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD with P2C-1F11 and P2B-1G5
关键词 keywords	spike, receptor binding domain, antibody, viral protein, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.42 Å
零角强度 I(0) i0	747842000.00
分子量 molecular_weight	223480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	278450 Å³
包络体积 envelope_volume	413020 Å³
水化壳体积 shell_volume	71540 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.5 Å
壳层 Rg shell_rg	49.05 Å
包络 Rg envelope_rg	51.95 Å
形状 Rg shape_rg	51.37 Å
总 Rg total_rg	51.49 Å
总原子数 total_atoms	15740
残基数 n_residues	2070
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.5 Å
Rg (实空间) rg_real	51.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	747400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8336
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.532
峰度 Kurtosis kurtosis	0.199
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	43000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.877; Smooth: 0.784

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	23771.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15761

RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV,SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	light chain of P2C-1F11
分子量 formula_weight	23274.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	heavy chain of P2C-1F11
分子量 formula_weight	22754.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGITVSSNYMNWVRQAPGKGLEWVSLIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYHCARDLVVYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	light chain of P2B-1G5
分子量 formula_weight	22778.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGNNIGSKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGVEAGDEADYYCQVWDSISDHRVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	heavy chain of P2B-1G5
分子量 formula_weight	22912.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P

QVQLVQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTTYVMNWVRQAPGQGLEWMGWINTNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVSTASLQISSLKAEDTAVYYCSCEITTLGGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.511 Å
晶胞边长 b length_b	154.856 Å
晶胞边长 c length_c	158.423 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.010 Å
最低分辨率 resolution_low	49.080 Å
R 因子 r_factor	0.2411
R_work r_work	0.2378
R_free r_free	0.2969

fit	/app/data/saxs_computation/gx/8gx9/8gx9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gx/8gx9/8gx9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gx/8gx9/8gx9.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD with P2C-1F11 and P2B-1G5

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)