8inr

Cryo-EM structure of the alpha-MSH-bound human melanocortin receptor 5 (MC5R)-Gs complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 109.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HA signal peptide,Melanocortin receptor 5,LgBiT subunit

Homo sapiens

UniProt P03435

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–16 未记录 alpha-melanocyte-stimulating hormone × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63096,P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEMA_I75A3
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–16; UniProt 1–16

HA signal peptide,Melanocortin receptor 5,LgBiT subunit

Homo sapiens

UniProt P33032

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–325 未记录 alpha-melanocyte-stimulating hormone × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63096,P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MC5R_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 17–340; UniProt 2–325

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–66 链 A; UniProt 204–394 突变:G49D,E50N,L63Y,ten deletions and A249D,S252D,L272D,I372A,V375I,G226A,A366S HA signal peptide,Melanocortin receptor 5,LgBiT subunit × 1 (P03435,P33032) alpha-melanocyte-stimulating hormone × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、356 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 19–59; UniProt 26–66 作者链 A; PDB构建体 181–361; UniProt 204–394

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63096

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–18 链 A; UniProt 60–180 突变:G49D,E50N,L63Y,ten deletions and A249D,S252D,L272D,I372A,V375I,G226A,A366S HA signal peptide,Melanocortin receptor 5,LgBiT subunit × 1 (P03435,P33032) alpha-melanocyte-stimulating hormone × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 573 个其他 PDB 条目、591 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–18; UniProt 1–18 作者链 A; PDB构建体 60–180; UniProt 60–180

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 HA signal peptide,Melanocortin receptor 5,LgBiT subunit × 1 (P03435,P33032) alpha-melanocyte-stimulating hormone × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63096,P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 HA signal peptide,Melanocortin receptor 5,LgBiT subunit × 1 (P03435,P33032) alpha-melanocyte-stimulating hormone × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63096,P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT × 1 (P62873) CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8inr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8inr
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8inr
沉积日期 deposition_date2023-03-10
结构标题 titleCryo-EM structure of the alpha-MSH-bound human melanocortin receptor 5 (MC5R)-Gs complex
关键词 keywordshuman melanocortin receptor 5, G protein-coupled receptor, ligand recpgnition, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.42
零角强度 I(0) i0165669000.00
分子量 molecular_weight102990.0 kDa
排除体积 excluded_volume128930 ų
包络体积 envelope_volume164550 ų
水化壳体积 shell_volume41969 ų
包络直径 envelope_diameter120.0
壳层 Rg shell_rg38.82
包络 Rg envelope_rg33.73
形状 Rg shape_rg33.40
总 Rg total_rg33.90
总原子数 total_atoms7219
残基数 n_residues912
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.7
Rg (实空间) rg_real33.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real1.6570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal165700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8415
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.0
偏度 Skewness skewness0.422
峰度 Kurtosis kurtosis-0.264
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36890000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.308

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)