8dn5

Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state1(open state)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 128.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine receptor subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt P23415

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 29–457 链 B; UniProt 29–457 链 C; UniProt 29–457 链 D; UniProt 29–457 未记录 Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta × 1 (P48167,P42212,A0A2K6CAQ3) GLY GLYCINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 DD9 nonane × 4 HP6 HEPTANE × 6 HEX HEXANE × 13 UND UNDECANE × 6 NBU N-BUTANE × 8 D10 DECANE × 3 OCT N-OCTANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.63 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLRA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–367; UniProt 29–457 作者链 B; PDB构建体 1–367; UniProt 29–457 作者链 C; PDB构建体 1–367; UniProt 29–457 作者链 D; PDB构建体 1–367; UniProt 29–457

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

Homo sapiens

UniProt A0A2K6CAQ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 379–480 未记录 Glycine receptor subunit alpha-1 × 4 (P23415) GLY GLYCINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 DD9 nonane × 4 HP6 HEPTANE × 6 HEX HEXANE × 13 UND UNDECANE × 6 NBU N-BUTANE × 8 D10 DECANE × 3 OCT N-OCTANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.63 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2K6CAQ3_MACNE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 579–680; UniProt 379–480

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

Homo sapiens

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–238 未记录 Glycine receptor subunit alpha-1 × 4 (P23415) GLY GLYCINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 DD9 nonane × 4 HP6 HEPTANE × 6 HEX HEXANE × 13 UND UNDECANE × 6 NBU N-BUTANE × 8 D10 DECANE × 3 OCT N-OCTANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.63 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 339–576; UniProt 1–238

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

Homo sapiens

UniProt P48167

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 25–355 未记录 Glycine receptor subunit alpha-1 × 4 (P23415) GLY GLYCINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 DD9 nonane × 4 HP6 HEPTANE × 6 HEX HEXANE × 13 UND UNDECANE × 6 NBU N-BUTANE × 8 D10 DECANE × 3 OCT N-OCTANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.63 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLRB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–331; UniProt 25–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dn5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dn5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8dn5
沉积日期 deposition_date2022-07-10
结构标题 titleCryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state1(open state)
关键词 keywordsglycine receptor subunit alpha-1, glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.90
零角强度 I(0) i0504183000.00
分子量 molecular_weight200080.0 kDa
排除体积 excluded_volume257410 ų
包络体积 envelope_volume338860 ų
水化壳体积 shell_volume70915 ų
包络直径 envelope_diameter131.9
壳层 Rg shell_rg46.21
包络 Rg envelope_rg38.32
形状 Rg shape_rg38.89
总 Rg total_rg39.38
总原子数 total_atoms14765
残基数 n_residues1684
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.8
Rg (实空间) rg_real39.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real5.0420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal504200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8740
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.3
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.274
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha77140000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.878

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)