8zwf

cryoEM structure of JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 137.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P07550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–30 突变:E27Q,M29W,H124I anti-BRIL Fab LC × 1 anti-BRIL Fab HC × 1 A1D9A (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 143 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADRB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 10–39; UniProt 1–30

Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–127 突变:E27Q,M29W,H124I anti-BRIL Fab LC × 1 anti-BRIL Fab HC × 1 A1D9A (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 416–520; UniProt 23–127

Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt Q16581

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–362 链 A; UniProt 373–482 突变:E27Q,M29W,H124I anti-BRIL Fab LC × 1 anti-BRIL Fab HC × 1 A1D9A (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C3AR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 49–410; UniProt 1–362 作者链 A; PDB构建体 529–638; UniProt 373–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8zwf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8zwf
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8zwf
沉积日期 deposition_date2024-06-13
最后修订 last_revision2025-05-14
结构标题 titlecryoEM structure of JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex
关键词 keywordscomplement receptor, C3aR, Non-peptide agonist, JR14a, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.51
零角强度 I(0) i0225316000.00
分子量 molecular_weight81911.0 kDa
排除体积 excluded_volume79678 ų
包络体积 envelope_volume159650 ų
水化壳体积 shell_volume35691 ų
包络直径 envelope_diameter138.3
壳层 Rg shell_rg41.47
包络 Rg envelope_rg40.10
形状 Rg shape_rg40.49
总 Rg total_rg40.59
总原子数 total_atoms6207
残基数 n_residues801
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.3
Rg (实空间) rg_real40.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.78
I(0) (实空间) i0_real2.2530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal225200000.0000
解质量估计 total_estimate0.5828
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.9
偏度 Skewness skewness0.455
峰度 Kurtosis kurtosis-0.595
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11410000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.538; Smooth: 0.671

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)