8ya0

Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 148.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit SecA

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

UniProt P28366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 14–778 未记录 Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Cell division protein FtsQ,Lactose permease × 1 (Q7CR81,P02920) Nanobody × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECA_BACSU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–765; UniProt 14–778

Protein translocase subunit SecY

Geobacillus thermodenitrificans NG80-2

UniProt A4IJK8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 2–430 突变:G60C, Q202T, F211T, R213N Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Cell division protein FtsQ,Lactose permease × 1 (Q7CR81,P02920) Nanobody × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A4IJK8_GEOTN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–429; UniProt 2–430

Protein translocase subunit SecE

Geobacillus thermodenitrificans NG80-2

UniProt A4IJH4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2–59 未记录 Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Nanobody × 1 Cell division protein FtsQ,Lactose permease × 1 (Q7CR81,P02920) Nanobody × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A4IJH4_GEOTN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–58; UniProt 2–59

Cell division protein FtsQ,Lactose permease

Escherichia coli K-12

UniProt P02920

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 316–332 突变:R2A, L3K, A4K, G5T, C14T, F17L Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Nanobody × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LACY_ECOLI
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 35–51; UniProt 316–332

Cell division protein FtsQ,Lactose permease

Escherichia coli K-12

UniProt Q7CR81

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 25–48 突变:R2A, L3K, A4K, G5T, C14T, F17L Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Nanobody × 1 Green fluorescent protein × 1 (P42212) MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FTSQ_SALTY
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–24; UniProt 25–48

Green fluorescent protein

Aequorea victoria

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 3–229 突变:Q80R, F99S, M153T, V163A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Protein translocase subunit SecA × 1 (P28366) Protein translocase subunit SecY × 1 (A4IJK8) Protein translocase subunit SecE × 1 (A4IJH4) Nanobody × 1 Cell division protein FtsQ,Lactose permease × 1 (Q7CR81,P02920) Nanobody × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.97 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 568 个其他 PDB 条目、744 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GFP_AEQVI
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–225; UniProt 3–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ya0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ya0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ya0
沉积日期 deposition_date2024-02-07
结构标题 titleStructure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C)
关键词 keywordsProtein translocation, Membrane protein insertion, Protein chaperone, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.94
零角强度 I(0) i0560405000.00
分子量 molecular_weight197770.0 kDa
排除体积 excluded_volume249100 ų
包络体积 envelope_volume335270 ų
水化壳体积 shell_volume65717 ų
包络直径 envelope_diameter159.0
壳层 Rg shell_rg46.72
包络 Rg envelope_rg43.36
形状 Rg shape_rg43.94
总 Rg total_rg44.05
总原子数 total_atoms13920
残基数 n_residues1751
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.5
Rg (实空间) rg_real44.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36
I(0) (实空间) i0_real5.6040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal560400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8679
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.5
偏度 Skewness skewness0.359
峰度 Kurtosis kurtosis-0.309
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha56780000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.631

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)