3osq

Maltose-bound maltose sensor engineered by insertion of circularly permuted green fluorescent protein into E. coli maltose binding protein at position 175

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein

Escherichia coli O157:H7

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–199 链 A; UniProt 200–396 片段:GFP P42212 residues 2-146, 147-238, MBP P0AEX9 residues 27-199, 201-396 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;296 K;0.5 M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.90 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 109 个其他 PDB 条目、148 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECO57
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 37–209; UniProt 27–199 作者链 A; PDB构建体 456–652; UniProt 200–396

Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein

Escherichia coli O157:H7

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 147–238 链 A; UniProt 2–146 片段:GFP P42212 residues 2-146, 147-238, MBP P0AEX9 residues 27-199, 201-396 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;296 K;0.5 M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.90 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 212–303; UniProt 147–238 作者链 A; PDB构建体 312–454; UniProt 2–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3osq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3osq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3osq
沉积日期 deposition_date2010-09-09
结构标题 titleMaltose-bound maltose sensor engineered by insertion of circularly permuted green fluorescent protein into E. coli maltose binding protein at position 175
关键词 keywordsEngineered Protein, Sensor Protein, Fluorescent Protein, MBP, GFP, Maltose Sensor, Transport Protein; FLUORESCENT PROTEIN, Transport Protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.33
零角强度 I(0) i072532300.00
分子量 molecular_weight68208.0 kDa
排除体积 excluded_volume85868 ų
包络体积 envelope_volume104920 ų
水化壳体积 shell_volume31311 ų
包络直径 envelope_diameter99.0
壳层 Rg shell_rg34.86
包络 Rg envelope_rg28.46
形状 Rg shape_rg28.28
总 Rg total_rg29.12
总原子数 total_atoms4816
残基数 n_residues607
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.9
Rg (实空间) rg_real29.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real7.2530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal72530000.0000
解质量估计 total_estimate0.8993
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.7
偏度 Skewness skewness0.322
峰度 Kurtosis kurtosis-0.546
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23570000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.968

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3osqA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3osqA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3osqA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Green fluorescent protein

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)