7koq

Alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to epibatidine in a desensitized state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 152.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 链 B; UniProt 23–128 链 C; UniProt 23–128 链 D; UniProt 23–128 链 E; UniProt 23–128 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 EPJ EPIBATIDINE × 5 CA CALCIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 353–458; UniProt 23–128 作者链 B; PDB构建体 353–458; UniProt 23–128 作者链 C; PDB构建体 353–458; UniProt 23–128 作者链 D; PDB构建体 353–458; UniProt 23–128 作者链 E; PDB构建体 353–458; UniProt 23–128

Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562 fusion

Homo sapiens

UniProt P36544

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–371 链 A; UniProt 407–502 链 B; UniProt 24–371 链 B; UniProt 407–502 链 C; UniProt 24–371 链 C; UniProt 407–502 链 D; UniProt 24–371 链 D; UniProt 407–502 链 E; UniProt 24–371 链 E; UniProt 407–502 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 EPJ EPIBATIDINE × 5 CA CALCIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–348; UniProt 24–371 作者链 A; PDB构建体 459–554; UniProt 407–502 作者链 B; PDB构建体 1–348; UniProt 24–371 作者链 B; PDB构建体 459–554; UniProt 407–502 作者链 C; PDB构建体 1–348; UniProt 24–371 作者链 C; PDB构建体 459–554; UniProt 407–502 作者链 D; PDB构建体 1–348; UniProt 24–371 作者链 D; PDB构建体 459–554; UniProt 407–502 作者链 E; PDB构建体 1–348; UniProt 24–371 作者链 E; PDB构建体 459–554; UniProt 407–502

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7koq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7koq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7koq
沉积日期 deposition_date2020-11-09
结构标题 titleAlpha-7 nicotinic acetylcholine receptor bound to epibatidine in a desensitized state
关键词 keywordsCys-loop receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.90
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.59
零角强度 I(0) i0693796000.00
分子量 molecular_weight229010.0 kDa
排除体积 excluded_volume291230 ų
包络体积 envelope_volume405170 ų
水化壳体积 shell_volume76738 ų
包络直径 envelope_diameter162.5
壳层 Rg shell_rg48.16
包络 Rg envelope_rg44.76
形状 Rg shape_rg44.62
总 Rg total_rg44.66
总原子数 total_atoms32080
残基数 n_residues1955
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax152.6
Rg (实空间) rg_real45.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.84
I(0) (实空间) i0_real6.9380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal693600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8223
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.0
偏度 Skewness skewness0.596
峰度 Kurtosis kurtosis-0.029
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha138800000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.687; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.651

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id7koqA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id7koqB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id7koqC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id7koqD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id7koqE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)