4k71

Crystal structure of a high affinity Human Serum Albumin variant bound to the Neonatal Fc Receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 171.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serum albumin

Homo sapiens

UniProt P02768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–609 突变:V418M, T420A, E505G, V547A IgG receptor FcRn large subunit p51 × 1 (P55899) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–609 突变:V418M, T420A, E505G, V547A IgG receptor FcRn large subunit p51 × 1 (P55899) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–609 链 D; UniProt 25–609 突变:V418M, T420A, E505G, V547A IgG receptor FcRn large subunit p51 × 4 (P55899) Beta-2-microglobulin × 4 (P61769) SO4 SULFATE ION × 38 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 187 个其他 PDB 条目、269 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALBU_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–585; UniProt 25–609 作者链 D; PDB构建体 1–585; UniProt 25–609

IgG receptor FcRn large subunit p51

Homo sapiens

UniProt P55899

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–297 片段:UNP residues 24-297 Serum albumin × 1 (P02768) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 24–297 片段:UNP residues 24-297 Serum albumin × 1 (P02768) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–297 链 E; UniProt 24–297 片段:UNP residues 24-297 Serum albumin × 4 (P02768) Beta-2-microglobulin × 4 (P61769) SO4 SULFATE ION × 38 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCGRN_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–274; UniProt 24–297 作者链 E; PDB构建体 1–274; UniProt 24–297

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–119 未记录 Serum albumin × 1 (P02768) IgG receptor FcRn large subunit p51 × 1 (P55899) SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 21–119 未记录 Serum albumin × 1 (P02768) IgG receptor FcRn large subunit p51 × 1 (P55899) SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–119 链 F; UniProt 21–119 未记录 Serum albumin × 4 (P02768) IgG receptor FcRn large subunit p51 × 4 (P55899) SO4 SULFATE ION × 38 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.9;293 K;1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1996 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119 作者链 F; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4k71

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4k71
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4k71
沉积日期 deposition_date2013-04-16
结构标题 titleCrystal structure of a high affinity Human Serum Albumin variant bound to the Neonatal Fc Receptor
关键词 keywordsMHC Class I, Lipid Transport, Endosome Recycling, Endosome; LIPID TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.48
零角强度 I(0) i0713158000.00
分子量 molecular_weight215890.0 kDa
排除体积 excluded_volume268300 ų
包络体积 envelope_volume372350 ų
水化壳体积 shell_volume69701 ų
包络直径 envelope_diameter183.0
壳层 Rg shell_rg47.89
包络 Rg envelope_rg46.16
形状 Rg shape_rg46.52
总 Rg total_rg46.39
总原子数 total_atoms15137
残基数 n_residues1888
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax171.4
Rg (实空间) rg_real46.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.83
I(0) (实空间) i0_real7.1320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal712900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6377
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.4
偏度 Skewness skewness0.537
峰度 Kurtosis kurtosis0.018
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha89430000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.685; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.916

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd4k71a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.1 — Serum albumin-like
结构域编号 domain_idd4k71a2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.1 — Serum albumin-like
结构域编号 domain_idd4k71a3
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.1 — Serum albumin-like
结构域编号 domain_idd4k71b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k71b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd4k71c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd4k71d1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.1 — Serum albumin-like
结构域编号 domain_idd4k71d2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.1 — Serum albumin-like
结构域编号 domain_idd4k71d3
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.1 — Serum albumin-like
结构域编号 domain_idd4k71e1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k71e2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd4k71f_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id4k71A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71A03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71A05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71A06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4k71B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4k71C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4k71D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71D03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71D04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71D05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71D06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4k71E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4k71E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4k71F00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)