7y12

Cryo-EM structure of MrgD-Gi complex with beta-alanine

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 118.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt P63096

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–354 突变:G203A, T219A, P288Q, A326S Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member D × 1 (P0ABE7,Q8TDS7) scFV16 × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 PLM PALMITIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot time 3 seconds blot force 5 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 573 个其他 PDB 条目、591 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Mus musculus

UniProt P62874

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member D × 1 (P0ABE7,Q8TDS7) scFV16 × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 PLM PALMITIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot time 3 seconds blot force 5 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 18–356; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Mus musculus

UniProt P63213

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member D × 1 (P0ABE7,Q8TDS7) scFV16 × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 PLM PALMITIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot time 3 seconds blot force 5 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member D

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–127 片段:Chimera protein of Cytochrome b-562 (UNP residues 23-127) and MrgD (UNP residues 5-321) 突变:M29W, H124I Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) scFV16 × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 PLM PALMITIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot time 3 seconds blot force 5 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 25–129; UniProt 23–127

Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member D

Homo sapiens

UniProt Q8TDS7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 5–321 片段:Chimera protein of Cytochrome b-562 (UNP residues 23-127) and MrgD (UNP residues 5-321) 突变:M29W, H124I Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) scFV16 × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 PLM PALMITIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot time 3 seconds blot force 5 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MRGRD_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 130–446; UniProt 5–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7y12

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7y12
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7y12
沉积日期 deposition_date2022-06-06
结构标题 titleCryo-EM structure of MrgD-Gi complex with beta-alanine
关键词 keywordsGPCR, Complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.52
零角强度 I(0) i0218856000.00
分子量 molecular_weight121110.0 kDa
排除体积 excluded_volume152190 ų
包络体积 envelope_volume199080 ų
水化壳体积 shell_volume46299 ų
包络直径 envelope_diameter121.5
壳层 Rg shell_rg41.71
包络 Rg envelope_rg36.52
形状 Rg shape_rg36.49
总 Rg total_rg36.95
总原子数 total_atoms8501
残基数 n_residues1109
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.6
Rg (实空间) rg_real36.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real2.1890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal218900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9007
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.6
偏度 Skewness skewness0.163
峰度 Kurtosis kurtosis-0.631
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha34050000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.921

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7y12B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)