7rym

CD1a-endo-gdTCR complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1a

Homo sapiens

UniProt P06126

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–295 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 (A0A0C4DH28,P01850) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 (A0A1B0GX56,P01848) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate 分辨率 3.20 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–280; UniProt 18–295

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 (P06126) T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 (A0A0C4DH28,P01850) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 (A0A1B0GX56,P01848) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate 分辨率 3.20 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–102; UniProt 21–119

T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1

Homo sapiens

UniProt A0A0C4DH28

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 19–118 未记录 T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 (P06126) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 (A0A1B0GX56,P01848) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate 分辨率 3.20 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRGV4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–102; UniProt 19–118

T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1

Homo sapiens

UniProt P01850

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–129 未记录 T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 (P06126) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 (A0A1B0GX56,P01848) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate 分辨率 3.20 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRBC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 120–248; UniProt 1–129

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt A0A1B0GX56

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 21–115 未记录 T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 (P06126) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 (A0A0C4DH28,P01850) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate 分辨率 3.20 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRDV1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–96; UniProt 21–115

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt P01848

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–93 未记录 T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 (P06126) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 (A0A0C4DH28,P01850) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate 分辨率 3.20 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRAC_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 117–209; UniProt 1–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7rym

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7rym
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7rym
沉积日期 deposition_date2021-08-25
结构标题 titleCD1a-endo-gdTCR complex
关键词 keywordsCD1, TCR, lipid antigen, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.33
零角强度 I(0) i097666900.00
分子量 molecular_weight78279.0 kDa
排除体积 excluded_volume97488 ų
包络体积 envelope_volume136810 ų
水化壳体积 shell_volume34788 ų
包络直径 envelope_diameter131.5
壳层 Rg shell_rg38.37
包络 Rg envelope_rg35.72
形状 Rg shape_rg35.31
总 Rg total_rg35.64
总原子数 total_atoms5542
残基数 n_residues732
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.6
Rg (实空间) rg_real35.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.26
I(0) (实空间) i0_real9.7670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal97650000.0000
解质量估计 total_estimate0.8268
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.2
偏度 Skewness skewness0.579
峰度 Kurtosis kurtosis-0.206
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11220000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.760; Smooth: 0.662

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7rymD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)