9l4i

Crystal structure of HLA-C*14:02 complexed with KIR2DL2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

Homo sapiens

UniProt G9MDC7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–273 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) LL8 × 1 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 × 1 (P43627) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277.15 K;0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 分辨率 2.50 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G9MDC7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–273; UniProt 1–273

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 MHC class I antigen × 1 (G9MDC7) LL8 × 1 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 × 1 (P43627) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277.15 K;0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 分辨率 2.50 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2

Homo sapiens

UniProt P43627

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 26–221 未记录 MHC class I antigen × 1 (G9MDC7) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) LL8 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277.15 K;0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 分辨率 2.50 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KI2L2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–196; UniProt 26–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9l4i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9l4i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9l4i
沉积日期 deposition_date2024-12-20
结构标题 titleCrystal structure of HLA-C*14:02 complexed with KIR2DL2
关键词 keywordsHLA-C; KIR2DL2, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.25
零角强度 I(0) i070163300.00
分子量 molecular_weight63946.0 kDa
排除体积 excluded_volume79059 ų
包络体积 envelope_volume106460 ų
水化壳体积 shell_volume31017 ų
包络直径 envelope_diameter115.3
壳层 Rg shell_rg35.16
包络 Rg envelope_rg31.49
形状 Rg shape_rg31.23
总 Rg total_rg31.64
总原子数 total_atoms4516
残基数 n_residues558
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.8
Rg (实空间) rg_real31.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real7.0160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal70160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8384
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.592
峰度 Kurtosis kurtosis-0.043
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7768000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.777; Smooth: 0.813

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)