8gne

Crystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with an insurmountable inverse agonist, KW-6356.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 突变:N154Q,M1007W,H1102I,R1106L JQR ~{N}-[4-(furan-2-yl)-5-(oxan-4-ylcarbonyl)-1,3-thiazol-2-yl]-6-methyl-pyridine-3-carboxamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 18 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293.15 K;PEG 400, sodium thiocyanate, 2,5-hexanediol, sodium citrate 分辨率 2.30 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 218–323; UniProt 23–128

Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P29274

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–208 链 A; UniProt 219–316 突变:N154Q,M1007W,H1102I,R1106L JQR ~{N}-[4-(furan-2-yl)-5-(oxan-4-ylcarbonyl)-1,3-thiazol-2-yl]-6-methyl-pyridine-3-carboxamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 18 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293.15 K;PEG 400, sodium thiocyanate, 2,5-hexanediol, sodium citrate 分辨率 2.30 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 185 个其他 PDB 条目、189 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AA2AR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 11–217; UniProt 2–208 作者链 A; PDB构建体 324–421; UniProt 219–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8gne

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8gne
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8gne
沉积日期 deposition_date2022-08-23
结构标题 titleCrystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with an insurmountable inverse agonist, KW-6356.
关键词 keywordsadenosine A2A receptor, inverse agonist, insurmountable antagonism, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex; MEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.23
零角强度 I(0) i029186100.00
分子量 molecular_weight49817.0 kDa
排除体积 excluded_volume65896 ų
包络体积 envelope_volume79961 ų
水化壳体积 shell_volume25683 ų
包络直径 envelope_diameter111.6
壳层 Rg shell_rg32.31
包络 Rg envelope_rg29.81
形状 Rg shape_rg29.21
总 Rg total_rg29.69
总原子数 total_atoms3506
残基数 n_residues390
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.0
Rg (实空间) rg_real30.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20
I(0) (实空间) i0_real2.9190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29180000.0000
解质量估计 total_estimate0.7449
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.646
峰度 Kurtosis kurtosis-0.200
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3978000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.637; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.390; Smooth: 0.378

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)