9f6y

CryoEM structure of Human Mediator subunit MED23 complexed with phosphorylated Elk-1 transcription factor

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 136.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

Homo sapiens

UniProt Q9ULK4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1368 未记录 Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1 × 1 (P42212,P19419) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.98 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MED23_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1368; UniProt 1–1368

Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1

Homo sapiens

UniProt P19419

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 308–401 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 × 1 (Q9ULK4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.98 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 242–335; UniProt 308–401

Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1

Homo sapiens

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–238 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 × 1 (Q9ULK4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.98 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–239; UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9f6y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9f6y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9f6y
沉积日期 deposition_date2024-05-02
最后修订 last_revision2025-04-30
结构标题 titleCryoEM structure of Human Mediator subunit MED23 complexed with phosphorylated Elk-1 transcription factor
关键词 keywordsMediator complex, transcription factor, Med23, ELK-1, phosphorylation, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.59
零角强度 I(0) i0280095000.00
分子量 molecular_weight142010.0 kDa
排除体积 excluded_volume180330 ų
包络体积 envelope_volume240270 ų
水化壳体积 shell_volume52873 ų
包络直径 envelope_diameter142.2
壳层 Rg shell_rg43.30
包络 Rg envelope_rg38.86
形状 Rg shape_rg38.57
总 Rg total_rg38.97
总原子数 total_atoms10008
残基数 n_residues1234
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.3
Rg (实空间) rg_real38.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12
I(0) (实空间) i0_real2.8010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal280100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8622
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.9
偏度 Skewness skewness0.432
峰度 Kurtosis kurtosis-0.261
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha100300000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.892

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)