8rlu

TCR in complex with HLA-E*01:03 bound to HBV envelope 371-379 S3N peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 166.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

Homo sapiens

UniProt P13747

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–297 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 22–297 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 HLAE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 22–297 作者链 F; PDB构建体 1–276; UniProt 22–297

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 片段:UNP residues 21-119 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 21–119 片段:UNP residues 21-119 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 G; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Large envelope protein

物种未注明

UniProt Q67953

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 427–435 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 427–435 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 Q67953_HBV
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 427–435 作者链 H; PDB构建体 1–9; UniProt 427–435

T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5

Homo sapiens

UniProt A0A075B6T6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 23–112 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 23–112 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TVAL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 3–92; UniProt 23–112 作者链 I; PDB构建体 3–92; UniProt 23–112

T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5

Homo sapiens

UniProt P0DTU3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 132–220 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 132–220 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 × 1 (A0A0K0K1A5,P0DTU4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRAR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 111–199; UniProt 132–220 作者链 I; PDB构建体 111–199; UniProt 132–220

T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5

Homo sapiens

UniProt A0A0K0K1A5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 20–112 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 20–112 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TVB65_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–94; UniProt 20–112 作者链 J; PDB构建体 2–94; UniProt 20–112

T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5

Homo sapiens

UniProt P0DTU4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 127–266 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 127–266 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Large envelope protein × 1 (Q67953) T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 × 1 (A0A075B6T6,P0DTU3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate 分辨率 2.35 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRBR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 104–243; UniProt 127–266 作者链 J; PDB构建体 104–243; UniProt 127–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8rlu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8rlu
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8rlu
沉积日期 deposition_date2024-01-03
结构标题 titleTCR in complex with HLA-E*01:03 bound to HBV envelope 371-379 S3N peptide
关键词 keywordsTCR-MHC, TCR, HLA-E, HBV, affinity matured, pHLA, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.32
零角强度 I(0) i0518268000.00
分子量 molecular_weight182540.0 kDa
排除体积 excluded_volume225630 ų
包络体积 envelope_volume324090 ų
水化壳体积 shell_volume57138 ų
包络直径 envelope_diameter172.2
壳层 Rg shell_rg50.55
包络 Rg envelope_rg48.06
形状 Rg shape_rg48.29
总 Rg total_rg48.49
总原子数 total_atoms25121
残基数 n_residues1605
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax166.7
Rg (实空间) rg_real48.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.78
I(0) (实空间) i0_real5.1830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal518100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8652
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.6
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.426
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32310000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.675

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)