6o9b

Crystal structure of HLA-A3*01 in complex with a wild-type beta-catenin peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P04439

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–304 片段:UNP residues 25-304 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Catenin beta-1 × 1 (P35222) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 IMD IMIDAZOLE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;292 K;0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol, 20% PEG500 MME, 10% PEG20000 分辨率 2.20 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A03_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–283; UniProt 25–304

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–119 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain × 1 (P04439) Catenin beta-1 × 1 (P35222) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 IMD IMIDAZOLE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;292 K;0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol, 20% PEG500 MME, 10% PEG20000 分辨率 2.20 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–119; UniProt 1–119

Catenin beta-1

物种未注明

UniProt P35222

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 41–49 片段:UNP residues 41-49 HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain × 1 (P04439) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 IMD IMIDAZOLE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;292 K;0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol, 20% PEG500 MME, 10% PEG20000 分辨率 2.20 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTNB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 41–49

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6o9b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6o9b
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6o9b
沉积日期 deposition_date2019-03-13
结构标题 titleCrystal structure of HLA-A3*01 in complex with a wild-type beta-catenin peptide
关键词 keywordsHLA-A3, MHC Class I, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.61
零角强度 I(0) i039772400.00
分子量 molecular_weight46720.0 kDa
排除体积 excluded_volume57594 ų
包络体积 envelope_volume69543 ų
水化壳体积 shell_volume25515 ų
包络直径 envelope_diameter76.4
壳层 Rg shell_rg29.67
包络 Rg envelope_rg22.86
形状 Rg shape_rg22.60
总 Rg total_rg23.47
总原子数 total_atoms3297
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.8
Rg (实空间) rg_real23.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real3.9770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal39770000.0000
解质量估计 total_estimate0.9101
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.0
偏度 Skewness skewness0.227
峰度 Kurtosis kurtosis-0.453
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11200000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6o9bA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id6o9bA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6o9bB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)