7xz6

GPR119-Gs-APD668 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 114.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor × 1 (P0ABE7,Q8TDV5) I7J propan-2-yl 4-[1-(2-fluoranyl-4-methylsulfonyl-phenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]oxypiperidine-1-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Nanobody35 × 1 Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor × 1 (P0ABE7,Q8TDV5) I7J propan-2-yl 4-[1-(2-fluoranyl-4-methylsulfonyl-phenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]oxypiperidine-1-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–127 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 I7J propan-2-yl 4-[1-(2-fluoranyl-4-methylsulfonyl-phenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]oxypiperidine-1-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 29–133; UniProt 23–127

Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor

Homo sapiens

UniProt Q8TDV5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–335 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 I7J propan-2-yl 4-[1-(2-fluoranyl-4-methylsulfonyl-phenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]oxypiperidine-1-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GP119_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 151–485; UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7xz6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7xz6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xz6
沉积日期 deposition_date2022-06-02
结构标题 titleGPR119-Gs-APD668 complex
关键词 keywords;GPCR, Glucose-dependent insulinotropic receptor, GPR119, LysoPC, Lysophosphatidylcholine, APD668, G-protein, Gs, signaling complex, cryo-EM structure, structure-function relationships, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.61
零角强度 I(0) i0214573000.00
分子量 molecular_weight117690.0 kDa
排除体积 excluded_volume147310 ų
包络体积 envelope_volume181350 ų
水化壳体积 shell_volume45462 ų
包络直径 envelope_diameter121.5
壳层 Rg shell_rg39.76
包络 Rg envelope_rg33.82
形状 Rg shape_rg33.59
总 Rg total_rg34.15
总原子数 total_atoms16479
残基数 n_residues1052
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.8
Rg (实空间) rg_real33.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99
I(0) (实空间) i0_real2.1460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal214600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6823
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.6
偏度 Skewness skewness0.463
峰度 Kurtosis kurtosis-0.160
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51700000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.214; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.823

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7xz6B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id7xz6N01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)