8zyt

Cryo-EM structure of neurotensin receptor 1 in complex with beta-arrestin1 and SBI-553 (complex 3)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 149.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-arrestin-1

Homo sapiens

UniProt P49407

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–382 未记录 Fab30 heavy chain × 1 Fab30 light chain × 1 Soluble cytochrome b562,Neurotensin receptor type 1 × 1 (P0ABE7,P30989) neurotensin peptide 8-13 × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SRW 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 22–402; UniProt 2–382

Soluble cytochrome b562,Neurotensin receptor type 1

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–127 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Beta-arrestin-1 × 1 (P49407) Fab30 heavy chain × 1 Fab30 light chain × 1 neurotensin peptide 8-13 × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SRW 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 19–123; UniProt 23–127

Soluble cytochrome b562,Neurotensin receptor type 1

Homo sapiens

UniProt P30989

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–418 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Beta-arrestin-1 × 1 (P49407) Fab30 heavy chain × 1 Fab30 light chain × 1 neurotensin peptide 8-13 × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SRW 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NTR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 137–557; UniProt 1–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8zyt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8zyt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8zyt
沉积日期 deposition_date2024-06-18
结构标题 titleCryo-EM structure of neurotensin receptor 1 in complex with beta-arrestin1 and SBI-553 (complex 3)
关键词 keywordsneurotensin receptor, beta-arrestin1, phosphorylation, intracellular agonist, SBI-553, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.22
零角强度 I(0) i0192654000.00
分子量 molecular_weight112270.0 kDa
排除体积 excluded_volume140160 ų
包络体积 envelope_volume201460 ų
水化壳体积 shell_volume42531 ų
包络直径 envelope_diameter152.6
壳层 Rg shell_rg43.03
包络 Rg envelope_rg42.67
形状 Rg shape_rg42.27
总 Rg total_rg42.12
总原子数 total_atoms7930
残基数 n_residues1103
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax149.8
Rg (实空间) rg_real42.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.17
I(0) (实空间) i0_real1.9270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal192600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8199
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.5
偏度 Skewness skewness0.502
峰度 Kurtosis kurtosis-0.353
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13420000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.734; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.753; Smooth: 0.703

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)