Spike glycoprotein
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 14 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–1208 链 B； UniProt 1–1208 链 C； UniProt 1–1208 | 突变：RRAR(682-685)GSAS, K986P, V987P | 510A5 light chain × 3 510A5 heavy chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.70 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7WS5 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10MU SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab_Donor2 提交 2026-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
698–1161（464 aa）
链 D
698–1161（464 aa）
链 E
698–1161（464 aa）
|
突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 11HK SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to the VN01H1 Fab (Fab local refinement) 提交 2026-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
914–1131（218 aa）
链 A
703–833（131 aa）
链 D
914–1131（218 aa）
链 D
703–833（131 aa）
链 G
914–1131（218 aa）
链 G
703–833（131 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 11HL SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to the VN01H1 Fab (S2 local refinement) 提交 2026-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
914–1131（218 aa）
链 A
703–833（131 aa）
链 B
914–1131（218 aa）
链 B
703–833（131 aa）
链 C
914–1131（218 aa）
链 C
703–833（131 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 11HN SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to C77G12 (S2 local refinement) 提交 2026-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
914–1131（218 aa）
链 A
703–833（131 aa）
链 B
914–1131（218 aa）
链 B
703–833（131 aa）
链 C
914–1131（218 aa）
链 C
703–833（131 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 11HW SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to C77G12 (Fab local refinement) 提交 2026-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
914–1131（218 aa）
链 A
703–833（131 aa）
链 B
914–1131（218 aa）
链 B
703–833（131 aa）
链 G
914–1131（218 aa）
链 G
703–833（131 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6LVN Structure of the 2019-nCoV HR2 Domain 提交 2020-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1168–1203（36 aa）
片段：HR2 domain
链 B
1168–1203（36 aa）
片段：HR2 domain
链 C
1168–1203（36 aa）
片段：HR2 domain
链 D
1168–1203（36 aa）
片段：HR2 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris HCl, pH 8.5, 25% PEG3350
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.258 |
| 6LXT Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit 提交 2020-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
910–988（79 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 A
1162–1206（45 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 B
910–988（79 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 B
1162–1206（45 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 C
910–988（79 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 C
1162–1206（45 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；10% PEG 8000, 200 mM zinc acetate, 0.1 M MES, pH 6.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.290 |
| 6LXT Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit 提交 2020-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
910–988（79 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 D
1162–1206（45 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 E
910–988（79 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 E
1162–1206（45 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 F
910–988（79 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
链 F
1162–1206（45 aa）
片段：HR1 domain,HR2 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；10% PEG 8000, 200 mM zinc acetate, 0.1 M MES, pH 6.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.290 |
| 6LZG Structure of novel coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor ACE2 提交 2020-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–527（209 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5,10%w/v PEG 5000 MME,12% v/v 1-propanol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.216 |
| 6M0J Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound with ACE2 提交 2020-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–541（223 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M MES, PEG5000mme
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.227 |
| 6M17 The 2019-nCoV RBD/ACE2-B0AT1 complex 提交 2020-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
319–541（223 aa）
链 F
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 LEU LEUCINE × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6M1V Crystal structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit 提交 2020-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
918–966（49 aa）
链 A
1162–1203（42 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M bis-tris, pH 6.5, and 25% (wt/vol) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.212 |
| 6VSB Prefusion 2019-nCoV spike glycoprotein with a single receptor-binding domain up 提交 2020-02-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
455–518（64 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.229 |
| 6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
455–518（64 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.229 |
| 6VXX Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein (closed state) 提交 2020-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain
链 B
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain
链 C
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6VYB SARS-CoV-2 spike ectodomain structure (open state) 提交 2020-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain
链 B
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain
链 C
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6W41 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with human antibody CR3022 提交 2020-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；80 mM sodium acetate pH 4.6, 1.5 M ammonium sulfate, and 20% glycerol
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.243 |
| 6WPS Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the S309 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2020-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
片段：;signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag,signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag
;
链 B
14–1211（1198 aa）
片段：;signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag,signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag
;
链 E
14–1211（1198 aa）
片段：;signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag,signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag
;
|
突变：R701S,R702G,R704G,K1005P,V1005P 突变：R701S,R702G,R704G,K1005P,V1005P 突变：R701S,R702G,R704G,K1005P,V1005P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6WPT Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the S309 neutralizing antibody Fab fragment (open state) 提交 2020-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
片段：;signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag,signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag
;
链 B
14–1211（1198 aa）
片段：;signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag,signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag
;
链 C
14–1211（1198 aa）
片段：;signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag,signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag
;
|
突变：R701S,R702G,R704G,K1005P,V1005P 突变：R701S,R702G,R704G,K1005P,V1005P 突变：R701S,R702G,R704G,K1005P,V1005P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6X29 SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer 提交 2020-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 B
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 C
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
|
突变：D985C+S383C 突变：D985C+S383C 突变：D985C+S383C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6X2A SARS-CoV-2 u1S2q 1-RBD Up Spike Protein Trimer 提交 2020-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 B
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 C
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
|
突变：F855Y+N856I+A570L+T572I 突变：F855Y+N856I+A570L+T572I 突变：F855Y+N856I+A570L+T572I | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6X2B SARS-CoV-2 u1S2q 2-RBD Up Spike Protein Trimer 提交 2020-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 B
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 C
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
|
突变：F855Y+N856I+A570L+T572I 突变：F855Y+N856I+A570L+T572I 突变：F855Y+N856I+A570L+T572I | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6X2C SARS-CoV-2 u1S2q All Down RBD State Spike Protein Trimer 提交 2020-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 B
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 C
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
|
突变：F855Y+N856I+A570L+T572I 突变：F855Y+N856I+A570L+T572I 突变：F855Y+N856I+A570L+T572I | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6X45 SARS-CoV2 spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain + SARS-CoV2(QEYKKEKE) 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
912–966（55 aa）
链 B
912–966（55 aa）
链 C
912–966（55 aa）
链 D
1168–1203（36 aa）
链 E
1168–1203（36 aa）
链 F
1168–1203（36 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G1171Q, Q1180E, K1181Y, D1184K, R1185K, N1187E, N1192K, N1194E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G1171Q, Q1180E, K1181Y, D1184K, R1185K, N1187E, N1192K, N1194E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G1171Q, Q1180E, K1181Y, D1184K, R1185K, N1187E, N1192K, N1194E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Peptide solution: Lyophilized TFA salt dissolved in 1% w/v beta-D-octylglucoside; HRN (4 mg/mL), HRC-QEYKKEKE (3 mg/mL)
Well solution: 0.1 M Tris pH 7.8, 26% w/v PEG3350, 0.3 M MgCl2
Drop: 1 uL peptide solution, 1 uL well solution
Reservoir: 150 uL in VDXm plate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.278 |
| 6X6P Characterization of the SARS-CoV-2 S Protein: Biophysical, Biochemical, Structural, and Antigenic Analysis 提交 2020-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–1208（1194 aa）
链 B
15–1208（1194 aa）
链 C
15–1208（1194 aa）
|
突变：R682G R683S R685S K986P V987P 突变：R682G R683S R685S K986P V987P 突变：R682G R683S R685S K986P V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 6X79 Prefusion SARS-CoV-2 S ectodomain trimer covalently stabilized in the closed conformation 提交 2020-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain(UNP residues 14-1211)
链 B
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain(UNP residues 14-1211)
链 C
14–1211（1198 aa）
片段：ectodomain(UNP residues 14-1211)
|
突变：S383C,D985C 突变：S383C,D985C 突变：S383C,D985C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6XC2 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC12.1 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1M sodium citrate pH 5.5
15% polyethylene glycol 6000
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.267 |
| 6XC2 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC12.1 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 Z
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1M sodium citrate pH 5.5
15% polyethylene glycol 6000
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.267 |
| 6XC3 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies CC12.1 and CR3022 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；20% PEG 3000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.225 |
| 6XC4 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC12.3 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M sodium phosphate pH 6.5
12% polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.219 |
| 6XC4 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC12.3 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 Z
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M sodium phosphate pH 6.5
12% polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.219 |
| 6XC7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies CC12.3 and CR3022 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1M Tris pH 8
15% ethylene glycol
1M lithium chloride
10% PEG 6000
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.259 |
| 6XCM Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the C105 neutralizing antibody Fab fragment (state 1) 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters added, blotted for 3 s with 0 blot force
|
分辨率 3.42 Å |
| 6XCN Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the C105 neutralizing antibody Fab fragment (state 2) 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
链 E
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters added, blotted for 3 s with 0 blot force
|
分辨率 3.66 Å |
| 6XDG Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragments of two neutralizing antibodies 提交 2020-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 319-541)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6XE1 Structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain in complex with a potent neutralizing antibody, CV30 Fab 提交 2020-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–591（273 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2M ammonium citrate, tribasic, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.239 |
| 6XEY Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-4 提交 2020-06-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 6XF5 Cryo-EM structure of a biotinylated SARS-CoV-2 spike probe in the prefusion state (RBDs down) 提交 2020-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 6XF6 Cryo-EM structure of a biotinylated SARS-CoV-2 spike probe in the prefusion state (1 RBD up) 提交 2020-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6XKL SARS-CoV-2 HexaPro S One RBD up 提交 2020-06-26 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 6XKP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CV07-270 提交 2020-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5
0.2 M sodium chloride
2 M ammonium sulfate
15% (v/v) ethylene glycol
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.269 |
| 6XKP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CV07-270 提交 2020-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5
0.2 M sodium chloride
2 M ammonium sulfate
15% (v/v) ethylene glycol
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.269 |
| 6XKQ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CV07-250 提交 2020-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.085 M HEPES pH 7.5
10% (v/v) ethylene glycol
15% (v/v) glycerol
8.5% (v/v) 2-propanol
17% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.255 |
| 6XLU Structure of SARS-CoV-2 spike at pH 4.0 提交 2020-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 6XM0 Consensus structure of SARS-CoV-2 spike at pH 5.5 提交 2020-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6XM3 Structure of SARS-CoV-2 spike at pH 5.5, single RBD up, conformation 1 提交 2020-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6XM4 Structure of SARS-CoV-2 spike at pH 5.5, single RBD up, conformation 2 提交 2020-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6XM5 Structure of SARS-CoV-2 spike at pH 5.5, all RBDs down 提交 2020-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6XR8 Distinct conformational states of SARS-CoV-2 spike protein 提交 2020-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6XRA Distinct conformational states of SARS-CoV-2 spike protein 提交 2020-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6XS6 SARS-CoV-2 Spike D614G variant, minus RBD 提交 2020-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6YLA Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with CR3022 Fab 提交 2020-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–532（203 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 8 MLI MALONATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium malonate, 0.1 M Tris pH 8.0 and 30% w/v Polyethylene glycol 1,000
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.237 |
| 6YLA Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with CR3022 Fab 提交 2020-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 MLI MALONATE ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium malonate, 0.1 M Tris pH 8.0 and 30% w/v Polyethylene glycol 1,000
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.237 |
| 6YM0 Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with CR3022 Fab (crystal form 1) 提交 2020-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–532（203 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Sodium malonate, 0.1 M Tris pH 8.0 and 30% w/v Polyethylene glycol 1,000.
|
分辨率 4.36 Å R-free 0.319 |
| 6YOR Structure of the SARS-CoV-2 spike S1 protein in complex with CR3022 Fab 提交 2020-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–532（203 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02 % NaN3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 6YOR Structure of the SARS-CoV-2 spike S1 protein in complex with CR3022 Fab 提交 2020-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02 % NaN3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 6YZ5 H11-D4 complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2020-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ACT ACETATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；the crystallization buffer containing 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 8000. The crystals grew overnight and were flash cooled in a solution containing the mother liquor with 30 % (v/v) ethylene glycol.
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.193 |
| 6YZ7 H11-D4, SARS-CoV-2 RBD, CR3022 ternary complex 提交 2020-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 AAA
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；The best crystals were grown in condition containing 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 6000.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.269 |
| 6YZ7 H11-D4, SARS-CoV-2 RBD, CR3022 ternary complex 提交 2020-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；The best crystals were grown in condition containing 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 6000.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.269 |
| 6Z2M H11-D4, SARS-CoV-2 RBD, CR3022 ternary complex 提交 2020-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Purified RBD, Fab CR3022 and nanobody H11-D4 were mixed together at a molar ratio of 1:1:1 to a final concentration of approximately 7 mg/ml and incubated at room temperature for one hour. Initial screening was performed in 96-well plates using the nanolitre sitting-drop vapour diffusion method. The best crystals were grown in condition containing 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 6000.
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.241 |
| 6Z2M H11-D4, SARS-CoV-2 RBD, CR3022 ternary complex 提交 2020-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Purified RBD, Fab CR3022 and nanobody H11-D4 were mixed together at a molar ratio of 1:1:1 to a final concentration of approximately 7 mg/ml and incubated at room temperature for one hour. Initial screening was performed in 96-well plates using the nanolitre sitting-drop vapour diffusion method. The best crystals were grown in condition containing 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 6000.
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.241 |
| 6Z43 Cryo-EM Structure of SARS-CoV-2 Spike : H11-D4 Nanobody Complex 提交 2020-05-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds with a blotting force of -1
|
分辨率 3.30 Å |
| 6Z97 Structure of the prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2020-06-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6ZB4 SARS CoV-2 Spike protein, Closed conformation, C1 symmetry 提交 2020-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 6ZB5 SARS CoV-2 Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry 提交 2020-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 6ZBP H11-H4 complex with SARS-CoV-2 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown at using the sitting drop vapor diffusion method by mixing 0.2 uL of the 18 mg/mL H11-H4 RBD complex with 0.1 uL of the crystallization buffer containing 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 8000. The crystals grew overnight and were flash cooled in a solution containing the mother liquor with 30 % (v/v) ethylene glycol.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.217 |
| 6ZCZ Crystal structure of receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in ternary complex with EY6A Fab and a nanobody. 提交 2020-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.260 |
| 6ZDG Association of three complexes of largely structurally disordered Spike ectodomain with bound EY6A Fab 提交 2020-06-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
333–526（194 aa）
链 D
333–526（194 aa）
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 6ZDH SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with a neutralizing antibody EY6A Fab 提交 2020-06-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ZER Crystal structure of receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with EY6A Fab 提交 2020-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.02 M NaH2PO4, 0.98 M K2HPO4
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.251 |
| 6ZER Crystal structure of receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with EY6A Fab 提交 2020-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.02 M NaH2PO4, 0.98 M K2HPO4
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.251 |
| 6ZER Crystal structure of receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with EY6A Fab 提交 2020-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.02 M NaH2PO4, 0.98 M K2HPO4
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.251 |
| 6ZFO Association of two complexes of largely structurally disordered Spike ectodomain with bound EY6A Fab 提交 2020-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6ZFO Association of two complexes of largely structurally disordered Spike ectodomain with bound EY6A Fab 提交 2020-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6ZGE Uncleavable Spike Protein of SARS-CoV-2 in Closed Conformation 提交 2020-06-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 6ZGG Furin Cleaved Spike Protein of SARS-CoV-2 with One RBD Erect 提交 2020-06-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6ZGH Furin Cleaved Spike Protein of SARS-CoV-2 in Intermediate Conformation 提交 2020-06-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6ZGI Furin Cleaved Spike Protein of SARS-CoV-2 in Closed Conformation 提交 2020-06-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6ZH9 Ternary complex CR3022 H11-H4 and RBD (SARS-CoV-2) 提交 2020-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 EEE
332–528（197 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；mixing 0.2 uL of the 18 mg/mL complex with 0.1 uL of the crystallization buffer containing 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 8000.
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.305 |
| 6ZHD H11-H4 bound to Spike 提交 2020-06-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；50 mM Tris, pH 7, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 90 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 81 % relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ZLR Soaking competent crystal form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain (RBD):CR3022 complex. 提交 2020-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 EEE
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；0.1 M SODIUM MALONATE, 0.1 M TRIS PH 7.7, 22% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.247 |
| 6ZLR Soaking competent crystal form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain (RBD):CR3022 complex. 提交 2020-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 AAA
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；0.1 M SODIUM MALONATE, 0.1 M TRIS PH 7.7, 22% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.247 |
| 6ZLR Soaking competent crystal form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain (RBD):CR3022 complex. 提交 2020-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 DDD
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；0.1 M SODIUM MALONATE, 0.1 M TRIS PH 7.7, 22% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.247 |
| 6ZOW SARS-CoV-2 spike in prefusion state 提交 2020-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 a
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, E987P 突变：K986P, E987P 突变：K986P, E987P 突变：K986P, E987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ZOX Structure of Disulphide-stabilized SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (x2 disulphide-bond mutant, G413C, V987C, single Arg S1/S2 cleavage site) 提交 2020-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：G413C, V987C, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：G413C, V987C, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：G413C, V987C, Single Arg S1/S2 cleavage site | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ZOY Structure of Disulphide-stabilized SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (x1 disulphide-bond mutant, S383C, D985C, K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Closed State 提交 2020-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：S383C, D985C, K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：S383C, D985C, K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：S383C, D985C, K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6ZOZ Structure of Disulphide-stabilized SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (x1 disulphide-bond mutant, S383C, D985C, K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Locked State 提交 2020-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：S383C, D985C, K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：S383C, D985C, K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：S383C, D985C, K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6ZP0 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (single Arg S1/S2 cleavage site) in Closed State 提交 2020-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：Single Arg S1/S2 Cleavage site 突变：Single Arg S1/S2 Cleavage site 突变：Single Arg S1/S2 Cleavage site | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ZP1 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Closed State 提交 2020-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6ZP2 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Locked State 提交 2020-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1141（1128 aa）
链 B
14–1141（1128 aa）
链 C
14–1141（1128 aa）
|
突变：K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site 突变：K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site | BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6ZP5 SARS-CoV-2 spike in prefusion state (flexibility analysis, 1-up closed conformation) 提交 2020-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6ZP7 SARS-CoV-2 spike in prefusion state (flexibility analysis, 1-up open conformation) 提交 2020-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6ZWV Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: 3 Closed RBDs 提交 2020-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6ZXN Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein bound to neutralizing nanobodies (Ty1) 提交 2020-07-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 7A25 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein bound to neutralizing sybodies (Sb23) 提交 2020-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1146（1146 aa）
链 B
1–1146（1146 aa）
链 C
1–1146（1146 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 7A29 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein bound to neutralizing sybodies (Sb23) 2-up conformation 提交 2020-08-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 7A4N Cryo-EM structure of a prefusion stabilized SARS-CoV-2 Spike (D614N, R682S, R685G, A892P, A942P and V987P)(S-closed trimer) 提交 2020-08-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614N,R682S,R685G,A892P,A942P,V987P 突变：D614N,R682S,R685G,A892P,A942P,V987P 突变：D614N,R682S,R685G,A892P,A942P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 7A5R Complex of SARS-CoV-2 spike and CR3022 Fab (Non-Uniform Refinement) 提交 2020-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7A5S Complex of SARS-CoV-2 spike and CR3022 Fab (Homogeneous Refinement) 提交 2020-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7A91 Dissociated S1 domain of SARS-CoV-2 Spike bound to ACE2 (Non-Uniform Refinement) 提交 2020-09-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–685（685 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7A92 Dissociated S1 domain of SARS-CoV-2 Spike bound to ACE2 (Unmasked Refinement) 提交 2020-09-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–676（676 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7A93 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with 2 RBDs Erect 提交 2020-09-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 7A94 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with 1 ACE2 Bound 提交 2020-09-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7A95 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with 1 ACE2 Bound and 1 RBD Erect in Clockwise Direction 提交 2020-09-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7A96 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with 1 ACE2 Bound and 1 RBD Erect in Anticlockwise Direction 提交 2020-09-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7A97 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with 2 ACE2 Bound 提交 2020-09-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7A98 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with 3 ACE2 Bound 提交 2020-09-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å |
| 7AD1 Cryo-EM structure of a prefusion stabilized SARS-CoV-2 Spike (D614N, R682S, R685G, A892P, A942P and V987P)(One up trimer) 提交 2020-09-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 7AKD Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 47D11 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2020-09-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 FUC alpha-L-fucopyranose × 3 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7B14 Nanobody E bound to Spike-RBD in a localized reconstruction 提交 2020-11-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–528（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å |
| 7B17 SARS-CoV-spike RBD bound to two neutralising nanobodies. 提交 2020-11-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
334–528（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.01 Å |
| 7B18 SARS-CoV-spike bound to two neutralising nanobodies 提交 2020-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 7B3O Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with STE90-C11 Fab 提交 2020-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
331–524（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；13.3% (w/v) polyethylene glycol 6,000,
0.1M MES pH 5.6
0.24M tri sodium citrate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.225 |
| 7B62 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein N-terminal domain in complex with biliverdin 提交 2020-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–311（311 aa）
|
未记录 | BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；24% PEG 3350 (w/v) and 0.25 M NaSCN
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.200 |
| 7BEH Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-316 Fab 提交 2020-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M bis-Tris pH 5.5 and 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.230 |
| 7BEI Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-150 Fab 提交 2020-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.09 M of NPS (nitrate, phosphate and sulphate), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000 and 20% (v/v) ethylene glycol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.232 |
| 7BEJ Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-158 Fab (crystal form 1) 提交 2020-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；containing 3.5 M NaCOOH pH 7.0
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.231 |
| 7BEK Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-158 Fab (crystal form 2) 提交 2020-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；294 K；0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris pH 7.6 and 14.6% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.220 |
| 7BEL Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-88 and COVOX-45 Fabs 提交 2020-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
333–528（196 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris pH 8.0 and 15% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.286 |
| 7BEL Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-88 and COVOX-45 Fabs 提交 2020-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 X
333–528（196 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris pH 8.0 and 15% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.286 |
| 7BEM Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-269 scFv 提交 2020-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 PRO PROLINE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 10% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.247 |
| 7BEN Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-253 and COVOX-75 Fabs 提交 2020-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 4 BR BROMIDE ION × 6 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 16% (w/v) PEG 10000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.282 |
| 7BEN Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-253 and COVOX-75 Fabs 提交 2020-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
333–528（196 aa）
|
未记录 | IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 1 BR BROMIDE ION × 8 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 IOD IODIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 16% (w/v) PEG 10000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.282 |
| 7BEO Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-253H55L and COVOX-75 Fabs 提交 2020-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
333–528（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M bis-Tris pH 5.5 and 17% (w/v) PEG 10000
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.274 |
| 7BEO Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-253H55L and COVOX-75 Fabs 提交 2020-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 X
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M bis-Tris pH 5.5 and 17% (w/v) PEG 10000
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.274 |
| 7BEP Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-384 and S309 Fabs 提交 2020-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | IMD IMIDAZOLE × 3 CL CHLORIDE ION × 5 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；containing 0.1 M amino acids (Glu, Ala, Gly, Lys, Ser), 0.1 M MES/imidazole/ pH 6.5, 10% (w/v) PEG 20000 and 20% (w/v) PEG MME 550.
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.241 |
| 7BEP Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in a ternary complex with COVOX-384 and S309 Fabs 提交 2020-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
333–528（196 aa）
|
未记录 | IMD IMIDAZOLE × 2 CL CHLORIDE ION × 5 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 3 GOL GLYCEROL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；containing 0.1 M amino acids (Glu, Ala, Gly, Lys, Ser), 0.1 M MES/imidazole/ pH 6.5, 10% (w/v) PEG 20000 and 20% (w/v) PEG MME 550.
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.241 |
| 7BH9 SARS-CoV-2 RBD-62 in complex with ACE2 peptidase domain 提交 2021-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7BNM Closed conformation of D614G SARS-CoV-2 spike protein 提交 2021-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1146（1146 aa）
链 B
1–1146（1146 aa）
链 C
1–1146（1146 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7BNN Open conformation of D614G SARS-CoV-2 spike with 1 Erect RBD 提交 2021-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7BNO Open conformation of D614G SARS-CoV-2 spike with 2 Erect RBDs 提交 2021-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1146（1146 aa）
链 B
1–1146（1146 aa）
链 C
1–1146（1146 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7BWJ crystal structure of SARS-CoV-2 antibody with RBD 提交 2020-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–529（211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M magnesium formate dihydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.0, 18% PEG 5000 mme
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.264 |
| 7BYR BD23-Fab in complex with the S ectodomain trimer 提交 2020-04-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683G, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683G, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683G, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |
| 7BZ5 Structure of COVID-19 virus spike receptor-binding domain complexed with a neutralizing antibody 提交 2020-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6, 15% w/v PEG 400
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.191 |
| 7C01 Molecular basis for a potent human neutralizing antibody targeting SARS-CoV-2 RBD 提交 2020-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24 % w/v PEG 1500, 20 % v/v Glycerol
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.265 |
| 7C01 Molecular basis for a potent human neutralizing antibody targeting SARS-CoV-2 RBD 提交 2020-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24 % w/v PEG 1500, 20 % v/v Glycerol
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.265 |
| 7C2L S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with 4A8 提交 2020-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7C53 Crystal Structure of SARS-CoV-2 HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2020-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
910–975（66 aa）
片段：HR1 motif
链 B
910–975（66 aa）
片段：HR1 motif
链 C
910–975（66 aa）
片段：HR1 motif
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；30% MPD, 0.1 M Na Acetate pH 5.0, 0.02 M Calcium Chloride
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.242 |
| 7C53 Crystal Structure of SARS-CoV-2 HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2020-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
910–975（66 aa）
片段：HR1 motif
链 E
910–975（66 aa）
片段：HR1 motif
链 F
910–975（66 aa）
片段：HR1 motif
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；30% MPD, 0.1 M Na Acetate pH 5.0, 0.02 M Calcium Chloride
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.242 |
| 7C8D Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD 提交 2020-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
|
分辨率 3.00 Å |
| 7C8J Structural basis for cross-species recognition of COVID-19 virus spike receptor binding domain to bat ACE2 提交 2020-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：UNP residues 333-527
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Succinic acid pH 7.0, 0.1 M BICINE pH 8.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.271 |
| 7C8V Structure of sybody SR4 in complex with the SARS-CoV-2 S Receptor Binding domain (RBD) 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3000, 100mM HEPES pH 7.5, 200mM sodium chloride
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.224 |
| 7C8W Structure of sybody MR17 in complex with the SARS-CoV-2 S receptor-binding domain (RBD) 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M magnesium formate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.267 |
| 7CAB Structural basis for neutralization of SARS-CoV-2 and SARS-CoV by a potent therapeutic antibody 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
|
突变：R682G, R683S, R685S, K835M, T844M, A846Y, D848A, L849M, I850Q, C851M, Q853Y, K854R K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, T844M, A846Y, D848A, L849M, I850Q, C851M, Q853Y, K854R K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, T844M, A846Y, D848A, L849M, I850Q, C851M, Q853Y, K854R K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7CAC SARS-CoV-2 S trimer with one RBD in the open state and complexed with one H014 Fab. 提交 2020-06-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K835M, T844M, A846Y, C851M, Q853Y, K854R K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, T844M, A846Y, C851M, Q853Y, K854R K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, T844M, A846Y, C851M, Q853Y, K854R K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 7CAH The interface of H014 Fab binds to SARS-CoV-2 S 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7CAI SARS-CoV-2 S trimer with two RBDs in the open state and complexed with two H014 Fab 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
|
突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 7CAK SARS-CoV-2 S trimer with three RBD in the open state and complexed with three H014 Fab 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
|
突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 7CAN Structure of sybody MR17-K99Y in complex with the SARS-CoV-2 S Receptor-binding domain (RBD) 提交 2020-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–531（202 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M MgCl2, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.267 |
| 7CDI Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1F11 with RBD 提交 2020-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.8, 20% PEG 6000
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.254 |
| 7CDJ Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1A3 with RBD 提交 2020-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M lithium sulfate monohydrate, 0.1M citric acid, pH 3.5, 18% PEG 6000
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.271 |
| 7CH4 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-604 Fab 提交 2020-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Potassium phosphate dibasic(pH 9.2),20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.273 |
| 7CH5 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-629 Fab 提交 2020-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0 and 18% w/v Polyethylene glycol 20000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.260 |
| 7CHB Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with BD-236 Fab 提交 2020-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium Citrate, pH 5.0, 8% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.226 |
| 7CHC Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-629 Fab and BD-368-2 Fab 提交 2020-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Imidazole pH 7.0 and 20% w/v Polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.286 |
| 7CHE Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with BD-236 Fab and BD-368-2 Fab 提交 2020-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate pH 4.0 and 10% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.239 |
| 7CHF Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with BD-604 Fab and BD-368-2 Fab 提交 2020-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium sulfate and 12% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.270 |
| 7CHH Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with BD-368-2 Fabs 提交 2020-07-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 7CHO Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P5A-1D2 with RBD 提交 2020-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, 3.4M 1,6-Hexanediol
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.247 |
| 7CHO Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P5A-1D2 with RBD 提交 2020-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, 3.4M 1,6-Hexanediol
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.247 |
| 7CHP Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P5A-3C8 with RBD 提交 2020-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.220 |
| 7CHS Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P22A-1D1 with RBD 提交 2020-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M potassium chloride, 0.1M NaHEPES, pH 7.0, 15% PEG 5000MME
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.224 |
| 7CJF Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody Fab 提交 2020-07-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
334–527（194 aa）
片段：receptor binding domain, RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；20%(w/v)PEG 3350
0.2M potassium citrate tribasic
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.229 |
| 7CM4 Crystal Structure of COVID-19 virus spike receptor-binding domain complexed with a neutralizing antibody CT-P59 提交 2020-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–536（218 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；100 mM Tris-Cl pH 8.0
16% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
10 mM Nickel(II) Chloride hexahydrate
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.242 |
| 7CN9 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike ectodomain 提交 2020-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1140（1127 aa）
链 B
14–1140（1127 aa）
链 C
14–1140（1127 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685G, K986P, V986P 突变：R682G, R683S, R685G, K986P, V986P 突变：R682G, R683S, R685G, K986P, V986P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 7COT Structure of post fusion core of SARS-CoV-2 S2 subunit 提交 2020-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
910–988（79 aa）
链 A
1162–1206（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；25% PEG 3350, 0.07M Bis-Tris propane pH 8.5, 0.03M citric acid
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.247 |
| 7COT Structure of post fusion core of SARS-CoV-2 S2 subunit 提交 2020-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
910–988（79 aa）
链 B
1162–1206（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；25% PEG 3350, 0.07M Bis-Tris propane pH 8.5, 0.03M citric acid
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.247 |
| 7COT Structure of post fusion core of SARS-CoV-2 S2 subunit 提交 2020-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
910–988（79 aa）
链 C
1162–1206（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；25% PEG 3350, 0.07M Bis-Tris propane pH 8.5, 0.03M citric acid
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.247 |
| 7CT5 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with T-ACE2 提交 2020-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：P986K, P987V 突变：P986K, P987V 突变：P986K, P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7CWL SARS-CoV-2 spike protein and P17 fab complex with one RBD in close state 提交 2020-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7CWM Complex of SARS-CoV-2 spike protein and Fab P17 with one RBD in open state and two RBD in closed state 提交 2020-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7CWN P17-H014 Fab cocktail in complex with SARS-CoV-2 spike protein 提交 2020-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7CWO SARS-CoV-2 spike protein RBD and P17 fab complex 提交 2020-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7CWS SARS-CoV-2 Spike Proteins Trimer in Complex with FC05 and H014 Fabs Cocktail 提交 2020-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 O
14–1147（1134 aa）
链 Q
14–1147（1134 aa）
链 R
14–1147（1134 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7CWT SARS-CoV-2 Spike protein in complex with hb27 and fc05 Fab cocktail 提交 2020-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7CWU SARS-CoV-2 spike proteins trimer in complex with P17 and FC05 Fabs cocktail 提交 2020-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：30-meric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7CYH Binding interface of SARS-CoV-2 RBD and its neutralizing antibody HB27 提交 2020-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7CYP Complex of SARS-CoV-2 spike trimer with its neutralizing antibody HB27 提交 2020-09-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：24-meric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K835M, I844M, A846Y, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7CYV Crystal structure of FD20, a neutralizing single-chain variable fragment (scFv) in complex with SARS-CoV-2 Spike receptor-binding domain (RBD) 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–531（202 aa）
片段：receptor-binding domain (RBD)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.276 |
| 7CZP S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P2B-1A1 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7CZQ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P2B-1A10 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7CZR S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_2B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7CZS S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_3B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7CZT S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2G9 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7CZU S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_2B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7CZV S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_3B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7CZW S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2G7 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7CZX S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B9 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7CZY S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_2B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7CZZ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_3B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7D00 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with FabP5A-1B8 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7D03 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with FabP5A-2G7 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7D0B S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-3C12_1B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7D0C S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-3A1 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7D0D S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-3C12_2B 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7D2Z Structure of sybody SR31 in complex with the SARS-CoV-2 S Receptor Binding domain (RBD) 提交 2020-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 13 GOL GLYCEROL × 5 ACT ACETATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.207 |
| 7D30 Structure of sybody MR17-SR31 fusion in complex with the SARS-CoV-2 S Receptor Binding domain (RBD) 提交 2020-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 ACT ACETATE ION × 14 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 BU2 1,3-BUTANEDIOL × 5 CD CADMIUM ION × 17 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M cadmium chloride, 30% (v/v) PEG 400, 4%(v/v) 1,3-butanediol, 0.1M sodium acetate pH 4.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.236 |
| 7D4G A proof of concept for neutralizing antibody-guided vaccine design against SARS-CoV-2 提交 2020-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
13–290（278 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7D6I A neutralizing MAb targeting receptor-binding-domain of SARS-CoV-2 提交 2020-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–532（214 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；50 mM Calcium chloride dihydrate, 100 mM BIS-TRIS pH 6.5, 30% v/v Polyethylene glycol and monomethyl ether 550
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.255 |
| 7DCC S-3C1-F3b structure, all the three RBDs are in the up conformation and each of them associates with a 3C1 Fab 提交 2020-10-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 E
1–1208（1208 aa）
链 I
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7DCX S-3C1-F3a structure, two RBDs are up and one RBD is down, each RBD binds with a 3C1 fab. 提交 2020-10-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 7DD2 S-3C1-F2 structure, two RBDs are up and one RBD is down, the two up RBD bind with a 3C1 fab. 提交 2020-10-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.60 Å |
| 7DD8 S-3C1-F1 structure, one RBD is up and two RBDs are down, the up RBD binds with a 3C1 fab 提交 2020-10-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.50 Å |
| 7DDD SARS-Cov2 S protein at close state 提交 2020-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7DDN SARS-Cov2 S protein at open state 提交 2020-10-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 7DEO Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–530（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；1% w/v Tryptone, 0.001M Sodium azide, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.232 |
| 7DEO Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–530（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；1% w/v Tryptone, 0.001M Sodium azide, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.232 |
| 7DET Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv 提交 2020-11-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
334–530（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2M sodium chloride, 0.1M Tris pH 8.5, 29% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.260 |
| 7DET Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv 提交 2020-11-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
334–530（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2M sodium chloride, 0.1M Tris pH 8.5, 29% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.260 |
| 7DEU Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv 提交 2020-11-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
334–530（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.8M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 0.5% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 7DF3 SARS-CoV-2 S trimer, S-closed 提交 2020-11-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7DF4 SARS-CoV-2 S-ACE2 complex 提交 2020-11-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7DHX Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD binding to pangolin ACE2 提交 2020-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–527（209 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05M potassium phosphate, 20% w/v Polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.235 |
| 7DJZ Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW01 Fab 提交 2020-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 14% (v/v) 2-propanol, and 0.01 M barium chloride.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.230 |
| 7DK0 Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW05 Fab 提交 2020-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M sodium citrate tribasic, 21% (w/v) PEG 3350, 0.02 M urea
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.265 |
| 7DK2 Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW07 Fab 提交 2020-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；12% (w/v) polyethylene glycol 20000, 100 mM MES, pH 6.5, and 0.01 M TCEP
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.304 |
| 7DK2 Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW07 Fab 提交 2020-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
319–541（223 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；12% (w/v) polyethylene glycol 20000, 100 mM MES, pH 6.5, and 0.01 M TCEP
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.304 |
| 7DK2 Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW07 Fab 提交 2020-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
319–541（223 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；12% (w/v) polyethylene glycol 20000, 100 mM MES, pH 6.5, and 0.01 M TCEP
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.304 |
| 7DK2 Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW07 Fab 提交 2020-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 L
319–541（223 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；12% (w/v) polyethylene glycol 20000, 100 mM MES, pH 6.5, and 0.01 M TCEP
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.304 |
| 7DK3 SARS-CoV-2 S trimer, S-open 提交 2020-11-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 7DK4 S-2H2-F3a structure, two RBDs are up and one RBD is down, each RBD binds with a 2H2 Fab. 提交 2020-11-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7DK5 S-2H2-F1 structure, one RBD is up and two RBDs are down, only up RBD binds with a 2H2 Fab 提交 2020-11-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 13.50 Å |
| 7DK6 S-2H2-F2 structure, two RBDs are up and one RBD is down, each up RBD binds with a 2H2 Fab. 提交 2020-11-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7DK7 S-2H2-F3b structure, three RBDs are up and each RBD binds with a 2H2 Fab. 提交 2020-11-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.70 Å |
| 7DMU Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain complexed with high affinity ACE2 mutant 3N39 提交 2020-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–531（213 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.25 M lithium sulfate, and 0.05 M CAPS pH 10.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.198 |
| 7DMU Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain complexed with high affinity ACE2 mutant 3N39 提交 2020-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
319–531（213 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.25 M lithium sulfate, and 0.05 M CAPS pH 10.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.198 |
| 7DPM Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW06 Fab 提交 2020-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；289 K；12% EG, 0.1 M Citrate-Na, pH 3.5, 14% PEG 6000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.263 |
| 7DPM Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW06 Fab 提交 2020-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
319–541（223 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；289 K；12% EG, 0.1 M Citrate-Na, pH 3.5, 14% PEG 6000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.263 |
| 7DPM Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW06 Fab 提交 2020-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
319–541（223 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；289 K；12% EG, 0.1 M Citrate-Na, pH 3.5, 14% PEG 6000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.263 |
| 7DPM Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW06 Fab 提交 2020-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 L
319–541（223 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；289 K；12% EG, 0.1 M Citrate-Na, pH 3.5, 14% PEG 6000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.263 |
| 7DQA Cryo-EM structure of SARS-CoV2 RBD-ACE2 complex 提交 2020-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
333–526（194 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7DWX Conformation 1 of S-ACE2-B0AT1 ternary complex 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 E
1–1273（1273 aa）
链 F
1–1273（1273 aa）
链 G
1–1273（1273 aa）
链 H
1–1273（1273 aa）
链 I
1–1273（1273 aa）
链 J
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 64 LEU LEUCINE × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.30 Å |
| 7DWY S protein of SARS-CoV-2 in the locked conformation 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 59 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7DWZ S protein of SARS-CoV-2 in the active conformation 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7DX0 Trypsin-digested S protein of SARS-CoV-2 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7DX1 S protein of SARS-CoV-2 D614G mutant 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G, K986P, V987P 突变：D614G, K986P, V987P 突变：D614G, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7DX2 Trypsin-digested S protein of SARS-CoV-2 D614G mutant 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G, K986P, V987P 突变：D614G, K986P, V987P 突变：D614G, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7DX3 S protein of SARS-CoV-2 bound with PD of ACE2 in the conformation 1 (1 up RBD and no PD bound) 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7DX4 The structure of FC08 Fab-hA.CE2-RBD complex 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7DX5 S protein of SARS-CoV-2 bound with PD of ACE2 in the conformation 2 (1 up RBD and 1 PD bound) 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7DX6 S protein of SARS-CoV-2 bound with PD of ACE2 in the conformation 3 (2 up RBD and 1 PD bound) 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7DX7 Trypsin-digested S protein of SARS-CoV-2 bound with PD of ACE2 in the conformation 1 (1 up RBD and 1 PD bound) 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7DX8 Trypsin-digested S protein of SARS-CoV-2 bound with PD of ACE2 in the conformation 2 (2 up RBD and 2 PD bound) 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7DX9 Trypsin-digested S protein of SARS-CoV-2 bound with PD of ACE2 in the conformation 3 (3 up RBD and 2 PD bound) 提交 2021-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7DZW Apo spike protein from SARS-CoV2 提交 2021-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1254（1241 aa）
链 B
14–1254（1241 aa）
链 C
14–1254（1241 aa）
|
突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7DZX Spike protein from SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing antibody 8D2 提交 2021-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 7DZY Spike protein from SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing antibody 2490 提交 2021-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1211（1185 aa）
链 B
27–1211（1185 aa）
链 C
27–1211（1185 aa）
|
突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685G, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7E23 SARS-CoV-2 spike in complex with the CA521 neutralizing antibody Fab (focused refinement on Fab-RBD) 提交 2021-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7E39 SARS-CoV-2 spike in complex with the Ab4 neutralizing antibody (State 3) 提交 2021-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7E3B SARS-Cov-2 spike in complex with the Ab5 neutralizing antibody (focused refinement on Fab-RBD) 提交 2021-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7E3C SARS-CoV-2 spike in complex with the Ab1 neutralizing antibody (focused refinement on Fab-RBD) 提交 2021-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7E3J Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD binding to dog ACE2 提交 2021-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；2% 1,4-dioxane, 0.1 M tris pH 8.0,15% polyethylene glycol 3,350.
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.248 |
| 7E3K Ultrapotent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies with protective efficacy against newly emerged mutational variants 提交 2021-02-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7E3L Ultrapotent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies with protective efficacy against newly emerged mutational variants 提交 2021-02-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7E3O Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody nCoV617 提交 2021-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
337–527（191 aa）
片段：UNP residues 337-527
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；152 mM NH4Cl, 22.8% PEG8000
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.259 |
| 7E5O Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with antibody NT-193 提交 2021-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
322–536（215 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 8% (w/v) Ethylene glycol
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 7E5R SARS-CoV-2 S trimer with three-antibody cocktail complex 提交 2021-02-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7E5S SARS-CoV-2 S trimer with four-antibody cocktail complex 提交 2021-02-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7E5Y Molecular basis for neutralizing antibody 2B11 targeting SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate, 12% w/v PEG 8000, and 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
|
分辨率 3.59 Å R-free 0.277 |
| 7E5Y Molecular basis for neutralizing antibody 2B11 targeting SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate, 12% w/v PEG 8000, and 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
|
分辨率 3.59 Å R-free 0.277 |
| 7E7B Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 furin site mutant S-Trimer from a subunit vaccine candidate 提交 2021-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
突变：R685A 突变：R685A 突变：R685A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELA Elaidic acid × 3 VCG 2-hydroxyethyl 2-deoxy-3,5-bis-O-(2-hydroxyethyl)-6-O-(2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}ethyl)-alpha-L-xylo-hexofuranoside × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot time 2 seconds, blot force 4, waiting time 8 seconds
|
分辨率 2.60 Å |
| 7E7D Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 wild-type S-Trimer from a subunit vaccine candidate 提交 2021-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 ELA Elaidic acid × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot time 2 seconds, blot force 4, waiting time 8 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7E7X SARS-CoV-2 Spike Protein N terminal domain in Complex with N11 Fab 提交 2021-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
13–303（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 7.0, and 10% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.279 |
| 7E7X SARS-CoV-2 Spike Protein N terminal domain in Complex with N11 Fab 提交 2021-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
13–303（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 7.0, and 10% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.279 |
| 7E7Y Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-623 Fab 提交 2021-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, and 18% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.241 |
| 7E7Y Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-623 Fab 提交 2021-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, and 18% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.241 |
| 7E86 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-508 Fab 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, and 11% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.255 |
| 7E88 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-515 Fab 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.255 |
| 7E88 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-515 Fab 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.255 |
| 7E88 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-515 Fab 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.255 |
| 7E88 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-515 Fab 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：trimeric |
链 L
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.255 |
| 7E8C SARS-CoV-2 S-6P in complex with 9 Fabs 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 7E8F SARS-CoV-2 NTD in complex with N9 Fab 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
13–303（291 aa）
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 7E8M Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1F11 with mutated RBD 提交 2021-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–527（195 aa）
|
突变：K417N, E484K, N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 12%w/v PEG 8000
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.199 |
| 7E9N Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with 35B5 Fab(1 down RBD, state1) 提交 2021-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 7E9O Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with 35B5 Fab(3 up RBDs, state2) 提交 2021-03-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 7E9P Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with 35B5 Fab(state2, local refinement of the RBD and 35B5 Fab) 提交 2021-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 7E9Q Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with 35B5 Fab(1 out RBD, state3) 提交 2021-03-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 7E9T Nanometer resolution in situ structure of SARS-CoV-2 post-fusion spike 提交 2021-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
703–1234（532 aa）
链 B
703–1234（532 aa）
链 C
703–1234（532 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.90 Å |
| 7EAM immune complex of SARS-CoV-2 RBD and cross-neutralizing antibody 7D6 提交 2021-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
片段：UNP residues 319-541
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；PEG D5, 0.2M Potassium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.181 |
| 7EAM immune complex of SARS-CoV-2 RBD and cross-neutralizing antibody 7D6 提交 2021-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：UNP residues 319-541
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；PEG D5, 0.2M Potassium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.181 |
| 7EAN immune complex of SARS-CoV-2 RBD and cross-neutralizing antibody 6D6 提交 2021-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M sodium sulfocyanate, 20%PEG3350
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.224 |
| 7EAZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike D614G variant, one RBD-up conformation 1 提交 2021-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.50 Å |
| 7EB0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike D614G variant, one RBD-up conformation 2 提交 2021-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.60 Å |
| 7EB3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike D614G variant, one RBD-up conformation 3 提交 2021-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.60 Å |
| 7EB4 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike D614G variant, two RBD-up conformation 1 提交 2021-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.50 Å |
| 7EB5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike D614G variant, two RBD-up conformation 2 提交 2021-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.40 Å |
| 7EDF Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-UK variant (B.1.1.7), one RBD-up conformation 1 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.20 Å |
| 7EDG Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-UK variant (B.1.1.7), one RBD-up conformation 2 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.20 Å |
| 7EDH Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-UK variant (B.1.1.7), one RBD-up conformation 3 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.60 Å |
| 7EDI Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-UK variant (B.1.1.7), two RBD-up conformation 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7EDJ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-UK variant (B.1.1.7) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain 提交 2021-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7EFP Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with high affinity ACE2 mutant (S19W,N330Y) 提交 2021-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
320–537（218 aa）
片段：UNP 320-537
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 10 % v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 7EFR Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with high affinity ACE2 mutant (T27W,N330Y) 提交 2021-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
321–537（217 aa）
片段：UNP residues 321-537
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES pH7.5 , 2 % v/v PEG 400
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.229 |
| 7EH5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-D614G variant in complex with neutralizing antibodies, RBD-chAb15 and RBD-chAb45 提交 2021-03-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 4.00 Å |
| 7EJ4 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with a neutralizing antibody RBD-chAb-25 提交 2021-04-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.60 Å |
| 7EJ5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with a neutralizing antibody RBD-chAb-45 提交 2021-04-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.50 Å |
| 7EJY Complex Structure of antibody BD-503 and RBD of COVID-19 提交 2021-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15M Ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.0, 15% (w/v) PEG 400
|
分辨率 3.04 Å R-free 0.254 |
| 7EJZ Complex Structure of antibody BD-503 and RBD-S477N of COVID-19 提交 2021-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain
|
突变：S477N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Sodium citrate, pH 5.0, 15% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.63 Å R-free 0.284 |
| 7EK0 Complex Structure of antibody BD-503 and RBD-N501Y of COVID-19 提交 2021-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain
|
突变：N501Y | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Sodium citrate, pH 5.5, 15% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.266 |
| 7EK6 Structure of viral peptides IPB19/N52 提交 2021-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
906–957（52 aa）
链 B
1175–1211（37 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；296 K；1.26M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.14M Potassium phosphate dibasic, pH 5.6
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.185 |
| 7EKC Structure of SARS-CoV-2 Gamma variant spike receptor-binding domain complexed with human ACE2 提交 2021-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
突变：K417T, E484K, N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES, pH 6.5, 12% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.225 |
| 7EKE Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain F486L mutation complexed with human ACE2 提交 2021-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
突变：F486L | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES, pH 6.5, 10% w/v PEG 5000 MME, 12% v/v1-Propanol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.241 |
| 7EKF Structure of SARS-CoV-2 Alpha variant spike receptor-binding domain complexed with human ACE2 提交 2021-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES, pH 6.5, 10% w/v PEG 5000 MME, 12% v/v1-Propanol
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.224 |
| 7EKG Structure of SARS-CoV-2 Beta variant spike receptor-binding domain complexed with human ACE2 提交 2021-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
突变：K417N, E484K, N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES, pH 6.5, 12% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.248 |
| 7EKH Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain Y453F mutation complexed with human ACE2 提交 2021-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
突变：Y453F | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES, pH 6.5, 10% w/v PEG 5000 MME, 12% v/v1-Propanol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.228 |
| 7ENF Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with Fab30 提交 2021-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 7ENG Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with Fab30 (local refinement of the RBD and Fab30) 提交 2021-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 7EPX S protein of SARS-CoV-2 in complex with GW01 提交 2021-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7EY0 Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-813 Fab and BD-744 Fab 提交 2021-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 N
1–1207（1207 aa）
链 R
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7EY4 Local CryoEM of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-667 提交 2021-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 N
1–290（290 aa）
链 R
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 7EY5 Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-771 Fab and BD-821 Fab 提交 2021-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
|
分辨率 3.40 Å |
| 7EYA Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-804 Fab 提交 2021-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 N
1–290（290 aa）
链 R
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 7EZV local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-812 Fab and BD-836 Fab 提交 2021-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7F0X A SARS-CoV-2 neutralizing antibody 提交 2021-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.2M Potassium phosphate monobasic pH4.8, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.270 |
| 7F12 A SARS-CoV-2 neutralizing antibody 提交 2021-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
334–528（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.2M Sodium phosphate monobasic monohydrate pH 4.7, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.245 |
| 7F15 A SARS-CoV-2 neutralizing antibody 提交 2021-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
334–530（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Sodium malonate pH 4.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.245 |
| 7F3Q SARS-CoV-2 RBD in complex with A5-10 Fab and A34-2 Fab 提交 2021-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7F46 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with 35B5 Fab (state1, local refinement of the RBD, NTD and 35B5 Fab) 提交 2021-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：UNP residues 1-1208
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.79 Å |
| 7F5G The crystal structure of RBD-Nanobody complex, DL4 (SA4) 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 8 ACT ACETATE ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 25% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.217 |
| 7F5G The crystal structure of RBD-Nanobody complex, DL4 (SA4) 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 25% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.217 |
| 7F5H The crystal structure of RBD-Nanobody complex, DL28 (SC4) 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.248 |
| 7F5H The crystal structure of RBD-Nanobody complex, DL28 (SC4) 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–531（202 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.248 |
| 7F5R Crystal structure of SARS-CoV-2 Y453F-RBD bound to mink ACE2 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.6M sodium/potassium phosphate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.218 |
| 7F5R Crystal structure of SARS-CoV-2 Y453F-RBD bound to mink ACE2 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.6M sodium/potassium phosphate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.218 |
| 7F5R Crystal structure of SARS-CoV-2 Y453F-RBD bound to mink ACE2 提交 2021-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.6M sodium/potassium phosphate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.218 |
| 7F62 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with a neutralizing antibody chAb-25 (Focused refinement of S-RBD and chAb-25 region) 提交 2021-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.60 Å |
| 7F63 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with a neutralizing antibody chAb-45 (Focused refinement of S-RBD and chAb-45 region) 提交 2021-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.90 Å |
| 7F6Y Complex Structure of antibody BD-503 and RBD-E484K of COVID-19 提交 2021-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Sodium citrate, pH 5.0, 15% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |
| 7F6Z Complex Structure of antibody BD-503 and RBD-501Y.V2 of COVID-19 提交 2021-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, 12% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.254 |
| 7F7E SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with A5-10 Fab 提交 2021-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–527（195 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, 100mM NaCl
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.256 |
| 7F7H SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with A8-1 Fab 提交 2021-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
334–515（182 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, 100mM NaCl
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.275 |
| 7F7H SARS-CoV-2 S protein RBD in complex with A8-1 Fab 提交 2021-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
334–515（182 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, 100mM NaCl
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.275 |
| 7FAE S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P36-5D2(state2) 提交 2021-07-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P,K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P,K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P,K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 7FAF S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P36-5D2 (state1) 提交 2021-07-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 7FAT Structure Determination of the RBD-NB1A7 提交 2021-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–523（191 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% PEG6000, 0.1 M citric acid pH 3.5 and 2% ethylene glycol
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.242 |
| 7FAU Structure Determination of the NB1B11-RBD Complex 提交 2021-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–523（191 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；16% PEG3350 and 0.1 M Zinc acetate, dehydrate
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.228 |
| 7FAU Structure Determination of the NB1B11-RBD Complex 提交 2021-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
333–523（191 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；16% PEG3350 and 0.1 M Zinc acetate, dehydrate
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.228 |
| 7FB0 SARS-CoV-2 spike protein in closed state 提交 2021-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7FB1 SARS-CoV-2 spike protein in one-RBD open state 提交 2021-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7FB3 SARS-CoV-2 spike protein in one-RBD weak state after CTSL-treatment 提交 2021-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7FB4 SARS-CoV-2 spike protein in two-RBD weak state after CTSL-treatment 提交 2021-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 K
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 M
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBJ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 O
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7FBK Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain N501Y mutant in complex with neutralizing nanobody 20G6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
突变：N501Y | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；70mM Citric acid, 30mM Bis-Tris propane pH 3.4, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.239 |
| 7FBK Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain N501Y mutant in complex with neutralizing nanobody 20G6 提交 2021-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
突变：N501Y | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；70mM Citric acid, 30mM Bis-Tris propane pH 3.4, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.239 |
| 7FC5 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD and horse ACE2 提交 2021-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–529（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M Sodium formate, 20% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.259 |
| 7FCD Structure of the SARS-CoV-2 A372T spike glycoprotein (open) 提交 2021-07-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：A372T, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：A372T, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：A372T, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7FCE Structure of the SARS-CoV-2 A372T spike glycoprotein (closed) 提交 2021-07-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：A372T, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：A372T, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：A372T, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7FCP Crystallographic structure of two neutralizing antibodies in complex with SARS-CoV-2 spike receptor-binding Domain (RBD) 提交 2021-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
321–591（271 aa）
|
未记录 | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.05 M HEPES pH 7.0
20%(w/v) PEG3350
1%(w/v) Tryptone
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.245 |
| 7FCQ Crystallographic structure of neutralizing antibody P14-44 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor-binding Domain (RBD) 提交 2021-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.6
20%(w/v) PEG4000
20%(V/V) Isopropanol
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.201 |
| 7FDG SARS-COV-2 Spike RBDMACSp6 binding to hACE2 提交 2021-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 7FDH SARS-COV-2 Spike RBDMACSp25 binding to hACE2 提交 2021-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
突变：Q493H, N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7FDI SARS-COV-2 Spike RBDMACSp36 binding to hACE2 提交 2021-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
突变：K417N, Q493H, N501H | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 7FDK SARS-COV-2 Spike RBDMACSp36 binding to mACE2 提交 2021-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
突变：K417N, Q493H, N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 7FEM SARS-CoV-2 B.1.1.7 S-ACE2 complex 提交 2021-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：eicosameric |
链 A
15–1208（1194 aa）
链 B
15–1208（1194 aa）
链 C
15–1208（1194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7FET SARS-CoV-2 B.1.1.7 Spike Glycoprotein trimer 提交 2021-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–1208（1194 aa）
链 B
15–1208（1194 aa）
链 C
15–1208（1194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7FG2 Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874A VHH, composite map 提交 2021-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7FG3 Major cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874, composite map 提交 2021-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7FG7 Cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 提交 2021-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 7FH0 Crystallographic structure of two neutralizing nanobodies in complex with SARS-CoV-2 spike receptor-binding Domain (RBD) 提交 2021-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M (NH4)2SO4 0.1 M TRIS pH7.5 20% (w/v) PEG1500
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.263 |
| 7FJC Crystal structure of SARS-CoV-2 Beta RBD complexed with P36-5D2 Fab 提交 2021-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–519（187 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1M Sodium HEPES 7.5, 10% w/v PEG6000, 5% v/v MPD
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.269 |
| 7FJN Cryo-EM structure of South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with two T6 Fab 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T 突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T 突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7FJO Cryo-EM structure of South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with three T6 Fab 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 7FJS Crystal structure of T6 Fab bound to theSARS-CoV-2 RBD of B.1.351 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain
链 E
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5 % v/v 2-propanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.285 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
679–685（7 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
679–685（7 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
679–685（7 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
679–685（7 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7JJI Structure of SARS-CoV-2 3Q-2P full-length prefusion spike trimer (C3 symmetry) 提交 2020-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P 突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P 突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 VCG 2-hydroxyethyl 2-deoxy-3,5-bis-O-(2-hydroxyethyl)-6-O-(2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}ethyl)-alpha-L-xylo-hexofuranoside × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7JJJ Structure of SARS-CoV-2 3Q-2P full-length dimers of spike trimers 提交 2020-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
链 D
1–1273（1273 aa）
链 E
1–1273（1273 aa）
链 F
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P 突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P 突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P 突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P 突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P 突变：R682Q, R683Q, R685Q, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7JMO Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-04 提交 2020-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；8.5% isopropanol
10% ethylene glycol
15% glycerol
0.085 M HEPES pH 7.5
17% polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.238 |
| 7JMP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-39 提交 2020-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6
20% isopropanol
10% ethylene glycol
20% polyethylene glycol 4000
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.209 |
| 7JMW Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with cross-neutralizing antibody COVA1-16 Fab 提交 2020-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG 3350, 0.2 M Na-iodide, pH 6.9
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.291 |
| 7JV2 SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H13 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the receptor-binding motif and Fab variable domains) 提交 2020-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7JV4 SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H13 neutralizing antibody (one RBD open) 提交 2020-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7JV6 SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H13 neutralizing antibody (closed conformation) 提交 2020-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 E
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7JVA SARS-CoV-2 spike in complex with the S2A4 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the receptor-binding domain and Fab variable domains) 提交 2020-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7JVB Crystal structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) with nanobody Nb20 提交 2020-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | CAC CACODYLATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.322 |
| 7JVB Crystal structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) with nanobody Nb20 提交 2020-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | CAC CACODYLATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.322 |
| 7JVC SARS-CoV-2 spike in complex with the S2A4 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2020-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 E
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JW0 SARS-CoV-2 spike in complex with the S304 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2020-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 E
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7JWB SARS CoV2 Spike ectodomain with engineered trimerized VH binder 提交 2020-08-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,R986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,R986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,R986P,V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES, pH 8, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 7JWY Structure of SARS-CoV-2 spike at pH 4.5 提交 2020-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7JX3 Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology 提交 2020-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 R
328–531（204 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 328-531)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；16.2% w/v PEG4000, 0.09 M sodium citrate, pH 6.0, 0.18 M ammonium acetate, 0.02 M potassium acetate, 0.01 MES, pH 6, 1.5% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.288 |
| 7JZL SARS-CoV-2 spike in complex with LCB1 (2RBDs open) 提交 2020-09-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7JZM SARS-CoV-2 spike in complex with LCB3 (local refinement of the RBD and LCB3) 提交 2020-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7JZN SARS-CoV-2 spike in complex with LCB3 (2RBDs open) 提交 2020-09-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7JZU SARS-CoV-2 spike in complex with LCB1 (local refinement of the RBD and LCB1) 提交 2020-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7K43 SARS-CoV-2 spike in complex with the S2M11 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2020-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 E
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7K45 SARS-CoV-2 spike in complex with the S2E12 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the RBD and Fab variable domains) 提交 2020-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7K4N SARS-CoV-2 spike in complex with the S2E12 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2020-09-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7K8M Structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C102 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
331–517（187 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 331-517)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M sodium citrate tribasic, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.234 |
| 7K8S Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C002 (state 1) 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K8T Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C002 (State 2) 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K8U Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C104 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.80 Å |
| 7K8V Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C110 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot
|
分辨率 3.80 Å |
| 7K8W Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C119 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 G
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.60 Å |
| 7K8X Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C121 (State 1) 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot
|
分辨率 3.90 Å |
| 7K8Y Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C121 (State 2) 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1213（1213 aa）
链 D
1–1213（1213 aa）
链 E
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot
|
分辨率 4.40 Å |
| 7K8Z Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C135 提交 2020-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.50 Å |
| 7K90 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C144 提交 2020-09-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot
|
分辨率 3.24 Å |
| 7K9H SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab 2B04 (one up, two down conformation) 提交 2020-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：R685A, R686*, A687*, R688*, K989P, V990P 突变：R685A, R686*, A687*, R688*, K989P, V990P 突变：R685A, R686*, A687*, R688*, K989P, V990P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；20s wait time
2s blot time
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；20s wait time
2s blot time
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K9I SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with neutralizing Fab 2B04 (local refinement) 提交 2020-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 333-527)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7K9J SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab 2H04 (three down conformation) 提交 2020-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：R685A, R686*, A687*, R688*, K989P, V990P 突变：R685A, R686*, A687*, R688*, K989P, V990P 突变：R685A, R686*, A687*, R688*, K989P, V990P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7K9K SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with neutralizing Fab 2H04 (local refinement) 提交 2020-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 333-527)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；20s wait time
2s blot time
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；20s wait time
2s blot time
|
分辨率 3.14 Å |
| 7K9Z Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragments of neutralizing antibodies 298 and 52 提交 2020-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% (w/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.287 |
| 7KDG SARS-CoV-2 RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS) 提交 2020-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
|
突变：R682G, R683S, R685S 突变：R682G, R683S, R685S 突变：R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 7KDH SARS-CoV-2 RBD up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS) 提交 2020-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
|
突变：R682G R683S R685S 突变：R682G R683S R685S 突变：R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 58 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 7KDI SARS-CoV-2 D614G 3 RBD down Spike Protein Trimer fully cleaved by furin without the P986-P987 stabilizing mutations (S-RRAR-D614G) 提交 2020-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 7KDJ SARS-CoV-2 D614G 1-RBD-up Spike Protein Trimer fully cleaved by furin without the P986-P987 stabilizing mutations (S-RRAR-D614G) 提交 2020-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 7KDK SARS-CoV-2 D614G 3 RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G) 提交 2020-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7KDL SARS-CoV-2 D614G 1-RBD up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G) 提交 2020-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：ectodomain
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 7KE4 SARS-CoV-2 D614G 3 RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G Sub-class) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 7KE6 SARS-CoV-2 D614G 3 RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G sub-classification) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7KE7 SARS-CoV-2 D614G 3-RBD-down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G Sub-Classification) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 7KE8 SARS-CoV-2 D614G 3 RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G sub-classification) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 7KE9 SARS-CoV-2 D614G 1-RBD-up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G sub-classification) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 7KEA SARS-CoV-2 D614G 1-RBD-up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G sub classification) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 7KEB SARS-CoV-2 D614G 1RBD up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G sub-classification) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 7KEC SARS-CoV-2 D614G 1-RBD-up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-D614G Sub-Classification) 提交 2020-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S 突变：D614G R682G R683S R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |
| 7KFV Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-B12 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.1 M BICINE pH 8.5, 20% (w/v ) PEG 10000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.215 |
| 7KFV Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-B12 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.1 M BICINE pH 8.5, 20% (w/v ) PEG 10000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.215 |
| 7KFV Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-B12 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.1 M BICINE pH 8.5, 20% (w/v ) PEG 10000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.215 |
| 7KFW Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-B3 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.229 |
| 7KFW Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-B3 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.229 |
| 7KFW Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-B3 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.229 |
| 7KFX Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-C2 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.03 M Citric acid, 0.07M BIS-TRIS propane/pH 7.6, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.226 |
| 7KFY Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-F10 Fab) 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
mother liquor composition (equal volume): 0.10% (w/v) n-Octyl-B-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 4.5, 22% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.249 |
| 7KGJ Crystal structure of synthetic nanobody (Sb45) complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2020-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；12% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.216 |
| 7KGK Crystal structure of synthetic nanobody (Sb16) complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2020-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；15% PEG 20000, and 0.1M Hepes pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.276 |
| 7KJ2 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with one ACE2 Bound 提交 2020-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7KJ3 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with two ACE2 Bound 提交 2020-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 40 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7KJ4 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with three ACE2 Bound 提交 2020-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7KJ5 SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein, prefusion with one RBD up conformation 提交 2020-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7KKK SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing nanobody Nb6 提交 2020-10-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 7KKL SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing nanobody mNb6 提交 2020-10-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 7KL9 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 protein decoy, CTC-445.2 (State 4) 提交 2020-10-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 4.10 Å |
| 7KLG SARS-CoV-2 RBD in complex with Fab 15033 提交 2020-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–528（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.4 M (NH4)2SO4, 10% 1,2-propanediol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.290 |
| 7KLG SARS-CoV-2 RBD in complex with Fab 15033 提交 2020-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
328–528（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.4 M (NH4)2SO4, 10% 1,2-propanediol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.290 |
| 7KLH SARS-CoV-2 RBD in complex with Fab 15033-7 提交 2020-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–528（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.4 M (NH4)2SO4 16% glycerol
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.283 |
| 7KLH SARS-CoV-2 RBD in complex with Fab 15033-7 提交 2020-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
328–528（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.4 M (NH4)2SO4 16% glycerol
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.283 |
| 7KLW Crystal structure of synthetic nanobody (Sb45+Sb68) complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2020-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；10% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.255 |
| 7KM5 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD complexed with Nanosota-1 提交 2020-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–535（217 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM MnCl2, 50 mM MES (pH 6.0), 20% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.294 |
| 7KM5 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD complexed with Nanosota-1 提交 2020-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–535（217 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM MnCl2, 50 mM MES (pH 6.0), 20% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.294 |
| 7KMB ACE2-RBD Focused Refinement Using Symmetry Expansion of Applied C3 for Triple ACE2-bound SARS-CoV-2 Trimer Spike at pH 7.4 提交 2020-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 7KMG LY-CoV555 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 提交 2020-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
329–527（199 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；20% PEG 10000,
sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.257 |
| 7KMG LY-CoV555 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 提交 2020-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
329–527（199 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；20% PEG 10000,
sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.257 |
| 7KMH LY-CoV488 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 提交 2020-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
329–527（199 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 PRO PROLINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；8% PEG 3350,
200 mM L-Proline,
100 mM Hepes pH 7.7
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.242 |
| 7KMI LY-CoV481 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 提交 2020-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
329–527（199 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；14% PEG 4000,
10% 2-Propanol,
100 mM Tri-Sodium Citrate pH 5.8
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.217 |
| 7KMK cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with Fab 15033-7, two RBDs bound 提交 2020-11-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force = 1
blotting time = 2.5 s
|
分辨率 4.20 Å |
| 7KML cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with Fab 15033-7, three RBDs bound 提交 2020-11-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force = 1
blotting time = 2.5 s
|
分辨率 3.80 Å |
| 7KMS Cryo-EM structure of triple ACE2-bound SARS-CoV-2 trimer spike at pH 7.4 提交 2020-11-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 55 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 7KMZ Cryo-EM structure of double ACE2-bound SARS-CoV-2 trimer Spike at pH 7.4 提交 2020-11-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 53 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 7KN3 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain complexed with a pre-pandemic antibody S-B8 Fab 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium sulfate, pH 6.6
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.222 |
| 7KN3 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain complexed with a pre-pandemic antibody S-B8 Fab 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium sulfate, pH 6.6
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.222 |
| 7KN4 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain complexed with a pre-pandemic antibody S-E6 Fab 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；20% isopropanol, 20% PEG 4000, 0.1 M citrate pH 5.6
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.291 |
| 7KN4 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain complexed with a pre-pandemic antibody S-E6 Fab 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；20% isopropanol, 20% PEG 4000, 0.1 M citrate pH 5.6
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.291 |
| 7KN5 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain complexed with nanobodies VHH E and U 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG-3000, 0.1 M citrate pH 5.5
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.213 |
| 7KN5 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain complexed with nanobodies VHH E and U 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG-3000, 0.1 M citrate pH 5.5
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.213 |
| 7KN6 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain complexed with nanobody VHH V and antibody Fab CC12.3 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M Na2HPO4, pH 9.1
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.238 |
| 7KN7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain complexed with nanobody VHH W and antibody Fab CC12.3 提交 2020-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.0 M Li-chloride, 10% PEG-6000, 0.1 M Bicine pH 9.0
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.241 |
| 7KNB Cryo-EM structure of single ACE2-bound SARS-CoV-2 trimer spike at pH 7.4 提交 2020-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 46 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 7KNE Cryo-EM structure of single ACE2-bound SARS-CoV-2 trimer spike at pH 5.5 提交 2020-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 44 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5；PBS with NaAcetate pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 7KNH Cryo-EM Structure of Double ACE2-Bound SARS-CoV-2 Trimer Spike at pH 5.5 提交 2020-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5；PBS with NaAcetate pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å |
| 7KNI Cryo-EM structure of Triple ACE2-bound SARS-CoV-2 Trimer Spike at pH 5.5 提交 2020-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 56 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5；PBS with NaAcetate pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.91 Å |
| 7KQB SARS-CoV-2 spike glycoprotein:Fab 5A6 complex I 提交 2020-11-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8-10 seconds, blot force 0
|
分辨率 2.42 Å |
| 7KQE SARS-CoV-2 spike glycoprotein:Fab 3D11 complex 提交 2020-11-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8-10 seconds, blot force 0
|
分辨率 2.88 Å |
| 7KRQ Structural impact on SARS-CoV-2 spike protein by D614G substitution 提交 2020-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.425 |
| 7KRR Structural impact on SARS-CoV-2 spike protein by D614G substitution 提交 2020-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.437 |
| 7KRS Structural impact on SARS-CoV-2 spike protein by D614G substitution 提交 2020-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.479 |
| 7KS9 Cryo-EM structure of prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with 910-30 Fab 提交 2020-11-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.75 Å |
| 7KSG SARS-CoV-2 spike in complex with nanobodies E 提交 2020-11-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 7KXJ SARS-CoV-2 spike protein in complex with Fab 15033-7, 3-"up", asymmetric 提交 2020-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force = 1
blotting time = 2.5 s
|
分辨率 6.40 Å |
| 7KXK SARS-CoV-2 spike protein in complex with Fab 15033-7, 2-"up"-1-"down" conformation 提交 2020-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force = 1
blotting time = 2.5 s
|
分辨率 5.00 Å |
| 7KZB Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1antibodies 提交 2020-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
333–528（196 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM NaCl, 100 mM Tris (pH 8.0), 20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.336 |
| 7L02 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 2P S ectodomain bound to one copy of domain-swapped antibody 2G12 提交 2020-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7L06 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 2P S ectodomain bound to two copies of domain-swapped antibody 2G12 提交 2020-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7L09 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 2P S ectodomain bound domain-swapped antibody 2G12 from masked 3D refinement 提交 2020-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7L0N Circulating SARS-CoV-2 spike N439K variants maintain fitness while evading antibody-mediated immunity 提交 2020-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 R
328–531（204 aa）
片段：Binding domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 4 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.09 M Buffer System 3 pH 8.5 contains Tris (base); BICINE
27% Precipitant Mix 2 contains Ethylene glycol and PEG8000
0.1 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.325 |
| 7L0N Circulating SARS-CoV-2 spike N439K variants maintain fitness while evading antibody-mediated immunity 提交 2020-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 S
328–531（204 aa）
片段：Binding domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 19 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.09 M Buffer System 3 pH 8.5 contains Tris (base); BICINE
27% Precipitant Mix 2 contains Ethylene glycol and PEG8000
0.1 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.325 |
| 7L2C Crystallographic structure of neutralizing antibody 2-51 in complex with SARS-CoV-2 spike N-terminal domain (NTD) 提交 2020-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–334（334 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 23 ACT ACETATE ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.16 M Calcium Acetate, 0.08 M Sodium Cacodylate, 14.4% PEG 8000, 20% Glycerol
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.272 |
| 7L2C Crystallographic structure of neutralizing antibody 2-51 in complex with SARS-CoV-2 spike N-terminal domain (NTD) 提交 2020-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–334（334 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CA CALCIUM ION × 16 ACT ACETATE ION × 6 CAC CACODYLATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.16 M Calcium Acetate, 0.08 M Sodium Cacodylate, 14.4% PEG 8000, 20% Glycerol
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.272 |
| 7L2D Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody 1-87 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2020-12-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 7L2E Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody 4-18 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2020-12-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 7L2F Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody 5-24 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2020-12-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7L3N SARS-CoV 2 Spike Protein bound to LY-CoV555 提交 2020-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
13–1208（1196 aa）
链 B
13–1208（1196 aa）
链 C
13–1208（1196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 7L4Z Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with cyclic peptide 提交 2020-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 24% PEG 4000, 12% glycerol
|
分辨率 3.96 Å R-free 0.282 |
| 7L4Z Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with cyclic peptide 提交 2020-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
319–541（223 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 24% PEG 4000, 12% glycerol
|
分辨率 3.96 Å R-free 0.282 |
| 7L4Z Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with cyclic peptide 提交 2020-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–541（223 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 24% PEG 4000, 12% glycerol
|
分辨率 3.96 Å R-free 0.282 |
| 7L4Z Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with cyclic peptide 提交 2020-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 24% PEG 4000, 12% glycerol
|
分辨率 3.96 Å R-free 0.282 |
| 7L4Z Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with cyclic peptide 提交 2020-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 24% PEG 4000, 12% glycerol
|
分辨率 3.96 Å R-free 0.282 |
| 7L56 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-43 提交 2020-12-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7L57 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-15 提交 2020-12-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.87 Å |
| 7L58 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab H4 提交 2020-12-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：K986P, V987P, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.07 Å |
| 7L5B Crystallographic structure of neutralizing antibody 2-15 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor-binding Domain (RBD). 提交 2020-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Hepes, 70 % MPD
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.239 |
| 7L7D Crystal structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with human monoclonal antibody AZD8895 提交 2020-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–529（200 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 330-529)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；16% PEG3350, 0.2 M Tris-HCl, pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.231 |
| 7L7E Crystal structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with human monoclonal antibodies AZD8895 and AZD1061 提交 2020-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
330–529（200 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 330-529)
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% PEG1000, 40% reagent alcohol, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.273 |
| 7L7E Crystal structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with human monoclonal antibodies AZD8895 and AZD1061 提交 2020-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 b
330–529（200 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 330-529)
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% PEG1000, 40% reagent alcohol, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.273 |
| 7L7E Crystal structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with human monoclonal antibodies AZD8895 and AZD1061 提交 2020-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 S
330–529（200 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 330-529)
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% PEG1000, 40% reagent alcohol, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.273 |
| 7L7E Crystal structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with human monoclonal antibodies AZD8895 and AZD1061 提交 2020-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 K
330–529（200 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 330-529)
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% PEG1000, 40% reagent alcohol, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.273 |
| 7L7F Cryo-EM structure of human ACE2 receptor bound to protein encoded by vaccine candidate BNT162b1 提交 2020-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
1–16（16 aa）
链 E
327–528（202 aa）
链 F
1–16（16 aa）
链 F
327–528（202 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7L7K Cryo-EM structure of protein encoded by vaccine candidate BNT162b2 提交 2020-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 7LAA Structure of SARS-CoV-2 S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1041 提交 2021-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7LAB Structure of SARS-CoV-2 S protein in complex with N-terminal domain antibody DH1052 提交 2021-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 7LC8 SARS-CoV-2 spike Protein TM domain 提交 2021-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1217–1237（21 aa）
片段：TM domain, residues 1217-1237
链 B
1217–1237（21 aa）
片段：TM domain, residues 1217-1237
链 C
1217–1237（21 aa）
片段：TM domain, residues 1217-1237
|
突变：M1229L, M1233L 突变：M1229L, M1233L 突变：M1229L, M1233L | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
55 mM [U-99% 2H] 1,2-dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 100 mM [U-99% 2H] 1,2-dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 20 mM TRIS, 0.02 % sodium azide, 20 mM sodium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N] Spike glycoprotein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
55 mM [U-99% 2H] 1,2-dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 100 mM [U-99% 2H] 1,2-dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 20 mM TRIS, 0.02 % sodium azide, 20 mM sodium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Spike glycoprotein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
55 mM 1,2-dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 100 mM 1,2-dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 20 mM TRIS, 0.02 % sodium azide, 20 mM sodium chloride, 1 mM [U-15N; U-2H] Spike glycoprotein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
55 mM 1,2-dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 100 mM 1,2-dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, 20 mM TRIS, 0.02 % sodium azide, 20 mM sodium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Spike glycoprotein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7LCN Structure of SARS-CoV-2 S protein in complex with N-terminal domain antibody DH1050.1 提交 2021-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
链 K
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 7LD1 Structure of SARS-CoV-2 S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047 提交 2021-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7LDJ SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with WNb-2 提交 2021-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 331-527)
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；PEG4000, potassium thiocyanate, sodium cacodylate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.268 |
| 7LDJ SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with WNb-2 提交 2021-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 331-527)
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；PEG4000, potassium thiocyanate, sodium cacodylate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.268 |
| 7LDJ SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with WNb-2 提交 2021-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 331-527)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；PEG4000, potassium thiocyanate, sodium cacodylate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.268 |
| 7LDJ SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with WNb-2 提交 2021-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 331-527)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；PEG4000, potassium thiocyanate, sodium cacodylate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.268 |
| 7LJR SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer bound to DH1043 fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 7LM8 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with two cross-neutralizing antibodies CV38-142 and COVA1-16 Fabs isolated from COVID-19 patients 提交 2021-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；10% (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.201 |
| 7LO4 SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain with a G485R mutation in complex with human ACE2 提交 2021-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–530（198 aa）
|
突变：G485R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Protein: 5 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl
Reservoir: 0.1 M HEPES pH 7.0, 16% w/v PEG 8000
Cryobuffer: reservoir solution + 20% ethylene glycol
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.251 |
| 7LOP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies CV05-163 and CR3022 提交 2021-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 Z
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；293.15 K；0.1 M sodium citrate - citric acid buffer at pH 4.8 and 19% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.268 |
| 7LOP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies CV05-163 and CR3022 提交 2021-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；293.15 K；0.1 M sodium citrate - citric acid buffer at pH 4.8 and 19% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.268 |
| 7LQ7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies CV503 and COVA1-16 提交 2021-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
333–530（198 aa）
链 B
333–530（198 aa）
链 E
333–530（198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate pH 4.2, 1 M lithium chloride, and 9% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.233 |
| 7LQV Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody 4-8 Fab in complex with SARS-CoV-2 S2P spike 提交 2021-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7LQW Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody 2-17 Fab in complex with SARS-CoV-2 S2P spike 提交 2021-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.47 Å |
| 7LRS Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody A23-58.1 that targets the receptor-binding domain 提交 2021-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
332–527（196 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 332-527)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 1.5 seconds before plugging.
|
分辨率 3.89 Å |
| 7LRT Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody A23-58.1 that targets the receptor-binding domain 提交 2021-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plugging.
|
分辨率 3.54 Å |
| 7LS9 Cryo-EM structure of neutralizing antibody 1-57 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2021-02-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7LSS Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-7 提交 2021-02-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7LWI Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 3-RBD down conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 7LWJ Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 3-RBD down conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7LWK Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 3-RBD down conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 7LWL Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 3-RBD down conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 7LWM Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 1-RBD up conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 7LWN Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 1-RBD up conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 7LWO Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 1-RBD up conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 7LWP Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein (S-GSAS-D614G-delFV) in the 2-RBD up conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 7LWQ Mink Cluster 5-associated SARS-CoV-2 spike protein(S-GSAS-D614G-delFV) missing the S1 subunit and SD2 subdomain of one protomer 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), Y453F, D614G, I692V, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 7LWS UK (B.1.1.7) SARS-CoV-2 S-GSAS-D614G variant spike protein in the 3-RBD-down conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 7LWT UK (B.1.1.7) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.1.7) in the 1-RBD-up conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 7LWU UK (B.1.1.7) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.1.7) in the 1-RBD-up conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 7LWV UK (B.1.1.7) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.1.7) in the 1-RBD-up conformation 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S 突变：del(H69-V70), del(Y144), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 7LWW Triple mutant (K417N-E484K-N501Y) SARS-CoV-2 spike protein in the 1-RBD-up conformation (S-GSAS-D614G-K417N-E484K-N501Y) 提交 2021-03-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7LX5 The SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain bound to neutralizing nanobodies WNb 2 and WNb 10 提交 2021-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 7LXW SARS-CoV-2 S/S2M11/S2X333 Local Refinement 提交 2021-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7LXX SARS-CoV-2 S/S2M11/S2L28 Local Refinement 提交 2021-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7LXY SARS-CoV-2 S/S2M11/S2X333 Global Refinement 提交 2021-03-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 J
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 7LXZ SARS-CoV-2 S/S2M11/S2L28 Global Refinement 提交 2021-03-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7LY0 SARS-CoV-2 S/S2M11/S2M28 Local Refinement 提交 2021-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7LY2 SARS-CoV-2 S/S2M11/S2M28 Global Refinement 提交 2021-03-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 J
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7LY3 Crystal structure of SARS-CoV-2 S NTD bound to S2M28 Fab 提交 2021-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–307（294 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 XYL Xylitol × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；293 K；10 mM HEPES-HCl pH 8.0
750 mM NaCl
0.1 M Ammonium Sulfate
0.05 M Sodium Citrate pH 4.75
12.5 % PEG4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.234 |
| 7LY3 Crystal structure of SARS-CoV-2 S NTD bound to S2M28 Fab 提交 2021-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
14–307（294 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 XYL Xylitol × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；293 K；10 mM HEPES-HCl pH 8.0
750 mM NaCl
0.1 M Ammonium Sulfate
0.05 M Sodium Citrate pH 4.75
12.5 % PEG4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.234 |
| 7LYK South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.351) in the 2-RBD-up conformation 提交 2021-03-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 7LYL South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.351) in the RBD-down conformation 提交 2021-03-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7LYM South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.351) in the RBD-down conformation 提交 2021-03-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.57 Å |
| 7LYN South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.351) in the 1-RBD-up conformation 提交 2021-03-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 7LYO South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.351) in the 1-RBD-up conformation 提交 2021-03-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 40 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 7LYP South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.351) in the 1-RBD-up conformation 提交 2021-03-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.05 Å |
| 7LYQ South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike protein variant (S-GSAS-B.1.351) in the 1-RBD-up conformation 提交 2021-03-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S 突变：N501Y, K417N, E484K, L18F, D80A, D215G, R246I, A701V, D614G, R682G, R683S, R685S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 7M0J SARS-CoV-2 u1S2q All Down RBD State Spike Protein Trimer - asymmetric refinement 提交 2021-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 B
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
链 C
16–1208（1193 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 16-1208)
|
突变：A570L, T572I, F855Y, N856I, K986V, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：A570L, T572I, F855Y, N856I, K986V, V987P, R682G, R683S, R685S 突变：A570L, T572I, F855Y, N856I, K986V, V987P, R682G, R683S, R685S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7M3I Structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, CV2-75 Fab 提交 2021-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–591（273 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris, pH 7.5, 0.1M Calcium acetate, 15% PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 7M3I Structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, CV2-75 Fab 提交 2021-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–591（273 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris, pH 7.5, 0.1M Calcium acetate, 15% PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 7M42 Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragments of neutralizing antibodies REGN10985 and REGN10989 提交 2021-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 319-541)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7M53 B6 Fab fragment bound to the SARS-CoV/SARS-CoV-2 spike stem helix peptide 提交 2021-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1146–1161（16 aa）
片段：residues 1146-1161 of the spike glycoprotein
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium Chloride and 20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.174 |
| 7M6D Structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with neutralizing antibodies BG4-25 and CR3022 提交 2021-03-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
328–533（206 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane pH 5.0, 16% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.259 |
| 7M6E Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, BG10-19 提交 2021-03-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.30 Å |
| 7M6F Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, BG1-22 提交 2021-03-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.90 Å |
| 7M6G Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, BG7-15 提交 2021-03-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.70 Å |
| 7M6H Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, BG7-20 提交 2021-03-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 4.00 Å |
| 7M6I Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, BG1-24 提交 2021-03-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 4.00 Å |
| 7M71 SARS-CoV-2 Spike:5A6 Fab complex I focused refinement 提交 2021-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,K986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8-10 seconds, blot force 0
|
分辨率 2.66 Å |
| 7M7B SARS-CoV-2 Spike:Fab 3D11 complex focused refinement 提交 2021-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8-10 seconds, blot force 0
|
分辨率 2.95 Å |
| 7M7W Antibodies to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that maximize breadth and resistance to viral escape 提交 2021-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 S
328–531（204 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 328-531)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；30% Precipitant Mix 2 (Molecular Dimensions; ethylene glycol, PEG8000), 0.1 M Buffer System 3, pH 8.5 (Molecular Dimensions; Tris (base)/BICINE), 0.12 M Monosaccharides Mix (Molecular Dimensions), 0.02 M sodium chloride, 0.01 M MES, pH 6, 3% v/v Jeffamine ED-2003
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.271 |
| 7M7W Antibodies to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that maximize breadth and resistance to viral escape 提交 2021-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
328–531（204 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 328-531)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；30% Precipitant Mix 2 (Molecular Dimensions; ethylene glycol, PEG8000), 0.1 M Buffer System 3, pH 8.5 (Molecular Dimensions; Tris (base)/BICINE), 0.12 M Monosaccharides Mix (Molecular Dimensions), 0.02 M sodium chloride, 0.01 M MES, pH 6, 3% v/v Jeffamine ED-2003
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.271 |
| 7M8J SARS-CoV-2 S-NTD + Fab CM25 提交 2021-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–270（257 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；-4 force, 3 s blot
|
分辨率 3.48 Å |
| 7M8K Cryo-EM structure of Brazil (P.1) SARS-CoV-2 spike glycoprotein variant in the prefusion state (1 RBD up) 提交 2021-03-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7M8S Crystal Structure of HLA-A*02:01 in complex with KLNDLCFTNV, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S386-395) 提交 2021-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
386–395（10 aa）
片段：UNP residues 386-395
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2 Ammonium tantrate, 0.001 Cadmium chloride, 14% PEG 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.247 |
| 7M8S Crystal Structure of HLA-A*02:01 in complex with KLNDLCFTNV, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S386-395) 提交 2021-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
386–395（10 aa）
片段：UNP residues 386-395
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2 Ammonium tantrate, 0.001 Cadmium chloride, 14% PEG 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.247 |
| 7M8T Crystal Structure of HLA-A*11:01 in complex with NSASFSTFK, an 9-mer epitope from SARS-CoV-2 spike (S370-378) 提交 2021-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
370–378（9 aa）
片段：UNP residues 370-378
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2M Ammonium Sulfate, 0.1M Calcium cacodylate pH 6.5, 0.2M sodium chloride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.219 |
| 7M8U Crystal Structure of HLA-B*35:01 in complex with IPFAMQMAY, an 9-mer epitope from SARS-CoV-2 spike (S896-904) 提交 2021-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
896–904（9 aa）
片段：UNP residues 896-904
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 NA SODIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 sodium fluoride, 18% PEG 3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.229 |
| 7MDW CryoEM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with nanobodies Nb21 and Nb105 提交 2021-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 7ME7 CryoEM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with nanobodies Nb17 and Nb105 提交 2021-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 7MEJ CryoEM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with nanobodies Nb21 and Nb36 提交 2021-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 7MF1 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 47D1 提交 2021-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；8.5% isopropanol, 17% PEG 4000, 0.085 M HEPES pH 7.5, 15% glycerol
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.250 |
| 7MFU Crystal structure of synthetic nanobody (Sb14+Sb68) complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2021-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
332–528（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.215 |
| 7MFU Crystal structure of synthetic nanobody (Sb14+Sb68) complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2021-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
332–528（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.215 |
| 7MJG Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain 提交 2021-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y 突变：N501Y 突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 7MJH Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to VH ab8 提交 2021-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y 突变：N501Y 突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 7MJI Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to VH ab8 (focused refinement of RBD and VH ab8) 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 7MJJ Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to Fab ab1 (class 1) 提交 2021-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y 突变：N501Y 突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 7MJK Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to Fab ab1 (class 2) 提交 2021-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y 突变：N501Y 突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.73 Å |
| 7MJL Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to Fab ab1 (focused refinement of RBD and Fab ab1) 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 7MJM Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain 提交 2021-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y 突变：N501Y 突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 7MJN Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 N501Y mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 7MKB Human leukocyte antigen A*0201 in complex with SARS-CoV-2 epitope YLQPRTFLL 提交 2021-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；290 K；17% PEG10000, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.1 M ammonium acetate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.209 |
| 7MKL SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab SARS2-38 (three down conformation) 提交 2021-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7MKM SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with neutralizing Fab SARS2-38 (local refinement) 提交 2021-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–520（188 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 333-520)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 7MLZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody B1-182.1 that targets the receptor-binding domain 提交 2021-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 331-527
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plugging.
|
分辨率 3.71 Å |
| 7MM0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody B1-182.1 that targets the receptor-binding domain 提交 2021-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plugging.
|
分辨率 3.15 Å |
| 7MMO LY-CoV1404 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 提交 2021-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
329–527（199 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200mM Trimethylamine N-oxide, 20% PEG MME 2K, 100mM Tris HCl pH 6.0-7.0
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.253 |
| 7MMO LY-CoV1404 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 提交 2021-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
329–527（199 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200mM Trimethylamine N-oxide, 20% PEG MME 2K, 100mM Tris HCl pH 6.0-7.0
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.253 |
| 7MSQ Complex between the Fab arm of AB-3467 and the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) 提交 2021-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；Protein complex (5 mg/mL in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 100 mM BisTrisPropane (pH 6.9), 800 mM KSCN, 10% (v/v) glycerol, and 18%(m/v) PEG8000
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.245 |
| 7MSQ Complex between the Fab arm of AB-3467 and the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) 提交 2021-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 5 SCN THIOCYANATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；Protein complex (5 mg/mL in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 100 mM BisTrisPropane (pH 6.9), 800 mM KSCN, 10% (v/v) glycerol, and 18%(m/v) PEG8000
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.245 |
| 7MTC Structure of freshly purified SARS-CoV-2 S2P spike at pH 7.4 提交 2021-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7MTD Structure of aged SARS-CoV-2 S2P spike at pH 7.4 提交 2021-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7MTE Structure of SARS-CoV-2 S2P spike at pH 7.4 refolded by low-pH treatment 提交 2021-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7MW2 Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with all RBDs down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 6 提交 2021-05-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 7MW3 Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with two RBDs down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 6 提交 2021-05-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 7MW4 Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with one RBD down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 6 提交 2021-05-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7MW5 Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with one RBD down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 2 提交 2021-05-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7MW6 Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with three RBDs up in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 2 提交 2021-05-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 7MXP Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody LP5 Fab in complex with SARS-CoV-2 S2P spike 提交 2021-05-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.46 Å |
| 7MY2 CryoEM structure of neutralizing nanobody Nb30 in complex with SARS-CoV2 spike 提交 2021-05-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5mM Hepes pH7.4, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 7MY3 CryoEM structure of neutralizing nanobody Nb12 in complex with SARS-CoV2 spike 提交 2021-05-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5mM Hepes pH7.4, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7MY8 Fusion Peptide of SARS-CoV-2 Spike Rearranges into a Wedge Inserted in Bilayered Micelles 提交 2021-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
816–857（42 aa）
片段：residues 816-857
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 0
NMR样品组成
0.4 mM [U-99% 15N] Spike Fusion Peptide, Bicelles, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Spike Fusion Peptide, Bicelles, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7MZF SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 37 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M ammonium sulphate, 20% PEG3350, 0.1 M Tris chloride pH 8.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.227 |
| 7MZG SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 42 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% PEG8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium dihydrogen-dipotassium hydrogen phosphate pH 6.2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.236 |
| 7MZH SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab WCSL 119 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 7MZH SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab WCSL 119 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 7MZI SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab WCSL 129 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 14 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；18% PEG3350, 0.1 M tri sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.207 |
| 7MZJ SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab WCSL 129 and Fab PDI 93 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；23% PEG3350, 0.1 M sodium acetate pH 4.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.268 |
| 7MZJ SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab WCSL 129 and Fab PDI 93 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；23% PEG3350, 0.1 M sodium acetate pH 4.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.268 |
| 7MZK SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab WCSL 129 and Fab PDI 96 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Tri-sodium citrate pH 5.5, 10% PEG8000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.235 |
| 7MZK SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab WCSL 129 and Fab PDI 96 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Tri-sodium citrate pH 5.5, 10% PEG8000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.235 |
| 7MZL SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 210 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG6000, 0.1% (w/v) n-Octyl-b-D-glucoside
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.256 |
| 7MZM SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 215 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；in 12% isopropanol, 12% PEG4000, 0.1 M tri sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.257 |
| 7MZN SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 231 提交 2021-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG3350, 10% N,N-Dimethyldodecylamine N-oxide (LDAO), 0.2 M sodium sulphate
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.259 |
| 7N0G CryoEm structure of SARS-CoV-2 spike protein (S-6P, 1-up) in complex with sybodies (Sb45) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 7N0H CryoEM structure of SARS-CoV-2 spike protein (S-6P, 2-up) in complex with sybodies (Sb45) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 7N1A SARS-CoV-2 YLQ peptide binds to HLA-A2 提交 2021-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.2M Potassium thiocyanate (pH 7.0), 22% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.241 |
| 7N1A SARS-CoV-2 YLQ peptide binds to HLA-A2 提交 2021-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.2M Potassium thiocyanate (pH 7.0), 22% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.241 |
| 7N1B SARS-CoV-2 RLQ peptide binds to HLA-A2 提交 2021-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1000–1008（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 8000 by micro-seeding
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.269 |
| 7N1B SARS-CoV-2 RLQ peptide binds to HLA-A2 提交 2021-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
1000–1008（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 8000 by micro-seeding
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.269 |
| 7N1E SARS-CoV-2 RLQ peptide-specific TCR pRLQ3 binds to RLQ-HLA-A2 提交 2021-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1000–1008（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES (pH 6.0), 12% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.258 |
| 7N1F SARS-CoV-2 YLQ peptide-specific TCR pYLQ7 binds to YLQ-HLA-A2 提交 2021-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；in 0.1M Ammonium sulfate, 0.3M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate (pH 5.0), 3% (w/v) Gama-PGA (Na+ form, LM), 3% (w/v) PEG 20000
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.236 |
| 7N1Q Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants 提交 2021-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.425 |
| 7N1T Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants 提交 2021-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.425 |
| 7N1U Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants 提交 2021-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 7N1V Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants 提交 2021-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.437 |
| 7N1W Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants 提交 2021-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 7N1X Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants 提交 2021-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7N1Y Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants 提交 2021-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7N3I Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment C098 提交 2021-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
328–533（206 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.05 M citric acid, 0.05M BIS-TRIS propane pH 5.0, 14% PEG 3350
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.208 |
| 7N4I Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2057. 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.238 |
| 7N4J Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2173. 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.09M NPS (Sodium nitrate, Sodium phosphate dibasic, Ammonium sulfate), 0.1M buffer system 3 (Tris base and BICINE, pH 8.5), 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.207 |
| 7N4L Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2125. 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.12 M alcohol mixture (1,6-Hexanediol; 1-Butanol; 1,2-Propanediol; 2-Propanol; 1,4-Butanediol; 1,3-Propanediol), 0.1M buffer system 3 (Tris base and BICINE, pH 8.5), 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350) and 0.1 M Manganese(II) chloride tetrahydrate
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.329 |
| 7N4M Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2151. 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.317 |
| 7N5H Cryo-EM structure of broadly neutralizing antibody 2-36 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2021-06-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot time 3s
wait time 30s
blot force 0
|
分辨率 3.24 Å |
| 7N62 SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with C12C9 Fab (NTD local reconstruction) 提交 2021-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7N64 SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with G32R7 Fab (RBD and NTD local reconstruction) 提交 2021-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7N6D HLA peptide complex 提交 2021-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.247 |
| 7N6D HLA peptide complex 提交 2021-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.247 |
| 7N6D HLA peptide complex 提交 2021-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 K
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.247 |
| 7N6D HLA peptide complex 提交 2021-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 O
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.247 |
| 7N6E TCR peptide HLA-A2 complex 提交 2021-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 100 mM Tris-Cl
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.294 |
| 7N6E TCR peptide HLA-A2 complex 提交 2021-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 F
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 100 mM Tris-Cl
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.294 |
| 7N8H SARS-CoV-2 S (B.1.429 / epsilon variant) + S2M11 + S2L20 Global Refinement 提交 2021-06-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 7N8I SARS-CoV-2 S (B.1.429 / epsilon variant) + S2M11 + S2L20 (Local Refinement of the NTD/S2L20) 提交 2021-06-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7N9A Potent neutralizing nanobodies resist convergent circulating variants of SARS-CoV-2 by targeting novel and conserved epitopes-CovS RBD with NB21 提交 2021-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
334–528（195 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7N9B Potent neutralizing nanobodies resist convergent circulating variants of SARS-CoV-2 by targeting novel and conserved epitopes-CovS with NB21 提交 2021-06-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7N9C Potent neutralizing nanobodies resist convergent circulating variants of SARS-CoV-2 by targeting novel and conserved epitopes-CovS with NB95 提交 2021-06-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.71 Å |
| 7N9E Potent neutralizing nanobodies resist convergent circulating variants of SARS-CoV-2 by targeting novel and conserved epitopes-CovS with NB34 提交 2021-06-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7N9T CryoEM structure of SARS-CoV-2 Spike in complex with Nb17 提交 2021-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
25–1147（1123 aa）
链 B
25–1147（1123 aa）
链 C
25–1147（1123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 7NAB Crystal structure of human neutralizing mAb CV3-25 binding to SARS-CoV-2 S MPER peptide 1140-1165 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1140–1165（26 aa）
片段：SARS-CoV-2 S2 peptide (1140-1165)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；10mg/mL CV3-25 Fab mixed with 10-fold (molar-ratio) of S2 peptide (1140-1165), 0.1M Na citrate pH 5.6, 20% PEG4000, 20% isopropanol
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.238 |
| 7NAB Crystal structure of human neutralizing mAb CV3-25 binding to SARS-CoV-2 S MPER peptide 1140-1165 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1140–1165（26 aa）
片段：SARS-CoV-2 S2 peptide (1140-1165)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 6 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；10mg/mL CV3-25 Fab mixed with 10-fold (molar-ratio) of S2 peptide (1140-1165), 0.1M Na citrate pH 5.6, 20% PEG4000, 20% isopropanol
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.238 |
| 7ND3 EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-40 Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7ND4 EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-88 Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7ND5 EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-150 Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ND6 EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-40 Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 7ND7 EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-316 Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7ND8 EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-384 Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ND9 EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein (one RBD up) in complex with COVOX-253H55L Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7NDA EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein (all RBD down) in complex with COVOX-253H55L Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7NDB EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-253H165L Fab 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7NDC EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein (all RBD down) in complex with COVOX-159 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7NDD EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein (one RBD up) in complex with COVOX-159 提交 2021-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7NEH Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-269 Fab 提交 2021-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 NO3 NITRATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.09 M NPS, 0.1 M sodium HEPES and MOPS, 30% EDO_P8K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.198 |
| 7NKT RBD domain of SARS-CoV2 in complex with neutralizing nanobody NM1226 提交 2021-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 AAA
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；50mM K2HPO4, 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.224 |
| 7NLL SARS-CoV-2 Spike RBD (dimer) in complex with two Fu2 nanobodies 提交 2021-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
319–540（222 aa）
链 D
319–540（222 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 7NP1 Crystal Structure of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain in Complex with Antibody ION-360 提交 2021-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；16% PEG3350
0.2 M ammonium citrate tribasic
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 7NP1 Crystal Structure of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain in Complex with Antibody ION-360 提交 2021-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；16% PEG3350
0.2 M ammonium citrate tribasic
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 7NP1 Crystal Structure of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain in Complex with Antibody ION-360 提交 2021-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；16% PEG3350
0.2 M ammonium citrate tribasic
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 7NP1 Crystal Structure of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain in Complex with Antibody ION-360 提交 2021-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；16% PEG3350
0.2 M ammonium citrate tribasic
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 7NS6 SARS-CoV-2 Spike (dimers) in complex with six Fu2 nanobodies 提交 2021-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 I
1–1208（1208 aa）
链 J
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
链 L
1–1208（1208 aa）
链 M
1–1208（1208 aa）
链 N
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 46 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 7NT9 Trimeric SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with biliverdin (closed conformation) 提交 2021-03-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 1 mM ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), 25 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 7NTA Trimeric SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with biliverdin (one RBD erect) 提交 2021-03-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 1 mM ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), 25 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7NTC Trimeric SARS-CoV-2 spike ectodomain bound to P008_056 Fab 提交 2021-03-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 1 mM ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), 25 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7NX6 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 7 SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.248 |
| 7NX7 Crystal structure of the K417N mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 13 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000.
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 7NX8 Crystal structure of the K417T mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 SO4 SULFATE ION × 12 CIT CITRIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.246 |
| 7NX9 Crystal structure of the N501Y mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 7NXA Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 B.1.351 variant Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 19 GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.253 |
| 7NXB Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 P.1 variant Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 15 GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.246 |
| 7NXC Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 P.1 variant Spike glycoprotein in complex with ACE2 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–528（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；0.1 M Imidazole pH 7.0 and 20% w/v Polyethylene glycol 6,000
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.278 |
| 7OAN Nanobody C5 bound to Spike 提交 2021-04-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；Standard buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OAO Nanobody C5 bound to RBD 提交 2021-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 30 % w/v PEG 8000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.186 |
| 7OAP Nanobody H3 AND C1 bound to RBD 提交 2021-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 EEE
331–532（202 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.0 M Lithium chloride, 0.1 M Citrate pH 4, 20 % Peg 6000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.204 |
| 7OAQ Nanobody H3 AND C1 bound to RBD with Kent mutation 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.0 M Lithium chloride, 0.1 M Citrate pH 4, 20 % Peg 6000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.178 |
| 7OAU Nanobody C5 bound to Kent variant RBD (N501Y) 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 AAA
330–532（203 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium fluoride and 20 % Peg 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.199 |
| 7OAU Nanobody C5 bound to Kent variant RBD (N501Y) 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
突变：N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium fluoride and 20 % Peg 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.199 |
| 7OAY Nanobody F2 bound to RBD 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 AAA
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M SPG, pH 8, 25 % Peg 1500,
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.228 |
| 7OAY Nanobody F2 bound to RBD 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 CCC
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M SPG, pH 8, 25 % Peg 1500,
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.228 |
| 7OAY Nanobody F2 bound to RBD 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M SPG, pH 8, 25 % Peg 1500,
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.228 |
| 7OAY Nanobody F2 bound to RBD 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 GGG
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M SPG, pH 8, 25 % Peg 1500,
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.228 |
| 7OAY Nanobody F2 bound to RBD 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 III
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M SPG, pH 8, 25 % Peg 1500,
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.228 |
| 7OAY Nanobody F2 bound to RBD 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 KKK
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M SPG, pH 8, 25 % Peg 1500,
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.228 |
| 7OD3 SARS CoV-2 Spike protein, Bristol UK Deletion variant, Closed conformation, C3 symmetry 提交 2021-04-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7ODL SARS CoV-2 Spike protein, Bristol UK Deletion variant, Closed conformation, C1 symmetry 提交 2021-04-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 7OLZ Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with neutralizing-VHHs Re5D06 and Re9F06 提交 2021-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | DMX 3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M MOPS pH 7.5, 2.07 M ammonium sulfate, 0.1 M NDSB-256
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.209 |
| 7OR9 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and COVOX-278 Fabs 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M amino acids (Glu, Ala, Gly, Lys, Ser), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% (w/v) PEG 20000 and 20% (v/v) PEG MME 550.
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.230 |
| 7ORA Crystal structure of the T478K mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-45 and COVOX-253 Fabs 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
333–528（196 aa）
|
突变：T478K | GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5 and 20% (w/v) PEG 10,000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.245 |
| 7ORA Crystal structure of the T478K mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-45 and COVOX-253 Fabs 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
333–528（196 aa）
|
突变：T478K | GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5 and 20% (w/v) PEG 10,000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.245 |
| 7ORB Crystal structure of the L452R mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-75 and COVOX-253 Fabs 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 16% (w/v) PEG 10000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.251 |
| 7ORB Crystal structure of the L452R mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-75 and COVOX-253 Fabs 提交 2021-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 X
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CL CHLORIDE ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 16% (w/v) PEG 10000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.251 |
| 7OWX Structure of coiled-coil tetramer from SARS-CoV-2 spike stalk region 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1177–1203（27 aa）
链 B
1177–1203（27 aa）
链 C
1177–1203（27 aa）
链 D
1177–1203（27 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.002 M zinc chloride, 0.1 M Tris pH 8, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.233 |
| 7P19 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD Q498Y complexed with human ACE2 提交 2021-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
334–541（208 aa）
|
突变：Q498Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium phosphate pH 6.5, 12% w/v PEG 8000
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.288 |
| 7P19 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD Q498Y complexed with human ACE2 提交 2021-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
334–541（208 aa）
|
突变：Q498Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium phosphate pH 6.5, 12% w/v PEG 8000
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.288 |
| 7P3D MHC I A02 Allele presenting YLQPRTFLL 提交 2021-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
269–277（9 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, and 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.231 |
| 7P5G NMR structure of a peptide deriving from SARS-CoV-2 S RBD 482-506 fragment in HFIP/H2O 提交 2021-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
482–506（25 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 2.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成
2.5 mM SMIMIC-OR, 50 % v/v Hexafluoroisopropanol, 40 % v/v H2O, 10 % v/v [U-100% 2H] D2O, 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O | 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7P5Q NMR structure of a peptide deriving from SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 S RBD 482-506 fragment in HFIP/H2O 提交 2021-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
482–506（25 aa）
|
突变：N501Y | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 2.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成
2.5 mM SMIMIC-a, 50 % v/v Hexafluoroisopropanol, 40 % v/v H2O, 10 % v/v [U-100% 2H] D2O, 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O | 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7P5S NMR structure of a peptide deriving from SARS-CoV-2 Lineages P.1 and B.1.351 S RBD 482-506 fragment in HFIP/H2O 提交 2021-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
482–506（25 aa）
|
突变：E484K, N501Y | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 2.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成
2.5 mM SMIMIC-bg, 50 % v/v Hexafluoroisopropanol, 40 % v/v H2O, 10 % v/v [U-100% 2H] D2O, 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O | 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7P77 SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15 and sybody#68 in a 3up conformation 提交 2021-07-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 7P78 SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15 and sybody#68 in a 1up/1up-out/1down conformation 提交 2021-07-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 7P79 SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybodyb#15 in a 1up/1up-out/1down conformation. 提交 2021-07-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7P7A SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#68 in a 2up/1flexible conformation 提交 2021-07-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.76 Å |
| 7P7B SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody no68 in a 1up/2down conformation 提交 2021-07-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 7PBE Emergence of immune escape at dominant SARS-CoV-2 killer T-cell epitope 提交 2021-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
269–277（9 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 25 % w/v PEG 4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.296 |
| 7PBE Emergence of immune escape at dominant SARS-CoV-2 killer T-cell epitope 提交 2021-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 H
269–277（9 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 25 % w/v PEG 4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.296 |
| 7PQY Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with FI-3A Fab 提交 2021-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08 M sodium citrate tribasic and 24% (w/v) PEG 550.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.245 |
| 7PQY Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with FI-3A Fab 提交 2021-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08 M sodium citrate tribasic and 24% (w/v) PEG 550.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.245 |
| 7PQZ Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with FI-3A and FD-11A Fabs 提交 2021-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.9 M sodium formate pH 7.0
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.240 |
| 7PR0 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with FD-5D Fab 提交 2021-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NO3 NITRATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% (w/v) PEG 20 000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.03 M of each NPS (NaNO3; Na2HPO4; (NH4)2SO4) and 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5.
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.251 |
| 7PR0 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with FD-5D Fab 提交 2021-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NO3 NITRATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% (w/v) PEG 20 000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.03 M of each NPS (NaNO3; Na2HPO4; (NH4)2SO4) and 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5.
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.251 |
| 7PR0 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with FD-5D Fab 提交 2021-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% (w/v) PEG 20 000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.03 M of each NPS (NaNO3; Na2HPO4; (NH4)2SO4) and 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5.
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.251 |
| 7PRY Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with COVOX-45 and beta-6 Fabs 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 I
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, and 18% (w/v) PEG 20000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |
| 7PRY Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with COVOX-45 and beta-6 Fabs 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, and 18% (w/v) PEG 20000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |
| 7PRZ Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with beta-22 Fabs 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 15 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；containing 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.223 |
| 7PS0 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with beta-24 Fabs 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.5 and 20% (w/v) PEG 5000 MME.
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.271 |
| 7PS0 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with beta-24 Fabs 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.5 and 20% (w/v) PEG 5000 MME.
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.271 |
| 7PS1 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-27 Fab 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 4 IOD IODIDE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium iodide, 0.1 M MES pH 6.5 and 25% (w/v) PEG 4000.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.215 |
| 7PS2 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-29 and Beta-53 Fabs 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 14 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 1.5 M Ammonium sulfate.
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.266 |
| 7PS4 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-38 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.8 M Sodium/potassium phosphate pH 7.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.231 |
| 7PS4 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-38 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.8 M Sodium/potassium phosphate pH 7.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.231 |
| 7PS5 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-47 Fab 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Potassium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0 and 15% (w/v) PEG 2000 MME
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.274 |
| 7PS6 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-44 and Beta-54 Fabs 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Citric acid pH 3.5 and 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.240 |
| 7PS7 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-40 Fab 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.02 M of each carboxylic acid and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.284 |
| 7PS7 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-40 Fab 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.02 M of each carboxylic acid and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.284 |
| 7Q0A SARS-CoV-2 Spike ectodomain with Fab FI3A 提交 2021-10-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7Q0G Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-49 and FI-3A Fabs 提交 2021-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 13 CL CHLORIDE ION × 14 K POTASSIUM ION × 14 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 10% w/v Polyethylene glycol 10,000
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.224 |
| 7Q0H Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-50 and Beta-54 提交 2021-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0, 28% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.303 |
| 7Q0I Crystal structure of the N-terminal domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-43 提交 2021-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
13–305（293 aa）
链 D
13–305（293 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES, 25 % w/v PEG 2000 MME
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.242 |
| 7Q1Z Structure of formaldehyde cross-linked SARS-CoV-2 S glycoprotein 提交 2021-10-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7Q6E Beta049 fab in complex with SARS-CoV2 beta-Spike glycoprotein, The Beta mAb response underscores the antigenic distance to other SARS-CoV-2 variants 提交 2021-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1205（1205 aa）
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7Q9F Beta-50 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7Q9G COVOX-222 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7Q9I Beta-43 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 7Q9J Beta-26 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1205（1205 aa）
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7Q9K Beta-32 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7Q9M Beta-53 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7Q9P Beta-06 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1205（1205 aa）
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7QDG SARS-CoV-2 S protein S:A222V + S:D614G mutant 1-up 提交 2021-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–1213（1199 aa）
链 B
15–1213（1199 aa）
链 C
15–1213（1199 aa）
|
突变：S:A222V + S:D614G 突变：S:A222V + S:D614G 突变：S:A222V + S:D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7QDH SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up 提交 2021-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–1213（1199 aa）
链 B
15–1213（1199 aa）
链 C
15–1213（1199 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7QEZ Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the ultrapotent antibody CV2.1169 and CR3022 提交 2021-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
331–528（198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；15% PEG 8000, 0.5 M lithium sulfate
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.281 |
| 7QF0 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the human antibody CV2.2325 提交 2021-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–528（198 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；0.1 M ammonium citrate (pH 7.0), 12% PEG 3350,
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 7QF1 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the human antibody CV2.6264 提交 2021-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
331–528（198 aa）
链 F
331–528（198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M NaAc, 7% PEG 6000, 30% ethanol
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.254 |
| 7QO9 SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 - RBD and NTD (Local) 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 7QTI SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 - 3-P2G3 and 1-P5C3 Fabs (Global) 提交 2022-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–1205（1205 aa）
链 D
1–1205（1205 aa）
链 K
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 7QUR SARS-CoV-2 Spike with ethylbenzamide-tri-iodo Siallyllactose, C3 symmetry 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 GE9 2,3,5-tris(iodanyl)benzamide × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.27 Å |
| 7QUS SARS-CoV-2 Spike, C3 symmetry 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å |
| 7R0Z Dissociated S1 domain of Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike bound to ACE2 (Non-Uniform Refinement) 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7R10 Dissociated S1 domain of Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike bound to ACE2 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7R11 Dissociated S1 domain of Beta Variant SARS-CoV-2 Spike bound to ACE2 (Non-Uniform Refinement) 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7R12 Dissociated S1 domain of Mink Variant SARS-CoV-2 Spike bound to ACE2 (Non-Uniform Refinement) 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7R13 Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike in Closed conformation 提交 2022-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7R14 Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike with 1 Erect RBD 提交 2022-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7R16 Beta Variant SARS-CoV-2 Spike with 1 Erect RBD 提交 2022-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7R17 Beta Variant SARS-CoV-2 Spike with 2 Erect RBDs 提交 2022-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7R18 Mink Variant SARS-CoV-2 Spike in Closed conformation 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1146（1146 aa）
链 B
1–1146（1146 aa）
链 C
1–1146（1146 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7R19 Mink Variant SARS-CoV-2 Spike with 2 Erect RBDs 提交 2022-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7R1A Furin Cleaved Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike in complex with 3 ACE2 提交 2022-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7R1B Mink Variant SARS-CoV-2 Spike with 1 Erect RBD 提交 2022-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7R40 Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 87G7 antibody Fab fragment 提交 2022-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7R4I The SARS-CoV-2 spike in complex with the 2.15 neutralizing nanobody 提交 2022-02-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7R4Q The SARS-CoV-2 spike in complex with the 1.29 neutralizing nanobody 提交 2022-02-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7R4R The SARS-CoV-2 spike in complex with the 1.10 neutralizing nanobody 提交 2022-02-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7R6W SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) in complex with S2X35 Fab and S309 Fab 提交 2021-06-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
328–531（204 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP reisdues 328-531)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 23 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 POL N-PROPANOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.85 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.17, 0.8% w/v polyvinyl alcohol, 1% v/v 1-propanol, 0.01 M HEPES, pH 7
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.232 |
| 7R6X SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) in complex with S2E12 Fab, S309 Fab, and S304 Fab 提交 2021-06-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 R
328–531（204 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 328-531)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Crystal 1: 0.09 M phosphate/citrate, pH 5.5, 27% v/v PEG Smear Low, 4% v/v polypropylene glycol 400, 0.02 M imidazole, pH 7, Crystal 2: 0.09 M phosphate/citrate, pH 5.5, 27% v/v PEG Smear Low, 0.01 M potassium/sodium phosphate, pH 7, 1% v/v PPGBA 230, 1.5% v/v PPGBA 400
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.262 |
| 7R7N SARS-CoV-2 spike in complex with the S2D106 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the RBD and S2D106) 提交 2021-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 7R8L Structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with neutralizing antibody C099 and CR3022 提交 2021-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
334–528（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1M Sodium cacodylate, 40% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), and 5% PEG8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.229 |
| 7R8M Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with neutralizing antibody C032 提交 2021-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.40 Å |
| 7R8N Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with neutralizing antibody C051 提交 2021-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 E
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.55 Å |
| 7R8O Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with neutralizing antibody C548 提交 2021-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 E
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.50 Å |
| 7R95 Membrane bound structure of HR1 domain of SARS-CoV-2 spike protein 提交 2021-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
919–965（47 aa）
片段：Heptad repeat 1 domain, residues 919-965
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR测量条件
pH 6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
0.4 mM [U-13C; U-15N; U-2H] SARS-CoV-2 spike protein HR1 domain, 20 mM sodium phosphate buffer, 30 mM NaCl, 150 mM DMPC/DHPC, 97% H2O/3% D2O | 97% H2O/3% D2O
NMR样品组成
0.3 mM 15N, 2H SARS-CoV-2 spike protein HR1 domain, 20 mM sodium phosphate buffer, 30 mM NaCl, 150 mM DMPC/DHPC, 97% H2O/3% D2O | 97% H2O/3% D2O
NMR样品组成
0.1 mM 15N, 2H SARS-CoV-2 spike protein HR1 domain, 20 mM sodium phosphate buffer, 30 mM NaCl, 100 mM DMPC/DHPC, 97% H2O/3% D2O | 97% H2O/3% D2O
NMR样品组成
0.15 mM 15N, 2H SARS-CoV-2 spike protein HR1 domain, 20 mM sodium phosphate buffer, 30 mM NaCl, 120 mM DMPC/DHPC, 97% H2O/3% D2O | 97% H2O/3% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7RA8 SARS-CoV-2 S glycoprotein in complex with S2X259 Fab 提交 2021-06-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7RAL SARS-CoV-2 S bound to S2X259 Fab (local refinement of the RBD/S2X259 variable domains) 提交 2021-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7RAQ Crystal structure of CV3-25 Fab bound to SARS-CoV-2 spike stem helix peptide 提交 2021-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 P
1149–1167（19 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Na Acetate:HCl, pH 4.5, 2.0M (NH4)2SO4, 0.01M SrCl
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.203 |
| 7RBU SARS-CoV-2 Spike in complex with PVI.V6-14 Fab 提交 2021-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
14–307（294 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 14-307)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7RBV SARS-CoV-2 Spike in complex with PVI.V6-14 Fab 提交 2021-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7RBY Crystal structure of Nanobody nb112 and SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
329–538（210 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Mg(OAc)2, 0.1 M MOPS pH 7.5, 12% w/v PEG8000
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.287 |
| 7RBY Crystal structure of Nanobody nb112 and SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
329–538（210 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Mg(OAc)2, 0.1 M MOPS pH 7.5, 12% w/v PEG8000
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.287 |
| 7RKU Structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C022 提交 2021-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–533（206 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.05M ammonium sulfate, 0.05M BIS-Tris, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.231 |
| 7RKU Structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C022 提交 2021-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
328–533（206 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.05M ammonium sulfate, 0.05M BIS-Tris, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.231 |
| 7RKU Structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C022 提交 2021-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
328–533（206 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.05M ammonium sulfate, 0.05M BIS-Tris, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.231 |
| 7RKU Structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C022 提交 2021-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
328–533（206 aa）
片段：Receptor Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.05M ammonium sulfate, 0.05M BIS-Tris, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.231 |
| 7RKV Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with neutralizing antibody C118 (State 1) 提交 2021-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7RNJ S2P6 Fab fragment bound to the SARS-CoV/SARS-CoV-2 spike stem helix peptide 提交 2021-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1146–1159（14 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 25% (v/v) PEG Smear Broad
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.274 |
| 7RPV Crystal structure of affinity-enhancing and catalytically inactive ACE2 in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
320–537（218 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG8000
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.292 |
| 7RPV Crystal structure of affinity-enhancing and catalytically inactive ACE2 in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
320–537（218 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG8000
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.292 |
| 7RPV Crystal structure of affinity-enhancing and catalytically inactive ACE2 in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
320–537（218 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG8000
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.292 |
| 7RPV Crystal structure of affinity-enhancing and catalytically inactive ACE2 in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
320–537（218 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG8000
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.292 |
| 7RQ6 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with non-neutralizing NTD-directed CV3-13 Fab isolated from convalescent individual 提交 2021-08-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.18 Å |
| 7RR0 SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 222 提交 2021-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 7RTD SARS-CoV-2 Spike-derived peptide S269-277 (YLQPRTFLL) presented by HLA-A*02:01 提交 2021-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M NaFluoride
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.235 |
| 7RTR YLQ-SG3 TCR in complex with SARS-CoV-2 Spike-derived peptide S269-277 (YLQPRTFLL) presented by HLA-A*02:01 提交 2021-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
269–277（9 aa）
片段：epitope YLQPRTFLL (UNP residues 269-277)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.05 M Zinc Acetate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.235 |
| 7RU1 SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (C3 symmetry) 提交 2021-08-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 2.80 Å |
| 7RU2 SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (asymmetric) 提交 2021-08-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.00 Å |
| 7RU3 CC6.33 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (non-uniform refinement) 提交 2021-08-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.30 Å |
| 7RU4 CC6.33 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (RBD/Fv local refinement) 提交 2021-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.30 Å |
| 7RU5 CC6.30 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (non-uniform refinement) 提交 2021-08-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.60 Å |
| 7RU8 CC6.30 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (RBD/Fv local refinement) 提交 2021-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.80 Å |
| 7RW2 Cryo-EM structure of NTD-directed neutralizing antibody 5-7 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2021-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7RXD CryoEM structure of RBD domain of COVID-19 in complex with Legobody 提交 2021-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
334–526（193 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7RZQ Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex 提交 2021-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1162–1201（40 aa）
链 E
1162–1201（40 aa）
链 F
1162–1201（40 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.09 Å |
| 7RZR Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with D936Y mutation 提交 2021-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1162–1201（40 aa）
链 E
1162–1201（40 aa）
链 F
1162–1201（40 aa）
|
突变：D936Y 突变：D936Y 突变：D936Y | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.27 Å |
| 7RZS Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with L938F mutation 提交 2021-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1162–1201（40 aa）
链 E
1162–1201（40 aa）
链 F
1162–1201（40 aa）
|
突变：L938F 突变：L938F 突变：L938F | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.52 Å |
| 7RZT Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with S940F mutation 提交 2021-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1162–1201（40 aa）
链 E
1162–1201（40 aa）
链 F
1162–1201（40 aa）
|
突变：S940F 突变：S940F 突变：S940F | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.35 Å |
| 7RZU Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with A942S mutation 提交 2021-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1162–1201（40 aa）
链 E
1162–1201（40 aa）
链 F
1162–1201（40 aa）
|
突变：A942S 突变：A942S 突变：A942S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 7RZV Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with V1176F mutation 提交 2021-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1157–1201（45 aa）
链 E
1157–1201（45 aa）
链 F
1157–1201（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.11 Å |
| 7S0B Structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with neutralizing antibody N-612-056 提交 2021-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
319–533（215 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Lithium citrate tribasic tetrahydrate and 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.260 |
| 7S0B Structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with neutralizing antibody N-612-056 提交 2021-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–533（215 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Lithium citrate tribasic tetrahydrate and 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.260 |
| 7S0C Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with neutralizing antibody N-612-017 提交 2021-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7S0D Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with neutralizing antibody N-612-014 提交 2021-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7S0E Structure of the SARS-CoV-2 S1 subunit in complex with antibody N-612-004 提交 2021-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 7S3N SARS-CoV-2 S stem helix peptide bound to Fab22 提交 2021-09-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1146–1164（19 aa）
片段：stem helix peptide (UNP residues 1146-1164)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 23% PEG8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 7S4S Crystal Structure of SARS-CoV-2 S receptor-binding domain (RBD) in complex CoV11 Fab 提交 2021-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；15% PEG 4000
150 mM ammonium sulfate
0.1 M MES pH 6.0
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.198 |
| 7S5P Crystal structure of SARS-CoV-2 B.1.351 variant receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CS23 提交 2021-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293.15 K；1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M bicine pH 9.0
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.247 |
| 7S5Q Crystal structure of SARS-CoV-2 B.1.351 variant receptor binding domain in complex with neutralizing antibodies CS44 and COVA1-16 提交 2021-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293.15 K；1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.257 |
| 7S5R Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibodies CV07-287 and COVA1-16 提交 2021-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293.15 K；1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M bicine pH 9.0
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.237 |
| 7S6I SARS-CoV-2-6P-Mut2 S protein 提交 2021-09-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P 突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P 突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.20 Å |
| 7S6J J08 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut2 S protein (conformation 1) 提交 2021-09-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P 突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P 突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.40 Å |
| 7S6K J08 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut2 S protein (conformation 2) 提交 2021-09-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P 突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P 突变：S383C, R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, D985C, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 3.40 Å |
| 7S6L J08 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (conformation 3) 提交 2021-09-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blot time
|
分辨率 4.00 Å |
| 7S83 Crystal structure of SARS CoV-2 Spike Receptor Binding Domain in complex with shark neutralizing VNARs ShAb01 and ShAb02 提交 2021-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；14.5% PEG20000,
0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.278 |
| 7SA2 SARS-CoV-2 spike-derived peptide S1060-1068 (VVFLHVTYV) presented by HLA-A*02:01 提交 2021-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1060–1068（9 aa）
片段：UNP residues 1060-1068
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M K formate, 1 mM CdCl2
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.196 |
| 7SBK Closed state of pre-fusion SARS-CoV-2 Delta variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.425 |
| 7SBL One RBD-up 1 of pre-fusion SARS-CoV-2 Delta variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.425 |
| 7SBO One RBD-up 2 of pre-fusion SARS-CoV-2 Delta variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.425 |
| 7SBP Closed state of pre-fusion SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.425 |
| 7SBQ One RBD-up 1 of pre-fusion SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.437 |
| 7SBR One RBD-up 2 of pre-fusion SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.437 |
| 7SBS One RBD-up 1 of pre-fusion SARS-CoV-2 Gamma variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.437 |
| 7SBT One RBD-up 2 of pre-fusion SARS-CoV-2 Gamma variant spike protein 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.437 |
| 7SBU Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with a highly potent antibody J08 Fab 提交 2021-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；17% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 8.5% (v/v) Isopropanol, 0.085 M Sodium HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.261 |
| 7SC1 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, R40-1G8 提交 2021-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SD5 Crystallographic structure of neutralizing antibody 10-40 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain 提交 2021-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 319-537)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；310 K；0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, 8% PEG550 MME, 8% PEG20000
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.206 |
| 7SI2 Crystal structure of neutralizing antibody 10-28 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD) 提交 2021-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–537（219 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP reisdues 319-537)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350, 30% PEG2000 MME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.261 |
| 7SI2 Crystal structure of neutralizing antibody 10-28 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD) 提交 2021-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–537（219 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP reisdues 319-537)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350, 30% PEG2000 MME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.261 |
| 7SI2 Crystal structure of neutralizing antibody 10-28 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD) 提交 2021-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP reisdues 319-537)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350, 30% PEG2000 MME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.261 |
| 7SIS SARS-CoV-2 Spike-derived peptide S976-984 (VLNDILSRL) presented by HLA-A*02:01 提交 2021-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
976–984（9 aa）
片段：UNP residues 976-984
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 CD CADMIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium Formate, 1 mM CdCl2
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.206 |
| 7SJ0 Antibody A7V3 bound to N-terminal domain of the spike 提交 2021-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 7SJS Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody CC40.8 提交 2021-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1140–1164（25 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.26；293.15 K；0.1 M sodium acetate buffer at pH 4.26, 0.2 M ammonium sulfate, and 28% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.206 |
| 7SN2 Structure of human SARS-CoV-2 neutralizing antibody C1C-A3 Fab 提交 2021-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4-6 seconds
|
分辨率 4.30 Å |
| 7SN3 Structure of human SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer bound by neutralizing antibody C1C-A3 Fab (variable region) 提交 2021-10-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 4-6 seconds
|
分辨率 3.10 Å |
| 7SO9 SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 + S2L20 Global Refinement 提交 2021-10-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7SOA SARS-CoV-2 S NTD B.1.617.2 delta variant + S2L20 Local Refinement 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7SOB SARS-CoV-2 S B.1.617.1 kappa variant + S309 + S2L20 Global Refinement 提交 2021-10-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7SOC SARS-CoV-2 S RBD B.1.617.1 kappa variant S309 Local Refinement 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SOD SARS-CoV-2 S NTD B.1.617.1 kappa variant S2L20 Local Refinement 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SOE SARS-CoV-2 S B.1.617.1 kappa variant + S2X303 Global Refinement 提交 2021-10-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7SOF SARS-CoV-2 S NTD B.1.617.1 kappa variant S2X303 Local Refinement 提交 2021-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7SPO Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with VNAR 3B4 提交 2021-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.226 |
| 7SPO Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with VNAR 3B4 提交 2021-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–532（203 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.226 |
| 7SPP Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with VNAR 2C02 提交 2021-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–535（217 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium sulfate and 20 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.224 |
| 7SWN G32A4 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 6P (RBD local reconstruction) 提交 2021-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7SWO C98C7 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 6P (RBD local reconstruction) 提交 2021-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–528（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7SWP G32Q4 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 6P (RBD local reconstruction) 提交 2021-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–528（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7SWW SARS-CoV-2 Spike NTD in complex with neutralizing Fab SARS2-57 (local refinement) 提交 2021-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–304（291 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 14-304)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 7SWX SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab SARS2-57 (three down conformation) 提交 2021-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1146（1133 aa）
链 B
14–1146（1133 aa）
链 C
14–1146（1133 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 7SXR Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G mutant spike protein ectodomain 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7SXS Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,L452R mutant spike protein ectodomain 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, L452R 突变：D614G, L452R 突变：D614G, L452R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 7SXT Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y mutant spike protein ectodomain 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, N501Y 突变：D614G, N501Y 突变：D614G, N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.31 Å |
| 7SXU Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K mutant spike protein ectodomain 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, N501Y, E484K 突变：D614G, N501Y, E484K 突变：D614G, N501Y, E484K | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7SXV Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K,K417N mutant spike protein ectodomain 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, N501Y, E484K, K417N 突变：D614G, N501Y, E484K, K417N 突变：D614G, N501Y, E484K, K417N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 7SXW Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K,K417T mutant spike protein ectodomain 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, N501Y, E484K, K417T 突变：D614G, N501Y, E484K, K417T 突变：D614G, N501Y, E484K, K417T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 7SXX Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (global refinement) 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 7SXY Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 7SXZ Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,L452R mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (global refinement) 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 7SY0 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,L452R mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7SY1 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (global refinement) 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, N501Y 突变：D614G, N501Y 突变：D614G, N501Y | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 7SY2 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 7SY3 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (global refinement) 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 7SY4 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 7SY5 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K,K417N mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (global refinement) 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, N501Y, E484K, K417N 突变：D614G, N501Y, E484K, K417N 突变：D614G, N501Y, E484K, K417N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 7SY6 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K,K417N mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 7SY7 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K,K417T mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (global refinement) 提交 2021-11-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 7SY8 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 D614G,N501Y,E484K,K417T mutant spike protein ectodomain bound to human ACE2 ectodomain (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 7T01 SARS-CoV-2 S-RBD + Fab 54042-4 提交 2021-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
329–529（201 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；-4 force, 3 s blot
|
分辨率 2.69 Å |
| 7T3M SARS-CoV-2 S (Spike Glycoprotein) D614G with Three (3) RBDs Up, Bound to Antibody 2-7 scFv, composite map 提交 2021-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1149（1149 aa）
链 C
1–1149（1149 aa）
链 G
1–1149（1149 aa）
|
突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V986P 突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V986P 突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V986P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7T67 SARS-CoV-2 S (Spike Glycoprotein) D614G with One(1) RBD Up 提交 2021-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1149（1149 aa）
链 C
1–1149（1149 aa）
链 G
1–1149（1149 aa）
|
突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V986P 突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V986P 突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V986P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7T72 Epitope-based selection of SARS-CoV-2 neutralizing antibodies from convalescent patients 提交 2021-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–528（196 aa）
片段：Receptor Binding Domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Equal volumes (2 uL) of protein solution (~5 mg/ml in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) and well solution (100 mM citrate (pH 4.25), 500 mM LiCl, 13% (w/v) PEG6000) were combined
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.308 |
| 7T7B Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with a cross-neutralizing antibody ADI-62113 Fab 提交 2021-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；0.08 M sodium acetate pH 4.6, 0.16 M ammonium sulfate, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, and 20% (v/v) glycerol
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.267 |
| 7T9J Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 Omicron spike protein 提交 2021-12-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 7T9K Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike protein in complex with human ACE2 提交 2021-12-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.45 Å |
| 7T9L Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2021-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 7TAS SARS-CoV-2 spike in complex with the S2K146 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the RBD and S2K146) 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7TAT SARS-CoV-2 spike in complex with the S2K146 neutralizing antibody Fab fragment (two receptor-binding domains open) 提交 2021-12-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7TB8 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies B1-182.1 and A19-61.1 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-3.5 seconds before plugging.
|
分辨率 2.83 Å |
| 7TBF Locally refined region of SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies B1-182.1 and A19-61.1 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
332–527（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-3.5 seconds before plugging.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7TC9 Locally refined region of SARS-CoV-2 spike in complex with antibody A19-46.1 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
332–526（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-3.5 seconds before plugging.
|
分辨率 5.08 Å |
| 7TCA Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike in complex with antibody A19-46.1 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
14–1205（1192 aa）
链 B
14–1205（1192 aa）
链 C
14–1205（1192 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-3.5 seconds before plugging.
|
分辨率 3.85 Å |
| 7TCC Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike in complex with antibodies A19-46.1 and B1-182.1 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
14–1205（1192 aa）
链 B
14–1205（1192 aa）
链 C
14–1205（1192 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；100 mM HEPES, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-3.5 seconds before plugging.
|
分辨率 3.86 Å |
| 7TCQ Crystal structure of SARS-CoV-2 neutralizing antibody WS6 in complex with spike S2 peptide 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1148–1157（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate and 30 % PEG400
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.213 |
| 7TCQ Crystal structure of SARS-CoV-2 neutralizing antibody WS6 in complex with spike S2 peptide 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1148–1157（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate and 30 % PEG400
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.213 |
| 7TE1 SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain in Complex with Ab17 提交 2022-01-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 D
319–529（211 aa）
链 E
319–529（211 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.344 |
| 7TEI SARS-CoV-2 Omicron 1-RBD up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron) 提交 2022-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1147（1147 aa）
链 B
1–1147（1147 aa）
链 C
1–1147（1147 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7TEW Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta (B.1.617.2) spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7TEX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta (B.1.617.2) spike protein in complex with human ACE2 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 7TEY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta (B.1.617.2) spike protein 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.25 Å |
| 7TEZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617.1) spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 7TF0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617.1) spike protein in complex with human ACE2 提交 2022-01-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 7TF1 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617.1) Q484I spike protein (focused refinement of RBD) 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.57 Å |
| 7TF2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617.1) Q484I spike protein 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 7TF3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617.1) Q484A spike protein 提交 2022-01-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.25 Å |
| 7TF4 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617.1) spike protein (focused refinement of RBD) 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 7TF5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617.1) spike protein 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 7TF8 SARS-CoV-2 Omicron 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron) 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1147（1147 aa）
链 B
1–1147（1147 aa）
链 C
1–1147（1147 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 7TGW Omicron spike at 3.0 A (open form) 提交 2022-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7TGX Prototypic SARS-CoV-2 G614 spike (open form) 提交 2022-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7TGY Prototypic SARS-CoV-2 G614 spike (closed form) 提交 2022-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7THE Structure of RBD directed antibody DH1042 in complex with SARS-CoV-2 spike: Local refinement of RBD-Fab interface 提交 2022-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 7THK Cryo-EM structure of prefusion SARS-CoV-2 spike omicron B.1.1.529 variant 提交 2022-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1205（1205 aa）
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 7THT CryoEM structure of SARS-CoV-2 S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1042 提交 2022-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 C
27–1147（1121 aa）
链 S
27–1147（1121 aa）
链 V
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7TIK Structure of the SARS-CoV-2 Omicron spike post-fusion bundle 提交 2022-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 D
1157–1201（45 aa）
链 E
1157–1201（45 aa）
链 F
1157–1201（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7TL1 SARS-CoV-2 Omicron 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1147（1147 aa）
链 B
1–1147（1147 aa）
链 C
1–1147（1147 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7TL9 SARS-CoV-2 Omicron 1-RBD up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1147（1147 aa）
链 B
1–1147（1147 aa）
链 C
1–1147（1147 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.50 Å |
| 7TLA Down-state locked rS2d SARS-CoV-2 spike ectodomain in the RBD-down conformation, State 1 提交 2022-01-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 7TLB Down-state locked rS2d SARS-CoV-2 spike ectodomain in the RBD-down conformation, State 2 提交 2022-01-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 7TLC Down-state locked, S2 stabilized rS2d-HexaPro SARS-CoV-2 spike ectodomain in the RBD-down conformation, State 1 提交 2022-01-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 7TLD Down-state locked, S2 stabilized rS2d-HexaPro SARS-CoV-2 spike ectodomain in the RBD-down conformation, State 2 提交 2022-01-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 7TLT SARS-CoV-2 Spike-derived peptide S489-497 (YFPLQSYGF) presented by HLA-A*29:02 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
489–497（9 aa）
片段：UNP residues 489-497 (YFPLQSYGF)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 20 mM Magnesium chloride, 0.1M Bis-tris propane, 2% Ethylene glycol, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.238 |
| 7TLT SARS-CoV-2 Spike-derived peptide S489-497 (YFPLQSYGF) presented by HLA-A*29:02 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
489–497（9 aa）
片段：UNP residues 489-497 (YFPLQSYGF)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 20 mM Magnesium chloride, 0.1M Bis-tris propane, 2% Ethylene glycol, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.238 |
| 7TLY SARS-CoV-2 S B.1.1.529 Omicron variant (RBD + S309 Local Refinement) 提交 2022-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
1–145（145 aa）
链 I
146–212（67 aa）
链 I
215–1205（991 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7TLZ SARS-CoV-2 S NTD B.1.1.529 Omicron variant + S309 Local Refinement 提交 2022-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
1–145（145 aa）
链 J
146–212（67 aa）
链 J
215–1205（991 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7TM0 SARS-CoV-2 S B.1.1.529 Omicron variant + S309 + S2L20 Global Refinement 提交 2022-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–145（145 aa）
链 A
146–212（67 aa）
链 A
215–1205（991 aa）
链 B
1–145（145 aa）
链 B
146–212（67 aa）
链 B
215–1205（991 aa）
链 C
1–145（145 aa）
链 C
146–212（67 aa）
链 C
215–1205（991 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 50 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7TN0 SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S309 Fab 提交 2022-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 I
324–531（208 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 11 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；20% v/v Ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000, 0.1 M Tris (base)/BICINE pH 8.5, 0.1 M NDSB-256
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.268 |
| 7TN0 SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S309 Fab 提交 2022-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 S
324–531（208 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CL CHLORIDE ION × 10 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；20% v/v Ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000, 0.1 M Tris (base)/BICINE pH 8.5, 0.1 M NDSB-256
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.268 |
| 7TNW Structural and functional impact by SARS-CoV-2 Omicron spike mutations 提交 2022-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7TO4 Structural and functional impact by SARS-CoV-2 Omicron spike mutations 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7TOU Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 3-RBD-down conformation; consensus state D1 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7TOV Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; consensus state D2 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 7TOW Antibody DH1058 Fab fragment bound to SARS-CoV-2 fusion peptide 提交 2022-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
808–833（26 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG3000, 100mM Tris base/HCl pH 7.0, 200mM calcium acetate
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.234 |
| 7TOW Antibody DH1058 Fab fragment bound to SARS-CoV-2 fusion peptide 提交 2022-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
808–833（26 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG3000, 100mM Tris base/HCl pH 7.0, 200mM calcium acetate
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.234 |
| 7TOX Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 3-RBD-down conformation; Subclassification D5 state 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 7TOY Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 3-RBD-down conformation; Subclassification D6 state 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 7TOZ Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 3-RBD-down conformation; Subclassification D7 state 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 7TP0 Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 3-RBD-down conformation; Subclassification D8 state 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.57 Å |
| 7TP1 Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 3-RBD-down conformation; Subclassification D9 state 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.81 Å |
| 7TP2 Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 3-RBD-down conformation; Subclassification D10 state 提交 2022-01-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7TP3 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody K288.2 提交 2022-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 Z
319–541（223 aa）
|
未记录 | CAC CACODYLATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, and 5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.231 |
| 7TP4 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody K398.22 提交 2022-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 Z
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium formate and 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.231 |
| 7TP7 Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; Subclassification D11 state 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 7TP8 Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; Subclassification D12 state 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7TP9 Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; Subclassification D13 state 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 7TPA Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; Subclassification D14 state 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7TPC Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; Subclassification D15 state 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.91 Å |
| 7TPE Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; Subclassification D16 state 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7TPF Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 1-RBD-up conformation; Subclassification D17 state 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7TPH Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the 2-RBD-up conformation - D3 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 7TPI SARS-CoV-2 E406W mutant Spike ectodomain 提交 2022-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：Ectodomain
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：Ectodomain
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：Ectodomain
|
突变：E406W 突变：E406W 突变：E406W | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 7TPK SARS-CoV-2 E406W mutant RBD - Local Refinement 提交 2022-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
333–526（194 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
突变：E406W | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7TPL Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 variant spike protein (S-GSAS-Delta) in the M1 conformation, D4 提交 2022-01-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N 突变：T19R, G142D, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R683S, D950N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 7TPR Camel nanobodies 7A3 and 8A2 broadly neutralize SARS-CoV-2 variants 提交 2022-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
15–1159（1145 aa）
链 B
15–1159（1145 aa）
链 C
15–1159（1145 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, and residues 682-685 from RRAR to GSAS 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, and residues 682-685 from RRAR to GSAS 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, and residues 682-685 from RRAR to GSAS | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å |
| 7TYZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with FSR22, an anti-SARS-CoV-2 DARPin 提交 2022-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
链 E
14–1208（1195 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；10 mM HEPES, 7.4, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.51 Å |
| 7TZ0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with FSR22, an anti-SARS-CoV-2 DARPin (Local refinement of FSR22 and RBD) 提交 2022-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；10 mM HEPES, 7.4, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 7U0P SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21F2 提交 2022-02-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 20 seconds and blot time 3 seconds
|
分辨率 3.76 Å |
| 7U0Q SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-02 提交 2022-02-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；20 second wait time and 3 seconds blot time
|
分辨率 3.86 Å |
| 7U0X SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-13 提交 2022-02-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；20 second wait time and 3 seconds blot time
|
分辨率 3.82 Å |
| 7U1R SARS-CoV-2 Spike-derived peptide S1185-1193 K1191N mutant (RLNEVANNL) presented by HLA-A*02:01 提交 2022-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1185–1193（9 aa）
片段：RLNEVANNL
|
突变：K1191N | CD CADMIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18% P4000, 0.1M HEPES 7.6, 0.1M MgCl2, 1 mM CdCl2
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.196 |
| 7U2D Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody ADG20 提交 2022-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.16；293.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.16 and 1.45 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.259 |
| 7U2E Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody ADI-55688 提交 2022-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.8；293.15 K；0.08 M sodium acetate, pH 3.8, 1.6 M ammonium sulfate, and 20% (v/v) glycerol
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.284 |
| 7U8E Crystal structure of antibody Ab246 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2022-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；291 K；0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.247 |
| 7U9O SARS-CoV-2 spike trimer RBD in complex with Fab NE12 提交 2022-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
片段：Receptor-binding domain
链 B
14–1208（1195 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7U9P SARS-CoV-2 spike trimer RBD in complex with Fab NA8 提交 2022-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
片段：Receptor-binding domain
链 B
14–1208（1195 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7UAP Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the neutralizing antibody Fab fragment, C1520 提交 2022-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7UAQ Structure of the SARS-CoV-2 NTD in complex with C1520, local refinement 提交 2022-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UAR Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the neutralizing antibody Fab fragment, C1717 提交 2022-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7UB0 SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2) 提交 2022-03-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 7UB5 SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2) 提交 2022-03-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 7UB6 SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2) 提交 2022-03-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7UHB SARS-CoV-2 spike in complex with AHB2-2GS-SB175 (local refinement of the RBD and AHB2) 提交 2022-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682,R683,R685,F817,A892,A899,A942,K986,V987 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7UHC SARS-CoV-2 spike in complex with AHB2-2GS-SB175 提交 2022-03-26 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682,R683,R685,F817,A892,A899,A942,K986,V987 突变：R682,R683,R685,F817,A892,A899,A942,K986,V987 突变：R682,R683,R685,F817,A892,A899,A942,K986,V987 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UKL Cryo-EM structure of Antibody 12-16 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 7UKM Cryo-EM structure of Antibody 12-19 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 47 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 7UL0 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with the ridge-binding nAb EH8 isolated from a nonvaccinated pediatric patient 提交 2022-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 12% w/v PEG 8000
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.256 |
| 7UL1 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with the neutralizing IGHV3-53-encoded antibody EH3 isolated from a nonvaccinated pediatric patient 提交 2022-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
329–538（210 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；0.1M sodium citrate pH 5.0, 8% w/v PEG8000
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.221 |
| 7UOW SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 034_32 提交 2022-04-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 20 seconds and blot time 3 seconds
|
分辨率 4.40 Å |
| 7UPL SARS-Cov2 Omicron varient S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21F2 提交 2022-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 20 seconds and blot time 3 seconds
|
分辨率 4.10 Å |
| 7UPW Three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with the SP1-77 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2022-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.425 |
| 7UPX Three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with the SP1-77 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the RBD and Fab variable domains) 提交 2022-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UPY An antibody from single human VH-rearranging mouse neutralizes all SARS-CoV-2 variants through BA.5 by inhibiting membrane fusion 提交 2022-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.425 |
| 7URQ Crystal Structure of SARS-CoV-2 S delta variant receptor-binding domain (RBD) in complex CoV11 Fab crystal form 1 提交 2022-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
突变：L452R, T478K | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；10% PEG 4000
0.2 M sodium acetate
0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.208 |
| 7URS Crystal Structure of SARS-CoV-2 S delta variant receptor-binding domain (RBD) in complex CoV11 Fab crystal form 2 提交 2022-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
突变：L452R, T478K | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；12% PEG 8000
0.1 M sodium phosphate pH 6.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.224 |
| 7UZ4 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-3 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 B
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 C
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UZ5 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-6 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 B
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 C
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UZ6 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-28 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 B
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 C
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7UZ7 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-31 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 B
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 C
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7UZ8 Structure of the SARS-CoV-2 Omicron BA.1 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-31 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1212（1212 aa）
片段：Omicron BA.1 Spike 6P
链 B
1–1212（1212 aa）
片段：Omicron BA.1 Spike 6P
链 C
1–1212（1212 aa）
片段：Omicron BA.1 Spike 6P
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UZ9 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-34 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 B
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 C
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7UZA Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, HSW-1 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 B
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
链 C
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V 突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UZB Structure of the SARS-CoV-2 S S1 doamin in complex with the mouse antibody Fab fragment, HSW-2 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
片段：Spike S1 domain
|
突变：P817F,P892A,P899A,P942A,P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7UZC Structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-34 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–533（206 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% v/v tacsimate pH 4.0, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16 % PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.243 |
| 7UZC Structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-34 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
328–533（206 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% v/v tacsimate pH 4.0, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16 % PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.243 |
| 7UZD Structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the mouse antibody Fab fragment, HSW-2 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–533（206 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/potassium phosphate pH 6.5, 25 % PEG 1000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.273 |
| 7V20 CryoEM structure of del68-76/del679-688 prefusion-stabilized spike 提交 2021-08-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 7V22 Local CryoEM structure del68-76/del679-688 prefusion-stabilized spike 提交 2021-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7V23 CryoEM structure of del68-76/del679-688 prefusion-stabilized spike in complex with the Fab of N12-9 提交 2021-08-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 7V24 Local CryoEM structure of del68-76/del679-688 prefusion-stabilized spike in complex with the Fab of N12-9 提交 2021-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 7V26 XG005-bound SARS-CoV-2 S 提交 2021-08-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 7V27 RBD/XG005 local refinement 提交 2021-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.18 Å |
| 7V2A SARS-CoV-2 Spike trimer in complex with XG014 Fab 提交 2021-08-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7V76 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351), uncleavable form, one RBD-up conformation 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.20 Å |
| 7V77 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351), uncleavable form, two RBD-up conformation 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7V78 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant (P.1), one RBD-up conformation 1 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.40 Å |
| 7V79 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant (P.1), one RBD-up conformation 2 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7V7A Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant (P.1), two RBD-up conformation 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.40 Å |
| 7V7D Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), all RBD-down conformation 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.00 Å |
| 7V7E Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), one RBD-up conformation 1 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.90 Å |
| 7V7F Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), one RBD-up conformation 2 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.90 Å |
| 7V7G Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), two RBD-up conformation 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.10 Å |
| 7V7H Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), dimer of S trimer conformation 1 提交 2021-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.20 Å |
| 7V7I Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), dimer of S trimer conformation 2 提交 2021-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D 突变：G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q107H, H1101D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7V7J Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), dimer of S trimer conformation 3 提交 2021-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.40 Å |
| 7V7N Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), all RBD-down conformation 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.90 Å |
| 7V7O Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), one RBD-up conformation 1 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.90 Å |
| 7V7P Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), one RBD-up conformation 2 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.90 Å |
| 7V7Q Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), one RBD-up conformation 3 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.80 Å |
| 7V7R Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), one RBD-up conformation 4 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.90 Å |
| 7V7S Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), one RBD-up conformation 5 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.00 Å |
| 7V7T Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), two RBD-up conformation 1 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.00 Å |
| 7V7U Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), two RBD-up conformation 2 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.00 Å |
| 7V7V Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), two RBD-up conformation 3 提交 2021-08-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P 突变：T19R, G142D, E156G, deletion157-158, L452R, T478K, D614G, P681R, R682G, R683S, R685S, D950N, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.10 Å |
| 7V7Z Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, three ACE2-bound form 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R246I, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R246I, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R246I, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.10 Å |
| 7V80 Local refinement of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351) RBD and Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain 提交 2021-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R246I, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.90 Å |
| 7V81 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant (P.1) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, two ACE2-bound form 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.20 Å |
| 7V82 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant (P.1) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, three ACE2-bound form conformation 1 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.80 Å |
| 7V83 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant (P.1) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, three ACE2-bound form conformation 2 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：G142D, E154K, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：G142D, E154K, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：G142D, E154K, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.80 Å |
| 7V84 Local refinement of SARS-CoV-2 S-Gamma variant (P.1) RBD and Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain 提交 2021-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.00 Å |
| 7V85 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, two ACE2-bound form 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：E154K, E484Q, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q1071H, H1101D 突变：E154K, E484Q, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q1071H, H1101D 突变：E154K, E484Q, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q1071H, H1101D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7V86 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, three ACE2-bound form 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：G142D, E154K, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q1071H, H1101D 突变：G142D, E154K, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q1071H, H1101D 突变：G142D, E154K, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q1071H, H1101D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.80 Å |
| 7V87 Local refinement of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1) RBD and Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain 提交 2021-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7V88 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, two ACE2-bound form 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7V89 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, three ACE2-bound form conformation 1 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.80 Å |
| 7V8A Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, three ACE2-bound form conformation 2 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 2.70 Å |
| 7V8B Local refinement of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2) RBD and Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain 提交 2021-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.20 Å |
| 7V8C Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351), Cleavable form, one RBD-up conformation 提交 2021-08-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s
|
分辨率 3.40 Å |
| 7VHH Delta variant of SARS-CoV-2 Spike protein 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1148（1135 aa）
链 B
14–1148（1135 aa）
链 C
14–1148（1135 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.45
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7VHJ Furin Site deletion of SARS-CoV-2 spike 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7VHK S1-S2 deletion S-2P trimer(3 down) 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VHL Double deletion S-2P trimer(1 Up) 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7VHM Double deletion S-2P trimer(3 down) 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7VHN Spike of SARS-CoV-2 spike protein(1 up) 提交 2021-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1148（1135 aa）
链 B
14–1148（1135 aa）
链 C
14–1148（1135 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7VMU Crystal Structure of SARS-CoV Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Neutralizing Antibody 提交 2021-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
335–515（181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% w/v PEG3350, 0.2M potassium citrate tribasic
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.273 |
| 7VNB Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with a human single domain antibody n3113 提交 2021-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–531（213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；4.3M sodium chloride and 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.203 |
| 7VNC Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with a human single domain antibody n3113 (UDD-state, state 1) 提交 2021-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7VND Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with a human single domain antibody n3113 (UUD-state, state 2) 提交 2021-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VNE Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with a human single domain antibody n3113.1 (UUU-state) 提交 2021-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G,R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7VOA Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with aRBD5 提交 2021-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
321–528（208 aa）
片段：UNP residues 321-528
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；0.1M Sodium cacodylate pH 5.5, 25%(w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 7VQ0 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (2-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P86 提交 2021-10-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：D614G, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 7VRV VAS5 Spike (1 RBD up) 提交 2021-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
13–1213（1201 aa）
链 B
13–1213（1201 aa）
链 C
13–1213（1201 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7VRW VAS5 Spike (3 RBD down) 提交 2021-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
13–1213（1201 aa）
链 B
13–1213（1201 aa）
链 C
13–1213（1201 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VX1 SARS-CoV-2 Beta variant spike protein in open state 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7VX4 ACE2-RBD in SARS-CoV-2 Beta variant S-ACE2 complex 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7VX5 ACE2-RBD in SARS-CoV-2 Kappa variant S-ACE2 complex 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7VX9 SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein in complex wth ACE2, state C1 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1146（1133 aa）
链 B
14–1146（1133 aa）
链 D
14–1146（1133 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7VXA SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein in complex with ACE2, state C2a 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7VXB SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein in C2b state 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7VXC SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein in C3 state 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7VXD SARS-CoV-2 spike protein in complex with ACE2, Beta variant, C1 state 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 D
1–1206（1206 aa）
|
突变：deletions 241-243 突变：deletions 241-243 突变：deletions 241-243 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7VXE SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein in open state 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7VXF SARS-CoV-2 spike protein in complex with ACE2, Beta variant, C2B state 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 D
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VXI SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein in transition state 提交 2021-11-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7VXK SARS-CoV-2 spike protein in complex with ACE2, Beta variant, C2A state 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 D
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7VXM SARS-CoV-2 spike protein in complex with ACE2, Beta variant, C3 state 提交 2021-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 D
1–1206（1206 aa）
|
突变：deletions 241-243 突变：deletions 241-243 突变：deletions 241-243 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VYR Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with the D27 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2021-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% (v/v) PEG 3350, 200mM NH4Cl
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.235 |
| 7VYR Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with the D27 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2021-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% (v/v) PEG 3350, 200mM NH4Cl
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.235 |
| 7VZT A human neutralizing antibody targeting SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-11-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–532（200 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100mM HEPES (pH 7.5), 40% (v/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 400
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.263 |
| 7W1S Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with neutralizing nanobody Nb-007 提交 2021-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
320–537（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.9
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 7W6U Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain complexed with its receptor equine ACE2 提交 2021-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：UNP residues 319-541
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.227 |
| 7W8S Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain Y453F mutation complexed with American mink ACE2 提交 2021-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：Y453F
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 7W92 Open state of SARS-CoV-2 Delta variant spike protein 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7W94 Transition state of SARS-CoV-2 Delta variant spike protein 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7W98 SARS-CoV-2 Delta S-ACE2-C1 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W99 SARS-CoV-2 Delta S-ACE2-C2a 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
链 D
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7W9B SARS-CoV-2 Delta S-ACE2-C2b 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
链 D
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7W9C SARS-CoV-2 Delta S-ACE2-C3 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
链 D
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7W9E SARS-CoV-2 Delta S-8D3 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7W9F SARS-CoV-2 Delta S-RBD-8D3 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W9I SARS-CoV-2 Delta S-RBD-ACE2 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WA1 Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain F486L mutation complexed with American mink ACE2 提交 2021-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
突变：F486L | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7WBH overall structure of hu33 and spike 提交 2021-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1146（1120 aa）
链 B
27–1146（1120 aa）
链 C
27–1146（1120 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7WBL Cryo-EM structure of human ACE2 complexed with SARS-CoV-2 Omicron RBD 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WBP Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron variant spike glycoprotein in complex with its receptor human ACE2 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5,10%w/v PEG 5000 MME,12% v/v 1-propanol
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.204 |
| 7WBQ Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant spike glycoprotein in complex with its receptor human ACE2 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5,10%w/v PEG 5000 MME,12% v/v 1-propanol
|
分辨率 3.34 Å R-free 0.226 |
| 7WBQ Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant spike glycoprotein in complex with its receptor human ACE2 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH 6.5,10%w/v PEG 5000 MME,12% v/v 1-propanol
|
分辨率 3.34 Å R-free 0.226 |
| 7WBZ Crystal structure of the SARS-Cov-2 RBD in complex with Fab 2303 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；309 K；0.2 M sodium tartrate dibasic dihydrate, 14% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.220 |
| 7WCD Cryo EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with TAU-2212 mAbs in conformation 4 提交 2021-12-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 H
1–1208（1208 aa）
链 J
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S,K986P,V987P 突变：R682G, R683S, R685S,K986P,V987P 突变：R682G, R683S, R685S,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7WCR RBD-1 of SARS-CoV-2 Beta spike in complex with S5D2 Fab 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WCZ SARS-CoV-2 Beta spike in complex with one S5D2 Fab 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WD0 SARS-CoV-2 Beta spike in complex with two S5D2 Fabs 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7WD1 Crystal structure of R14 bound to SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.10% w/v n-Octyl-b-D-glucoside, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 22% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.239 |
| 7WD1 Crystal structure of R14 bound to SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.10% w/v n-Octyl-b-D-glucoside, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 22% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.239 |
| 7WD2 Crystal structure of S43 bound to SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–530（198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5), 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.229 |
| 7WD2 Crystal structure of S43 bound to SARS-CoV-2 RBD 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5), 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.229 |
| 7WD7 SARS-CoV-2 Beta spike in complex with three S5D2 Fabs 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WD8 SARS-CoV-2 Beta spike SD1 in complex with S3H3 Fab 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7WD9 SARS-CoV-2 Beta spike in complex with three S3H3 Fabs 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7WDF SARS-CoV-2 Beta spike in complex with two S3H3 Fabs 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7WE7 SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with Fab XGv282 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 D
1–1273（1273 aa）
链 E
1–1273（1273 aa）
链 G
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7WE8 SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with Fab XGv265 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WE9 SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with Fab XGv289 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 F
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7WEA SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with two XGv347 binding to one close state RBD and one open state RBD 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：deletions 突变：deletions 突变：deletions | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7WEB SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein with two XGv347 binding to two open state RBDs 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
链 D
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7WEC SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein with three XGv347 Fabs binding to three closed state RBDs 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7WED SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv347 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–530（201 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WEE SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv265 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7WEF SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv289 提交 2021-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–530（201 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7WEV SARS-COV-2 BETA VARIANT SPIKE PROTEIN IN TRANSITION STATE 提交 2021-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7WG6 Neutral Omicron Spike Trimer 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1162（1149 aa）
链 B
14–1162（1149 aa）
链 C
14–1162（1149 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WG7 Acidic Omicron Spike Trimer 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7WG8 Delta Spike Trimer(3 RBD Down) 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1148（1135 aa）
链 B
14–1148（1135 aa）
链 C
14–1148（1135 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7WG9 Delta Spike Trimer(1 RBD Up) 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WGB Neutral Omicron Spike Trimer in complex with ACE2 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WGC Neutral Omicron Spike Trimer in complex with ACE2. 提交 2021-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7WGV SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer in closed state 提交 2021-12-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 EIC LINOLEIC ACID × 3 BLR 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7WGX SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer in closed state after treatment with Cathepsin L 提交 2021-12-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 BLR 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WGY SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer in Intermediate state 提交 2021-12-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7WGZ SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer in open state 提交 2021-12-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7WH8 SARS-CoV-2 spike in complex with the ZB8 neutralizing antibody Fab (focused refinement on Fab-RBD) 提交 2021-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
317–593（277 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 7WHB SARS-CoV-2 spike in complex with the ZB8 neutralizing antibody Fab (3U) 提交 2021-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1146（1120 aa）
链 B
27–1146（1120 aa）
链 C
27–1146（1120 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.67 Å |
| 7WHD SARS-CoV-2 spike in complex with the ZB8 neutralizing antibody Fab (2u1d) 提交 2021-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
27–1146（1120 aa）
链 B
27–1146（1120 aa）
链 C
27–1146（1120 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 7WHH Crystal structure of SARS-CoV-2 omicron RBD and human ACE2 提交 2021-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
片段：Omicron RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.231 |
| 7WHI The state 2 complex structure of Omicron spike with Bn03 (2-up RBD, 4 nanobodies) 提交 2021-12-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 7WHJ The state 1 complex structure of Omicron spike with Bn03 (1-up RBD, 3 nanobodies) 提交 2021-12-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 40 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 7WHK The state 3 complex structure of Omicron spike with Bn03 (2-up RBD, 5 nanobodies) 提交 2021-12-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 7WHZ SARS-CoV-2 spike protein in complex with three human neutralizing antibodies 提交 2022-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7WI0 SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neutralizing antibodies 提交 2022-01-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.82 Å |
| 7WJY Omicron spike trimer with 6m6 antibody 提交 2022-01-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 G
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7WJZ Omicron Spike bitrimer with 6m6 antibody 提交 2022-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 I
1–1208（1208 aa）
链 J
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
链 L
1–1208（1208 aa）
链 M
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 49 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 7WK0 Local refine of Omicron spike bitrimer with 6m6 antibody 提交 2022-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
331–528（198 aa）
片段：RBD
链 F
331–528（198 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 7WK2 SARS-CoV-2 Omicron S-close 提交 2022-01-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7WK3 SARS-CoV-2 Omicron S-open 提交 2022-01-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WK4 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike protein with ACE2, C1 state 提交 2022-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
链 D
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 7WK5 Cryo-EM structure of Omicron S-ACE2, C2 state 提交 2022-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
链 D
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 7WK6 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike protein with human ACE2 (focus refinement on RBD-1/ACE2) 提交 2022-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 7WK8 SARS-CoV-2 Omicron spike protein SD1 in complex with S3H3 Fab 提交 2022-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.61 Å |
| 7WK9 SARS-CoV-2 Omicron open state spike protein in complex with S3H3 Fab 提交 2022-01-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 7WKA SARS-CoV-2 Omicron closed state spike protein in complex with S3H3 Fab 提交 2022-01-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 7WLC SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv282 提交 2022-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–530（201 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7WLY Cryo-EM structure of the Omicron S in complex with 35B5 Fab(1 down- and 2 up RBDs) 提交 2022-01-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WLZ Cryo-EM structure of the Omicron S in complex with 35B5 Fab(1 down-, 1 up- and 1 invisible RBDs) 提交 2022-01-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 7WM0 Cryo-EM structure of the Omicron RBD in complex with 35B5 Fab( local refinement of the RBD and 35B5 Fab) 提交 2022-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 7WN2 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG53 Fab 提交 2022-01-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
321–536（216 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.25 M ammonium sulfate, 22.5% PEG3350, 0.1 M MES pH 6.0
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.279 |
| 7WN2 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG53 Fab 提交 2022-01-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
321–536（216 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.25 M ammonium sulfate, 22.5% PEG3350, 0.1 M MES pH 6.0
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.279 |
| 7WNB Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG48 Fab 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
321–536（216 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 19% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.281 |
| 7WNM Structure of SARS-CoV-2 Gamma variant receptor-binding domain complexed with high affinity human ACE2 mutant (T27F,R273Q) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–541（223 aa）
片段：Receptor-binding domain
|
突变：N501Y | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M magnesium chloride, 0.1 M MES (pH 6.0) and 8% w/v polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.223 |
| 7WO4 SARS-CoV-2 Spike in complex with IgG 553-15 (S-553-15 dimer trimer ) 提交 2022-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 J
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
链 L
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 90 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.47 Å |
| 7WO5 SARS-CoV-2 Spike in complex with IgG 553-15 (S-553-15 trimer) 提交 2022-01-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7WO7 Locally refined region of SARS-CoV-2 Spike in complex with IgG 553-15 提交 2022-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7WOA SARS-CoV-2 Spike in complex with IgG 553-60 (1-up trimer) 提交 2022-01-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7WOB SARS-CoV-2 Spike in complex with IgG 553-60 (2-up trimer) 提交 2022-01-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7WOC Locally refined region of SARS-CoV-2 Spike in complex with IgG 553-60 提交 2022-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 7WOG SARS-CoV-2 Omicron S monomer complexed with 553-49 提交 2022-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
331–528（198 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.06 Å |
| 7WON Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S2P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 (local refinement) 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–521（189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7WOP The local refined map of Omicron spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–528（198 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.51 Å |
| 7WOQ The state 1 of Omicron Spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 7WOR The state 2 of Omicron Spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7WOS The state 3 of Omicron Spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.91 Å |
| 7WOU The state 4 of Omicron Spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 7WOV The state 5 of Omicron Spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 7WOW The state 6 of Omicron Spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.11 Å |
| 7WOW The state 6 of Omicron Spike with bispecific antibody FD01 提交 2022-01-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 J
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
链 L
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations 突变：hexaPro mutations | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.11 Å |
| 7WP0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 (local refinement) 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–521（189 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.71 Å |
| 7WP1 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Mu S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 (local refinement) 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–521（189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 7WP2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 (local refinement) 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–521（189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7WP5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 (local refinement) 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–521（189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7WP6 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in complex with three neutralizing antibodies 提交 2022-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 F
333–521（189 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.81 Å |
| 7WP8 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK1628x in complex with three neutralizing antibodies 提交 2022-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 F
336–518（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 7WP9 SARS-CoV-2 Omicron Variant SPIKE trimer, all RBDs down 提交 2022-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 7WPA SARS-CoV-2 Omicron Variant SPIKE trimer complexed with ACE2 提交 2022-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 7WPB SARS-CoV-2 Omicron Variant RBD complexed with ACE2 提交 2022-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R684S, R685S, K989P, V990P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 7WPC The second RBD of SARS-CoV-2 Omicron Variant in complexed with RBD-ACE2 提交 2022-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.57 Å |
| 7WPD SARS-CoV-2 Omicron Variant S Trimer complexed with one JMB2002 Fab 提交 2022-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 7WPE SARS-CoV-2 Omicron Variant S Trimer complexed with two JMB2002 Fab 提交 2022-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：Q498R, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：Q498R, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：Q498R, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 7WPF SARS-CoV-2 Omicron Variant S Trimer complexed with three JMB2002 Fab 提交 2022-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：Q498R, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：Q498R, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：Q498R, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 7WPH SARS-CoV2 RBD bound to Fab06 提交 2022-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–591（273 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M magnesium formate dihydrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.269 |
| 7WPH SARS-CoV2 RBD bound to Fab06 提交 2022-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–591（273 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M magnesium formate dihydrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.269 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 K
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 M
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WQV Crystal structure of a neutralizing monoclonal antibody (Ab08) in complex with SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 O
330–531（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Magnesium chloride hexahydrate, calcium chloride dihydrate, sodium HEPES, MOPS (acid), MPD, PEG 1000, PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 7WR8 Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.1.529) in complex with BD55-3152 Fab 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WRH Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein in complex with mouse ACE2 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
15–1208（1194 aa）
链 B
15–1208（1194 aa）
链 C
15–1208（1194 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 7WRI Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike receptor-binding domain in complex with mouse ACE2 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
14–1205（1192 aa）
片段：UNP residues 14-1205
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 7WRJ Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.1.529) in complex with BD55-4637 Fab 提交 2022-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.08 Å |
| 7WRL Local structure of BD55-1239 Fab and SARS-COV2 Omicron RBD complex 提交 2022-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.51 Å |
| 7WRO Local structure of BD55-3372 and delta spike 提交 2022-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
334–516（183 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WRV The interface of JMB2002 Fab binds to SARS-CoV-2 Omicron Variant S 提交 2022-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R684G, R685G, K989P, V990P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.47 Å |
| 7WRY Local structure of BD55-3546 Fab and SARS-COV2 Delta RBD complex 提交 2022-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.28 Å |
| 7WRZ Local resolution of BD55-5840 Fab and SARS-COV2 Omicron RBD 提交 2022-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
335–527（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.26 Å |
| 7WS0 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7WS1 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WS2 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–530（200 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7WS3 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7WS4 Ultrapotent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies with protective efficacy against newly emerged mutational variants 提交 2022-01-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：deletion (H69-V70,V143-Y145), insertion(214 EPE) 突变：deletion (H69-V70,V143-Y145), insertion(214 EPE) 突变：deletion (H69-V70,V143-Y145), insertion(214 EPE) | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7WS6 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–536（218 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7WS7 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
326–530（205 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WS8 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7WS9 Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7WSA Structures of Omicron Spike complexes illuminate broad-spectrum neutralizing antibody development 提交 2022-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
330–530（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7WSC Local structure of BD55-3500 and omicron RBD complex 提交 2022-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.78 Å |
| 7WSE Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain complexed with its receptor minke whale ACE2 提交 2022-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 7WSH Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with sea lion ACE2 提交 2022-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 7WSK Crystal structure of SARS-CoV-2 Omicron spike receptor-binding domain in complex with civet ACE2 提交 2022-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.275 |
| 7WT7 SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with Fab 9A8 (State 1) 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 41 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WT8 SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with Fab 9A8 (State 2) 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7WT9 SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab 9A8 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
1–1273（1273 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7WTF SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with Fab XGv051 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 B
14–1162（1149 aa）
链 C
14–1162（1149 aa）
链 D
14–1162（1149 aa）
|
突变：deletion, insersion, K986P, V987P 突变：deletion, insersion, K986P, V987P 突变：deletion, insersion, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7WTG SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv051 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–530（201 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7WTH SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv264 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–530（201 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7WTI SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with Fab XGv264 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7WTJ SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv286 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–530（201 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7WTK SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with Fab XGv286 提交 2022-02-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1162（1149 aa）
链 B
14–1162（1149 aa）
链 C
14–1162（1149 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7WUE Crystal structure of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain in complex with the monoclonal antibody m31A7 提交 2022-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293.15 K；2.0 M Ammonia sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.295 |
| 7WUE Crystal structure of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain in complex with the monoclonal antibody m31A7 提交 2022-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293.15 K；2.0 M Ammonia sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.295 |
| 7WUH SARS-CoV-2 Spike in complex with Fab of m31A7 提交 2022-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
链 E
14–1208（1195 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 7WVL Structure of P4A2 Fab in complex with Spike-RBD from SARS-CoV-2 提交 2022-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
332–532（201 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；20% Peg 5K MME, 0.2 M Magnesium formate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.279 |
| 7WVN SARS-CoV-2 Omicron S-open 提交 2022-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1205（1205 aa）
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WVO SARS-CoV-2 Omicron S-open-2 提交 2022-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1205（1205 aa）
链 B
1–1205（1205 aa）
链 C
1–1205（1205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 7WVP Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron Spike protein with human ACE2 receptor, C2 state 提交 2022-02-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7WVQ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron Spike protein with human ACE2 receptor, C3 state 提交 2022-02-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å |
| 7WWI SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab in the class 1 conformation 提交 2022-02-13 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WWJ SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab in the class 2 conformation 提交 2022-02-13 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7WWK Local refinement of the SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab 提交 2022-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
334–527（194 aa）
链 C
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WWL S protein of Delta variant in complex with ZWD12 提交 2022-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：Six proline substitutions at residues 817, 892, 899, 942, 986, and 987 突变：Six proline substitutions at residues 817, 892, 899, 942, 986, and 987 突变：Six proline substitutions at residues 817, 892, 899, 942, 986, and 987 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7WWM S protein of Delta variant in complex with ZWC6 提交 2022-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：Six proline substitutions at residues 817, 892, 899, 942, 986, and 987 突变：Six proline substitutions at residues 817, 892, 899, 942, 986, and 987 突变：Six proline substitutions at residues 817, 892, 899, 942, 986, and 987 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7WXZ Crystal structure of the recombinant protein HR121 from the S2 protein of SARS-CoV-2 提交 2022-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
912–988（77 aa）
链 A
1163–1206（44 aa）
链 B
912–988（77 aa）
链 B
1163–1206（44 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2M sodium fluoride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.294 |
| 7WXZ Crystal structure of the recombinant protein HR121 from the S2 protein of SARS-CoV-2 提交 2022-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
912–988（77 aa）
链 C
1163–1206（44 aa）
链 D
912–988（77 aa）
链 D
1163–1206（44 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2M sodium fluoride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.294 |
| 7WZ1 SARS-CoV-2 Omicron Spike trimer 提交 2022-02-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7WZ2 SARS-CoV-2 (D614G) Spike trimer 提交 2022-02-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7X08 S protein of SARS-CoV-2 in complex with 2G1 提交 2022-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7X1M The complex structure of Omicron BA.1 RBD with BD604, S309,and S304 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 M
333–541（209 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 7X2H Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound with 6-2C Fab 提交 2022-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 16% w/v Polyethylene glycol 10000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.269 |
| 7X2H Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound with 6-2C Fab 提交 2022-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 16% w/v Polyethylene glycol 10000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.269 |
| 7X2K Crystal structure of nanobody Nb70 with antibody 1F11 fab and SARS-CoV-2 RBD 提交 2022-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–526（194 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15M DL-Malic acid pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.245 |
| 7X2L Crystal structure of nanobody 3-2A2-4 with SARS-CoV-2 RBD 提交 2022-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–528（196 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1M DL-Malic acid pH7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.287 |
| 7X2M Crystal structure of nanobody 1-2C7 with SARS-CoV-2 RBD 提交 2022-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–529（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.207 |
| 7X63 SARS-CoV-2-Beta-RBD and BD-236-GWP/P-VK antibody complex 提交 2022-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v Polyethylene Glycol 3350
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.224 |
| 7X66 SARS-CoV-2-Omicron-RBD and BD-236-GWP/P-VK antibody complex 提交 2022-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–528（210 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene Glycol 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.238 |
| 7X6A SARS-CoV-2 BA.2 variant spike protein in complex with Fab BD55-5840 提交 2022-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 D
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7X7D SARS-CoV-2 Delta RBD and Nb22 提交 2022-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：Delta RBD
链 D
334–527（194 aa）
片段：Delta RBD
链 E
334–527（194 aa）
片段：Delta RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 37.5% Jeffamine
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.256 |
| 7X7E SARS-CoV-2 RBD and Nb22 提交 2022-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
334–527（194 aa）
链 D
334–527（194 aa）
链 F
334–527（194 aa）
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；0.1 M HEPES (pH 480 7.0), 5% MPD, 10% PEG 10000
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.249 |
| 7X7N 3D model of the 3-RBD up single trimeric spike protein of SARS-CoV2 in the presence of synthetic peptide SIH-5. 提交 2022-03-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.47 Å |
| 7X7O SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody UT28K 提交 2022-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
322–536（215 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Citric acid pH5.0, 1.0 M Lithium chloride, 10% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 3.75 Å R-free 0.336 |
| 7X7O SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody UT28K 提交 2022-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
322–536（215 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Citric acid pH5.0, 1.0 M Lithium chloride, 10% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 3.75 Å R-free 0.336 |
| 7X7O SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody UT28K 提交 2022-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
322–536（215 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Citric acid pH5.0, 1.0 M Lithium chloride, 10% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 3.75 Å R-free 0.336 |
| 7X7O SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody UT28K 提交 2022-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
322–536（215 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Citric acid pH5.0, 1.0 M Lithium chloride, 10% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 3.75 Å R-free 0.336 |
| 7X7T Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with three nAbs X01, X10 and X17 提交 2022-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 G
324–527（204 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 7X7U Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta variant spike protein in complex with three nAbs X01, X10 and X17 提交 2022-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 G
324–527（204 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 7X8W The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab354 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7X8Y The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab159 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7X8Z The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab188 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7X90 The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab326 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7X91 The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with an Fv-clasp form of a human neutralizing antibody Ab496 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7X92 The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab445 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7X93 The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab765 提交 2022-03-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 G
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7X94 The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab712 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7X95 The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab709 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7X96 The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab847 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7X9E Crystal structure of the 76E1 Fab in complex with a SARS-CoV-2 spike peptide 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
809–833（25 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；289 K；0.1M sodium citrate pH 4.5, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.243 |
| 7X9E Crystal structure of the 76E1 Fab in complex with a SARS-CoV-2 spike peptide 提交 2022-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
809–833（25 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；289 K；0.1M sodium citrate pH 4.5, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.243 |
| 7XA7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain in complex with intermediate horseshoe bat ACE2 提交 2022-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 5 % (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.254 |
| 7XA7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain in complex with intermediate horseshoe bat ACE2 提交 2022-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 5 % (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.254 |
| 7XA7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain in complex with intermediate horseshoe bat ACE2 提交 2022-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 5 % (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.254 |
| 7XA7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain in complex with intermediate horseshoe bat ACE2 提交 2022-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 5 % (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.254 |
| 7XAZ Crystal structure of Omicron BA.1.1 RBD complexed with hACE2 提交 2022-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：Omicron RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2 M Potassium thiocyanate 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.230 |
| 7XAZ Crystal structure of Omicron BA.1.1 RBD complexed with hACE2 提交 2022-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–527（195 aa）
片段：Omicron RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2 M Potassium thiocyanate 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.230 |
| 7XB0 Crystal structure of Omicron BA.2 RBD complexed with hACE2 提交 2022-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：Omicron BA.2 RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.255 |
| 7XB1 Crystal structure of Omicron BA.3 RBD complexed with hACE2 提交 2022-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：BA.3 RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M Imidazole pH7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 20000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 7XBY The crystal structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant RBD in complex with equine ACE2 提交 2022-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BR BROMIDE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 8.5, 20 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.263 |
| 7XCH Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike protein (S-6P-RRAR) in complex with human ACE2 ectodomain (two-RBD-up state) 提交 2022-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7XCI Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with human ACE2 ectodomain (local refinement) 提交 2022-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：UNP residues 333-527
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XCK Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with S309 fab (local refinement) 提交 2022-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 M
322–590（269 aa）
片段：UNP residues 322-590
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7XCO Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike protein (S-6P-RRAR) in complex with S309 fab 提交 2022-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7XCP Cryo-EM structure of Omicron RBD complexed with ACE2 and 304 Fab 提交 2022-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：UNP residues 333-527
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 7XCZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7054 and BA7125 fab (local refinement) 提交 2022-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–528（196 aa）
|
突变：L435R, T461K | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XD2 SARS-CoV-2 S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 10-5B 提交 2022-03-26 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,K986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,K986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,K986P,V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7XDA Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement) 提交 2022-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
334–528（195 aa）
|
突变：L434R, T460K | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 7XDB Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron Spike protein in complex with BA7208 fab 提交 2022-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
26–1144（1119 aa）
链 B
26–1144（1119 aa）
链 C
26–1144（1119 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 7XDK Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7054 and BA7125 fab 提交 2022-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
26–1143（1118 aa）
链 B
26–1143（1118 aa）
链 C
26–1143（1118 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XDL Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab 提交 2022-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
26–1143（1118 aa）
链 B
26–1143（1118 aa）
链 C
26–1143（1118 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 7XEG SARS-CoV-2-Beta-RBD and CB6-092-Fab complex 提交 2022-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；Tris pH 8.0, PEG 2000
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.248 |
| 7XEG SARS-CoV-2-Beta-RBD and CB6-092-Fab complex 提交 2022-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；Tris pH 8.0, PEG 2000
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.248 |
| 7XEI SARS-CoV-2-prototyped-RBD and CB6-092-Fab complex 提交 2022-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；Ammonium nitrate, PEG 3350
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.263 |
| 7XEI SARS-CoV-2-prototyped-RBD and CB6-092-Fab complex 提交 2022-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；Ammonium nitrate, PEG 3350
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.263 |
| 7XH8 The structure of ZCB11 Fab against SARS-CoV-2 Omicron Spike 提交 2022-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：deletions, insertions, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 7XIC S-ECD (Omicron) in complex with STS165 提交 2022-04-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：deletions, insertions, K986P, V987P 突变：deletions, insertions, K986P, V987P 突变：deletions, insertions, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7XID S-ECD (Omicron) in complex with PD of ACE2 提交 2022-04-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：deletions, insersions, K986P, V987P 突变：deletions, insersions, K986P, V987P 突变：deletions, insersions, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7XIK SARS-CoV-2-Omicron-RBD and B38-GWP/P-VK antibody complex 提交 2022-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；15% v/v 2-Propanol, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% Polyethylene glycol 10000
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.263 |
| 7XIL SARS-CoV-2-Beta-RBD and B38-GWP/P-VK antibody complex 提交 2022-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Imidazole malate, 15% W/V PEG 4000
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.256 |
| 7XIW SARS-CoV-2 Omicron BA.2 variant spike (state 1) 提交 2022-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 D
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 7XIX SARS-CoV-2 Omicron BA.2 variant spike (state 2) 提交 2022-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7XIY SARS-CoV-2 Omicron BA.3 variant spike 提交 2022-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 7XIZ SARS-CoV-2 Omicron BA.3 variant spike (local) 提交 2022-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
323–589（267 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å |
| 7XJ6 SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab and 58G6 Fab in the class 1 conformation 提交 2022-04-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 7XJ8 SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab and 58G6 Fab in the class 2 conformation 提交 2022-04-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7XJ9 Local refinement of the SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab and 58G6 Fab 提交 2022-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 B
334–527（194 aa）
片段：UNP residues 334-527
链 C
334–527（194 aa）
片段：UNP residues 334-527
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 7XMX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with three F61 Fab 提交 2022-04-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 7XMZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with three D2 Fab 提交 2022-04-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7XNQ SARS-CoV-2 Omicron BA.4 variant spike 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7XNR SARS-CoV-2 Omicron BA.2.13 variant spike 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 7XNS SARS-CoV-2 Omicron BA.2.12.1 variant spike 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 7XO4 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant Spike Trimer with two mouse ACE2 Bound 提交 2022-04-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7XO5 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant Spike Trimer with one mouse ACE2 Bound 提交 2022-05-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 7XO6 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant RBD with mouse ACE2 Bound 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7XO7 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Variant Spike Trimer with two human ACE2 Bound 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7XO8 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Variant Spike Trimer with three human ACE2 Bound 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 CL CHLORIDE ION × 3 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 7XO9 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Variant RBD complexed with human ACE2 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7XOA SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Variant Spike Trimer with one mouse ACE2 Bound 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XOB SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Variant Spike Trimer with two mouse ACE2 Bound 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7XOC SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Variant RBD complexed with mouse ACE2 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7XOD SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Variant Spike Trimer with three JMB2002 Fab Bound 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 7XOE Cryo-EM structure of S glycoprotein encoded by the Covid-19 mRNA vaccine candidate RQ3013 (Prefusion state) 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1255（1255 aa）
链 B
1–1255（1255 aa）
链 C
1–1255（1255 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7XOG Cryo-EM structure of S glycoprotein encoded by the Covid-19 mRNA vaccine candidate RQ3013 (Postfusion state) 提交 2022-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1255（1255 aa）
链 B
1–1255（1255 aa）
链 C
1–1255（1255 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7XQS The structure of FLA-K*00701/KP-CoV-9 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
815–823（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；0.1M Sodium chloride, 0.1M HEPES PH 7, 25% (W/V) SOKALAN PA 25 CL
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.292 |
| 7XRP Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with nanobody C5G2 (localized refinement) 提交 2022-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–309（283 aa）
片段：NTD
链 F
330–521（192 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 7XS8 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P5S-1H1 Fab 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.4, 13% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.267 |
| 7XSA Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P2S-2E9 Fab 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；15% v/v 2-Propanol, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 4.8, 11% w/v Polyethylene glycol 10000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.283 |
| 7XSA Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P2S-2E9 Fab 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；15% v/v 2-Propanol, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 4.8, 11% w/v Polyethylene glycol 10000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.283 |
| 7XSB Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P5S-3B11 Fab 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.05M Citric acid pH 4.4, 0.05M BIS-TRIS propane, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.324 |
| 7XSB Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P5S-3B11 Fab 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.05M Citric acid pH 4.4, 0.05M BIS-TRIS propane, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.324 |
| 7XSB Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P5S-3B11 Fab 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.05M Citric acid pH 4.4, 0.05M BIS-TRIS propane, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.324 |
| 7XSB Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P5S-3B11 Fab 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.05M Citric acid pH 4.4, 0.05M BIS-TRIS propane, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.324 |
| 7XSC Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P5S-2B10 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 17% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.250 |
| 7XSC Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P5S-2B10 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
319–529（211 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 17% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.250 |
| 7XST Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein in complex with three F61 Fab and three D2 Fab 提交 2022-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 7XTZ Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Locked-1 Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1141（1128 aa）
链 B
14–1141（1128 aa）
链 C
14–1141（1128 aa）
|
突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7XU0 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Locked-211 Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1141（1128 aa）
链 B
14–1141（1128 aa）
链 C
14–1141（1128 aa）
|
突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 EIC LINOLEIC ACID × 3 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7XU1 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Locked-122 Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7XU2 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Locked-2 Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1140（1127 aa）
链 B
14–1140（1127 aa）
链 C
14–1140（1127 aa）
|
突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XU3 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Closed Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1140（1127 aa）
链 B
14–1140（1127 aa）
链 C
14–1140（1127 aa）
|
突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C | BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7XU4 Structure of SARS-CoV-2 D614G Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Locked-2 Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1140（1127 aa）
链 B
14–1140（1127 aa）
链 C
14–1140（1127 aa）
|
突变：D427C, D614G, V987C 突变：D427C, D614G, V987C 突变：D427C, D614G, V987C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XU5 Structure of SARS-CoV-2 D614G Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Closed Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1140（1127 aa）
链 B
14–1140（1127 aa）
链 C
14–1140（1127 aa）
|
突变：D614G, D427C, V987C 突变：D614G, D427C, V987C 突变：D614G, D427C, V987C | BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7XU6 Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), incubated in Low pH after 40-Day Storage in PBS, Locked-2 Conformation 提交 2022-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1140（1127 aa）
链 B
14–1140（1127 aa）
链 C
14–1140（1127 aa）
|
突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C 突变：D427C, V987C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7XWA Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 variant spike protein in complex with its receptor ACE2 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
322–536（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH6.5, 11-13% PEG6000, 5% MPD
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.287 |
| 7XWA Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 variant spike protein in complex with its receptor ACE2 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
322–536（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH6.5, 11-13% PEG6000, 5% MPD
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.287 |
| 7XXL RBD in complex with Fab14 提交 2022-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
331–532（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 7XY3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with VHH14 提交 2022-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1145（1132 aa）
链 B
14–1145（1132 aa）
链 C
14–1145（1132 aa）
|
突变：R682G, R683G, R685S, K986P and V987P 突变：R682G, R683G, R685S, K986P and V987P 突变：R682G, R683G, R685S, K986P and V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7XY4 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with VHH21 提交 2022-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1145（1132 aa）
链 B
14–1145（1132 aa）
链 C
14–1145（1132 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 40 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7Y0C Crystal structure of BD55-1403 and SARS-CoV-2 Omicron RBD 提交 2022-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
330–528（199 aa）
片段：Omicron RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；pH 5；291.15 K；PEG3350, Sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.278 |
| 7Y0C Crystal structure of BD55-1403 and SARS-CoV-2 Omicron RBD 提交 2022-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–528（199 aa）
片段：Omicron RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；pH 5；291.15 K；PEG3350, Sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.278 |
| 7Y0N SARS-CoV-2 WT Spike in complex with R15 Fab and P14 Nanobody 提交 2022-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–1147（1147 aa）
链 B
1–1147（1147 aa）
链 D
1–1147（1147 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7Y0O Interface of SARS-CoV-2 WT Spike in complex with R15 Fab and P14 Nanobody 提交 2022-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7Y0V The co-crystal structure of BA.1-RBD with Fab-5549 提交 2022-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
325–541（217 aa）
片段：BA.1-RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；291 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.25, 10% v/v 2-Propanol, 18% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.268 |
| 7Y0W Local structure of BD55-5514 and BD55-5840 Fab and Omicron BA.1 RBD complex 提交 2022-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
335–527（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.42 Å |
| 7Y1Y S-ECD (Omicron BA.2) in complex with PD of ACE2 提交 2022-06-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：P986K,P987V 突变：P986K,P987V 突变：P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7Y1Z S-ECD (Omicron BA.3) in complex with three PD of ACE2 提交 2022-06-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：P986K,P987V 突变：P986K,P987V 突变：P986K,P987V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7Y20 S-ECD (Omicron BA.3) in complex with two PD of ACE2 提交 2022-06-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7Y21 S-ECD (Omicron BA.5) in complex with PD of ACE2 提交 2022-06-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7Y3O Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.2 M Imidazole malate, pH 7.0, 20% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 7Y42 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with all-trans retinoic acid 提交 2022-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 D
27–1147（1121 aa）
|
突变：C66F, K986P, V987P 突变：C66F, K986P, V987P 突变：C66F, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 REA RETINOIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7Y6D Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta variant spike proteins on intact virions: 3 Closed RBD 提交 2022-06-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 4.39 Å |
| 7Y6K Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with K202.B bispecific antibody 提交 2022-06-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 7Y6L The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab816 提交 2022-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7Y6N The SARS-CoV-2 receptor binding domain bound with the Fab fragment of a human neutralizing antibody Ab803 提交 2022-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7Y71 SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7 提交 2022-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
16–1213（1198 aa）
链 B
16–1213（1198 aa）
链 C
16–1213（1198 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 7Y72 SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7 (focused refinement on Fab-RBD interface) 提交 2022-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
16–1213（1198 aa）
链 C
16–1213（1198 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.03 Å |
| 7Y75 SIT1-ACE2-BA.2 RBD 提交 2022-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：BA.2 RBD
链 F
319–541（223 aa）
片段：BA.2 RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7Y76 SIT1-ACE2-BA.5 RBD 提交 2022-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：BA.4 RBD
链 F
319–541（223 aa）
片段：BA.4 RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7Y7J SARS-CoV-2 S trimer in complex with 1F Fab 提交 2022-06-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：YES 突变：YES 突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7Y7K SARS-CoV-2 RBD in complex with 1F Fab 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
336–514（179 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7Y8J 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from SARS-CoV-2 提交 2022-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
950–956（7 aa）
片段：HR1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG8000
|
分辨率 1.03 Å R-free 0.145 |
| 7Y9N an engineered 5-helix bundle derived from SARS-CoV-2 S2 in complex with HR2P 提交 2022-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
918–967（50 aa）
链 A
1167–1203（37 aa）
链 B
1168–1203（36 aa）
片段：HR2 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Citric acid (pH 3.5), 14% w/v Polyethylene glycol 1000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.212 |
| 7Y9S Cryo-EM structure of apo SARS-CoV-2 Omicron spike protein (S-2P-GSAS) 提交 2022-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–1208（1194 aa）
链 B
15–1208（1194 aa）
链 C
15–1208（1194 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7Y9Z Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike protein (S-6P-RRAR) in complex with human ACE2 ectodomain (one-RBD-up state) 提交 2022-06-26 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 7YA0 Cryo-EM structure of hACE2-bound SARS-CoV-2 Omicron spike protein with L371S, P373S and F375S mutations (S-6P-RRAR) 提交 2022-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P,A942P,K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P,A942P,K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P,A942P,K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7YA1 Cryo-EM structure of hACE2-bound SARS-CoV-2 Omicron spike protein with L371S, P373S and F375S mutations (local refinement) 提交 2022-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 7YAD Cryo-EM structure of S309-RBD-RBD-S309 in the S309-bound Omicron spike protein (local refinement) 提交 2022-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
330–529（200 aa）
链 M
330–529（200 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 7YBH SARS-CoV-2 lambda variant spike 提交 2022-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
|
分辨率 3.50 Å |
| 7YBI SARS-CoV-2 Mu variant spike (open state) 提交 2022-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7YBJ SARS-CoV-2 Mu variant spike(close state) 提交 2022-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 7YBK SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (open state) 提交 2022-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
|
分辨率 3.90 Å |
| 7YBL SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (close state) 提交 2022-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7YBM SARS-CoV-2 C.1.2 variant spike (Close state) 提交 2022-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7YBN SARS-CoV-2 C.1.2 variant spike (Open state) 提交 2022-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：A892P, A899P, A942P 突变：A892P, A899P, A942P 突变：A892P, A899P, A942P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
|
分辨率 3.82 Å |
| 7YC5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with K202.B bispecific antibody 提交 2022-06-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7YCK Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with FP-12A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293.15 K；0.2M Ammonium sulfate; 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1M BICINE pH 9.0, 2.5% w/v PEG 3350, 2.5%w/v PEG 4000, 2.5% w/v PEG 2000, 2.5% w/v PEG 5000 MME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.264 |
| 7YCK Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with FP-12A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293.15 K；0.2M Ammonium sulfate; 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1M BICINE pH 9.0, 2.5% w/v PEG 3350, 2.5%w/v PEG 4000, 2.5% w/v PEG 2000, 2.5% w/v PEG 5000 MME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.264 |
| 7YCL Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IS-9A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 0.1M Tris pH 8.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.217 |
| 7YCL Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IS-9A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 0.1M Tris pH 8.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.217 |
| 7YCN Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IY-2A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 7YCN Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IY-2A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 7YCN Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IY-2A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 7YCN Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IY-2A Fab 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
333–527（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 7YCO Crystal structure of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain bound to A6 repebody 提交 2022-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–530（198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 20 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.259 |
| 7YCY SARS-CoV-2 Omicron 1-RBD up Spike trimer complexed with three XG005 molecules 提交 2022-07-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å |
| 7YCZ SARS-CoV-2 Omicron 2-RBD up Spike trimer complexed with three XG005 molecules 提交 2022-07-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7YD0 SARS-CoV-2 Omicron 1-RBD up spike trimer complexed with two XG005 Fab 提交 2022-07-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 7YD1 Local refinement of SARS-CoV-2 Omicron S trimer complexed with XG005 提交 2022-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
331–528（198 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 7YDI SARS-CoV-2 Spike (6P) in complex with 3 R1-32 Fabs and 3 ACE2, focused refinement of RBD region 提交 2022-07-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
334–526（193 aa）
片段：Spike protomer RBD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.98 Å |
| 7YDY SARS-CoV-2 Spike (6P) in complex with 1 R1-32 Fab 提交 2022-07-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.75 Å |
| 7YE5 SARS-CoV-2 Spike (6P) in complex with 2 R1-32 Fabs 提交 2022-07-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.75 Å |
| 7YE9 SARS-CoV-2 Spike (6P) in complex with 3 R1-32 Fabs 提交 2022-07-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 7YEG SARS-CoV-2 Spike (6P) in complex with 3 R1-32 Fabs and 3 ACE2 提交 2022-07-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R682S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 7YH6 Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody NIV-8 提交 2022-07-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；octyl-maltoside, fluorinated solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.01%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.40 Å |
| 7YH7 SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-8 (state 2) 提交 2022-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685G, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685G, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685G, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.30 Å |
| 7YHW Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.12.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement) 提交 2022-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 7YJ3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with human ACE2 (local refinement) 提交 2022-07-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 7YKJ Omicron RBDs bound with P3E6 Fab (one up and one down) 提交 2022-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7YOW Crystal structure of SARS-CoV-2 omicron variant spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG48 Fab 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
321–536（216 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 19.5% PEG 3350, 1 mM EDTA, 10% golycerol, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.254 |
| 7YOW Crystal structure of SARS-CoV-2 omicron variant spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG48 Fab 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
321–536（216 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 19.5% PEG 3350, 1 mM EDTA, 10% golycerol, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.254 |
| 7YQT SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (1 RBD Up) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7YQU SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (3 RBD Down) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 7YQV pH 5.5 SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (1 RBD Up) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 7YQW SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (3 RBD Down) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.51 Å |
| 7YQX SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state1) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7YQY SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state2) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å |
| 7YQZ SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state3) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |
| 7YR0 SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (interface) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
332–527（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.98 Å |
| 7YR1 SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with XG2v024 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 7YR2 SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with ACE2(state1) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–1273（1273 aa）
链 D
1–1273（1273 aa）
链 E
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942A, K986P, V987P | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 49 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7YR3 SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with ACE2(state2) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
链 F
1–1273（1273 aa）
|
突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 53 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 7YR4 SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with ACE2(interface) 提交 2022-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–528（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å |
| 7YTN Crystal structure of SARS-CoV-2 Alpha RBD in complex with the D27LEY neutralizing antibody Fab fragment 提交 2022-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；200 mM ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (v/v) polyethyleneglycol 3350
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.274 |
| 7YUE Epitope-directed anti-SARS CoV 2 scFv engineered against the key spike protein region. 提交 2022-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
815–826（12 aa）
片段：SARS CoV 2 epitope
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；0.2 M sodium thiocyanate at pH 5.9
20% PEG 1000
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.232 |
| 7YV8 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with golden hamster ACE2 (local refinement) 提交 2022-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
332–528（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 7YVE Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab 提交 2022-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7YVF Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH027 Fab 提交 2022-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7YVG Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH132 Fab 提交 2022-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7YVH Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH132 Fab 提交 2022-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7YVI Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH236 Fab 提交 2022-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7YVJ Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH236 Fab 提交 2022-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7YVK Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH272 Fab 提交 2022-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7YVL Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH272 Fab 提交 2022-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7YVM Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH272 Fab 提交 2022-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7YVN Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH281 Fab 提交 2022-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7YVO Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027/132 Fab 提交 2022-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7YVP Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH272/281 Fab 提交 2022-08-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P 突变：K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7YVU Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with mouse ACE2 (local refinement) 提交 2022-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7Z0X THSC20.HVTR26 Fab bound to SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain 提交 2022-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
331–527（197 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293.15 K；15% (w/v) PEG 20,000, 100 mM HEPES / Sodium hydroxide pH 7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.188 |
| 7Z0Y THSC20.HVTR04 Fab bound to SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain 提交 2022-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
331–527（197 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；1.5M ammonium sulfate, 12%(v/v) isopropanol, 0.1M imidazole HCl pH 6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.241 |
| 7Z1A Nanobody H11 and F2 bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10,000
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.241 |
| 7Z1A Nanobody H11 and F2 bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10,000
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.241 |
| 7Z1B Nanobody H11-A10 and F2 bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 20 % Peg 3000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.243 |
| 7Z1B Nanobody H11-A10 and F2 bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 20 % Peg 3000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.243 |
| 7Z1C Nanobody H11-B5 and H11-F2 bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；6% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.199 |
| 7Z1C Nanobody H11-B5 and H11-F2 bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；6% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.199 |
| 7Z1D Nanobody H11-H6 bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5 and 20% w/v PEG 8000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.186 |
| 7Z1E Nanobody H11-H4 Q98R H100E bound to RBD 提交 2022-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 NO3 NITRATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium nitrate, 20 % Peg 3350
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.202 |
| 7Z3Z Locked Wuhan SARS-CoV2 Prefusion Spike ectodomain with lipid bound 提交 2022-03-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 STE STEARIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7Z6V CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11 nanobody complex 提交 2022-03-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 120 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 82% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7Z7X CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-H6 nanobody complex 提交 2022-03-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 120 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) or for 60-80 s, 12 mA (easiGlow, Pelco) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 79-81% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.30 Å |
| 7Z85 CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-B5 nanobody complex 提交 2022-03-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 190 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 83% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7Z86 CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-H4 Q98R H100E nanobody complex in 1Up2Down conformation 提交 2022-03-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7Z8O Crystal structure of SARS-CoV-2 S RBD in complex with a stapled peptide 提交 2022-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；22 %v/v PEGSB,
0.1 M Na Phos Cit 5.5 pH
|
分辨率 0.96 Å R-free 0.169 |
| 7Z9Q CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-A10 nanobody complex 提交 2022-03-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 260 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 80% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.60 Å |
| 7Z9R CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-H4 Q98R H100E nanobody complex in 2Up1Down conformation 提交 2022-03-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7ZBU CryoEM structure of SARS-CoV-2 spike monomer in complex with neutralising antibody P008_60 提交 2022-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 3Q9 3-[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-2-[[5-[(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；0.1% n-octyl glucoside in 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 to 4 sec before plunging
|
分辨率 4.31 Å |
| 7ZCE SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76 提交 2022-03-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ZCF SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with the single chain fragment scFv76 (Focused Refinement) 提交 2022-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZDQ Cryo-EM structure of Human ACE2 bound to a high-affinity SARS CoV-2 mutant 提交 2022-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
突变：Q498H, S477N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds. Wait time of 30 seconds for graphene oxide grids and 0 seconds for holey grids.
|
分辨率 3.20 Å |
| 7ZF3 SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-3 and EY6A Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% (v/v) Jeffamine ED-2001 pH 7.0
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.266 |
| 7ZF4 SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-9 Fab and nanobody F2 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 30% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 4.18 Å R-free 0.385 |
| 7ZF5 SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-12 and Beta-54 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 18% (w/v) PEG 20000
|
分辨率 5.32 Å R-free 0.256 |
| 7ZF5 SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-12 and Beta-54 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 18% (w/v) PEG 20000
|
分辨率 5.32 Å R-free 0.256 |
| 7ZF7 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with ACE2 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.09 M MES monohydrate pH 6.0, 18% (w/v) PEG monomethyl ether 2000
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.269 |
| 7ZF8 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with COVOX-150 Fab 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.258 |
| 7ZF9 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with COVOX-150 Fab (P21) 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 30% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 7ZF9 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with COVOX-150 Fab (P21) 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 30% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 7ZFA SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-6 and COVOX-150 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 D
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 4.24 Å R-free 0.272 |
| 7ZFA SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-6 and COVOX-150 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 4.24 Å R-free 0.272 |
| 7ZFA SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-6 and COVOX-150 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 4.24 Å R-free 0.272 |
| 7ZFA SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-6 and COVOX-150 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 4.24 Å R-free 0.272 |
| 7ZFB SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with nanobody C1, Omi-18 and Omi-31 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20 % w/v PEG 8000
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.308 |
| 7ZFB SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with nanobody C1, Omi-18 and Omi-31 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 F
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20 % w/v PEG 8000
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.308 |
| 7ZFC SARS-CoV-2 Beta RBD in complex with nanobody C1, Omi-18 and Omi-31 Fabs 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.04 M Potassium phosphate monobasic, 16% w/v PEG 8000
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.299 |
| 7ZFD SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-25 Fab 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
330–532（203 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Proplex 1-31: 3.0 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.5
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.338 |
| 7ZFD SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-25 Fab 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
330–532（203 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Proplex 1-31: 3.0 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.5
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.338 |
| 7ZFE SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-32 Fab and nanobody C1 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v Polyethylene glycol 6,000
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.293 |
| 7ZFE SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-32 Fab and nanobody C1 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v Polyethylene glycol 6,000
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.293 |
| 7ZFE SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-32 Fab and nanobody C1 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v Polyethylene glycol 6,000
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.293 |
| 7ZFE SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-32 Fab and nanobody C1 提交 2022-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v Polyethylene glycol 6,000
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.293 |
| 7ZJL Delta SARS-CoV-2 spike protein in complex with REGN10987 Fab homologue. 提交 2022-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
15–1146（1132 aa）
链 B
15–1146（1132 aa）
链 C
15–1146（1132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7ZR2 Crystal structure of a chimeric protein mimic of SARS-CoV-2 Spike HR1 in complex with HR2 提交 2022-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
915–988（74 aa）
链 B
1164–1202（39 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M sodium HEPES, 20% (w/v) PEG4000, 10% (v/v) isopropanol
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.209 |
| 7ZR7 OMI-42 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE GLYCOPROTEIN 提交 2022-05-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7ZR8 OMI-38 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE RBD (local refinement) 提交 2022-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7ZR9 OMI-2 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE GLYCOPROTEIN 提交 2022-05-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZRC OMI-38 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE 提交 2022-05-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ZRV cryo-EM structure of omicron spike in complex with de novo designed binder, full map 提交 2022-05-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7ZSD cryo-EM structure of omicron spike in complex with de novo designed binder, local 提交 2022-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 M
332–527（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 7ZSS cryo-EM structure of D614 spike in complex with de novo designed binder 提交 2022-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1146（1146 aa）
链 B
1–1146（1146 aa）
链 C
1–1146（1146 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 7ZXU SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 nanobody 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 10 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4% (v/v) 2-propanol, 0.1M BIS-Tris propane, pH9.0, 20% (w/v) PEG monomethyl ether 5000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.209 |
| 8A94 SARS CoV2 Spike in the 2-up state in complex with Fab47. 提交 2022-06-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 43 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8A95 SARS Cov2 Spike RBD in complex with Fab47 提交 2022-06-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 8A96 SARS Cov2 Spike RBD in complex with Fab47 提交 2022-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
327–531（205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8A99 SARS Cov2 Spike in 1-up conformation complex with Fab47 提交 2022-06-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 44 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8AAA Crystal structure of SARS-CoV-2 S RBD in complex with a stapled peptide 提交 2022-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | 29N 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)tripropan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；22% PEGSM, 2% Glycerol, 0.01M CoCl2, 0.2M MgCl2, 0.1M Bis TRIS
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.236 |
| 8AJA Structure of the Ancestral Scaffold Antigen-5 of Coronavirus Spike protein 提交 2022-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 8AJL Structure of the Ancestral Scaffold Antigen-6 of Coronavirus Spike protein 提交 2022-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8AQS BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to human ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 8AQT Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8AQU BA.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 8AQV BA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8AQW BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ASY SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 RBD in complex with ACE2 提交 2022-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 12 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1% (w/v) n-Octyl-b-D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 and 22% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.265 |
| 8BBN SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-10 and EY6A Fabs 提交 2022-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 Y
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% (v/v) 2-propanol, 0.1 M BICINE, pH 8.5 and 30% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 3.58 Å R-free 0.314 |
| 8BBN SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-10 and EY6A Fabs 提交 2022-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 X
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% (v/v) 2-propanol, 0.1 M BICINE, pH 8.5 and 30% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 3.58 Å R-free 0.314 |
| 8BBN SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-10 and EY6A Fabs 提交 2022-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% (v/v) 2-propanol, 0.1 M BICINE, pH 8.5 and 30% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 3.58 Å R-free 0.314 |
| 8BCZ SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with Fabs BA.2-36, BA.2-23, EY6A and COVOX-45 提交 2022-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 R
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8BE1 SARS-CoV-2 RBD in complex with a Fab fragment of a neutralising antibody mRBD2 提交 2022-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–527（195 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；281 K；0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5 0.2 M Potassium thiocyanate 20 % w/v PEG 3350 10 % v/v Ethylene glycol
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.284 |
| 8BE1 SARS-CoV-2 RBD in complex with a Fab fragment of a neutralising antibody mRBD2 提交 2022-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–527（195 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；281 K；0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5 0.2 M Potassium thiocyanate 20 % w/v PEG 3350 10 % v/v Ethylene glycol
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.284 |
| 8BEC Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1375 scFV 提交 2022-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；pT1375-RBD at 15,5 mg/ml using 1.5 M Ammonium sulfate, 15 % w/v glycerol, 100 mM Tris pH 8.5 as reservoir and micro seeds in 18% PEG 3350, 100 mM citrate pH 4, 200 mM Na3Cit stabilization solution
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 8BEC Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1375 scFV 提交 2022-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–527（194 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；pT1375-RBD at 15,5 mg/ml using 1.5 M Ammonium sulfate, 15 % w/v glycerol, 100 mM Tris pH 8.5 as reservoir and micro seeds in 18% PEG 3350, 100 mM citrate pH 4, 200 mM Na3Cit stabilization solution
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 8BEV Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (HexaPro variant) in complex with nanobody W25 (map 3, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) 提交 2022-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；1s blotting time
|
分辨率 5.92 Å |
| 8BG1 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1511 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；pT1511-RBD at 9.5 mg/ml using 16% PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-tris propane pH 7.5 as reservoir
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.244 |
| 8BG1 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1511 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；pT1511-RBD at 9.5 mg/ml using 16% PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-tris propane pH 7.5 as reservoir
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.244 |
| 8BG1 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1511 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；pT1511-RBD at 9.5 mg/ml using 16% PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-tris propane pH 7.5 as reservoir
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.244 |
| 8BG1 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1511 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 L
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；pT1511-RBD at 9.5 mg/ml using 16% PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-tris propane pH 7.5 as reservoir
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.244 |
| 8BG2 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1580 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pT1580-RBD at 9,8 mg/ml using 1.4 M Na-Tartrate, 100 mM Tris pH 8.5 as reservoir
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.227 |
| 8BG2 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1580 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pT1580-RBD at 9,8 mg/ml using 1.4 M Na-Tartrate, 100 mM Tris pH 8.5 as reservoir
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.227 |
| 8BG3 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1610 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；pT1610-RBD at 10.2 mg/ml using 20% PEG 3350, 100 mM MES pH 6, 200 mM NaF as reservoir
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.214 |
| 8BG3 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1610 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；pT1610-RBD at 10.2 mg/ml using 20% PEG 3350, 100 mM MES pH 6, 200 mM NaF as reservoir
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.214 |
| 8BG4 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1611 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pT1611-RBD at 18.7 mg/ml using 1.6 M ammonium-sulfate, 2 % PEG 1000, 100 mM HEPES pH 8 as reservoir
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.208 |
| 8BG4 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1611 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pT1611-RBD at 18.7 mg/ml using 1.6 M ammonium-sulfate, 2 % PEG 1000, 100 mM HEPES pH 8 as reservoir
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.208 |
| 8BG5 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1631 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pT1631-RBD at 15.8 mg/ml using 16 % PEG 4000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM Li2SO4 as reservoir and micro seeds in 18% PEG 3350, 100 mM citrate pH 4, 200 mM Na3Cit stabilization solution
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.217 |
| 8BG5 Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1631 scFV 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pT1631-RBD at 15.8 mg/ml using 16 % PEG 4000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM Li2SO4 as reservoir and micro seeds in 18% PEG 3350, 100 mM citrate pH 4, 200 mM Na3Cit stabilization solution
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.217 |
| 8BG6 SARS-CoV-2 S protein in complex with pT1644 Fab 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.11 Å |
| 8BG8 SARS-CoV-2 S protein in complex with pT1696 Fab 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 8BGG Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25 (map 5, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.04 Å |
| 8BH5 SARS-CoV-2 BA.2.12.1 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 nanobody 提交 2022-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 12 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.233 |
| 8BON Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the macrocyclic peptide S1B3inL1 提交 2022-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8BSE CRYSTAL STRUCTURE OF SARS-COV-2 RECEPTOR BINDING DOMAIN (RBD) in complex with 1D1 Fab 提交 2022-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；18% PEG Smear Broad
0.08 M MgCl2
0.08 M tri-sodium citrate
0.1 M Bis-Tris pH 6.0
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 8BSF CRYSTAL STRUCTURE OF SARS-COV-2 RECEPTOR BINDING DOMAIN (RBD-beta variant) in complex with 3D2 Fab 提交 2022-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.04 M potassium dihydrogen phosphate
18 % PEG 8000
20 % glycerol
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.229 |
| 8C0Y SARS-CoV2 Omicron BA.1 RBD in complex with CAB-A17 antibody 提交 2022-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8C1V SARS-CoV-2 S-trimer (3 RBDs up) bound to TriSb92, fitted into cryo-EM map 提交 2022-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
26–1149（1124 aa）
链 B
26–1149（1124 aa）
链 C
26–1149（1124 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris pH 8 + 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8C2R SARS-CoV2 Omicron BA.1 spike in complex with CAB-A17 antibody 提交 2022-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
26–1147（1122 aa）
链 B
26–1147（1122 aa）
链 C
26–1147（1122 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 8C3V SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-13 Fab and C1 nanobody 提交 2022-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 R
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 15% PEG 1,500
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.258 |
| 8C3V SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-13 Fab and C1 nanobody 提交 2022-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 X
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 15% PEG 1,500
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.258 |
| 8C3V SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-13 Fab and C1 nanobody 提交 2022-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 Y
333–528（196 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 15% PEG 1,500
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.258 |
| 8C89 SARS-CoV-2 spike in complex with the 17T2 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of RBD and Fab) 提交 2023-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
324–533（210 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.41 Å |
| 8C8P Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 10D12 heavy-chain-only antibody (local refinement) 提交 2023-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8CBD SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-1 and EY6A Fabs 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 and 22% (w/v) PEG 1000
|
分辨率 3.52 Å R-free 0.266 |
| 8CBD SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-1 and EY6A Fabs 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 Y
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 and 22% (w/v) PEG 1000
|
分辨率 3.52 Å R-free 0.266 |
| 8CBD SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-1 and EY6A Fabs 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 X
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 and 22% (w/v) PEG 1000
|
分辨率 3.52 Å R-free 0.266 |
| 8CBE SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-2 and Beta-49 Fabs 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0 and 18% (w/v) PEG 20000
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.266 |
| 8CBF SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with Omi-42 and Beta-49 Fabs 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；containing 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 and 22% (w/v) PEG 1000
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.255 |
| 8CII Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody 提交 2023-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
327–528（202 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8CIM BA.2-07 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BA.2.12.1 SPIKE GLYCOPROTEIN 提交 2023-02-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8CIN BA.4/5-5 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BA.4 SPIKE GLYCOPROTEIN 提交 2023-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
28–1147（1120 aa）
链 B
28–1147（1120 aa）
链 C
28–1147（1120 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8CMA SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-35 Fab 提交 2023-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.268 |
| 8CMB Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Spike peptide S486-505 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
486–505（20 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 DHL 2-AMINO-ETHANETHIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 20 % PEG1500
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.231 |
| 8CMC Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Spike peptide S511-530 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
511–530（20 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M MES pH 7.0, 25 % PEG8000, 0.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.208 |
| 8CMD Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Spike peptide S761-775 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
761–775（15 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；0.1 M MES pH 5.0, 20 % PEG1500
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.238 |
| 8CMD Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Spike peptide S761-775 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
761–775（15 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；0.1 M MES pH 5.0, 20 % PEG1500
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.238 |
| 8CMD Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Spike peptide S761-775 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
761–775（15 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；0.1 M MES pH 5.0, 20 % PEG1500
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.238 |
| 8CMH Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Omicron (BA.1) Spike peptide S486-505 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
486–505（20 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 30 SO4 SULFATE ION × 1 DHL 2-AMINO-ETHANETHIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M Sodium cacodylate pH 6.0, 25 % PEG4000, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.208 |
| 8CMI Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Omicron (BA.1) Spike peptide S761-775 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
761–775（15 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M TRIS pH 7.0, 28 % PEG8000, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 8CMI Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Omicron (BA.1) Spike peptide S761-775 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
761–775（15 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M TRIS pH 7.0, 28 % PEG8000, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 8CMI Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting SARS-CoV-2 Omicron (BA.1) Spike peptide S761-775 提交 2023-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
761–775（15 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M TRIS pH 7.0, 28 % PEG8000, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 8CSA Triple mutant (K417N-E484K-N501Y) SARS-CoV-2 spike protein in the 3-RBD-Down conformation (S-GSAS-D614G-K417N-E484K-N501Y) 提交 2022-05-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N501Y; K417N; E484K; D614G; esidues 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：N501Y; K417N; E484K; D614G; esidues 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：N501Y; K417N; E484K; D614G; esidues 682-685 RRAR mutated to GSAS | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |
| 8CSJ Cryo-EM structure of NTD-directed non-neutralizing antibody 4-33 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2022-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 8CWI Fab arm of antibody 10G4 bound to CoV-2 receptor binding domain (RBD) 提交 2022-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；Equal volumes (0.4 uL) of protein solution (~5 mg/mL in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) were combined with well solution (200 mM MgCl2, 100 mM sodium acetate (pH 5.0), 20 % (w/v) PEG6000) in a sitting drop format.
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.205 |
| 8CWK Fab arm of antibodies 4G1-C2 and 10G4 bound to CoV-2 receptor binding domain (RBD) 提交 2022-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Equal volume (2 uL) of protein solution (approx 5 mg/mL, in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was mixed with an equal volume of well solution comprising 200 mM sodium citrate, 100 mM Bis-Tris-Propane (pH 7.4), 18% PEG3350). For cryoprotection the crystal was swum briefly (5-10 sec) in well solution doped with glycerol to a final concentration of ~25%.
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.223 |
| 8CWU Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with a cross-neutralizing nanobody 1-21 提交 2022-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；20% polyethylene glycol 8000, 0.1 M NaCl, 0.1 M CAPS pH 10.5
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.203 |
| 8CWV Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with a cross-neutralizing nanobody 2-31 and a human antibody CC12.1 Fab 提交 2022-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；40% MPD, 0.1M cacodylate pH 6.5 5% (w/v) PEG-8000, final pH 7.0
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.264 |
| 8CXN SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-57 提交 2022-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8CXQ SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 1-22 提交 2022-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8CY6 SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-65 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8CY7 SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-34 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 50 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8CY9 SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 1-23 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8CYA SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-67 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8CYB SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 1-8 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 AH2 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8CYC SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-34 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8CYD SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-45 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
15–1147（1133 aa）
链 B
15–1147（1133 aa）
链 C
15–1147（1133 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8CYJ RBD of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with pan-sarbecovirus nanobodies 2-10, 2-67, 2-62 and 1-25 提交 2022-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8CZI Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with extended HR2 提交 2022-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1157–1201（45 aa）
链 E
1157–1201（45 aa）
链 F
1157–1201（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.22 Å |
| 8D0Z S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 Spike protein (focused refinement) 提交 2022-05-26 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8D36 Crystal structure of SARS-CoV-2 fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-62 提交 2022-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
812–826（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 4, 1 M lithium chloride, and 10% PEG6000
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.219 |
| 8D47 fp.006 Fab in complex with SARS-CoV-2 Fusion Peptide 提交 2022-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
812–831（20 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；289 K；0.2 M Potassium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.238 |
| 8D47 fp.006 Fab in complex with SARS-CoV-2 Fusion Peptide 提交 2022-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
812–831（20 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；289 K；0.2 M Potassium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.238 |
| 8D48 sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein 提交 2022-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8D55 Closed state of SARS-CoV-2 BA.2 variant spike protein 提交 2022-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8D56 One RBD-up state of SARS-CoV-2 BA.2 variant spike protein 提交 2022-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8D5A Middle state of SARS-CoV-2 BA.2 variant spike protein 提交 2022-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8D6Z Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV91-27 提交 2022-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
809–823（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；70% 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
| 8D6Z Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV91-27 提交 2022-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 K
809–823（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；70% 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
| 8D6Z Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV91-27 提交 2022-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
809–823（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；70% 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
| 8D6Z Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV91-27 提交 2022-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 L
809–823（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；70% 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
| 8D8Q SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196 提交 2022-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
16–1175（1160 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8D8R SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAb 2196 提交 2022-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1175（1160 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8DAD SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with AZ090 Fab 提交 2022-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1213（1213 aa）
片段：Spike 6P
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 I
809–823（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.284 |
| 8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 J
809–823（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.284 |
| 8DCC SARS-CoV-2 Receptor-Binding Domain SPEEDesign Immunogen 3 Bound to P2B-2F6 Fab 提交 2022-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
片段：RBD SPEEDesign Immunogen 3 (UNP residues 333-526)
|
突变：T333K, A363Y, N388K, N394Y, I468T, S514T, H519D, A522P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；0.2 M sodium fluoride, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.272 |
| 8DCE SARS-CoV-2 Receptor-Binding Domain SPEEDesign Immunogen 1 Bound to C144 scFv 提交 2022-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–526（194 aa）
片段：RBD SPEEDesign Immunogen 1 (UNP residues 333-526)
|
突变：T333M,A348P,V362Y,A363Y,N394Q,Y396F,I468T,H519D,A522P | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 16% PEG8000, 20% glycerol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.203 |
| 8DF5 SARS-CoV-2 Beta RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S309 Fab 提交 2022-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 R
328–529（202 aa）
链 S
328–529（202 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 30 CL CHLORIDE ION × 22 ZN ZINC ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M Tris (base)/bicine pH 8.5, 3% w/v D- sorbitol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.217 |
| 8DGU Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC25.106 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1140–1164（25 aa）
片段：Stem helix peptide, residues 1140-1164
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；19% (v/v) Isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) Glycerol, 0.095 M Sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.245 |
| 8DI5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Beta (B.1.351) spike protein in complex with VH domain F6 (focused refinement of RBD and VH F6) 提交 2022-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8DLI Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Alpha (B.1.1.7) spike protein 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 8DLJ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Alpha (B.1.1.7) spike protein in complex with human ACE2 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8DLK Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Alpha (B.1.1.7) spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8DLL Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Beta (B.1.351) spike protein 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 8DLM Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Beta (B.1.351) spike protein in complex with human ACE2 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 8DLN Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Beta (B.1.351) spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8DLO Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.25 Å |
| 8DLP Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with human ACE2 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 8DLQ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8DLR Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4-8 (focused refinement of NTD and 4-8) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 8DLS Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8 (focused refinement of NTD and 4A8) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 8DLT Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Epsilon (B.1.429) spike protein 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8DLU Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Epsilon (B.1.429) spike protein in complex with human ACE2 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 8DLV Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Epsilon (B.1.429) spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 8DLW Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Epsilon (B.1.429) spike protein in complex with Fab S2M11 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.16 Å |
| 8DLX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Epsilon (B.1.429) spike protein in complex with VH ab6 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.45 Å |
| 8DLY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Epsilon (B.1.429) spike protein in complex with VH ab6 (focused refinement of NTD and VH ab6) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8DLZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 D614G spike protein in complex with VH ab6 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G 突变：D614G 突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.57 Å |
| 8DM0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 D614G spike protein in complex with VH ab6 (focused refinement of NTD and VH ab6) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 8DM1 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8DM2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein (focused refinement of NTD) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8DM3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with Fab 4A8 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |
| 8DM4 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with Fab 4A8 (focused refinement of NTD and 4A8) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.45 Å |
| 8DM5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with human ACE2 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 8DM6 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8DM7 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with mouse ACE2 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 8DM8 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with mouse ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8DM9 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein in complex with mouse ACE2 提交 2022-07-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 8DMA Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein in complex with mouse ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2022-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 8DNN Crystal structure of neutralizing antibody 80 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2022-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
319–541（223 aa）
链 D
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M di-ammonium tartarate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.252 |
| 8DPZ Local refinement of SARS-CoV-2 vaccine induced antibody DH1338 bound to SARS-CoV-2 HexaPro RBD Spike ectodomain 提交 2022-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
326–530（205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 8DT3 Cryo-EM structure of spike binding to Fab of neutralizing antibody (locally refined) 提交 2022-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8DT8 LM18/Nb136 bispecific tetra-nanobody immunoglobulin in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (focused refinement) 提交 2022-07-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly to grid application
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 8DTK Structure of RBD directed antibody DH1047 in complex with SARS-CoV-2 spike: Local refinement of RBD-Fab interace 提交 2022-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 8DTR Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody COV30-14 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1145–1159（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1M sodium cacodylate, pH6.5, 0.2M sodium chloride, and 2M ammonium sulfate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.222 |
| 8DTR Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody COV30-14 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
1145–1159（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1M sodium cacodylate, pH6.5, 0.2M sodium chloride, and 2M ammonium sulfate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.222 |
| 8DTT Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody COV93-03 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1148–1162（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.2M sodium chloride, 0.1M Tris, pH7, 30% PEG3000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.225 |
| 8DTT Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody COV93-03 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
1148–1162（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.2M sodium chloride, 0.1M Tris, pH7, 30% PEG3000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.225 |
| 8DTX Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody COV89-22 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
1145–1159（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 20% 2-propanol, and 20% PEG4000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.210 |
| 8DTX Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody COV89-22 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1145–1159（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 20% 2-propanol, and 20% PEG4000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.210 |
| 8DV1 SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432 提交 2022-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8DV2 SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to computationally engineered ACE2 mimetic CVD293 提交 2022-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8DW2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with anti-SARS-CoV-2 DARPin,SR22, and two antibody Fabs, S309 and CR3022 提交 2022-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
330–526（197 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 330-526)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；10 mM HEPES, 7.4, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.11 Å |
| 8DW3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with anti-SARS-CoV-2 DARPin,SR16m, and two antibody Fabs, S309 and CR3022 提交 2022-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
330–526（197 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 330-526)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；10 mM HEPES, 7.4, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.26 Å |
| 8DW9 Crystal structure of neutralizing antibody D29 Fab in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD) 提交 2022-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 333-527)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.05 M MES, pH 6.0, 5 mM magnesium acetate tetrahydrate
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.381 |
| 8DW9 Crystal structure of neutralizing antibody D29 Fab in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD) 提交 2022-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 333-527)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.05 M MES, pH 6.0, 5 mM magnesium acetate tetrahydrate
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.381 |
| 8DWA Crystal structure of neutralizing antibody P1D9 Fab in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD) 提交 2022-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
335–515（181 aa）
片段：receptor binding domain (UNP residues 335-515)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 18% w/v PEG5000 MME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.297 |
| 8DXS Cryo-EM structure of RBD-directed neutralizing antibody P2B4 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2022-08-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 44 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.76 Å |
| 8DXT Fab arm of antibody GAR12 bound to the receptor binding domain of SARS-CoV-2. 提交 2022-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；An equal volume (2 uL) of protein solution at ~5 mg/mL (in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was combined with well solution (100 mM ammonium citrate (pH 5.5), 20% (w/v) PEG3350.
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.254 |
| 8DXU Fab arms of antibodies GAR03 and 10G4 bound to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 in a 1:1:1 complex. 提交 2022-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
333–528（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Two uL of protein solution (~5 mg/mL of 1:1:1 complex in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was combined with an equal volume of well solution (100 mM MMT buffer system (Molecular Dimensions) (pH 6.0), 19% (w/v) PEG6000.
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.269 |
| 8DZH Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1.1.529 Spike trimer with two RBDs down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody MB.02 提交 2022-08-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8DZI Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1.1.529 Spike trimer with one RBD down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody MB.02 提交 2022-08-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8E1G SARS-CoV-2 RBD in complex with Omicron-neutralizing antibody 2A10 提交 2022-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–591（273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 uL 7.4 mg/mL protein; 1 uL 23%w/v PEG 3350, 230 mM Ammonium fluoride
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.244 |
| 8E1G SARS-CoV-2 RBD in complex with Omicron-neutralizing antibody 2A10 提交 2022-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–591（273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 uL 7.4 mg/mL protein; 1 uL 23%w/v PEG 3350, 230 mM Ammonium fluoride
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.244 |
| 8EDF Bovine Fab SKD in complex with Sars COV-2 receptor binding domain 提交 2022-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293.15 K；0.4M Lithium chloride, 10% Peg6000, 0.1M sodium citrate
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.299 |
| 8EKD Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike in complex with 2130-1-0114-112 提交 2022-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
333–516（184 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8EL2 SARS-CoV-2 RBD bound to neutralizing antibody Fab ICO-hu23 提交 2022-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 8000, 0.1 M MES at pH 5.5, 0.2 M zinc acetate, 3% ethylene glycol, 3% glycerol, 10 mM cadmium chloride hydrate, 4% v/v polypropylene glycol P 400, 3% v/v 2-propanol
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.281 |
| 8EL2 SARS-CoV-2 RBD bound to neutralizing antibody Fab ICO-hu23 提交 2022-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 8000, 0.1 M MES at pH 5.5, 0.2 M zinc acetate, 3% ethylene glycol, 3% glycerol, 10 mM cadmium chloride hydrate, 4% v/v polypropylene glycol P 400, 3% v/v 2-propanol
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.281 |
| 8ELH Crystal Structure of HLA-B*15:01 in complex with spike derived peptide NQKLIANQF from SARS-CoV-2 virus 提交 2022-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
919–927（9 aa）
片段：NQK-OC43 peptide (UNP residues 919-927)
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M sodium formate, pH 7.0, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.223 |
| 8ELJ SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the ICO-hu23 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2022-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
13–1211（1199 aa）
链 B
13–1211（1199 aa）
链 C
13–1211（1199 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8ELO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with antibody CC12.1 Fab and nanobody Nb-C4-225 提交 2022-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG-3350, 0.2 M di-Ammonium citrate
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.261 |
| 8ELP Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with antibody CC12.1 Fab and nanobody Nb-C4-240 提交 2022-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate pH 4.6, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 20% (v/v) glycerol
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.284 |
| 8ELQ Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with antibody CC12.1 Fab and nanobody Nb-C4-255 提交 2022-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 25% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.285 |
| 8EOO Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibodies WRAIR-2063 and WRAIR-2151 提交 2022-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM Bis-Tris propane HCl pH 8.5, 200 mM Na malonate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.255 |
| 8EOO Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibodies WRAIR-2063 and WRAIR-2151 提交 2022-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 D
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM Bis-Tris propane HCl pH 8.5, 200 mM Na malonate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.255 |
| 8EPN Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike trimer S2D14 in the 3-RBD Down conformation 提交 2022-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM Tris + 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8EPP Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike trimer S2D14 with two RBDs in the open conformation 提交 2022-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM Tris + 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8EPQ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike trimer S2D14 with two RBDs exposed 提交 2022-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–1147（1121 aa）
链 B
27–1147（1121 aa）
链 C
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM Tris + 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8EQF cryoEM structure of a broadly neutralizing anti-SARS-CoV-2 antibody STI-9167 提交 2022-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 8ERQ SARS-CoV-2 BA.1 spike ectodomain trimer in complex with the S2X324 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the RBD and S2X324) 提交 2022-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–210（210 aa）
链 A
212–1207（996 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ERR SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike ectodomain trimer in complex with the S2X324 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2022-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–210（210 aa）
链 A
212–1207（996 aa）
链 B
1–210（210 aa）
链 B
212–1207（996 aa）
链 C
1–210（210 aa）
链 C
212–1207（996 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8EYG SARS-CoV-2 spike protein complexed with two nanobodies 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1149（1136 aa）
链 B
14–1149（1136 aa）
链 C
14–1149（1136 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 20 seconds and blot time 3 seconds
|
分辨率 3.73 Å |
| 8EYH SARS-CoV-2 spike protein bound with a nanobody 提交 2022-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1149（1136 aa）
链 B
14–1149（1136 aa）
链 C
14–1149（1136 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 8F0G Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike in complex with antibody Fab 1C3 提交 2022-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS buffer pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 8F0H Structure of SARS-CoV-2 spike with antibody Fabs 2A10 and 1H2 (Local refinement of the RBD and Fabs 1H2 and 2A10) 提交 2022-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS buffer pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 8F0I Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with human antibody COVA309-22 提交 2022-11-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 M magnesium chloride, and 20% (w/v) polyethylene glycol 1000
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.275 |
| 8F0I Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with human antibody COVA309-22 提交 2022-11-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 M magnesium chloride, and 20% (w/v) polyethylene glycol 1000
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.275 |
| 8F0I Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with human antibody COVA309-22 提交 2022-11-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 M magnesium chloride, and 20% (w/v) polyethylene glycol 1000
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.275 |
| 8F2J Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2022-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.245 |
| 8F2J Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2022-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.245 |
| 8F2J Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2022-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.245 |
| 8F2J Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2022-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 K
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.245 |
| 8F2X Crystal structure of antibody WRAIR-2123 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2022-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.12 M alcohol mixture (1,6-Hexanediol; 1-Butanol; 1,2-Propanediol; 2-Propanol; 1,4-Butanediol; 1,3-Propanediol), 0.1M buffer system 3 (Tris base and BICINE, pH 8.5), 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350) and 0.1 M Manganese(II) chloride tetrahydrate.
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.324 |
| 8F4P SARS-CoV-2 spike protein trimer (down conformation) bound with a nanobody 提交 2022-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1149（1136 aa）
链 B
14–1149（1136 aa）
链 C
14–1149（1136 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8FA1 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with N969K mutation 提交 2022-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 D
1157–1201（45 aa）
链 E
1157–1201（45 aa）
链 F
1157–1201（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 8FA2 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 Omicron HR1-42G complex 提交 2022-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
917–988（72 aa）
链 B
917–988（72 aa）
链 C
917–988（72 aa）
链 D
1157–1201（45 aa）
链 E
1157–1201（45 aa）
链 F
1157–1201（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 8FAH Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with SARS-CoV-2 reactive human antibody CR3022 提交 2022-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M Succinic acid, 0.1M HEPES pH 7.0 and 2% PEG MME2000
|
分辨率 4.22 Å R-free 0.286 |
| 8FDW Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 postfusion spike in membrane 提交 2022-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
686–1273（588 aa）
链 B
686–1273（588 aa）
链 C
686–1273（588 aa）
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8FEZ Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike protein 提交 2022-12-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：N856L, A899Q, L916F, Y917W, T941D, A956L, K964E, D985N, P1143Q 突变：N856L, A899Q, L916F, Y917W, T941D, A956L, K964E, D985N, P1143Q 突变：N856L, A899Q, L916F, Y917W, T941D, A956L, K964E, D985N, P1143Q | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 8FHY Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5021 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.256 |
| 8FHY Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5021 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.256 |
| 8FHY Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5021 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MLI MALONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.256 |
| 8FI9 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5001 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.5, 20% w/v PEG 8000
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.296 |
| 8FI9 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5001 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.5, 20% w/v PEG 8000
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.296 |
| 8FI9 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5001 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 O
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.5, 20% w/v PEG 8000
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.296 |
| 8FI9 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody WRAIR-5001 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 K
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.5, 20% w/v PEG 8000
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.296 |
| 8FU7 Structure of Covid Spike variant deltaN135 in fully closed form 提交 2023-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1204（1204 aa）
链 B
1–1204（1204 aa）
链 C
1–1204（1204 aa）
|
突变：A892P, A942P, D614N,V987P 突变：A892P, A942P, D614N,V987P 突变：A892P, A942P, D614N,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 8FU8 Structure of Covid Spike variant deltaN135 with one erect RBD 提交 2023-01-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：A892P,A942P,D614N,V987P 突变：A892P,A942P,D614N,V987P 突变：A892P,A942P,D614N,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 8FU9 Structure of Covid Spike variant deltaN25 with one erect RBD 提交 2023-01-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：A892P,A942P,V987P,D614N,D253N,L452Q,F490S,T859N 突变：A892P,A942P,V987P,D614N,D253N,L452Q,F490S,T859N 突变：A892P,A942P,V987P,D614N,D253N,L452Q,F490S,T859N | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 8FXB SARS-CoV-2 XBB.1 spike RBD bound to the human ACE2 ectodomain and the S309 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2023-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
328–528（201 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FXC SARS-CoV-2 BQ.1.1 spike RBD bound to the human ACE2 ectodomain and the S309 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2023-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
328–528（201 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8G70 SARS-CoV-2 spike/nanobody mixture complex 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8G71 Spike/Nb2 complex with 1 RBD up 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 8G72 SARS-CoV-2 spike/Nb2 complex with 1 RBD up (local refinement at 5.6 A) 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.60 Å |
| 8G73 SARS-CoV-2 spike/Nb3 complex with 2 RBDs up and 3 Nb3 bound at 2.5 A 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8G74 SARS-CoV-2 spike/Nb3 complex with 1 RBD up and 2 Nb3 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8G75 SARS-CoV-2 spike/Nb4 complex with 2 RBDs up and 3 Nb4 bound 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8G76 SARS-CoV-2 spike/Nb5 complex 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8G77 SARS-CoV-2 spike/Nb6 complex 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8G78 Local refinement of SARS-CoV-2 spike/nanobody mixture complex around NTD 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8G79 Local refinement of SARS-CoV-2 spike/nanobody mixture complex around RBD 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 8G7A SARS-CoV-2 spike/Nb3 complex with 2 RBDs up and 3 Nb3 (local refinement) 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8G7B SARS-CoV-2 spike/Nb3 complex with 1 RBD up and 2 Nb3 (local refinement) 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8G7C local refinement of SARS-CoV-2 spike/Nb4 complex with 2 RBDs up and 3 Nb4 bound 提交 2023-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8GB0 SARS-CoV-2 Spike H655Y variant, One RBD Open 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8GB5 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 25F9 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 BCN BICINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine pH 9, and 15% glycerol
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.320 |
| 8GB5 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 25F9 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 BCN BICINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine pH 9, and 15% glycerol
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.320 |
| 8GB5 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 25F9 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 BCN BICINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine pH 9, and 15% glycerol
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.320 |
| 8GB5 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 25F9 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine pH 9, and 15% glycerol
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.320 |
| 8GB6 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 21B6 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.3；298.15 K；0.1 M sodium citrate, pH 3.3 and 1.45 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.221 |
| 8GB7 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 20A7 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.2 M CaCl2, 10% ethylene glycol (v/v), and 20% polyethylene glycol 3350 (w/v)
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.245 |
| 8GB8 Crystal structure of SARS-CoV-2 BA.2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody 20A7 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 319-541
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 GLY GLYCINE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 5% (w/v) polyethylene glycol 3000, and
30% (v/v) polyethylene glycol 400
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.228 |
| 8GDR SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21B10 提交 2023-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
14–1149（1136 aa）
链 E
14–1149（1136 aa）
链 F
14–1149（1136 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8GF2 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies eCR3022.20 and CC12.3 提交 2023-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate - citric acid buffer pH 5.0, 15% (v/v) ethylene glycol, 1 M lithium chloride, and 10% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.252 |
| 8GF2 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies eCR3022.20 and CC12.3 提交 2023-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate - citric acid buffer pH 5.0, 15% (v/v) ethylene glycol, 1 M lithium chloride, and 10% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.252 |
| 8GJM 17b10 fab in complex with full-length SARS-CoV-2 Spike G614 trimer 提交 2023-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8GJN 17B10 fab in complex with up-RBD of SARS-CoV-2 Spike G614 trimer 提交 2023-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–530（198 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8GNH Complex structure of BD-218 and Spike protein 提交 2022-08-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；25mM Tris, pH 8.0, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å |
| 8GOM SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 in complex with RLQ-HLA-A2 提交 2022-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1000–1008（9 aa）
片段：RLQ epitope
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.01 M Trimethylamine hydrochloride, 15% PEG 6000.
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.248 |
| 8GON SARS-CoV-2 specific private TCR RLQ7 in complex with RLQ-T1006I-HLA-A2 提交 2022-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1000–1008（9 aa）
片段：RLQ mutant epitope
|
突变：T10006I | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 8GOU Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH003 Fab 提交 2022-08-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S,F817P, A892P, A899P,A942P K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S,F817P, A892P, A899P,A942P K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S,F817P, A892P, A899P,A942P K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8GPY Crystal structure of Omicron BA.4/5 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv 提交 2022-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Potassium formate, PEG 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.251 |
| 8GPY Crystal structure of Omicron BA.4/5 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv 提交 2022-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Potassium formate, PEG 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.251 |
| 8GRY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with rat ACE2 (local refinement) 提交 2022-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 8GS6 Structure of the SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein (closed state 1) 提交 2022-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685G, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685G, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685G, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Octyl glucoside solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.01%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.86 Å |
| 8GS9 SARS-CoV-2 BA.2 spike RBD in complex bound with VacBB-551 提交 2022-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
337–517（181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5s, wait for 2s, blot force:0
|
分辨率 2.66 Å |
| 8GSB SARS-COV-2 BA.1 Spike incomplex with VacBB-665 提交 2022-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5s, waiting for 2.5s, blot force 0
|
分辨率 3.99 Å |
| 8GTO cryo-EM structure of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 提交 2022-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8GTP cryo-EM structure of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv289 提交 2022-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8GTQ cryo-EM structure of Omicron BA.5 S protein in complex with S2L20 提交 2022-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8GX9 Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD with P2C-1F11 and P2B-1G5 提交 2022-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
319–529（211 aa）
链 E
319–529（211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M sodium chloride, 0.1M MES, pH 6.0, 20% PEG 2000 MME
|
分辨率 4.01 Å R-free 0.297 |
| 8GZ5 Crystal structure of neutralizing VHH P17 in complex with SARS-CoV-2 Alpha variant spike receptor-binding domain 提交 2022-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–530（198 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7.0, 1.0M succinic acid pH 7.0
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.189 |
| 8GZZ Local refinement of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein in complex with rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab 提交 2022-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein receptor binding domain
链 B
334–527（194 aa）
片段：SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 8H00 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein in complex with rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab in the class 1 conformation 提交 2022-09-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8H01 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein in complex with rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab in class 2 conformation 提交 2022-09-27 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F819P, A892P, A899P, A942P 突变：R682G, R683S, R685S, F819P, A892P, A899P, A942P 突变：R682G, R683S, R685S, F819P, A892P, A899P, A942P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8H06 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 RBD in complex with human ACE2 (local refinement) 提交 2022-09-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 8H07 SARS-CoV-2 BA.4 variants S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 10-5B and 6-2C 提交 2022-09-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8H08 SARS-CoV-2 BA.1 variants S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 10-5B and 6-2C 提交 2022-09-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8H3D Structure of apo SARS-CoV-2 spike protein with one RBD up 提交 2022-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 B
1–1211（1211 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 C
1–1211（1211 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
|
突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 8H3E Complex structure of a small molecule (SPC-14) bound SARS-CoV-2 spike protein, closed state 提交 2022-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 B
1–1211（1211 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 C
1–1211（1211 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
|
突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P | Q83 7-(6-nitro-2,3-dihydroindol-1-yl)-7-oxidanyidene-heptanoic acid × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8H3M Conformation 1 of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant Spike protein complexed with MO1 Fab 提交 2022-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1212（1212 aa）
链 B
1–1212（1212 aa）
链 C
1–1212（1212 aa）
|
突变：;D614G, R682del, R683del, R685del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F ; 突变：;D614G, R682del, R683del, R685del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F ; 突变：;D614G, R682del, R683del, R685del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F ; | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 8H3N Conformation 2 of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant Spike protein complexed with MO1 Fab 提交 2022-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1212（1212 aa）
链 B
1–1212（1212 aa）
链 C
1–1212（1212 aa）
|
突变：;D614G, R682del, R683del, R685del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981 ; 突变：;D614G, R682del, R683del, R685del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981 ; 突变：;D614G, R682del, R683del, R685del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981 ; | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.73 Å |
| 8H5C Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 RBD in complex with human ACE2 提交 2022-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES, 20 % w/v PEG 4000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.242 |
| 8H5T Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with neutralizing nanobody Nb-015 提交 2022-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
320–537（218 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium formate, pH 7.2, 20% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 8H5U Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with neutralizing nanobody Nb-021 提交 2022-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
320–537（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 18% w/v polyethylene glycol 20000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.245 |
| 8H5U Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with neutralizing nanobody Nb-021 提交 2022-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
320–537（218 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 18% w/v polyethylene glycol 20000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.245 |
| 8H6F Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with A6 repebody 提交 2022-10-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K980P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K980P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K980P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20mM Tris-HCl, 200mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8H7L Cryo-EM Structure of SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein in complex with BA7535 提交 2022-10-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
18–1143（1126 aa）
链 B
18–1143（1126 aa）
链 C
18–1143（1126 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å |
| 8H7Z Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.2 RBD in complex with BA7535 fab (local refinement) 提交 2022-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
332–528（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8H91 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with nanobody N19 提交 2022-10-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
334–527（194 aa）
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1%(w/v) Tryptone, 0.001 M Sodiumazide, 0.05 M HepesSodium pH7.0, 20%(w/v) polyethyleneglycol3350
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.284 |
| 8HC2 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 1 YB9-258 Fab (1 RBD up) 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：671-674del,F817P,A892P,A899P,A942P,K976P,V977P 突变：671-674del,F817P,A892P,A899P,A942P,K976P,V977P 突变：671-674del,F817P,A892P,A899P,A942P,K976P,V977P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.21 Å |
| 8HC3 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 2 YB9-258 Fabs (2 RBD up) 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.35 Å |
| 8HC4 SARS-CoV-2 wildtype spike trimer (6P) in complex with 3 YB9-258 Fabs and 3 R1-32 Fabs (3 RBD up) 提交 2022-11-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 8HC5 SARS-CoV-2 wildtype S1 in complex with YB9-258 Fab and R1-32 Fab 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1–676（676 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 8HC6 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with YB9-258 Fab, focused refinement of Fab region 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
14–289（276 aa）
链 C
322–588（267 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.69 Å |
| 8HC7 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) complex with YB9-258 Fab, focused refinement of RBD-dimer region 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
322–588（267 aa）
链 C
14–526（513 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.54 Å |
| 8HC8 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with YB13-292 Fab, focused refinement of Fab region 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
332–517（186 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 8HC9 SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 3 YB13-292 Fabs (3 RBD down) 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.03 Å |
| 8HCA SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 3 YB13-292 Fabs (1 RBD up) 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.35 Å |
| 8HCB SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with 3 YB13-292 Fabs (2 RBD up) 提交 2022-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.18 Å |
| 8HEB SARS-CoV-2 Spike trimer in complex with RmAb 9H1 Fab in the class 1 conformation 提交 2022-11-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 8HEC SARS-CoV-2 Spike trimer in complex with RmAb 9H1 Fab in the class 2 conformation 提交 2022-11-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8HED Local refinement of the SARS-CoV-2 Spike trimer in complex with RmAb 9H1 Fab 提交 2022-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
331–530（200 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 8HES Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD and NIV-10 complex 提交 2022-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
322–536（215 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Sodium nitrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 8HFX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2022-11-13 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 8HFY SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2022-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 8HFZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2022-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1217（1217 aa）
链 B
1–1217（1217 aa）
链 C
1–1217（1217 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.71 Å |
| 8HG0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2022-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.51 Å |
| 8HGL SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-11 提交 2022-11-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；octyl-maltoside, fluorinated solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.03%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.90 Å |
| 8HGM Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody NIV-11 提交 2022-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；octyl-maltoside, fluorinated solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.03%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.40 Å |
| 8HHX SARS-CoV-2 Delta Spike in complex with FP-12A 提交 2022-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris pH 7.5
150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 8HHY SARS-CoV-2 Delta Spike in complex with IS-9A 提交 2022-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris pH 7.5
150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8HHZ SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike in complex with IY-2A 提交 2022-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1210（1197 aa）
链 B
14–1210（1197 aa）
链 C
14–1210（1197 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris pH 7.5
150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.28 Å |
| 8HLC S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 提交 2022-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P 突变：K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8HLD S protein of SARS-CoV-2 in complex with 26434 提交 2022-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8HN6 Crystal structure of monoclonal antibody complexed with SARS-CoV-2 RBD 提交 2022-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 E
333–527（195 aa）
链 F
333–527（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 3350,0.1 M HEPES,0.2 M LProline
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.214 |
| 8HN7 Crystal structure of monoclonal antibody complexed with SARS-CoV-2 RBD 提交 2022-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000,magnesium chloride, HEPES
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.263 |
| 8HN7 Crystal structure of monoclonal antibody complexed with SARS-CoV-2 RBD 提交 2022-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000,magnesium chloride, HEPES
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.263 |
| 8HP9 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34 提交 2022-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8HPF Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with fab L4.65 and L5.34 提交 2022-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
335–527（193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.34 Å |
| 8HPQ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34 提交 2022-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8HPU Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 RBD in complex with fab L4.65 and L5.34 提交 2022-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 8HPV Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron Prototype S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34 提交 2022-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
14–1147（1134 aa）
链 B
14–1147（1134 aa）
链 C
14–1147（1134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 8HQ7 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron Prototype RBD in complex with fab L4.65 and L5.34 提交 2022-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–527（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8HR2 Ternary Crystal Complex Structure of RBD with NB1B5 and NB1C6 提交 2022-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–523（191 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293.15 K；0.2 mM HEPES pH7.0;12% PEG3350
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.222 |
| 8HRD Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.244 |
| 8HRD Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.244 |
| 8HRD Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 K
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.244 |
| 8HRD Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 T
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.244 |
| 8HRI SARS-CoV-2 Delta variant spike protein 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–1208（1194 aa）
链 B
15–1208（1194 aa）
链 C
15–1208（1194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8HRJ SARS-CoV-2 Delta variant spike protein 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–1208（1194 aa）
链 B
15–1208（1194 aa）
链 C
15–1208（1194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8HRK SARS-CoV-2 Delta S-RBD-ACE2 complex 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8HRL SARS-CoV-2 Delta S-RBD-ACE2 提交 2022-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8HWS The complex structure of Omicron BA.4 RBD with BD604, S309, and S304 提交 2023-01-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.36 Å |
| 8HWT SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD complexed with BD-604 and S304 Fab 提交 2023-01-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8HXJ BANAL-20-52 Spike trimer 提交 2023-01-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8I3S Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P in complex with 7B3 Fab 提交 2023-01-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1213（1200 aa）
片段：RBD region
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8I3U Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P in complex with 14B1 Fab 提交 2023-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1213（1200 aa）
片段：RBD region
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8I4E Omicron spike variant XBB with Bn03 提交 2023-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.98 Å |
| 8I4F Omicron spike variant XBB with n3130v-Fc 提交 2023-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 8I4G Omicron spike variant BQ.1.1 with n3130v-Fc 提交 2023-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.68 Å |
| 8I4H Omicron spike variant BA.1 with Bn03 提交 2023-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.81 Å |
| 8I5H Crystal structure of SARS-CoV-2 delta variant spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG48 Fab 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
334–527（194 aa）
片段：Delta RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pH 6.5 100 mM Bis-Tris, 17.5% PEG 10K, 100 mM Ammonium acetate, 5% Glycerol
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.230 |
| 8I5H Crystal structure of SARS-CoV-2 delta variant spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG48 Fab 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
片段：Delta RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pH 6.5 100 mM Bis-Tris, 17.5% PEG 10K, 100 mM Ammonium acetate, 5% Glycerol
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.230 |
| 8I5H Crystal structure of SARS-CoV-2 delta variant spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG48 Fab 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
334–527（194 aa）
片段：Delta RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；pH 6.5 100 mM Bis-Tris, 17.5% PEG 10K, 100 mM Ammonium acetate, 5% Glycerol
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.230 |
| 8I5I Crystal structure of SARS-CoV-2 delta variant spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG53 Fab 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
321–536（216 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 1500
|
分辨率 3.06 Å R-free 0.372 |
| 8I9B S-ECD (Omicron BA.2.75) in complex with PD of ACE2 提交 2023-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1206（1206 aa）
链 B
1–1206（1206 aa）
链 C
1–1206（1206 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8I9C S-ECD (Omicron BF.7) in complex with PD of ACE2 提交 2023-02-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8I9D S-ECD (Omicron XBB.1) in complex with PD of ACE2 提交 2023-02-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 8I9E S-RBD(Omicron BA.3) in complex with PD of ACE2 提交 2023-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8I9F S-RBD (Omicron BA.2.75) in complex with PD of ACE2 提交 2023-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8I9G S-RBD (Omicron BF.7) in complex with PD of ACE2 提交 2023-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8I9H S-RBD (Omicron XBB.1) in complex with PD of ACE2 提交 2023-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8IDN Cryo-EM structure of RBD/E77-Fab complex 提交 2023-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
332–531（200 aa）
片段：Receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 8IF2 Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron BQ.1.1 variant spike protein in complex with its receptor ACE2 提交 2023-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
322–536（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；Sodium acetate, Ammonium acetate, PEG4000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.245 |
| 8IFY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 spike protein in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2023-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
28–1145（1118 aa）
链 B
28–1145（1118 aa）
链 C
28–1145（1118 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.55 Å |
| 8IFZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2023-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8IOS Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein (closed-1 state) 提交 2023-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.50 Å |
| 8IOT Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein (closed-2 state) 提交 2023-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.51 Å |
| 8IOU Structure of SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (1-up state) 提交 2023-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.18 Å |
| 8IOV Structure of SARS-CoV-2 XBB.1 spike RBD in complex with ACE2 提交 2023-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.29 Å |
| 8ITU SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein in complex with rabbit monoclonal antibody 1H1 IgG. 提交 2023-03-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.68 Å |
| 8IV4 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 3E2 (local refinement) 提交 2023-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
324–527（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 8IV5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 1C4 (local refinement) 提交 2023-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
324–527（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 8IV8 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 3E2 and 1C4 (local refinement) 提交 2023-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
324–527（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 8IVA Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs XMA01 and 3E2 (local refinement) 提交 2023-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
324–527（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 8IX3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11 (local refinement) 提交 2023-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
333–557（225 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.98 Å |
| 8J1Q CryoEM structure of SARS CoV-2 RBD and Aptamer complex 提交 2023-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1mM MgCl2, 0.15% amphipol A8-35 and 0.003% cymal-6 additive added during sample preparation
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of samples placed on grid before plunge frozen with 5s blot time
|
分辨率 3.30 Å |
| 8J1T Local refined cryo-EM structure of Omicron BA.5 RBD in complex with 8-9D Fab 提交 2023-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8J1V Cryo-EM structure of SARS-CoV2 Omicron BA.5 spike in complex with 8-9D Fabs 提交 2023-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
25–1141（1117 aa）
链 B
25–1141（1117 aa）
链 E
25–1141（1117 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 8J26 CryoEM structure of SARS CoV-2 RBD and Aptamer complex 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 C
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1mM MgCl2, 0.15% amphipol A8-35 and 0.003% cymal-6 additive added during sample preparation
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of samples placed on grid before plunge frozen with 5s blot time
|
分辨率 3.40 Å |
| 8JAP Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT RBD in complex with W328-6H2 (local refinement) 提交 2023-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–540（540 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.81 Å |
| 8JIN The local refined map of XBB spike protein (S) in complex with bispecific antibody G7-Fc 提交 2023-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.45 Å |
| 8JIO XBB spike protein (S) in complex with monoclonal antibody 6I18 提交 2023-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8JJE RBD of SARS-CoV2 spike protein with ACE2 decoy 提交 2023-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
14–1211（1198 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685G,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8JMM Structure of XBB spike protein (S) dimer-trimer in complex with bispecific antibody G7-Fc at 3.75 Angstroms resolution. 提交 2023-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
链 D
28–1208（1181 aa）
链 E
28–1208（1181 aa）
链 F
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 8JVA Cryo-EM structure of the N-terminal domain of Omicron BA.1 in complex with nanobody N235 and S2L20 Fab 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
1–303（303 aa）
片段：N-terminal
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8JYK Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 1) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.59 Å |
| 8JYK Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 1) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.59 Å |
| 8JYK Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 1) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.59 Å |
| 8JYM Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 2) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.79 Å |
| 8JYM Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 2) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.79 Å |
| 8JYM Structure of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein (closed state 2) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.79 Å |
| 8JYN Structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein in complex with ACE2 (1-up state) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
28–1210（1183 aa）
链 B
28–1210（1183 aa）
链 C
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.04 Å |
| 8JYO Structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up state) 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
28–1210（1183 aa）
链 B
28–1210（1183 aa）
链 C
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.20 Å |
| 8JYP Structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike RBD in complex with ACE2 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.38 Å |
| 8JYS SARS-CoV-2 Spike RBD (dimer) in complex with two 2S-1244 nanobodies 提交 2023-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
333–528（196 aa）
链 D
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8K18 Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD 提交 2023-07-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.68 Å |
| 8K19 Neutralization antibody ZCP3B4 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD 提交 2023-07-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 8K3K The crystal structure of nanobody Nb4 in complex with receptor binding domain (RBD) of BA.1 Spike protein 提交 2023-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–531（213 aa）
片段：receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M potassium thiocyanate, 20 %(w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.269 |
| 8K45 A potent and broad-spectrum neutralizing nanobody for SARS-CoV-2 viruses including all major Omicron strains 提交 2023-07-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 8K46 A potent and broad-spectrum neutralizing nanobody for SARS-CoV-2 viruses including all major Omicron strains 提交 2023-07-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 8K47 A potent and broad-spectrum neutralizing nanobody for SARS-CoV-2 viruses including all major Omicron strains 提交 2023-07-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 8K5G Structure of the SARS-CoV-2 BA.1 RBD with UT28-RD 提交 2023-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
325–549（225 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8K5H Structure of the SARS-CoV-2 BA.1 spike with UT28-RD 提交 2023-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 8K9B SARS-CoV-2 spike protein in complex with one S2H5 Fab 提交 2023-07-31 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8K9J SARS-CoV-2 spike protein in complex with two S2H5 Fabs on NTD-1 and NTD-2 提交 2023-08-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8K9M SARS-CoV-2 spike protein in complex with two S2H5 Fabs on NTD-1 and NTD-3 提交 2023-08-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 8KA8 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with golden hamster ACE2 (local refinement) 提交 2023-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8KC2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.3 RBD in complex with golden hamster ACE2 (local refinement) 提交 2023-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8KDR The local refined map of SARS-CoV-2 XBB Variant Spike protein complexed with antibody PW5-535 提交 2023-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8KEH State 2 of SARS-CoV-2 XBB Variant Spike protein trimer complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 8KEJ Monomer state of SARS-CoV-2 XBB Variant Spike protein trimer complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 8KEO Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike complexed with antibody PW5-570 提交 2023-08-13 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 8KEP The local refined map of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike complexed with antibody PW5-570 提交 2023-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8KEQ State 1 of SARS-CoV-2 XBB Variant Spike protein trimer complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 8KER Structure of SARS-CoV-2 XBB Variant Spike protein complexed with broadly neutralizing antibody PW5-535 提交 2023-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 8KHC SARS-CoV-2 Omicron spike in complex with 5817 Fab 提交 2023-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
27–1146（1120 aa）
链 B
27–1146（1120 aa）
链 C
27–1146（1120 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8KHD The interface structure of Omicron RBD binding to 5817 Fab 提交 2023-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
330–530（201 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8OWT SARS-CoV-2 spike RBD with A8 and H3 nanobodies bound 提交 2023-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 BBB
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；NaCl, potassium citrate pH 4.2, PEG 8000
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.249 |
| 8OWT SARS-CoV-2 spike RBD with A8 and H3 nanobodies bound 提交 2023-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 EEE
330–532（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；NaCl, potassium citrate pH 4.2, PEG 8000
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.249 |
| 8OWV H6 and F2 nanobodies bound to SARS-CoV-2 spike RBD 提交 2023-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 EEE
331–532（202 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.223 |
| 8OWW B5-5 nanobody bound to SARS-CoV-2 spike RBD (Wuhan) 提交 2023-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
330–531（202 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 2 NO3 NITRATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris pH 8.5, PEG smear low
Seeded from crystals grown in ammonium nitrate, PEG 3350
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.223 |
| 8OYT Stabilised BA.1 SARS-CoV-2 spike with H6 nanobodies in '3 up' RBD conformation 提交 2023-05-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8OYU Stabilised BA.1 SARS-CoV-2 spike with H6 nanobodies in '2 up 1 down' RBD conformation 提交 2023-05-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8P5M SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with Mab-23 (Fab) 提交 2023-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8P99 SARS-CoV-2 S-protein:D614G mutant in 1-up conformation 提交 2023-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–681（667 aa）
链 A
685–1213（529 aa）
链 B
15–681（667 aa）
链 B
685–1213（529 aa）
链 C
15–681（667 aa）
链 C
685–1213（529 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；HEPES pH 7.2 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8P9Y SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant in 3-down with binding site of an entry inhibitor 提交 2023-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
15–681（667 aa）
链 A
685–1213（529 aa）
链 B
15–681（667 aa）
链 B
685–1213（529 aa）
链 C
15–681（667 aa）
链 C
685–1213（529 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 NA SODIUM ION × 3 XIO [(2~{S})-2-[[4-(2-azanylethanoylamino)-7-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]-1-oxidanylidene-1-sodiooxy-propan-2-yl]amino]-4-[3-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]-1-oxidanylidene-1-sodiooxy-propan-2-yl]amino]-3-oxidanylidene-propyl]-7-oxidanylidene-heptanoyl]amino]-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]propanoyl]oxysodium × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；HEPES pH 7.2 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8PQ2 XBB 1.0 RBD bound to P4J15 (Local) 提交 2023-07-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8PSD SARS-CoV-2 XBB 1.0 closed conformation. 提交 2023-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8Q5Y cryoEM structure of SARS-CoV2 Spike trimer in complex with Fab23 提交 2023-08-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 E
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8Q7S Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD (Wuhan) with neutralizing VHHs Ma6F06 and Re21H01 提交 2023-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–526（193 aa）
|
未记录 | P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.5
20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 8Q7S Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD (Wuhan) with neutralizing VHHs Ma6F06 and Re21H01 提交 2023-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
334–526（193 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.5
20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 8Q7S Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD (Wuhan) with neutralizing VHHs Ma6F06 and Re21H01 提交 2023-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
334–526（193 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.5
20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 8Q7S Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD (Wuhan) with neutralizing VHHs Ma6F06 and Re21H01 提交 2023-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.5
20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 8Q7S Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD (Wuhan) with neutralizing VHHs Ma6F06 and Re21H01 提交 2023-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 M
334–526（193 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.5
20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 8Q93 Crystal structure of the SARS-COV-2 RBD with neutralizing-VHHs Re30H02 and Re21D01 提交 2023-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–526（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；28% PEG smear broad, 50 mM arginine, 50 mM MSG, 5% Glycerol
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 8Q94 Crystal structure of The SARS-COV-2 BA.2.75 RBD with neutralizing-VHHs Re32D03 and Ma3B12 提交 2023-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–517（184 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 18% PEG 12000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 8Q95 Crystal structure of the SARS-CoV-2 BA.1 RBD with neutralizing-VHHs Ma16B06 and Ma3F05 提交 2023-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–517（184 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；293 K；0.1 M HEPES, 20% (v/v) PEG smear high, 0.15 M Lithium sulphate, 0.05 M magnesium chloride
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.206 |
| 8QH0 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with the antibody Cv2.3194 提交 2023-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–528（198 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.209 |
| 8QPR SARS-CoV-2 S protein bound to human neutralising antibody UZGENT_G5 提交 2023-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8QQ0 SARS-CoV-2 S protein bound to neutralising antibody UZGENT_A3 提交 2023-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QRF SARS-CoV-2 delta RBD complexed with XBB-6 and beta-49 Fabs 提交 2023-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M citric acid pH 3.5 and 28% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.317 |
| 8QRG SARS-CoV-2 delta RBD complexed with XBB-2 Fab and NbC1 提交 2023-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% (v/v) 1,4-Dioxane, 0.1 M Tris pH 8.0 and 15% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.228 |
| 8QSQ Locally refined SARS-CoV-2 BA-2.86 Spike receptor binding domain (RBD) complexed with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) 提交 2023-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
332–527（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QTD Local refinement of SARS-CoV-2 BA.2.86 Spike and XBB-7 Fab 提交 2023-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8QZR SARS-CoV-2 delta RBD complexed with BA.4/5-9 Fab 提交 2023-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550, 1.8 M Ammonium sulfate
|
分辨率 3.77 Å R-free 0.300 |
| 8QZR SARS-CoV-2 delta RBD complexed with BA.4/5-9 Fab 提交 2023-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550, 1.8 M Ammonium sulfate
|
分辨率 3.77 Å R-free 0.300 |
| 8R1C SD1-2 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein 提交 2023-11-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8R1D SD1-3 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein 提交 2023-11-01 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |
| 8R80 SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with XBB-9 Fab and an anti-Fab nanobody 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 R
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300.
|
分辨率 4.03 Å R-free 0.313 |
| 8R80 SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with XBB-9 Fab and an anti-Fab nanobody 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300.
|
分辨率 4.03 Å R-free 0.313 |
| 8R87 Cryo-EM structure of the Sars-Cov2 S trimer without RBDs 提交 2023-11-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–331（331 aa）
链 A
530–1208（679 aa）
链 B
1–331（331 aa）
链 B
530–1208（679 aa）
链 C
1–331（331 aa）
链 C
530–1208（679 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8R8K XBB-4 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein 提交 2023-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1195（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8RBU Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with SVLNDILARL, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S975-984) 提交 2023-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
975–984（10 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 0.2M NaCl and 0.1M Tris HCl pH8.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.252 |
| 8RBY The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 1.26 提交 2023-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；40% PEG-5000 MME, 100mM MOPS pH 7, 10 mM CaCl2
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.234 |
| 8RCV Crystal structure of HLA B*13:01 in complex with SVLNDIFSRL, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S975-984) 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
975–984（10 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；14% PEG3350 and 0.1M NaFormate
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.201 |
| 8REF Crystal structure of HLA B*13:01 in complex with SVLNDILARL, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S975-984) 提交 2023-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
975–984（10 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350 and 2% EG
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.221 |
| 8RH6 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with SVLNDILSRL, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S975-984) 提交 2023-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 G
975–984（10 aa）
链 H
975–984（10 aa）
链 I
975–984（10 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 0.2M NaCl and 0.1M Tris HCl pH8.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.251 |
| 8RHQ Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with SVLNDIFSRL, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S975-984) 提交 2023-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 G
975–984（10 aa）
链 H
975–984（10 aa）
链 I
975–984（10 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 NA SODIUM ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M Sodium acetate tihydrate pH 7.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.244 |
| 8RJ5 P1-15 T-cell Receptor bound to HLA A*2402-NF9 pMHC complex 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；di-Sodium malonate, 0.1M
HEPES pH7, 0.1M
Poly(acrylic acid sodium salt) 2,100, 30% w/v
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.260 |
| 8RJ5 P1-15 T-cell Receptor bound to HLA A*2402-NF9 pMHC complex 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 H
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；di-Sodium malonate, 0.1M
HEPES pH7, 0.1M
Poly(acrylic acid sodium salt) 2,100, 30% w/v
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.260 |
| 8RJ7 The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 1.29 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG-3350, 100mM Bicine pH 9, 20 mM (NH4)2SO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.222 |
| 8RJ7 The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 1.29 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 LYS LYSINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG-3350, 100mM Bicine pH 9, 20 mM (NH4)2SO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.222 |
| 8RJ7 The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 1.29 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG-3350, 100mM Bicine pH 9, 20 mM (NH4)2SO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.222 |
| 8RJ7 The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 1.29 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG-3350, 100mM Bicine pH 9, 20 mM (NH4)2SO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.222 |
| 8RJ7 The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 1.29 提交 2023-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
332–528（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG-3350, 100mM Bicine pH 9, 20 mM (NH4)2SO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.222 |
| 8RRN Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1616 Fab 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；30% PEG 3000, 200 mM NaCl, 100 mM Tris pH 7.0
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.291 |
| 8RRN Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1616 Fab 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；30% PEG 3000, 200 mM NaCl, 100 mM Tris pH 7.0
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.291 |
| 8S6M SARS-CoV-2 BQ.1.1 RBD bound to the S2V29 and the S2H97 Fab fragments 提交 2024-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
328–531（204 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG-MME 2000, and 10 mM NiCl2
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.203 |
| 8S9G SARS-CoV-2 BN.1 spike RBD bound to the human ACE2 ectodomain and the S309 neutralizing antibody Fab fragment 提交 2023-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
328–529（202 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8SDF Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC25.4 提交 2023-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 Z
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；65% MPD and 0.1 M Bicine pH 9.0
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.218 |
| 8SDF Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC25.4 提交 2023-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；65% MPD and 0.1 M Bicine pH 9.0
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.218 |
| 8SDG Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC25.43 提交 2023-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.0 M Li-chloride, 10% PEG-6000, and 0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.308 |
| 8SDG Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC25.43 提交 2023-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.0 M Li-chloride, 10% PEG-6000, and 0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.308 |
| 8SDH Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC25.56 提交 2023-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10% ethylene glycol (v/v), 0.11 M MgCl2, and 16% polyethylene glycol 3350 (w/v)
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.283 |
| 8SDH Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC25.56 提交 2023-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10% ethylene glycol (v/v), 0.11 M MgCl2, and 16% polyethylene glycol 3350 (w/v)
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.283 |
| 8SGU Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2023-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% Jeffamine D2000, 10% Jeffamine M2005, 0.2 M NaCl, 0.1M MES pH 5.5
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.199 |
| 8SIQ Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibodies CC25.36 and CV38-142 Fab 提交 2023-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；20% (w/v) PEG-3350, 0.2 M di-Ammonium citrate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.287 |
| 8SIR Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibody CC25.54 Fab 提交 2023-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M potassium sodium tartrate, pH 7.2
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.236 |
| 8SIS Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibody CC84.2 Fab 提交 2023-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.303 |
| 8SIT Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibody CC84.24 Fab 提交 2023-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.309 |
| 8SIT Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibody CC84.24 Fab 提交 2023-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.309 |
| 8SIT Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibody CC84.24 Fab 提交 2023-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.309 |
| 8SIT Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibody CC84.24 Fab 提交 2023-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.309 |
| 8SK5 Crystal structure of the SARS-CoV-2 neutralizing VHH 7A9 bound to the spike receptor binding domain 提交 2023-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 18% PEG 3350
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.211 |
| 8SMI Crystal structure of antibody WRAIR-2123 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M alcohol mixture (1,6-Hexanediol; 1-Butanol; 1,2-Propanediol; 2-Propanol; 1,4-Butanediol; 1,3-Propanediol),
0.1M buffer system 3 (Tris base and BICINE, pH 8.5),
50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350),
0.1 M Manganese(II) chloride tetrahydrate
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.295 |
| 8SMT Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0,
20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.249 |
| 8SMT Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0,
20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.249 |
| 8SMT Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0,
20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.249 |
| 8SMT Crystal structure of antibody WRAIR-2134 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 K
331–527（197 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0,
20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.249 |
| 8SUO BA.2/AZD1061/AZD3152 structure analysis 提交 2023-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–527（195 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 333-527)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M D-glucose, 0.12 M D-mannose, 0.12 M D-galactose, 0.12 M L-fructose, 0.12 M D-xylose, 0.12 M N-acetyl-D-glucosamine, 0.1 M Tris, 0.1 M bicine, pH 8.5, 40% v/v ethylene glycol, 20% w/v PEG8000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.332 |
| 8SWH Local refinement of SARS-CoV-2 (HP-GSAS-Mut7) spike NTD in complex with TXG-0078 Fab 提交 2023-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1X TBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 8T20 Cryo-EM structure of mink variant Y453F trimeric spike protein bound to two mink ACE2 receptors 提交 2023-06-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 8T22 Cryo-EM structure of mink variant Y453F trimeric spike protein bound to one mink ACE2 receptors at downRBD conformation 提交 2023-06-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 8T23 Cryo-EM structure of the RBD-ACE2 interface of the SARS-CoV-2 trimeric spike protein bound to ACE2 receptor after local refinement at upRBD conformation 提交 2023-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
321–528（208 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 8T25 Cryo-EM structure of the RBD-ACE2 interface of the SARS-CoV-2 trimeric spike protein bound to ACE2 receptor after local refinement at downRBD conformation. 提交 2023-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
321–528（208 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 8TAZ Cryo-EM structure of mink variant Y453F trimeric spike protein bound to one mink ACE2 receptors 提交 2023-06-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 8THF SARS-CoV-2 BA.1 S-6P-no-RBD 提交 2023-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–327（314 aa）
片段：RBD truncated,RBD truncated
链 A
525–1211（687 aa）
片段：RBD truncated,RBD truncated
链 B
14–327（314 aa）
片段：RBD truncated,RBD truncated
链 B
525–1211（687 aa）
片段：RBD truncated,RBD truncated
链 C
14–327（314 aa）
片段：RBD truncated,RBD truncated
链 C
525–1211（687 aa）
片段：RBD truncated,RBD truncated
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 8TM1 Antibody N3-1 bound to RBDs in the up and down conformations 提交 2023-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：Hexapro construct 突变：Hexapro construct | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 8TMA Antibody N3-1 bound to RBD in the up conformation 提交 2023-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：Hexapro construct | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8TMY Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody CHM-16 提交 2023-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 M
1140–1164（25 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 1 M sodium citrate
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.286 |
| 8TMY Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody CHM-16 提交 2023-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 N
1140–1164（25 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 1 M sodium citrate
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.286 |
| 8TMY Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody CHM-16 提交 2023-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 S
1140–1164（25 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 1 M sodium citrate
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.286 |
| 8TYL Structural and biochemical rationale for Beta variant protein booster vaccine broad cross-neutralization of SARS-CoV-2 提交 2023-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8TYO Structural and biochemical rationale for Beta variant protein booster vaccine broad cross-neutralization of SARS-CoV-2 提交 2023-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
19–1211（1193 aa）
链 B
19–1211（1193 aa）
链 C
19–1211（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8U1G Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 S2 subunit 提交 2023-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
697–1141（445 aa）
|
突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 8% (v/v) ethylene glycol and 10% (v/v) PEG 8000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.262 |
| 8U1G Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 S2 subunit 提交 2023-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
697–1141（445 aa）
|
突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 8% (v/v) ethylene glycol and 10% (v/v) PEG 8000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.262 |
| 8U28 Gaussian mixture model based single particle refinement - SARS (SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions from EMPIAR-10492) 提交 2023-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8UG9 XBB.1.5 spike/Nb5 complex 提交 2023-10-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 8UIR SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD down Spike Protein Trimer consensus (S-GSAS-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：residues 682-685 mutated from RRAR to GSAS 突变：residues 682-685 mutated from RRAR to GSAS 突变：residues 682-685 mutated from RRAR to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8UK1 SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD-down Spike Protein Trimer consensus (S-RRAR-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-10-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8UKD SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.5 3-RBD down Spike Protein Trimer consensus (S-GSAS-Omicron-XBB.1.5) 提交 2023-10-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8UKF SARS-CoV-2 Omicron-EG.5 3-RBD down Spike Protein Trimer consensus (S-GSAS-Omicron-EG.5) 提交 2023-10-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8USZ Cryo-EM Structure of Full-Length Spike Protein of Omicron XBB.1.5 提交 2023-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1273（1258 aa）
链 B
16–1273（1258 aa）
链 C
16–1273（1258 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25mM Tris (pH 7.5), 150mM NaCl, 1.0mM EDTA, 0.02% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 8UUL Prototypic SARS-CoV-2 spike (containing K417) in the closed conformation 提交 2023-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8UUM Prototypic SARS-CoV-2 spike (containing K417) in the open conformation 提交 2023-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8UUN Prototypic SARS-CoV-2 spike (containing V417) in the closed conformation 提交 2023-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8UUO Prototypic SARS-CoV-2 spike (containing V417) in the open conformation 提交 2023-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1211（1211 aa）
链 B
1–1211（1211 aa）
链 C
1–1211（1211 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8V0L SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD-down Spike Protein Trimer 1 (S-RRAR-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8V0M SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD-down Spike Protein Trimer 2 (S-RRAR-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8V0N SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD-down Spike Protein Trimer 3 (S-RRAR-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8V0O SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD down Spike Protein Trimer 1 (S-GSAS-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8V0P SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD down Spike Protein Trimer 2 (S-GSAS-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8V0Q SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.16 3-RBD down Spike Protein Trimer 3 (S-GSAS-Omicron-XBB.1.16) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8V0R SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.5 3-RBD down Spike Protein Trimer 1 (S-GSAS-Omicron-XBB.1.5) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8V0S SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.5 3-RBD down Spike Protein Trimer 2 (S-GSAS-Omicron-XBB.1.5) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8V0T SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.5 3-RBD down Spike Protein Trimer 3 (S-GSAS-Omicron-XBB.1.5) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8V0U SARS-CoV-2 Omicron-XBB.1.5 3-RBD down Spike Protein Trimer 4 (S-GSAS-Omicron-XBB.1.5) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8V0V SARS-CoV-2 Omicron-EG.5 3-RBD down Spike Protein Trimer 1 (S-GSAS-Omicron-EG.5) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8V0W SARS-CoV-2 Omicron-EG.5 3-RBD down Spike Protein Trimer 2 (S-GSAS-Omicron-EG.5) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8V0X SARS-CoV-2 Omicron-EG.5 3-RBD down Spike Protein Trimer 3 (S-GSAS-Omicron-EG.5) 提交 2023-11-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8V4F Model and map from local refinement of a CAB-A17 - Omicron Ba.1 spike complex 提交 2023-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–526（193 aa）
片段：Omicron BA.1 RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8V5V Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation 提交 2023-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 E
691–1211（521 aa）
链 F
691–1211（521 aa）
链 G
691–1211（521 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,V987P,Y707C,T883C,Y788C,A876C 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,V987P,Y707C,T883C,Y788C,A876C 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,V987P,Y707C,T883C,Y788C,A876C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；Filtered and degased
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；6 seconds blotting time at force 0
|
分辨率 2.93 Å |
| 8VAO Simulation-driven design of prefusion stabilized SARS-CoV-2 spike S2 antigen 提交 2023-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
697–1208（512 aa）
链 B
697–1208（512 aa）
链 C
697–1208（512 aa）
|
突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P, V991W, T998W | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8VCR SARS-CoV-2 Spike S2 bound to Fab 54043-5 提交 2023-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
697–1208（512 aa）
链 B
697–1208（512 aa）
链 C
697–1208（512 aa）
|
突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P 突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P 突变：S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VIA Protective effect of human non-neutralizing cross-reactive spike antibodies elicited by SARS-CoV-2 mRNA vaccination 提交 2024-01-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
677–1208（532 aa）
链 D
15–676（662 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8VIF SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, local refinement 提交 2024-01-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
1–1208（1208 aa）
|
突变：pre-fusion stabilized: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VKE SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) RBD ectodomain dimer-of-trimers in complex with SC27 Fabs 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
1–1208（1208 aa）
链 R
1–1208（1208 aa）
|
突变：pre-fusion stabilized: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：pre-fusion stabilized: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VKK Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8VKL Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein in complex with mouse ACE2 (conformation 2) 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8VKM Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein in complex with mouse ACE2 (conformation 1) 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 8VKN Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein in complex with mouse ACE2 (focused refinement of RBD and mouse ACE2) 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
327–527（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8VKO Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein in complex with human ACE2 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8VKP Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein in complex with human ACE2 (focused refinement of RBD and ACE2) 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
327–527（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8VQ9 Prefusion stabilized structure of the SARS-CoV-2 fusion machinery 提交 2024-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
686–1208（523 aa）
链 B
686–1208（523 aa）
链 C
686–1208（523 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8VQA Prefusion stabilized structure of the SARS-CoV-2 fusion machinery 提交 2024-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
686–1208（523 aa）
链 B
686–1208（523 aa）
链 C
686–1208（523 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VQB Prefusion stabilized structure of the SARS-CoV-2 fusion machinery 提交 2024-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
686–1208（523 aa）
链 B
686–1208（523 aa）
链 C
686–1208（523 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VQR Crystal structure of chimeric SARS-CoV-2 RBD complexed with chimeric raccoon dog ACE2 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–536（218 aa）
片段：receptor-binding domain
|
突变：;Q321V, T323S, E324G, S325D, I326V, A348P, N354E, R357K, A372T, S373F, P384A, T393S, I402V, R403K, E406D, K417V, T430M, I434L, S438T, N439R, L441I, S443A, V445S, G446T, L452K, H519N, K529L, N532D, V534I, N536S ; | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Tris (pH 8-8.5), 18-22% PEG 6000, 100 mM NaCl and ethylene glycol (0.5-2%)
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.264 |
| 8VQR Crystal structure of chimeric SARS-CoV-2 RBD complexed with chimeric raccoon dog ACE2 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
319–536（218 aa）
片段：receptor-binding domain
|
突变：;Q321V, T323S, E324G, S325D, I326V, A348P, N354E, R357K, A372T, S373F, P384A, T393S, I402V, R403K, E406D, K417V, T430M, I434L, S438T, N439R, L441I, S443A, V445S, G446T, L452K, H519N, K529L, N532D, V534I, N536S ; | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Tris (pH 8-8.5), 18-22% PEG 6000, 100 mM NaCl and ethylene glycol (0.5-2%)
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.264 |
| 8VYA SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Glycoprotein Fusion Core (Q954H) 提交 2024-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
912–966（55 aa）
链 B
912–966（55 aa）
链 C
912–966（55 aa）
链 D
1168–1203（36 aa）
链 E
1168–1203（36 aa）
链 F
1168–1203（36 aa）
|
突变：Q954H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q954H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q954H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20 mM 1,6-hexanediol; 20 mM 1 butanol; 20 mM 1,2-propanediol; 20 mM 2-propanol; 20 mM 1,4-butanediol; 20 mM 1,3-propanediol; 12.5% PEG1000; 12.5% PEG3350; 12.5% 2-methyl-2,4-pentanediol; 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.250 |
| 8VYE SARS-CoV-2 S (C.37 Lambda variant) plus S309, S2L20, and S2X303 Fabs 提交 2024-02-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric |
链 E
1–1208（1208 aa）
链 K
1–1208（1208 aa）
链 O
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 57 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8VYF SARS-CoV-2 S NTD (C.37 Lambda variant) plus S2L20 and S2X303 Fabs, local refinement 提交 2024-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8VYG SARS-CoV-2 S RBD (C.37 Lambda variant) plus S309 Fab, local refinement 提交 2024-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8W4F SARS-CoV-2 spike protein in complex with a trivalent nanobody 提交 2023-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
27–1146（1120 aa）
链 B
27–1146（1120 aa）
链 C
27–1146（1120 aa）
|
突变：R683A/R685A/F817P/A892P/A899P/A942P/R986P/V987P 突变：R683A/R685A/F817P/A892P/A899P/A942P/R986P/V987P 突变：R683A/R685A/F817P/A892P/A899P/A942P/R986P/V987P | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris,150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8WDR Crystal structure of BQ.1.1 RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate 5.5, 15% w/v PEG 6000 (MD1-38-1-43)
|
分辨率 3.47 Å R-free 0.269 |
| 8WDR Crystal structure of BQ.1.1 RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate 5.5, 15% w/v PEG 6000 (MD1-38-1-43)
|
分辨率 3.47 Å R-free 0.269 |
| 8WDS Crystal structure of BF.7 RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 6000 (MD1-29-1-43)
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.271 |
| 8WDS Crystal structure of BF.7 RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 6000 (MD1-29-1-43)
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.271 |
| 8WDY SARS-CoV-2 Omicron BQ.1.1 RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8WDZ SARS-CoV-2 Omicron BQ.1 RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–540（222 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.71 Å |
| 8WE0 SARS-CoV-2 Omicron XBB RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8WE1 SARS-CoV-2 Omicron BF.7 RBD complexed with human ACE2 提交 2023-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.47 Å |
| 8WE4 SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.5 RBD complexed with human ACE2 and S304 提交 2023-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8WFH Crystal structure of Omicron BA.4/5 in complex with a neutralizing antibody scFv D1 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% w/v PEG 1500, SPG Buffer/NaOH pH 8.5
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.250 |
| 8WFM Crystal structure of Omicron BA.1 in complex with a neutralizing antibody scFv T11 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.05M Citric acid,0.05M BIS-TRIS propane/PH5.0,16%Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.265 |
| 8WFM Crystal structure of Omicron BA.1 in complex with a neutralizing antibody scFv T11 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.05M Citric acid,0.05M BIS-TRIS propane/PH5.0,16%Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.265 |
| 8WFM Crystal structure of Omicron BA.1 in complex with a neutralizing antibody scFv T11 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.05M Citric acid,0.05M BIS-TRIS propane/PH5.0,16%Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.265 |
| 8WFM Crystal structure of Omicron BA.1 in complex with a neutralizing antibody scFv T11 提交 2023-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.05M Citric acid,0.05M BIS-TRIS propane/PH5.0,16%Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.265 |
| 8WGV BA.2(S375) Spike (S6P)/hACE2 complex 提交 2023-09-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 8WGW Local refinement of RBD-ACE2 提交 2023-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8WHS Spike Trimer of BA.2.86 in complex with one hACE2 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 8WHU Spike Trimer of BA.2.86 in complex with two hACE2s 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 41 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8WHV Spike Trimer of BA.2.86 with three RBDs down 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 8WHW Spike Trimer of BA.2.86 with single RBD up 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8WHZ BA.2.86 RBD in complex with hACE2 (local refinement) 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 8WLO Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with hippopotamus ACE2 提交 2023-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1217（1217 aa）
链 B
1–1217（1217 aa）
链 C
1–1217（1217 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 8WLR Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein receptor-binding domain in complex with hippopotamus ACE2 提交 2023-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1217（1217 aa）
片段：receptor-binding domain
|
突变：R682G,R683S,R685S,F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8WMD Structure of the SARS-CoV-2 EG.5.1 spike glycoprotein (closed-2 state) 提交 2023-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：monomeric |
链 A
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.71 Å |
| 8WMF Structure of the SARS-CoV-2 EG.5.1 spike glycoprotein (closed-1 state) 提交 2023-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：trimeric |
链 A
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.51 Å |
| 8WOX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype RBD in complex with rabbit ACE2 (local refinement) 提交 2023-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8WOY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 RBD in complex with rabbit ACE2 (local refinement) 提交 2023-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–539（221 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 8WP8 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 RBD in complex with human ACE2 提交 2023-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 8WPW Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 receptor-binding domain (RBD) complexed with CB6 mutant,S309, and S304 antibodies 提交 2023-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 8WPY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) complexed with CB6 mutant,S309, and S304 antibodies 提交 2023-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8WRH SARS-CoV-2 XBB.1.5.70 in complex with ACE2 提交 2023-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–529（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 8WRL XBB.1.5 RBD in complex with ACE2 提交 2023-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–537（219 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 8WRM XBB.1.5 spike protein in complex with ACE2 提交 2023-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–1140（1140 aa）
链 F
1–1140（1140 aa）
链 G
1–1140（1140 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.34 Å |
| 8WRO XBB.1.5.10 spike protein in complex with ACE2 提交 2023-10-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8WTD XBB.1.5.10 RBD in complex with ACE2 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–534（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8WTJ XBB.1.5.70 spike protein in complex with ACE2 提交 2023-10-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.64 Å |
| 8WXL Structure of the SARS-CoV-2 BA.2.86 spike glycoprotein (closed state) 提交 2023-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.59 Å |
| 8WYH The global map of Omicron Subvariants Spike with ACE2 提交 2023-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
17–1147（1131 aa）
链 B
17–1147（1131 aa）
链 C
17–1147（1131 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8WYJ The global map of Omicron Subvariants Spike with two antibodies 提交 2023-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric |
链 A
17–1147（1131 aa）
链 B
17–1147（1131 aa）
链 C
17–1147（1131 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8WZI One RBD up state of Spike glycoprotein, SARS-CoV-2 提交 2023-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：(RRAR)682A,K986P, V987P 突变：(RRAR)682A,K986P, V987P 突变：(RRAR)682A,K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force, 0
|
分辨率 3.00 Å |
| 8X0X Crystal structure of JE-5C in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2023-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M magnesium sulfate heptahydrate
20 % (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.285 |
| 8X0X Crystal structure of JE-5C in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2023-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M magnesium sulfate heptahydrate
20 % (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.285 |
| 8X0Y Crystal structure of JM-1A in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2023-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–528（196 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；1M lithium chloride, 0.1M citrate pH 4.0, 20% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.223 |
| 8X0Y Crystal structure of JM-1A in complex with SARS-CoV-2 RBD 提交 2023-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；1M lithium chloride, 0.1M citrate pH 4.0, 20% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.223 |
| 8X4H SARS-CoV-2 JN.1 Spike 提交 2023-11-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 8X4Z BA.2.86 Spike Trimer with ins483V mutation (3 RBD down) 提交 2023-11-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 8X50 BA.2.86 Spike Trimer with ins483V mutation (1 RBD up) 提交 2023-11-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.82 Å |
| 8X55 BA.2.86 Spike Trimer with T356K mutation (3 RBD down) 提交 2023-11-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 8X56 BA.2.86 Spike Trimer with T356K mutation (1 RBD up) 提交 2023-11-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 8X5Q SARS-CoV-2 BA.2.75 Spike with K356T mutation (3 RBD down) 提交 2023-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K356T 突变：K356T 突变：K356T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8X5R SARS-CoV-2 BA.2.75 Spike with K356T mutation (1 RBD up) 提交 2023-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：K356T 突变：K356T 突变：K356T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 8XAL Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-BQ.1 in complex with ACE2 提交 2023-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：;T19I, L24S, 25-27del, 69-70del, G142D, V213G, G339D, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, K444T, L452R, N460K, S477N, T478K, E484A, F486V, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, R682G, R683S, R685S, N764K, D796Y, F817P, N856K, A892P, A899P, A942P, Q954H, N969K, K986, V987P ; 突变：;T19I, L24S, 25-27del, 69-70del, G142D, V213G, G339D, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, K444T, L452R, N460K, S477N, T478K, E484A, F486V, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, R682G, R683S, R685S, N764K, D796Y, F817P, N856K, A892P, A899P, A942P, Q954H, N969K, K986, V987P ; 突变：;T19I, L24S, 25-27del, 69-70del, G142D, V213G, G339D, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, K444T, L452R, N460K, S477N, T478K, E484A, F486V, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, R682G, R683S, R685S, N764K, D796Y, F817P, N856K, A892P, A899P, A942P, Q954H, N969K, K986, V987P ; | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XBF Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-BQ.1 in complex with antibody O5C2 提交 2023-12-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：;T19I, L24S, 25-27del, 69-70del, G142D, V213G, G339D, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, K444T, L452R, N460K, S477N, T478K, E484A, F486V, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, R682G, R683S, R685S, N764K, D796Y, F817P, N856K, A892P, A899P, A942P, Q954H, N969K, K986, V987P ; 突变：;T19I, L24S, 25-27del, 69-70del, G142D, V213G, G339D, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, K444T, L452R, N460K, S477N, T478K, E484A, F486V, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, R682G, R683S, R685S, N764K, D796Y, F817P, N856K, A892P, A899P, A942P, Q954H, N969K, K986, V987P ; 突变：;T19I, L24S, 25-27del, 69-70del, G142D, V213G, G339D, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, K444T, L452R, N460K, S477N, T478K, E484A, F486V, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, R682G, R683S, R685S, N764K, D796Y, F817P, N856K, A892P, A899P, A942P, Q954H, N969K, K986, V987P ; | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
|
分辨率 3.60 Å |
| 8XE9 XBB.1.5 RBD in complex with BD55-1205 提交 2023-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
334–529（196 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8XEA XBB.1.5 spike protein in complex with BD55-1205 提交 2023-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 D
1–1140（1140 aa）
链 E
1–1140（1140 aa）
链 F
1–1140（1140 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 8XEF Cocktail GC2050-GC2225 提交 2023-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
334–528（195 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.41 Å |
| 8XG2 The structure of HLA-A/Pep14 提交 2023-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
340–351（12 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris, 20%w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5000
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.230 |
| 8XI6 SARS-CoV-2 Omicron BQ.1.1 Variant Spike Protein Complexed with MO11 Fab 提交 2023-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8XK2 A neutralizing nanobody VHH60 against wt SARS-CoV-2 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–531（213 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.0 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium HEPES 7.5
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.300 |
| 8XK2 A neutralizing nanobody VHH60 against wt SARS-CoV-2 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
319–531（213 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.0 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium HEPES 7.5
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.300 |
| 8XK2 A neutralizing nanobody VHH60 against wt SARS-CoV-2 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–531（213 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.0 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium HEPES 7.5
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.300 |
| 8XK2 A neutralizing nanobody VHH60 against wt SARS-CoV-2 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
319–531（213 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.0 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium HEPES 7.5
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.300 |
| 8XKC The structure of HLA-A/Pep16 提交 2023-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
361–369（9 aa）
片段：Pep16
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Imidazole, 20%w/v PEG 6000
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.291 |
| 8XKI A neutralizing nanobody VHH60 against wt SARS-CoV-2 提交 2023-12-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XLM Structure of the SARS-CoV-2 EG.5.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (1-up state) 提交 2023-12-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.22 Å |
| 8XLN Structure of the SARS-CoV-2 EG.5.1 spike RBD in complex with ACE2 提交 2023-12-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；calcium- and magnesium-free PBS buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.78 Å |
| 8XLV Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 spike protein(6P), 1-RBD-up state 提交 2023-12-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1147（1120 aa）
链 B
28–1147（1120 aa）
链 C
28–1147（1120 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8XM5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron EG.5 spike protein(6P), RBD-closed state 提交 2023-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 8XMG Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron HV.1 spike protein(6P), RBD-closed state 提交 2023-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1208（1181 aa）
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8XMT Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 spike protein(6P), RBD-closed state 提交 2023-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1207（1192 aa）
链 B
16–1207（1192 aa）
链 C
16–1207（1192 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 8XN2 SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 RBD in complex with human ACE2 (local refined from the spike protein) 提交 2023-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 8XN3 SARS-CoV-2 Omicron HV.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement from the spike protein) 提交 2023-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 8XN5 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 spike protein(6P) in complex with human ACE2 提交 2023-12-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
16–1207（1192 aa）
链 C
16–1207（1192 aa）
链 D
16–1207（1192 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.87 Å |
| 8XNF Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 spike protein(6P) in complex with human ACE2 提交 2023-12-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
28–1147（1120 aa）
链 C
28–1147（1120 aa）
链 D
28–1147（1120 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 8XNK Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron HV.1 spike protein(6P) in complex with human ACE2 提交 2023-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
28–1208（1181 aa）
链 C
28–1208（1181 aa）
链 D
28–1208（1181 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 8XRQ SARS-CoV-2 BA.1 spike RBD in complex bound with VacBB-639 提交 2024-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5s, wait for 2s, blot force:0
|
分辨率 4.19 Å |
| 8XSD BA.5 Spike complex with CR9 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 8XSE SARS-CoV-2 RBD + IMCAS-123 + IMCAS-72 Fab 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
319–527（209 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8XSF SARS-CoV-2 RBD + IMCAS-364 + hACE2 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
319–527（209 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.16 Å |
| 8XSI SARS-CoV-2 RBD + IMCAS-364 (Local Refinement) 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
319–527（209 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 8XSJ SARS-CoV-2 Omicron BA.4 RBD + IMCAS-316 + ACE2 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 8XSL SARS-CoV-2 spike + IMCAS-123 提交 2024-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XUR BA.2.86 Spike Trimer in complex with heparan sulfate 提交 2024-01-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 IDU 2-O-sulfo-beta-L-altropyranuronic acid × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8XUS JN.1 Spike Trimer in complex with heparan sulfate 提交 2024-01-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 54 IDU 2-O-sulfo-beta-L-altropyranuronic acid × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 8XUT XBB.1.5 Spike Trimer in complex with heparan sulfate 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 IDU 2-O-sulfo-beta-L-altropyranuronic acid × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XUU BA.2.86-T356K Spike Trimer in complex with heparan sulfate (Local refinement) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：T356K | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 IDU 2-O-sulfo-beta-L-altropyranuronic acid × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 8XUX Structure of the SARS-CoV-2 BA.2.86 spike protein (1-up state) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
链 B
28–1210（1183 aa）
链 C
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.22 Å |
| 8XUY Structure of SARS-CoV-2 BA.2.86 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up state) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
28–1210（1183 aa）
链 B
28–1210（1183 aa）
链 C
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.14 Å |
| 8XUZ Structure of SARS-CoV-2 BA.2.86 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up and 1-down state) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
28–1210（1183 aa）
链 B
28–1210（1183 aa）
链 C
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.05 Å |
| 8XV0 Structure of SARS-CoV-2 BA.2.86 spike RBD in complex with ACE2 (up state) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.00 Å |
| 8XV1 Structure of SARS-CoV-2 BA.2.86 spike RBD in complex with ACE2 (down state) 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.05 Å |
| 8XVM Structure of SARS-CoV-2 BA.2.86 spike glycoprotein in complex with ACE2 (3-up state) 提交 2024-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dimeric |
链 A
28–1210（1183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 2.77 Å |
| 8XXW Fab M2-7 complexed with SARS-Cov2 RBD and human ACE2 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
336–515（180 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8XY9 Crystal structure of SARS-CoV-2 BF.7 RBD and human ACE2 complex 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M HEPES, pH 7.0,10%w/v Polyethylene glycol 6000.
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.261 |
| 8XY9 Crystal structure of SARS-CoV-2 BF.7 RBD and human ACE2 complex 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–526（194 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M HEPES, pH 7.0,10%w/v Polyethylene glycol 6000.
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.261 |
| 8XYE Crystal structure of SARS-CoV-2 BA.4 RBD and human ACE2 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–526（194 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1M BICINE, pH9.0,10% w/v PEG20000,2% v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.242 |
| 8XYE Crystal structure of SARS-CoV-2 BA.4 RBD and human ACE2 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
333–526（194 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1M BICINE, pH9.0,10% w/v PEG20000,2% v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.242 |
| 8XYG Crystal structure of SARS-CoV-2 BQ.1.1 RBD and human ACE2 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–525（192 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M BIS-TRIS, pH6.5, 16% w/v PEG10000
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.291 |
| 8XYG Crystal structure of SARS-CoV-2 BQ.1.1 RBD and human ACE2 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
334–525（192 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M BIS-TRIS, pH6.5, 16% w/v PEG10000
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.291 |
| 8XYH Cryo-EM structure of BANAL-20-52 spike protein (6P) 提交 2024-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1217（1217 aa）
链 B
1–1217（1217 aa）
链 C
1–1217（1217 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 EIC LINOLEIC ACID × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8XYM Cryo-EM structure of CX1 spike protein (6P) 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1214（1214 aa）
链 B
1–1214（1214 aa）
链 C
1–1214（1214 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 8XYO Cryo-EM structure of CX1 receptor binding domain in complex with human ACE2 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1214（1214 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8XYZ The structure of fox ACE2 and PT RBD complex 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
323–541（219 aa）
片段：RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8XZ0 Crystal complex structure of SARS-CoV-2 S bound to human ezrin 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1260–1273（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；289 K；0.22 M Magnesium acetate and 19% PEG 3350,
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.253 |
| 8XZ4 SARS-CoV-2 S and radixin complex structure 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1260–1273（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；75 mM Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.4, 5.5% PEG 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.266 |
| 8XZ5 SARS-CoV-2 S and moesin complex structure 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1260–1273（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 7.4, 0.2 M NH4Ac, and 21% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.232 |
| 8XZ8 BA.2.86 Spike in complex with bovine ACE2 (bound 1 ACE2) 提交 2024-01-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 8XZ9 BA.2.86 Spike in complex with bovine ACE2 (bound 2 ACE2) 提交 2024-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
28–1144（1117 aa）
链 C
28–1144（1117 aa）
链 D
28–1144（1117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 8XZA BA.2.86 Spike in complex with bovine ACE2 (Local refinement) 提交 2024-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 8XZD The structure of fox ACE2 and Omicron BF.7 RBD complex 提交 2024-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8Y0Y Cryo-EM structure of the 123-316 scDb/PT-RBD complex 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–527（209 aa）
片段：Receptor binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 8Y16 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1 spike protein in complex with human ACE2 提交 2024-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | ZN ZINC ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 8Y18 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement from the spike protein) 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8Y4A BA.2.86 S-trimer in complex with Nab XG2v046 提交 2024-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8Y4C BA.2.86 S-trimer in complex with Nab XGv280 提交 2024-01-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 54 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 8Y5J Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1 spike protein 提交 2024-01-31 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 8Y6A Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 RBD in complex with human ACE2 and S309 Fab 提交 2024-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 8YBS State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4) 提交 2024-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 B
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.54 Å |
| 8YBY State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) - single Fab masked 提交 2024-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1273（1273 aa）
链 D
1–1273（1273 aa）
链 E
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8YBZ State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) 提交 2024-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 8YDP Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 spike protein in complex with Ce9 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 10% PEG 8000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 8YDP Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 spike protein in complex with Ce9 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 10% PEG 8000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 8YDQ Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 variant spike protein in complex with Ce149 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium thiocyanate, 20% PEG 6000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.249 |
| 8YDR Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Alpha variant spike protein in complex with Ce59 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08 M MES (pH 6.5), 0.16 M calcium acetate hydrate, 14.4% PEG 8000, 20% glycerol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.266 |
| 8YDS Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant spike protein in complex with Ce59 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M BICINE (pH 9.0), 20% PEG 6000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 8YDT Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Alpha variant spike protein in complex with Ce41 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium formate dihydrate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.268 |
| 8YDT Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Alpha variant spike protein in complex with Ce41 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–526（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium formate dihydrate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.268 |
| 8YDU Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 variant spike protein in complex with CeSPIACE 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BIS-Tris (pH 5.5), 0.1 M ammonium acetate, 17% PEG 1000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.252 |
| 8YDV Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron BA.5 variant spike protein in complex with CeSPIACE 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 10% PEG 6000, 5% MPD
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.221 |
| 8YDV Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron BA.5 variant spike protein in complex with CeSPIACE 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 10% PEG 6000, 5% MPD
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.221 |
| 8YDW Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.5 variant spike protein in complex with CeSPIACE 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–526（194 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES (pH 9.5), 20% PEG 8000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.254 |
| 8YDX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike ectodomain (HexaPro, Omicron BA.2 variant) in complex with CeSPIACE 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
13–1208（1196 aa）
链 B
13–1208（1196 aa）
链 C
13–1208（1196 aa）
|
突变：F817P, A892P, A898P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A898P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A898P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 8YDY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike ectodomain (HexaPro, Omicron BA.5 variant) in complex with CeSPIACE, class 1 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
13–1208（1196 aa）
链 B
13–1208（1196 aa）
链 C
13–1208（1196 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.00 Å |
| 8YDZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike ectodomain (HexaPro, Omicron BA.5 variant) in complex with CeSPIACE, class 2 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
13–1208（1196 aa）
链 B
13–1208（1196 aa）
链 C
13–1208（1196 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.20 Å |
| 8YE4 The complex of TCR NYN-I and HLA-A24 bound to SARS-CoV-2 Spike448-456 peptide NYNYLYRLF 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
448–456（9 aa）
片段：448-456 peptide
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；287 K；8% Tacsimate 7.0, 20% PEG3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.310 |
| 8YE4 The complex of TCR NYN-I and HLA-A24 bound to SARS-CoV-2 Spike448-456 peptide NYNYLYRLF 提交 2024-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 F
448–456（9 aa）
片段：448-456 peptide
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；287 K；8% Tacsimate 7.0, 20% PEG3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.310 |
| 8YF2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype RBD in complex with raccoon dog ACE2 (local refinement) 提交 2024-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 8YFT Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 alpha variant spike protein in complex with raccoon dog ACE2 (local refinement) 提交 2024-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 8YKG Structure of SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv (1-up state) 提交 2024-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
12–1210（1199 aa）
链 B
12–1210（1199 aa）
链 C
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.28 Å |
| 8YKH Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with NT-108 scFv 提交 2024-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
12–1210（1199 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 3.27 Å |
| 8YRO SARS-CoV-2 Delta Spike in complex with JL-8C 提交 2024-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 D
14–1208（1195 aa）
链 P
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 8YRP SARS-CoV-2 Delta Spike in complex with JM-1A 提交 2024-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 8YUB Crystal structure of SARS-CoV-2 ConSp RBD in complex with neutralizing antibody CC25.4 Fab 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–529（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.255 |
| 8YUB Crystal structure of SARS-CoV-2 ConSp RBD in complex with neutralizing antibody CC25.4 Fab 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–529（197 aa）
片段：RBD
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.255 |
| 8YUC Crystal structure of SARS-CoV-2 ConSp RBD in complex with antibodies PDI222 Fab and COVA1-16 Fab 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
334–529（196 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M NH4-sulfate
|
分辨率 4.51 Å R-free 0.308 |
| 8YWE Local refinement of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 S complexed with Abs G7-Fc 提交 2024-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–541（223 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8YWW The structure of HKU1-B S protein with bsAb1 提交 2024-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
1–1210（1210 aa）
链 B
1–1210（1210 aa）
链 C
1–1210（1210 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8YWX the complex structure of the H4B6 Fab with the RBD of Omicron BA.5 S protein 提交 2024-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–1146（1120 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8YZ5 SARS-CoV-2 Delta Spike in complex with Fab of JE-5C 提交 2024-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
链 D
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 8YZ6 SARS-CoV-2 Spike (BA.1) in complex with Fab of JH-8B 提交 2024-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
14–1210（1197 aa）
链 B
14–1210（1197 aa）
链 C
14–1210（1197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8YZB BA.2.86 RBD protein in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 8YZC Structure of BA.2.86 spike protein in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8YZD Structure of JN.1 RBD protein in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8YZE The JN.1 spike protein (S) in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8YZJ The structure of Banal-52 RBD and hACE2 complex 提交 2024-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 8YZR The structure of HLA-A*2402 complex with peptide from SARS-CoV-2 S448-456 NYNYLYRLL(EG.5.1) 提交 2024-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20% (w/v) Polyethylene glycol 2,000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.262 |
| 8YZW The structure of HLA-A*2402 complex with peptide from SARS-CoV-2 S448-456 NYDYWYRLF(BA.2.86) 提交 2024-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate , 18% (w/v) Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.278 |
| 8YZW The structure of HLA-A*2402 complex with peptide from SARS-CoV-2 S448-456 NYDYWYRLF(BA.2.86) 提交 2024-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate , 18% (w/v) Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.278 |
| 8YZZ The structure of HLA-A*2402 complex with peptide from SARS-CoV-2 S448-456 NYNYLYRLF(Prototype) 提交 2024-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate ,18%w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.224 |
| 8Z05 The structure of HLA-A*0201 complex with peptide from SARS-CoV-2 N222-230 LLLDRLNKL(BA.2.86/JN.1) 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1181–1189（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% (w/v) Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.275 |
| 8Z06 The structure of HLA-A*2402 complex with peptide from SARS-CoV-2 S448-456 NYDYWYRSF(JN.1) 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 14% (w/v) Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.232 |
| 8Z07 The structure of HLA-A*2402 complex with peptide from SARS-CoV-2 S448-456 NYNYRYRLF(Delta/BA.5.2) 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
448–456（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 14% (w/v) Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.289 |
| 8Z2E Crystal structure of nanobody Tnb04-1 with antibody 1F11 fab and SARS-CoV-2 RBD 提交 2024-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic
20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.234 |
| 8Z3W Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 D614G S with one ACE2 receptor binding (RB1) in prefusion conformation 提交 2024-04-16 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8Z4X Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 D614G S with two ACE2 receptors binding (RB2) in prefusion conformation 提交 2024-04-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8Z64 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 D614G S with three ACE2 receptors binding (RB3) in prefusion conformation (focused refinement of NTD-SD1-RBD-ACE2) 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 8Z6A Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 D614G S with three ACE2 receptors binding (RB3) in prefusion conformation 提交 2024-04-18 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 8Z6Q SARS-CoV-2 XBB.1.16 Spike in complex with CYFN1006-1(S-CYFN1006-1 dimer trimer). 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
链 J
14–1208（1195 aa）
链 K
14–1208（1195 aa）
链 L
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.41 Å |
| 8Z6R Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1. 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.87 Å |
| 8Z6S Structure of XBB.1.16 S trimer with 2 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1. 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 8Z6T Structure of XBB.1.16 RBD in complex with antibody CYFN1006-1. 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 8Z6U SARS-CoV-2 EG.5.1 Spike in complex with CYFN1006-2(S-CYFN1006-2 dimer trimer). 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
链 D
14–1208（1195 aa）
链 E
14–1208（1195 aa）
链 F
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 8Z6W Structure of EG.5.1 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-2. 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8Z6X Structure of EG.5.1 RBD in complex with antibody CYFN1006-2. 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
片段：RBD,RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8Z7B Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) (focused refinement of NTD-SD1-RBD-ACE2) 提交 2024-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8Z7G Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) (focused refinement of intact S2) 提交 2024-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8Z7L Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) (focused refinement of S-bottom) 提交 2024-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 8Z7P Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) 提交 2024-04-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8Z86 BA.5 RBD in complex with CR9 提交 2024-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–528（201 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 8Z9L Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2 提交 2024-04-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
333–527（195 aa）
片段：RBD domain
链 R
333–527（195 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% w/v Polyethylene 8000, 8% v/v Ethylene glycol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.277 |
| 8Z9L Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2 提交 2024-04-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 L
333–527（195 aa）
片段：RBD domain
链 X
333–527（195 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% w/v Polyethylene 8000, 8% v/v Ethylene glycol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.277 |
| 8ZBQ Local map of Omicron Subvariant JN.1 RBD with ACE2 提交 2024-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
336–518（183 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8ZBY SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (x2-4P) in complex with 3 D1F6 Fabs (0 RBD up) 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：681-684del, G413C, F817P, A892P, A899P, A942P, V987C 突变：681-684del, G413C, F817P, A892P, A899P, A942P, V987C 突变：681-684del, G413C, F817P, A892P, A899P, A942P, V987C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 8ZBZ SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (1 RBD up) 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.71 Å |
| 8ZC0 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (2 RBD up) 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 8ZC1 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with D1F6 Fab, focused refinement of RBD region 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
332–527（196 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 8ZC2 SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with D1F6 Fab, head-to-head aggregate 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
链 E
14–1211（1198 aa）
链 F
14–1211（1198 aa）
|
突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.82 Å |
| 8ZC3 SARS-CoV-2 Omicron BA.4 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (1 RBD up) 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.69 Å |
| 8ZC4 SARS-CoV-2 Omicron BA.4 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (2 RBD up) 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 8ZC5 SARS-CoV-2 Omicron BA.4 spike trimer (6P) in complex with D1F6 Fab, focused refinement of RBD region 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
332–527（196 aa）
片段：RBD
链 B
332–527（196 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.91 Å |
| 8ZC6 SARS-CoV-2 Omicron BA.4 spike trimer (6P) in complex with D1F6 Fab, head-to-head aggregate 提交 2024-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
链 D
14–1211（1198 aa）
链 E
14–1211（1198 aa）
链 F
14–1211（1198 aa）
|
突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：681-684del, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.85 Å |
| 8ZER Crystal structure of the complex of Wuhan SARS-CoV-2 RBD (319-541) with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.283 |
| 8ZER Crystal structure of the complex of Wuhan SARS-CoV-2 RBD (319-541) with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.283 |
| 8ZER Crystal structure of the complex of Wuhan SARS-CoV-2 RBD (319-541) with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.283 |
| 8ZER Crystal structure of the complex of Wuhan SARS-CoV-2 RBD (319-541) with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.283 |
| 8ZER Crystal structure of the complex of Wuhan SARS-CoV-2 RBD (319-541) with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.283 |
| 8ZES Crystal structure of the Wuhan SARS-CoV-2 RBD (333-541) complexed with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
333–541（209 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 22% PEG MME 550
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.269 |
| 8ZES Crystal structure of the Wuhan SARS-CoV-2 RBD (333-541) complexed with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–541（209 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 22% PEG MME 550
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.269 |
| 8ZES Crystal structure of the Wuhan SARS-CoV-2 RBD (333-541) complexed with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–541（209 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 22% PEG MME 550
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.269 |
| 8ZES Crystal structure of the Wuhan SARS-CoV-2 RBD (333-541) complexed with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
333–541（209 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 22% PEG MME 550
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.269 |
| 8ZES Crystal structure of the Wuhan SARS-CoV-2 RBD (333-541) complexed with P2C5 nanobody 提交 2024-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
333–541（209 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 22% PEG MME 550
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.269 |
| 8ZHD SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with two R1-26 Fabs 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8ZHE SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with three R1-26 Fabs 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 8ZHF SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with R1-26 Fab, head-to-head aggregate 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
链 D
11–1208（1198 aa）
链 E
11–1208（1198 aa）
链 I
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.26 Å |
| 8ZHG SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with R1-26 Fab, focused refinement of RBD-Fab region 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.51 Å |
| 8ZHH SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with two H18 Fabs 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.55 Å |
| 8ZHI SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with three H18 Fabs 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.05 Å |
| 8ZHJ SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with three H18 Fabs, head-to-head aggregate (C1 symmetry) 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
链 G
11–1208（1198 aa）
链 H
11–1208（1198 aa）
链 I
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 66 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.45 Å |
| 8ZHK SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with three H18 Fabs, head-to-head aggregate (C3 symmetry) 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
链 G
11–1208（1198 aa）
链 H
11–1208（1198 aa）
链 I
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 66 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 8ZHL SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with two H18 and two R1-32 Fabs 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 8ZHM SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with three H18 and three R1-32 Fabs 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 8ZHN SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with three H18 and three R1-32 Fabs (one RBD rotated) 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
11–1208（1198 aa）
链 B
11–1208（1198 aa）
链 C
11–1208（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å |
| 8ZHO SARS-CoV-2 S1 in complex with H18 and R1-32 Fab 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
11–676（666 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 8ZHP Dimer of SARS-CoV-2 S1 in complex with H18 and R1-32 Fabs 提交 2024-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
11–676（666 aa）
链 C
11–676（666 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 8ZPP Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 BA.5 in complex with ORB10 Fab 提交 2024-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8ZPQ Crystal structure of SARS-Cov-2-BQ1.1-RBD and 70fab 提交 2024-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na HEPES, pH7.0, 10% w/v PEG6000
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.281 |
| 8ZPQ Crystal structure of SARS-Cov-2-BQ1.1-RBD and 70fab 提交 2024-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na HEPES, pH7.0, 10% w/v PEG6000
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.281 |
| 8ZRD The complex structure of SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4 提交 2024-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–529（211 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M citrate at pH 5.0 and 20% PEG6000
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.295 |
| 8ZRD The complex structure of SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4 提交 2024-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–529（211 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M citrate at pH 5.0 and 20% PEG6000
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.295 |
| 8ZV9 Complex structure of HLA2402 with recognizing SARS-CoV-2 Y453F epitope NYNYLFRLF 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
448–456（9 aa）
|
突变：Y453F | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；20% PEG8000, 0.1 M HEPES 7.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.289 |
| 8ZV9 Complex structure of HLA2402 with recognizing SARS-CoV-2 Y453F epitope NYNYLFRLF 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
448–456（9 aa）
|
突变：Y453F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；20% PEG8000, 0.1 M HEPES 7.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.289 |
| 8ZV9 Complex structure of HLA2402 with recognizing SARS-CoV-2 Y453F epitope NYNYLFRLF 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
448–456（9 aa）
|
突变：Y453F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；20% PEG8000, 0.1 M HEPES 7.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.289 |
| 8ZYF Crystal structure of ZW2G10 Fab in complex with omicron RBD 提交 2024-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
335–529（195 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M MES pH 6.5, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.285 |
| 8ZYF Crystal structure of ZW2G10 Fab in complex with omicron RBD 提交 2024-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
335–529（195 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M MES pH 6.5, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.285 |
| 9ARU COVA2-15 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2 6P-mut7 S protein 提交 2024-02-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9ASD VIR-7229 Fab fragment bound the SARS-CoV-2 BA.2.86 spike trimer (local refinement of the BA 2.86 RBD/VIR-7229 VHVL) 提交 2024-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
1–1208（1208 aa）
片段：Prefusion-stabilized BA2.86 spike trimer
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9ATO XBB.1.5 spike/Nanosota-3C complex 提交 2024-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9ATP local refinement of XBB.1.5 spike/Nanosota-3C complex 提交 2024-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9ATQ XBB.1.5 spike/Nanosota-8 complex 提交 2024-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9ATR local refinement of XBB.1.5 spike/Nanosota-8 complex 提交 2024-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9AU2 VIR-7229 Fab fragment bound the BA.2.86 spike trimer (global refinement) 提交 2024-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
片段：Prefusion-stabilized BA2.86 spike trimer
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：Prefusion-stabilized BA2.86 spike trimer
链 C
1–1208（1208 aa）
片段：Prefusion-stabilized BA2.86 spike trimer
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9AYW SARS-CoV-2 Omicron-EG.5.1 3-RBD down Spike Protein Trimer 1 (S-GSAS-Omicron-EG.5.1) 提交 2024-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9AYX SARS-CoV-2 Omicron-EG.5.1 3-RBD down Spike Protein Trimer 2 (S-GSAS-Omicron-EG.5.1) 提交 2024-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9AYY SARS-CoV-2 Omicron-EG.5.1 3-RBD down Spike Protein Trimer 3 (S-GSAS-Omicron-EG.5.1) 提交 2024-03-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9B0Y SARS CoV-2 Spike protein Ectodomain with internal tag, all RBD-down conformation 提交 2024-03-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.32 Å |
| 9B2V SARS CoV-2 Spike protein Ectodomain with internal tag, 1RBD-up conformation 提交 2024-03-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.55 Å |
| 9B4X SARS CoV-2 full-length spike protein with Lys1269Ala and His1271Ala substitutions in the coatomer binding motif, 1RBD-up conformation (SPIKE-AXA) 提交 2024-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：;D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, K1269A, H1271A, strep-tag inserted between residues 18 and 19 ; 突变：;D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, K1269A, H1271A, strep-tag inserted between residues 18 and 19 ; 突变：;D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, K1269A, H1271A, strep-tag inserted between residues 18 and 19 ; | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 9B82 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-15 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.095 M sodium citrate, pH 5.6, 19% (v/v) 2-propanol, 5% (v/v) glycerol, and 19% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.295 |
| 9B82 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-15 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.095 M sodium citrate, pH 5.6, 19% (v/v) 2-propanol, 5% (v/v) glycerol, and 19% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.295 |
| 9B82 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-15 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.095 M sodium citrate, pH 5.6, 19% (v/v) 2-propanol, 5% (v/v) glycerol, and 19% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.295 |
| 9B82 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-15 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.095 M sodium citrate, pH 5.6, 19% (v/v) 2-propanol, 5% (v/v) glycerol, and 19% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.295 |
| 9B82 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-15 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.095 M sodium citrate, pH 5.6, 19% (v/v) 2-propanol, 5% (v/v) glycerol, and 19% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.295 |
| 9B82 Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody COVA2-15 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.095 M sodium citrate, pH 5.6, 19% (v/v) 2-propanol, 5% (v/v) glycerol, and 19% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.295 |
| 9B8F SARS CoV-2 full-length spike protein with Lys1269Ala and His1271Ala substitutions in the coatomer binding motif, 2RBD-up conformation (SPIKE-AXA) 提交 2024-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：;D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, K1269A, H1271A, strep-tag inserted between residues 18 and 19 ; 突变：;D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, K1269A, H1271A, strep-tag inserted between residues 18 and 19 ; 突变：;D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, K1269A, H1271A, strep-tag inserted between residues 18 and 19 ; | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.15 Å |
| 9B9U SARS-CoV-2 full-length spike protein with His1271Lys substitution in the coatomer binding motif, 1RBD-up conformation (SPIKE-KXK) 提交 2024-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G variant, 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, H1271K, internal strep-tag near N-terminus 突变：D614G variant, 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, H1271K, internal strep-tag near N-terminus 突变：D614G variant, 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, H1271K, internal strep-tag near N-terminus | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris(7.5)
150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 9BBK SARS-CoV-2 full-length spike protein with His1271Lys substitution in the coatomer binding motif, 2RBD-up conformation (SPIKE-KxK) 提交 2024-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G variant, 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, H1271K 突变：D614G variant, 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, H1271K 突变：D614G variant, 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P, H1271K | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris(7.5)
150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9BD9 SARS CoV-2 full-length WT spike protein, 1RBD-up conformation (SPIKE-WT) 提交 2024-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P 突变：D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P 突变：D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris(7.5)
150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9BEA Structure of SARS-CoV-2 full-length WT spike protein with internal tag, 2RBD-up conformation (SPIKE-WT) 提交 2024-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
突变：D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P 突变：D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P 突变：D614G variant, residues 682-685 RRAR substituted with GSAS, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris(7.5)
150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 9BJ2 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C1533 (local refinement of NTD and C1533) 提交 2024-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9BJ3 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C1596 提交 2024-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 S
1–1213（1213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 9BJ4 Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C952 提交 2024-04-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9BLL Cryo-EM of RBD(EG5.1)/1301B7 Fab Complex 提交 2024-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 T
27–1210（1184 aa）
片段：RBD(EG5.1)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 9BND SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T0A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
链 D
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
|
突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 9BNE SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T3A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
链 D
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
链 F
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
|
突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9BNF SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T5A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
链 D
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
链 F
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
|
突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS:
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 9BNG SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T18A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
链 D
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
链 F
1–1208（1208 aa）
片段：extracellular portion
|
突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) 突变：hexapro construct (F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, 682-685 mutated from RRAR to GSAS) | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 9C44 SARS-CoV-2 S + S2L20 提交 2024-06-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9C45 SARS-CoV-2 S + S2L20 (local refinement of NTD and S2L20 Fab variable region) 提交 2024-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9C6Y Crystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab 提交 2024-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
319–534（216 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.1, 2 mM DL-panthenol
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.242 |
| 9C6Y Crystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab 提交 2024-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
319–534（216 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.1, 2 mM DL-panthenol
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.242 |
| 9C7S Cryo EM structure of SARS-COV-2 (BQ 1.1) RBD in complex with Fab COV2-3891 (local refine) 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
322–589（268 aa）
片段：RBD
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9C7X Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody 1H06 in complex with a HR2 peptide 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1179–1197（19 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；88 mM Tris (pH 7.0), 31% PEG monomethyl ether 2000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.215 |
| 9CB0 SARS-CoV-2 S protein - Accum modified 提交 2024-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1213（1198 aa）
链 B
16–1213（1198 aa）
链 C
16–1213（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9CCI Dissecting human monoclonal antibody responses from mRNA and protein-based booster vaccinations against XBB1.5 SARS-CoV-2 提交 2024-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 9CCJ Dissecting human monoclonal antibody responses from mRNA and protein-based booster vaccinations against XBB1.5 SARS-CoV-2 提交 2024-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |
| 9CFE Cryo-EM Local Refinement of Antibody 19-77 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein RBD 提交 2024-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
335–527（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 9CFF Cryo-EM Refinement of Antibody 19-77 in complex with SARS-CoV-2 HK.3 RBD 提交 2024-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9CFG Cryo-EM Refinement of Antibody 19-77 R71V in complex with SARS-CoV-2 HK.3 RBD 提交 2024-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9CFH Cryo-EM Refinement of Antibody 19-77 R71V in complex with SARS-CoV-2 JD.1.1 RBD 提交 2024-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
319–537（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9CO6 BA.5 spike/Nanosota-9 complex 提交 2024-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
7–1225（1219 aa）
链 B
7–1225（1219 aa）
链 C
7–1225（1219 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9CO7 Local refinement of BA.5 spike/Nanosota-9 complex 提交 2024-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
14–1216（1203 aa）
链 B
14–1216（1203 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 9CO8 JN.1 spike/Nanosota-9 complex 提交 2024-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
28–1211（1184 aa）
链 B
28–1211（1184 aa）
链 C
28–1211（1184 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 9CO9 Local refinement of JN.1 spike/Nanosota-9 complex 提交 2024-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–1216（1216 aa）
链 B
1–1216（1216 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 9CPP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies M22-17 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 3.83), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 9% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.279 |
| 9CPQ Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies M22-44 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 3.83), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 9% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.251 |
| 9CPR Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies M22-90 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 4.33), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 7% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.247 |
| 9CPS Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies M22-91 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 4.33), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 7% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.253 |
| 9CPT Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies M22-92 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain, UNP residues 333-530
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 4), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 5% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.269 |
| 9CPU Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies C03-0304 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 333-530)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8, 15% v/v ethylene glycol, 1 M lithium chloride, 10% w/v PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.239 |
| 9CPV Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies C03-0614 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 333-530)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate / citric acid, pH 4.33, 25% v/v PEG200, 6% w/v PEG6000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.262 |
| 9CPW Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies C11-1036 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 333-530)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate / citric acid, pH 3.83, 25% v/v PEG200, 7% w/v PEG6000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.234 |
| 9CPX Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies C03-0138 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 333-530)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate / citric acid buffer, pH 3.33, 25% v/v PEG200, 9% w/v PEG6000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.271 |
| 9CPY Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies C11-0860 and CC12.3 提交 2024-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
333–530（198 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 333-530)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate / citric acid, pH 3.66, 25% v/v PEG200, 8% w/v PEG6000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.250 |
| 9CRC Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: B.1 variant 3 closed RBDs 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9CRD Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: B.1 variant 1 open RBD 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9CRE Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Alpha (B.1.1.7) variant 3 closed RBDs 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9CRF Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Alpha (B.1.1.7) variant 1 open RBD 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9CRG Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Gamma (P.1) variant 3 closed RBDs 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9CRH Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Delta (B.1.617.2) variant 3 closed RBDs 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9CRI Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Mu (B.1.621) variant 3 closed RBDs 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1273（1273 aa）
链 B
1–1273（1273 aa）
链 C
1–1273（1273 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9CSS Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein Ecto-domain with internal tag, 1UP RBD conformation 提交 2024-07-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 9CT2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein Ecto-domain with internal tag, All RBD down conformation, State-3 提交 2024-07-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9CVH Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein Ecto-domain with internal tag, 1RBD UP, State-2 提交 2024-07-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 9CXE SARS CoV-2 Spike protein Ectodomain with internal tag, all RBD-down conformation -C1 提交 2024-07-31 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS 突变：K986P, V987P, 682-685 RRAR mutated to GSAS | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 9D8H JN.1 SARS-COV-2 Spike 3-down conformation 提交 2024-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1273（1246 aa）
链 B
28–1273（1246 aa）
链 C
28–1273（1246 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9D8I JN.1 SARS-COV-2 Spike 1-up conformation 提交 2024-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1273（1246 aa）
链 B
28–1273（1246 aa）
链 C
28–1273（1246 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9D8K KP.2 SARS-COV-2 Spike 1-up conformation 提交 2024-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1273（1246 aa）
链 B
28–1273（1246 aa）
链 C
28–1273（1246 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9D8L KP.2 SARS-COV-2 Spike 2-up conformation 提交 2024-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
28–1273（1246 aa）
链 B
28–1273（1246 aa）
链 C
28–1273（1246 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DHY Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with antibody Fab COVIC-154 提交 2024-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 C
14–1208（1195 aa）
链 F
14–1208（1195 aa）
链 K
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS buffer pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9DSG Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the cow antibody P2 提交 2024-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–533（206 aa）
片段：Receptor-Binding Domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M Citric acid pH 3.5,
25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.263 |
| 9DSL Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the cow antibody 99 Fab 提交 2024-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：Spike 6P construct, arginines in the furin site deleted 突变：Spike 6P construct, arginines in the furin site deleted 突变：Spike 6P construct, arginines in the furin site deleted | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9ECZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with human neutralizing antibody WRAIR-2008 (focused refinement of NTD and WRAIR-2008) 提交 2024-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 2% v/v glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.89 Å |
| 9ELE Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement of RBD and hACE2) 提交 2024-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
318–527（210 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 318-527)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9ELF Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike protein in complex with human ACE2 提交 2024-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
1–1208（1208 aa）
链 F
1–1208（1208 aa）
链 G
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 9ELG Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike RBD and NTD (local refinement of RBD and NTD) 提交 2024-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–293（293 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 1-293)
链 C
318–590（273 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 318-590)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.71 Å |
| 9ELH Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike protein (one RBD up state) 提交 2024-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9ELI Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike protein (closed state) 提交 2024-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 9ELN Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11+S31 deletion spike protein (one RBD up state) 提交 2024-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 9ELO Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11+S31 deletion spike protein (closed state) 提交 2024-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 9ELP Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11.1+S31 deletion spike protein (one RBD up state) 提交 2024-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 9ELQ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11.1+S31 deletion spike protein (closed state) 提交 2024-12-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 9F9Y SARS-CoV-2 BA-2.87.1 Spike ectodomain 提交 2024-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1183（1183 aa）
链 B
1–1183（1183 aa）
链 C
1–1183（1183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9FC2 The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 4. 提交 2024-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
332–534（203 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；22,5 % PEG 8000, 100mM NaAc pH 4.5, 200mM NaCl
|
分辨率 1.21 Å R-free 0.170 |
| 9FCM Single-domain antibody binding the SARS-COV2 S2 提交 2024-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 D
1159–1211（53 aa）
链 E
1159–1211（53 aa）
链 F
1159–1211（53 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, and 15% PEG4000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.247 |
| 9FGR SARS-CoV-2 (wuhan variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76-77 (focused refinement) 提交 2024-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9FGS SARS-CoV-2 (wuhan variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv41N (focused refinement) 提交 2024-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9FGT SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76 (focused refinement) 提交 2024-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9FGU SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76-77 (focused refinement) 提交 2024-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9FJK Omicron BA.1 Spike protein with neutralizing NTD specific mAb K501SP6 提交 2024-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；TBS, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 9FMW Omicron BA.1 Spike protein with neutralizing NTD specific mAb K501SP6 提交 2024-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1207（1207 aa）
链 B
1–1207（1207 aa）
链 C
1–1207（1207 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；TBS, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9FR3 Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with nanobody 7F 提交 2024-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 D
14–1208（1195 aa）
链 G
14–1208（1195 aa）
链 H
14–1208（1195 aa）
链 J
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9FR4 Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with nanobody 7F (local refinement) 提交 2024-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
14–1208（1195 aa）
链 D
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9GDX SARS-CoV-2 Spike protein Beta Variant at 4C structural flexibility / heterogeneity analyses 提交 2024-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GDY SARS-CoV-2 Spike protein Beta Variant at 37C structural flexibility / heterogeneity analyses 提交 2024-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GXE Structure of the SARS-CoV spike glycoprotein in complex with a homotrimeric Bicycle molecule 提交 2024-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1146（1133 aa）
链 B
14–1146（1133 aa）
链 C
14–1146（1133 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 STE STEARIC ACID × 3 KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9GXG Structure of the SARS-CoV spike glycoprotein in complex with a biparatopic Bicycle molecule 提交 2024-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1146（1133 aa）
链 B
14–1146（1133 aa）
链 C
14–1146（1133 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 STE STEARIC ACID × 3 R06 1-[3,5-bis(2-chloranylethanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 3 KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.92 Å |
| 9H6U SARS-CoV-2 S protein in complex with pT1679 Fab 提交 2024-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 9IB0 Cryo-EM consensus map of prefusion SARS-CoV-2 spike (RBDs: 1 up & 2 down) bound to RBD-targeting MO176-117 antibody 提交 2025-02-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9IB1 Cryo-EM focus map of prefusion SARS-CoV-2 spike (RBDs: 1 up & 2 down) bound to RBD-targeting MO176-117 antibody 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9IB2 Cryo-EM consensus map of prefusion SARS-CoV-2 spike (RBDs: 2 up & 1 down) bound to RBD-targeting MO176-117 antibody 提交 2025-02-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9IB3 Cryo-EM focus map of prefusion SARS-CoV-2 spike (RBDs: 2 up & 1 down) bound to RBD-targeting MO176-117 antibody 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9IQP Crystal structure of the Wuhan SARS-CoV-2 Spike RBD (319-541) complexed with 1p1B10 nanobody 提交 2024-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.208 |
| 9IU1 Structure of SARS-CoV-2 JN.1 spike RBD in complex with ACE2 (up state) 提交 2024-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
28–1210（1183 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting time 5 s and blotting force 5.
|
分辨率 4.30 Å |
| 9IUP KP.3 RBD in complex with ACE2 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9IUQ KP.2 RBD in complex with ACE2 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
334–524（191 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9IUU JN.1 RBD with Q493E in complex with ACE2 提交 2024-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–527（195 aa）
|
突变：Q493E | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 9J66 Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment CAV-C65 (local refinement) 提交 2024-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
333–527（195 aa）
链 D
333–527（195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 9JEB Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv N1 提交 2024-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
333–529（197 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.0
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.206 |
| 9JEB Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv N1 提交 2024-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
333–529（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.0
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.206 |
| 9JRC Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain complexed with squirrel ACE2 提交 2024-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M Ammonium chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.229 |
| 9JS4 Cryo-EM structure of neutralizing antibody 8G3 in complex with BA.1 RBD 提交 2024-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
16–1207（1192 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9JTE Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain complexed with fox ACE2 提交 2024-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M Ammonium sulfate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.66 Å R-free 0.249 |
| 9JTE Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain complexed with fox ACE2 提交 2024-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
333–527（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2M Ammonium sulfate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 3.66 Å R-free 0.249 |
| 9K6J Crystal structure of SARS-CoV-2 WT RBD bound with P5-1C8 Fab 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
319–537（219 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic,28% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.283 |
| 9K6Y Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with H4 Fab (local refinement) 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.67 Å |
| 9KT3 Structure of EG.5.1 S trimer with 2 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-2. 提交 2024-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.63 Å |
| 9KUD Crystal structure of SARS-CoV-2 JN.1 variant RBD complexed with squirrel ACE2 提交 2024-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
332–527（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.281 |
| 9KUD Crystal structure of SARS-CoV-2 JN.1 variant RBD complexed with squirrel ACE2 提交 2024-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
332–527（196 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.281 |
| 9KVD Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with triple-nAb 3G5, 4H5 and 4C11 提交 2024-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 C
334–527（194 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 9KVE Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with triple-nAb 4H1, 4A5 and 4C1 提交 2024-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 C
334–527（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9KVF Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 EG.1 spike protein in complex with triple-nAb 4A5, 4C1 and 2E10 提交 2024-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 G
317–600（284 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9KVJ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.5 spike protein in complex with nAb 1C4 (local refinement) 提交 2024-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.82 Å |
| 9KVK Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with three-nAb 8H12, 3E2 and 1C4 提交 2024-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 G
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 9KVQ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.1 spike protein in complex with three-nAb 8H12, 3E2 and 1C4 提交 2024-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 G
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 9KVT Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.2 spike protein in complex with triple-nAb 8H12, 3E2 and 1C4 (local refinement) 提交 2024-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 G
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9KWY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with ACE2 and mAb 1C4 提交 2024-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 G
334–517（184 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 9KZD The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-171 提交 2024-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 9KZE The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-183 提交 2024-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9KZZ Structure of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-171 提交 2024-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 9L05 The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-198 提交 2024-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 9L07 The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203 提交 2024-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 9L15 Structure of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203 提交 2024-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9L2L Structure of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-198 提交 2024-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
链 D
14–1208（1195 aa）
链 E
14–1208（1195 aa）
链 F
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9L3I Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.2.75 Spike Protein complex with a potent broad-spectrum macrocyclic peptide inhibitor 6L3-3P11K 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
28–1144（1117 aa）
链 B
28–1144（1117 aa）
链 C
28–1144（1117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9L3Q Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 PT Spike Protein complex with a potent broad-spectrum macrocyclic peptide inhibitor 6L3-3P11K 提交 2024-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 B
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9L6C Cryo-EM structure of Delta RBD complexed with ConD-852, P2C-1F11 and S304 Fabs 提交 2024-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 E
333–526（194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS, pH=7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 9LAE Locally refined region of SARS-CoV-2 spike in complex with antibodies 9G11 and 3E2. 提交 2025-01-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
319–541（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9LBS Cryo-EM structure of Omicron BA.1 RBD complexed with ConBA-998,S309 and S304Fabs 提交 2025-01-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 F
337–517（181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot time:4s
wait time:2.5s
blot force:0
|
分辨率 3.41 Å |
| 9LD2 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 wide-type S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) complexed with ACE2 and 76E1-Fab (focused refinement of the S2-76E1) 提交 2025-01-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 9LDJ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 wide-type S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) complexed with ACE2 and 76E1-Fab 提交 2025-01-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.21 Å |
| 9LDS Crystal structure of nanobody H145 bound to SARS-CoV-2 spike stem-helix 提交 2025-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1139–1153（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 70% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.202 |
| 9LDS Crystal structure of nanobody H145 bound to SARS-CoV-2 spike stem-helix 提交 2025-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1139–1153（15 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 70% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.202 |
| 9LH2 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (Delta) in complex with pH-dependent nanobody MNb-11. 提交 2025-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
320–537（218 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；0.09M NPS, 0.1M Tris (base), 0.1M BICINE, pH 8.5, 20% v/v PEG 500* MME, 10 % w/v PEG 20000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.236 |
| 9LH2 Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (Delta) in complex with pH-dependent nanobody MNb-11. 提交 2025-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
320–537（218 aa）
片段：Receptor-binding domain (RBD)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；0.09M NPS, 0.1M Tris (base), 0.1M BICINE, pH 8.5, 20% v/v PEG 500* MME, 10 % w/v PEG 20000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.236 |
| 9LOY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 JN.1 spike glycoprotein in complex with F61R2-780 Fab 提交 2025-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 9LOZ Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 JN.1 RBD in complex with F61R2-780 Fab 提交 2025-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
333–527（195 aa）
片段：RBD domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 9LP0 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 spike glycoprotein in complex with F61R2-780 Fab 提交 2025-01-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9LP1 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 RBD in complex with F61R2-780 Fab 提交 2025-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
334–528（195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 9LS3 S-ECD of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with Fab854 提交 2025-02-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9LVI Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein 提交 2025-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.86 Å |
| 9LVS Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein in complex with S416 提交 2025-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EZO 2-[(E)-[[4-(2-chlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]-methyl-hydrazinylidene]methyl]benzoic acid × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.95 Å |
| 9LYO Alpha SARS-CoV-2 spike protein in complex with REGN10987 Fab homologue. 提交 2025-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
16–1208（1193 aa）
链 B
16–1208（1193 aa）
链 C
16–1208（1193 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 9MI3 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2008 提交 2024-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1208（1195 aa）
链 C
14–1208（1195 aa）
链 K
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 2% v/v glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 9ML4 Structure of the SARS-CoV-2 Spike 6P in complex with the rabbit M8b-A10 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9ML5 Structure of the SARS-CoV-2 Spike 6P in complex with the rabbit M8b-B8 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9ML6 Structure of the SARS-CoV-2 Spike 6P in complex with the rabbit M8b-C9 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9ML7 Structure of the SARS-CoV-2 Spike 6P in complex with the rabbit M8b-C10 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1213（1213 aa）
链 B
1–1213（1213 aa）
链 C
1–1213（1213 aa）
|
突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9ML8 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-B1 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–533（206 aa）
片段：Receptor-Binding Domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M lithium sulfate
0.1 sodium citrate
20% (w/v) PEG 1,000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 9ML8 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-B1 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
328–533（206 aa）
片段：Receptor-Binding Domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M lithium sulfate
0.1 sodium citrate
20% (w/v) PEG 1,000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 9ML8 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-B1 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
328–533（206 aa）
片段：Receptor-Binding Domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M lithium sulfate
0.1 sodium citrate
20% (w/v) PEG 1,000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 9ML8 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-B1 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
328–533（206 aa）
片段：Receptor-Binding Domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M lithium sulfate
0.1 sodium citrate
20% (w/v) PEG 1,000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 9ML9 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-C9 Fab 提交 2024-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–533（206 aa）
片段：Receptor-Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；297 K；2% v/v 1,4-dioxane
0.1M Tris pH 8.0
15% (w/v) PEG 3,350
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.257 |
| 9MPW SARS-CoV2 Spike S2 Subunit in complex with M15 Antibody Fragment 提交 2024-12-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 S
686–1208（523 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 9MR1 SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with R125-61 Fab 提交 2025-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
698–1161（464 aa）
|
突变：F817P, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, T912P, K986P, V987P, T1117C, D1139C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 9MR2 SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab 提交 2025-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
698–1161（464 aa）
|
突变：F817P, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, T912P, K986P, V987P, T1117C, D1139C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å |
| 9N2L Cryo-EM structure of locally refined up conformation of SARS-CoV-2 spike protein Receptor Binding Domain 提交 2025-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 9NVG Structure of SARS-CoV-2 BA.1 spike RBD bound to COV2-3835 Fab 提交 2025-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
|
突变：HexaPro construct | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9NXY Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike S2' trimer 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
686–1273（588 aa）
链 B
686–1273（588 aa）
链 C
686–1273（588 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 9O5T Crystal structure of chimeric SARS-CoV-2 RBD complexed with chimeric Rhinolophus sinicus ACE2 提交 2025-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–536（218 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 319-536)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.5-8.5, 16-24% PEG6000, 100 mM sodium chloride
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.251 |
| 9O5T Crystal structure of chimeric SARS-CoV-2 RBD complexed with chimeric Rhinolophus sinicus ACE2 提交 2025-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
319–536（218 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 319-536)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.5-8.5, 16-24% PEG6000, 100 mM sodium chloride
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.251 |
| 9O5V Crystal structure of chimeric BANAL-52 RBD complexed with chimeric Rhinolophus sinicus ACE2 提交 2025-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
319–536（218 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 319-536)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.5-8.5, 16-24% PEG6000, 100 mM sodium chloride
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.266 |
| 9O5V Crystal structure of chimeric BANAL-52 RBD complexed with chimeric Rhinolophus sinicus ACE2 提交 2025-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
319–536（218 aa）
片段：receptor-binding domain (UNP residues 319-536)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.5-8.5, 16-24% PEG6000, 100 mM sodium chloride
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.266 |
| 9OG4 SARS-COV-2-6P-MUT7 S PROTEIN-DY-III-281 complex closed conformation 提交 2025-04-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 5 s
|
分辨率 3.56 Å |
| 9OG5 SARS-COV-2-6P-MUT7 S PROTEIN-DY-III-281 complex 1 RBD up conformation 提交 2025-04-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 5 s
|
分辨率 3.30 Å |
| 9OG6 Apo SARS-COV-2-6P-MUT7 S PROTEIN closed conformation 提交 2025-04-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot time of 5 s
|
分辨率 3.14 Å |
| 9OG7 APO SARS-COV-2-6P-MUT7 S PROTEIN 1 RBD UP CONFORMATION 提交 2025-04-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 突变：R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 s blot time.
|
分辨率 3.09 Å |
| 9PSN Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-105 and CC12.3 提交 2025-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–533（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 4.0), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 5% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.254 |
| 9PSN Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-105 and CC12.3 提交 2025-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 T
333–533（201 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 4.0), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 5% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.254 |
| 9PSO Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-622 and CC12.3 提交 2025-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
333–533（201 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 5.0), 1.6 M ammonium sulfate, and 20% (v/v) glycerol
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.258 |
| 9PSP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-1173 and CC12.3 提交 2025-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 T
333–533（201 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 4.0), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 5% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.247 |
| 9PSP Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-1173 and CC12.3 提交 2025-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 U
333–533（201 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate citric acid buffer (pH 4.0), 25% (v/v) polyethylene glycol 200, and 5% (w/v) polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.247 |
| 9PW4 Structure of V30V4 in complex with SARS-CoV-2 spike 提交 2025-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–684（684 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 9RN6 Crystal structure of a protein mimic of SARS-CoV-2 spike's HR1 domain in complex with two nanobodies bound to different epitopes 提交 2025-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
915–988（74 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；288 K；0.15 M NaCl, PEG 6000 50% (v/v), 0.1 M Tris/HCl
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.263 |
| 9SAT Monoclonal Antibodies from COVID-19 Convalescent Patients Target Cryptic Epitopes for Universal SARS-CoV-2 Neutralization 提交 2025-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
319–541（223 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289.15 K；0.2M Zinc Acetate Dehydrate, 0.1M Sodium Cacodylate Trihydrate, 15% PEG 8000
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.275 |
| 9SBB Monoclonal Antibodies from COVID-19 Convalescent Patients Target Cryptic Epitopes for Universal SARS-CoV-2 Neutralization 提交 2025-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 R
327–535（209 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 LI LITHIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2M Lithium Citrate Tribasic Tetrahydrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.230 |
| 9T74 2'-fluoro-modified pyrimidine (FY) RNA aptamer binding to the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein. (focus map: RBD-aptamer) 提交 2025-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 B
14–1147（1134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9UE6 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 KP.2 spike RBD in complex with ACE2 提交 2025-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
333–528（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9UG3 Structure of SARS-CoV-2 spike-CD147 complex at 3.75 Angstroms resolution 提交 2025-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
27–1146（1120 aa）
链 B
27–1146（1120 aa）
链 C
27–1146（1120 aa）
|
突变：residues 1-1208 突变：residues 1-1208 突变：residues 1-1208 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Pbs
|
分辨率 3.75 Å |
| 9UPR Cryo-EM structure of the N-terminal domain of Omicron BA.1 in complex with nanobody N103 and S2L20 Fab 提交 2025-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
1–305（305 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 9UTF Crystal Structure of SARS-CoV-2 S receptor-binding domain (RBD) in complex XG83 Fab 提交 2025-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
321–591（271 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；288 K；18% PEG 6000, G11. 0.15M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Citric Acid pH 3.5.
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.295 |
| 9UXD SARS-CoV2 Spike protein with Fab fragment antibody KXD355,state1 提交 2025-05-13 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P/A892P/A899P/A942P/K986P/V987P 突变：F817P/A892P/A899P/A942P/K986P/V987P 突变：F817P/A892P/A899P/A942P/K986P/V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 9UXE SARS-CoV2 Spike protein with Fab fragment antibody KXD355,state2 提交 2025-05-13 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
突变：F817P/A892P/A899P/A942P/K986P/V987P 突变：F817P/A892P/A899P/A942P/K986P/V987P 突变：F817P/A892P/A899P/A942P/K986P/V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 9UXS The local refine of 3D reconstruction of the complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a single-domain antibody 提交 2025-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
14–1208（1195 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9UYD SARS-CoV-2 Ancestral strain spike S-cred 提交 2025-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
27–1146（1120 aa）
链 B
27–1146（1120 aa）
链 F
27–1146（1120 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å |
| 9VLS Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) complexed with ACE2 and 76E1-Fab (focused refinement of the S2-76E1) 提交 2025-06-26 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.14 Å |
| 9VLT Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) complexed with ACE2 and 76E1-Fab 提交 2025-06-26 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.65 Å |
| 9W14 Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT spike protein in complex with nAb 1C4 提交 2025-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
319–541（223 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å |
| 9WLA Local refinement region of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with antibodies CT1-5. 提交 2025-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.60 Å |
| 9WLB Local refinement region of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with antibodies S309 and CT1-1. 提交 2025-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 R
319–541（223 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.74 Å |
| 9WSP Cryo-EM structure of SARS CoV2 S protein with stabilising mutations 提交 2025-09-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
27–1147（1121 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 9XGO Omicron-specific ultra-potent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies targeting the N1/N2 loop of Spike N-terminal domain 提交 2025-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 N
15–303（289 aa）
链 R
323–545（223 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 9Y5Y Structure of the Omicron Spike RBD bound by the monobody s19382 (local refinement from dimerized Spike protein ECDs) 提交 2025-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
链 C
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
链 E
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
链 G
334–528（195 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9YNX Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, Subgroup I conformation 提交 2025-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
323–527（205 aa）
链 B
323–527（205 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 9YOK Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode I conformation 提交 2025-10-13 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.56 Å |
| 9YPB Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, subgroup II conformation 提交 2025-10-13 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9YPR Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, subgroup I conformation 提交 2025-10-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–1208（1208 aa）
链 B
1–1208（1208 aa）
链 C
1–1208（1208 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9YYU SARS-CoV-2 spike trimer in the early fusion intermediate conformation bound to the VN01H1 Fab (Fab local refinement) 提交 2025-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：D614G variant, R682S, R683G 突变：D614G variant, R682S, R683G 突变：D614G variant, R682S, R683G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9YYV SARS-CoV-2 spike trimer in the early fusion intermediate conformation bound to the VN01H1 Fab (S2 local refinement) 提交 2025-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
14–1211（1198 aa）
链 B
14–1211（1198 aa）
链 C
14–1211（1198 aa）
|
突变：R682S, R683G 突变：R682S, R683G 突变：R682S, R683G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9Z3K SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation by circular permutation and clamping by gp41 (E-FICs-v1) 提交 2025-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
914–1131（218 aa）
链 A
703–828（126 aa）
链 B
914–1131（218 aa）
链 B
703–828（126 aa）
链 C
914–1131（218 aa）
链 C
703–828（126 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9Z80 SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab_Donor1 提交 2025-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 C
698–1161（464 aa）
链 D
698–1161（464 aa）
链 E
698–1161（464 aa）
|
突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 9ZDU Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with human Ab401 Fab 提交 2025-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
328–533（206 aa）
片段：Receptor-Binding Domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium phosphate monobasic
20% PEG 3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 9ZT5 SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab-B_Donor3 提交 2025-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
698–1161（464 aa）
链 D
698–1161（464 aa）
链 E
698–1161（464 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 9ZT6 SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab-B_Donor8 提交 2025-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
698–1161（464 aa）
链 D
698–1161（464 aa）
链 E
698–1161（464 aa）
|
突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 9ZT7 SARS-CoV-2 S2 in complex with COV2-2509 提交 2025-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
698–1161（464 aa）
链 D
698–1161（464 aa）
链 E
698–1161（464 aa）
|
突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W 突变：S704C, K790C, G880C, F888C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, T961F, V991W, T998W | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 9ZT8 Stabilized SARS-CoV-2 S2 apo 提交 2025-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
698–1161（464 aa）
链 B
698–1161（464 aa）
链 C
698–1161（464 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
共 2152 个其他 PDB 条目、2473 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | SPIKE_SARS2 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–1205； UniProt 1–1208 作者链 B； PDB构建体 1–1205； UniProt 1–1208 作者链 C； PDB构建体 1–1205； UniProt 1–1208 |
