8ihi

Cryo-EM structure of HCA2-Gi complex with acifran

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 128.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt P63096

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–354 突变:G203A, A326S scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 2 × 1 (P0ABE7,Q8TDS4) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 P9X (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 573 个其他 PDB 条目、591 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Mus musculus

UniProt P62874

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 2 × 1 (P0ABE7,Q8TDS4) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 P9X (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 18–356; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Mus musculus

UniProt P63213

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 2 × 1 (P0ABE7,Q8TDS4) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 P9X (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–70; UniProt 2–71

Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 2

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–127 突变:M29W,H124I Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 P9X (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 25–129; UniProt 23–127

Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 2

Homo sapiens

UniProt Q8TDS4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–363 突变:M29W,H124I Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62874) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63213) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 P9X (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HCAR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 131–492; UniProt 2–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ihi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ihi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ihi
沉积日期 deposition_date2023-02-22
结构标题 titleCryo-EM structure of HCA2-Gi complex with acifran
关键词 keywordsGPCR, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.89
零角强度 I(0) i0226054000.00
分子量 molecular_weight123040.0 kDa
排除体积 excluded_volume154290 ų
包络体积 envelope_volume205150 ų
水化壳体积 shell_volume45490 ų
包络直径 envelope_diameter129.6
壳层 Rg shell_rg42.60
包络 Rg envelope_rg38.63
形状 Rg shape_rg38.87
总 Rg total_rg39.17
总原子数 total_atoms8665
残基数 n_residues1131
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.8
Rg (实空间) rg_real39.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real2.2610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal226100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8907
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.1
偏度 Skewness skewness0.231
峰度 Kurtosis kurtosis-0.625
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30850000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.848

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id8ihiB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id8ihiS01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)