24xy

P2Y13R-Gq complex bound to ADP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 122.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 13,LgBiT tag,GFP

human respiratory syncytial virus

UniProt A0A5P9VSM6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–239 突变:mutation Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,miniGsqi × 1 (P59768) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody Nb35 × 1 scFv16 × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A5P9VSM6_HRSV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 665–902; UniProt 2–239

Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 13,LgBiT tag,GFP

human respiratory syncytial virus

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–128 突变:mutation Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,miniGsqi × 1 (P59768) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody Nb35 × 1 scFv16 × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 25–130; UniProt 23–128

Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 13,LgBiT tag,GFP

human respiratory syncytial virus

UniProt Q9BPV8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 22–354 突变:mutation Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,miniGsqi × 1 (P59768) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody Nb35 × 1 scFv16 × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称 P2Y13_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 131–463; UniProt 22–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,miniGsqi

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–67 未记录 Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 13,LgBiT tag,GFP × 1 (P0ABE7,Q9BPV8,A0A5P9VSM6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody Nb35 × 1 scFv16 × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–67; UniProt 1–67

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 13,LgBiT tag,GFP × 1 (P0ABE7,Q9BPV8,A0A5P9VSM6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,miniGsqi × 1 (P59768) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody Nb35 × 1 scFv16 × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 13–351; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–67 未记录 Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 13,LgBiT tag,GFP × 1 (P0ABE7,Q9BPV8,A0A5P9VSM6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,miniGsqi × 1 (P59768) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) nanobody Nb35 × 1 scFv16 × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–67; UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 24xy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 24xy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id24xy
沉积日期 deposition_date2026-03-24
结构标题 titleP2Y13R-Gq complex bound to ADP
关键词 keywordsGPCR, Nucleotide, G protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.60
零角强度 I(0) i0287761000.00
分子量 molecular_weight138700.0 kDa
排除体积 excluded_volume173970 ų
包络体积 envelope_volume234580 ų
水化壳体积 shell_volume51786 ų
包络直径 envelope_diameter130.1
壳层 Rg shell_rg43.15
包络 Rg envelope_rg38.47
形状 Rg shape_rg38.57
总 Rg total_rg38.98
总原子数 total_atoms9754
残基数 n_residues1236
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.5
Rg (实空间) rg_real38.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real2.8780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal287800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6900
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.8
偏度 Skewness skewness0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-0.630
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49680000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.132; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.686

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)