6itc

Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 146.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit SecA

Bacillus subtilis (strain 168)

UniProt P28366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–780 未记录 Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) Nanobody × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECA_BACSU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–780; UniProt 1–780

Protein translocase subunit SecY

Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2)

UniProt A4IJK8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 1–430 突变:G60C,Q202T,L210G,F211G,R213N Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) Nanobody × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A4IJK8_GEOTN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–424; UniProt 1–430

Protein translocase subunit SecE

Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2)

UniProt A4IJH4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–60 未记录 Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) Nanobody × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A4IJH4_GEOTN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–60; UniProt 1–60

Green fluorescent protein

Aequorea victoria

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–238 突变:Q80R,F99S,M153T,V163A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Nanobody × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–236; UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6itc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6itc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6itc
沉积日期 deposition_date2018-11-21
结构标题 titleStructure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine
关键词 keywordsSecA, SecY, Translocation, Cryo-EM, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.00
零角强度 I(0) i0557590000.00
分子量 molecular_weight196710.0 kDa
排除体积 excluded_volume247540 ų
包络体积 envelope_volume339160 ų
水化壳体积 shell_volume66382 ų
包络直径 envelope_diameter158.0
壳层 Rg shell_rg46.98
包络 Rg envelope_rg43.33
形状 Rg shape_rg44.01
总 Rg total_rg44.10
总原子数 total_atoms13841
残基数 n_residues1735
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax146.3
Rg (实空间) rg_real44.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28
I(0) (实空间) i0_real5.5760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal557500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8700
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.8
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.318
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha57310000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.597

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6itcA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6itcA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1440 — Pre-protein croslinking domain of SecA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SecA, preprotein cross-linking domain
结构域编号 domain_id6itcA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6itcA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3060 — Helical scaffold and wing domains of SecA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Helical scaffold and wing domains of SecA

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)